Pulmonary bacterial infections in adult patients hospitalized for COVID-19 in standard wards

OBJECTIVES

During the COVID-19 pandemic, antibiotic use was very common. However, bacterial co-/secondary infections with coronaviruses remain largely unknown in standard wards. We aimed to investigate the characteristics of pulmonary bacterial infections associated with COVID-19 in hospitalized patients.

METHODS

A retrospective monocentric observational study was conducted in Bichat hospital, France, between February 26 and April 22, 2020. All patients hospitalized in standard wards with COVID-19 (positive nasopharyngeal PCR and/or typical aspect on CT scan) and diagnosed with pulmonary bacterial infection (positive bacteriological samples) were included. Bacteriological and clinical data were collected from the microbiology laboratories and patient's medical records.

RESULTS

Twenty-three bacteriological samples from 22 patients were positive out of 2,075 screened samples (1.1%) from 784 patients (2.8%). Bacterial infection occurred within a median of 10 days after COVID-19 onset. Diagnosis of pulmonary bacterial infection was suspected on increase of oxygen requirements (20/22), productive cough or modification of sputum aspect (17/22), or fever (10/22). Positive samples included 13 sputum cultures, one FilmArray® assay on sputum samples, one bronchoalveolar lavage, six blood cultures, and two pneumococcal urinary antigen tests. The most frequent bacteria were Pseudomonas aeruginosa (6/23), Staphylococcus aureus (5/23), Streptococcus pneumoniae (4/23), Enterococcus faecalis (3/23), and Klebsiella aerogenes (3/23). No Legionella urinary antigen test was positive. Four out of 496 nasopharyngeal PCR tests (0.8%) were positive for intracellular bacteria (two Bordetella pertussis and two Mycoplasma pneumonia).

CONCLUSIONS

Pulmonary bacterial secondary infections and co-infections with SARS-CoV-2 are uncommon. Antibiotic use should remain limited in the management of COVID-19.

Co-infection et surinfection bactérienne chez les patients hospitalisés pour COVID-19: une étude rétrospective monocentrique

Introduction

Durant la pandémie de COVID-19, la prescription d’antibiotique a été importante. Cependant, les surinfections et co-infections bactériennes associées aux coronavirus sont peu décrites, et concernent principalement les patients de soins intensifs.

Matériels et méthodes

Une étude observationnelle rétrospective monocentrique a été menée dans notre CHU du 26/02/2020 au 22/04/2020. Ont été inclus tous les patients hospitalisés pour une COVID-19 (PCR respiratoire positive à SARS-CoV-2 ou atteinte scannographique compatible) hors service de réanimation et présentant une infection bactérienne documentée par un prélèvement bactériologique positif parmi: prélèvement respiratoire (ECBC, aspiration bronchique, LBA), hémoculture, antigénurie légionnelle ou pneumocoque, ou PCR nasopharyngée (Bordetella pertussis, Mycoplasma pneumoniae et légionnelle). Les données bactériologiques ont été obtenues par les laboratoires de bactériologie et virologie et les données cliniques recueillies à partir du dossier médical des patients.

