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Jordan P, Dorval G, Arrondel C, Morinière V, Tournant C, Audrezet MP, Michel-Calemard L, Putoux A, Lesca G, Labalme A, Whalen S, Loeuillet L, Martinovic J, Attie-Bitach T, Bessières B, Schaefer E, Scheidecker S, Lambert L, Beneteau C, Patat O, Boute-Benejean O, Molin A, Guimiot F, Fontanarosa N, Nizon M, Lefebvre M, Jeanpierre C, Saunier S, Heidet L. Targeted next-generation sequencing in a large series of fetuses with severe renal diseases. Hum Mutat 2022; 43:347-361. [PMID: 35005812 DOI: 10.1002/humu.24324] [Citation(s) in RCA: 10] [Impact Index Per Article: 5.0] [Reference Citation Analysis] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/18/2021] [Revised: 11/23/2021] [Accepted: 12/14/2021] [Indexed: 11/07/2022]
Abstract
We report the screening of a large panel of genes in a series of 100 fetuses (98 families) affected with severe renal defects. Causative variants were identified in 22% of cases, greatly improving genetic counseling. The percentage of variants explaining the phenotype was different according to the type of phenotype. The highest diagnostic yield was found in cases affected with the ciliopathy-like phenotype (11/15 families and, in addition, a single heterozygous or a homozygous Class 3 variant in PKHD1 in three unrelated cases with autosomal recessive polycystic kidney disease). The lowest diagnostic yield was observed in cases with congenital anomalies of the kidney and urinary tract (9/78 families and, in addition, Class 3 variants in GREB1L in three unrelated cases with bilateral renal agenesis). Inheritance was autosomal recessive in nine genes (PKHD1, NPHP3, CEP290, TMEM67, DNAJB11, FRAS1, ACE, AGT, and AGTR1), and autosomal dominant in six genes (PKD1, PKD2, PAX2, EYA1, BICC1, and MYOCD). Finally, we developed an original approach of next-generation sequencing targeted RNA sequencing using the custom capture panel used for the sequencing of DNA, to validate one MYOCD heterozygous splicing variant identified in two male siblings with megabladder and inherited from their healthy mother.
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Affiliation(s)
- Penelope Jordan
- APHP Service de Génétique, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Guillaume Dorval
- APHP Service de Génétique, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France.,Inserm U1163, Laboratoire des Maladies Rénales Héréditaires Institut Imagine, Université de Paris, Paris, France.,APHP Service de Néphrologie Pédiatrique, Centre de Référence des Maladies Rénales Héréditaires de l'Enfant et de l'Adulte (MARHEA), Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Christelle Arrondel
- Inserm U1163, Laboratoire des Maladies Rénales Héréditaires Institut Imagine, Université de Paris, Paris, France
| | - Vincent Morinière
- APHP Service de Génétique, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Carole Tournant
- APHP Service de Génétique, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Marie-Pierre Audrezet
- Service de Génétique moléculaire, Génétique, Génomique et Biotechnologies, UMR 1078, Hôpital Universitaire de Brest, Brest, France
| | - Laurence Michel-Calemard
- Service Biochimie Biologie Moléculaire Grand Est, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, CBPE, Bron, France
| | - Audrey Putoux
- Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, Bron, France
| | - Gaethan Lesca
- Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, Bron, France
| | - Audrey Labalme
- Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, Bron, France
| | - Sandra Whalen
- APHP UF de Génétique Clinique, Centre de Référence des Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, APHP, Hôpital Armand Trousseau, ERN ITHACA, Sorbonne Université, Paris, France
| | - Laurence Loeuillet
- APHP Service d'Embryofœtopathologie, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Jelena Martinovic
- APHP Service de Fœtopathologie, Hôpital Universitaire Antoine Béclère, Clamart, France
| | - Tania Attie-Bitach
- APHP Service d'Embryofœtopathologie, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France.,Inserm U 1163, Institut Imagine, Université de Paris, Paris, France
| | - Bettina Bessières
- APHP Service d'Embryofœtopathologie, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France.,Inserm U 1163, Institut Imagine, Université de Paris, Paris, France
| | - Elise Schaefer
- Service de Génétique Médicale, Institut de Génétique médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Sophie Scheidecker
- Service de Génétique Médicale, Institut de Génétique médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Laetitia Lambert
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy, Nancy, France
| | - Claire Beneteau
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
| | - Olivier Patat
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Toulouse, France
| | - Odile Boute-Benejean
- Service de Génétique Médicale, Hôpital Jeanne de Flandre, Centre Hospitalier Universitaire de Lille, Lille, France
| | - Arnaud Molin
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Caen, Caen, France
| | - Fabien Guimiot
- APHP Service d'Embryo-Fœtopathologie, Hôpital Universitaire Robert Debré, Paris, France
| | | | - Mathilde Nizon
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, L'institut Du Thorax, INSERM, CNRS, UNIV Nantes, Nantes, France
| | - Mathilde Lefebvre
- APHP Service de Pathologie fœtale, Hôpital Universitaire Armand Trousseau, Paris, France
| | - Cécile Jeanpierre
- Inserm U1163, Laboratoire des Maladies Rénales Héréditaires Institut Imagine, Université de Paris, Paris, France
| | - Sophie Saunier
- Inserm U1163, Laboratoire des Maladies Rénales Héréditaires Institut Imagine, Université de Paris, Paris, France
| | - Laurence Heidet
- Inserm U1163, Laboratoire des Maladies Rénales Héréditaires Institut Imagine, Université de Paris, Paris, France.,APHP Service de Néphrologie Pédiatrique, Centre de Référence des Maladies Rénales Héréditaires de l'Enfant et de l'Adulte (MARHEA), Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Paris, France
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