Résultats

Au total, 2710 prélèvements ont été réalisés chez 778 patients hospitalisés: 957 hémocultures, 169 ECBC, 3 aspirations bronchiques, 2 LBA, 537 PCR nasopharyngées, 517 antigénuries légionnelle et 525 antigénuries pneumocoque. Quarante et un prélèvements étaient positifs (1,5 %) dont quatorze ont été considérés comme une colonisation par les cliniciens. Vingt neuf prélèvements positifs (1,1 %) ont été considérés comme pathogènes chez 27 patients (3,5 %): 15 ECBC, 2 aspirations bronchiques, 1 LBA, 7 hémocultures, 2 antigénuries et 4 PCR nasopharyngées. Parmi les 27 patients, 18 (66,7 %) avaient des comorbidités dont 10 (37 %) une pathologie respiratoire chronique. Huit patients (29,6 %) étaient sous traitement immunosuppresseur au long cours et 15 (55,6 %) ont reçu des corticoïdes ou autres traitements immunomodulateurs pour la COVID-19. Le delais entre l’apparition des symptômes de COVID-19 et la survenue de la surinfection bactérienne était en moyenne de 11 jours. Les arguments en faveur d’une surinfection étaient l’augmentation des besoins en oxygène (n = 22, 81,5 %), la toux expectorante (n= 20, 74,0 %) ou la modification de la toux (n = 5, 18,5 %) et la présence de fièvre (n= 5, 18,5 %). Un patient avait un tableau de sepsis. Les pathogènes les plus fréquemment retrouvés nétaient: Pseudomonas aeruginosa (n = 8, 29,6 %), Staphylococcus aureus (n = 5, 18,5 %), Streptococcus pneumoniae (n = 4, 14,8 %) et Enterococcus faecalis (n = 3, 11,1 %). Quatre patients (0,5 %) avaient une co-infection à bactérie intracellulaire: 2 à Bordetella pertussis et 2 à Mycoplasma pneumoniae. Aucune antigénurie légionnelle n’est revenue positive.

Conclusion

Le taux de surinfections et de co-infections bactériennes dans la COVID-19 semble faible. Ce faible taux est en faveur d’une utilisation limitée des antibiotiques dans la prise en charge de la COVID-19.

Quelles sont les conséquences de l’épidémie COVID-19 sur l’organisation des soins ?

Introduction

Le 30/01/2020, l’OMS déclare une urgence de Santé Publique de portée internationale suite à l’épidémie de COVID-19. Les conséquences des épidémies sont nombreuses, aussi bien pour les patients que pour l’ensemble du système de santé. Cette étude a pour but d’évaluer les conséquences de l’épidémie COVID-19 sur l’organisation des soins à l’échelle hospitalière.

Matériels et méthodes

Nous avons récolté des données sur la réponse épidémique dans un hôpital prenant en charge des patients infectés par le SARS-CoV-2 à l’aide de plusieurs sources : entretiens individuels semi-structurés, périodes d’observation ethnographique in situ et analyse documentaire. Les entretiens ont été réalisés auprès des différents professionnels de l’hôpital. Les différents points de vue et niveaux organisationnels ont été envisagés lors des entretiens à l’aide d’une approche adaptative et itérative. Les entretiens étaient enregistrés, transcrits et codés à l’aide du logiciel NVivo 12. Les données qualitatives ont été analysées par une analyse thématique inductive.

Résultats

Nous avons réalisé 37 entretiens avec des personnels de santé (infirmier/e/s, médecins, aides-soignant/e/s, manipulateurs radiologiques, cadres de santé) dans plusieurs services (urgences, maladies infectieuses, réanimation, chirurgie cardiaque, équipe d’hygiène) et avec des personnels administratifs (personnel de sécurité, de logistique, de communication et de direction). Nous avons également collecté plus de 100 heures d’observation ethnographique. Concernant la réponse à l’épidémie, nous avons identifié des éléments facilitateurs comme la gestion de cas suspects pour les épidémies antérieures (MERS-CoV et Ebola), la réalisation d’exercices réguliers par l’équipe d’hygiène, et l’existence préalable de protocoles mais aussi des problèmes non anticipés comme la gestion des déchets à risques biologiques, des difficultés à recruter des infirmiers intérimaires ou la pression médiatique et les rumeurs. Les conséquences de l’épidémie ont été directes ; réorganisation du service de maladies infectieuses, de réanimation médicale et de virologie mais également indirectes ; diminution de l’activité de l’équipe mobile d’infectiologie et des activités d’enseignement, inquiétude des patients non concernés et annulation de rendez-vous. Ont été soulignés par les participants l’importance de maintenir la cohésion des équipes entre personnels travaillant auprès de patients infectés par le SARS-CoV-2 et personnels non impliqués, d’intégrer de façon harmonieuse la recherche clinique dans la prise en charge médicale et de réaliser un travail de veille bibliographique en temps réel afin d’actualiser la prise en charge des cas possibles et confirmés.

Conclusion

L’épidémie COVID-19 a eu de nombreuses conséquences sur l’organisation aussi bien des services médicaux concernés que des services non directement impliqués et des services administratifs. Cette étude permet d’identifier des pistes d’amélioration pour la réponse épidémique.

COVIDOM : une expérience de télémédecine unique pour la gestion du COVID-19

Introduction

Afin d’éviter l’engorgement du système de soin et de soulager les praticiens ainsi que d’éviter les contaminations hospitalières, le dispositif de télésuivi COVIDOM a été mis en place en urgence à l’échelle de l’Ile de France. Il permet le suivi des patients à domicile atteint du COVID-19. Il s’agit d’une initiative réalisée en partenariat entre l’AP-HP (Assistance des Hôpitaux de Paris), l’ARS (Agence régionale de Santé) et l’URPS (Union régionale des professionnels de santé) Ile-de-France. Nous présentons ce dispositif.

Matériels et méthodes

Description et évaluation du dispositif COVIDOM déployé en Ile-de-France.

Résultats

COVIDOM est un dispositif de télésuivi reposant sur des questionnaires renseignés par le patient, atteint de COVID, 1 ou 2 fois par jour ; 7 items étaient renseignés (fréquence cardiaque, dyspnée, fréquence respiratoire, température, malaise, frissons, difficulté au confinement) et généraient des alertes vertes, oranges ou rouges en fonction des seuils définis. Les alertes étaient traitées par un plateau de télésurveillance supervisé par des médecins représentant au total plus de 2 000 personnes sur l’ensemble de la période. Les patients pouvaient être inclus en consultation (de ville ou hospitalière), en sortie d’hospitalisation ou par la régulation du SAMU et étaient suivi 30j au total. Finalement du 9 mars au 8 juin 2020, 70 914 patients ont été inclus par 10 000 médecins, l’âge médian des patients était de 43 ans avec un sexe ratio de 0,71. Au total 266 619 alertes ont été générés dont 22 958 alertes rouges et 243 661 oranges. Au pic de l’épidémie, jusqu’à 10.000 alertes/jour ont été prises en charge par 40 « cellules » de télésurveillance, soit 200 postes de travail 7j/7 de 8 h à 20 h. La capacité de suivi était d’environ 1.200 patients par cellule. Sur le plateau 1.100 intervenants de télésurveillance (ITS) ont été formés : externes médecine/dentaires, professionnels de santé (kiné, pharmaciens, IDE, dentistes, cadres de santé), plus de 990 médecins référents (salariés AP-HP, libéraux, retraités) et enfin plus de 500 bénévoles, ces derniers étaient chargé s de rappeler les patients « non répondants ». Au total, le délai moyen avant prise en charge d’une alerte rouge était de 4,24 minutes et 427 appels SAMU ont été déclenchés par la plateforme, 858 patients ont été hospitalisés et 73 sont décédés.

Conclusion

COVIDOM est un dispositif efficace et sécurisé, simple aisément transposable et reproductible. Il s’agit de la première expérience de télémédecine de cette envergure deployée dans le cadre d’une pathologie infectieuse aiguë. Il a participé à éviter l’engorgement des structures de soin qui ont pu se consacrer à la prise en charge des patients sévères.

Impact of an antimicrobial stewardship programme to optimize antimicrobial use for outpatients at an emergency department

BACKGROUND

Antimicrobial stewardship programmes (ASPs) have been effective in optimizing antibiotic use for inpatients. However, an emergency department's fast-paced clinical setting can be challenging for a successful ASP.

AIM

In April 2015, an ASP was implemented in our emergency department and we aimed to determine its impact on antimicrobial use for outpatients.

METHODS

This was a single-centre study comparing the quality of antibiotic prescriptions between a one-year period before ASP implementation (November 2012 to October 2013) and a one-year period after its implementation (June 2015 to May 2016). For each period, antimicrobial prescriptions for all adult outpatients (hospitalized for <24h) were evaluated by an infectious disease specialist and an emergency department physician to assess compliance with local prescribing guidelines. Inappropriate prescriptions were then classified.

FINDINGS

Before and after ASP, 34,671 and 35,925 consultations were registered at our emergency department, of which 25,470 and 26,208 were outpatients. Antimicrobials were prescribed in 769 (3.0%) and 580 (2.2%) consultations, respectively (P < 0.0001). There were 484 (62.9%) and 271 (46.7%) (P < 0.0001) instances of non-compliance with guidelines before and after ASP implementation. Non-compliance included unnecessary antimicrobial prescriptions, 197 (25.6%) vs 101 (17.4%) (P<0.0005); inappropriate spectrum, 108 (14.0%) vs 54 (9.3%) (P=0.008); excessive treatment duration, 87 (11.3%) vs 53 (9.1%) (P>0.05); and inappropriate choices, 11 (1.4%) vs 15 (2.6%) (P>0.05).

CONCLUSION

The implementation of an ASP markedly decreased the number of unnecessary antimicrobial prescriptions, but had little impact on most other aspects of inappropriate prescribing.

Time to initiation of antiretroviral therapy in HIV-infected patients diagnosed with an opportunistic disease: a cohort study

OBJECTIVES

The aim of the study was to identify factors associated with the time between opportunistic disease (OD) diagnosis and antiretroviral therapy (ART) initiation in HIV-infected patients presenting for care with an OD, and to evaluate the outcomes associated with any delay.

METHODS

A multicentre cohort study was undertaken in London, Paris and Lille/Tourcoing. The medical records of patients diagnosed from 2002 to 2012 were reviewed.

RESULTS

A total of 437 patients were enrolled in the study: 70% were male, the median age was 40 years, 42% were from sub-Saharan Africa, 68% were heterosexual, the median CD4 count was 40 cells/μL, and the most common ODs were Pneumocystis pneumonia (37%), tuberculosis (24%), toxoplasmosis (12%) and Kaposi's sarcoma (11%). Of these patients, 400 (92%) started ART within 24 weeks after HIV diagnosis, with a median time from OD diagnosis to ART initiation of 30 [interquartile range (IQR) 16-58] days. Patients diagnosed between 2009 and 2012 had a shorter time to ART initiation than those diagnosed in earlier years [hazard ratio (HR) 2.07; 95% confidence interval (CI) 1.58-2.72]. Factors associated with a longer time to ART initiation were a CD4 count ≥ 200 cells/μL (HR 0.30; 95% CI 0.20-0.44), tuberculosis (HR 0.40; 95% CI 0.30-0.55) and diagnosis in London (HR 0.62; 95% CI 0.48-0.80). Patients initiating 'deferred' ART (by ≥ 30 days) exhibited no difference in disease progression or immunovirological response compared with patients who had shorter times to ART initiation. Patients in the 'deferred' group were less likely to have ART modifications (HR 0.69; 95% CI 0.48-1.00) and had shorter in-patient stays (mean 14.2 days shorter; 95% CI 8.9-19.5 days) than patients in the group whose ART was not deferred.

CONCLUSIONS

The time between OD diagnosis and ART initiation remains heterogeneous and relatively long, particularly in individuals with a high CD4 count or tuberculosis or those diagnosed in London. Deferring ART was associated with fewer ART modifications and shorter in-patient stays.

Correlation between postmortem ethanol levels in the blood and the testicle. A computerized study of 633 determinations

This study emphasizes the value of the presence of ethanol in the testicle. It proves particularly useful in cases where blood and urine are no more present in the body. In 633 cases where blood or urine were still available, a highly positive correlation between the blood, alcohol and the amount of alcohol present in the testicle could be demonstrated, thus confirming the research carried out in the Department of Legal Medicine as far back as 1943. An attempt is further made to assess the possible influence of such factors as putrefaction, submersion or post-traumatic anemia on this correlation.