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Alou MT, Ndongo S, Frégère L, Labas N, Andrieu C, Richez M, Couderc C, Baudoin JP, Abrahão J, Brah S, Diallo A, Sokhna C, Cassir N, La Scola B, Cadoret F, Raoult D. Taxonogenomic description of four new Clostridium species isolated from human gut: 'Clostridium amazonitimonense', 'Clostridium merdae', 'Clostridium massilidielmoense' and 'Clostridium nigeriense'. New Microbes New Infect 2017; 21:128-139. [PMID: 29348922 PMCID: PMC5767839 DOI: 10.1016/j.nmni.2017.11.003] [Citation(s) in RCA: 20] [Impact Index Per Article: 2.9] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/18/2017] [Revised: 11/09/2017] [Accepted: 11/16/2017] [Indexed: 12/29/2022] Open
Abstract
Culturomics investigates microbial diversity of the human microbiome by combining diversified culture conditions, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry and 16S rRNA gene identification. The present study allowed identification of four putative new Clostridium sensu stricto species: ‘Clostridium amazonitimonense’ strain LF2T, ‘Clostridium massilidielmoense’ strain MT26T, ‘Clostridium nigeriense’ strain Marseille-P2414T and ‘Clostridium merdae’ strain Marseille-P2953T, which we describe using the concept of taxonogenomics. We describe the main characteristics of each bacterium and present their complete genome sequence and annotation.
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Affiliation(s)
- M T Alou
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - S Ndongo
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - L Frégère
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - N Labas
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - C Andrieu
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - M Richez
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - C Couderc
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - J-P Baudoin
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - J Abrahão
- Laboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
| | - S Brah
- Hopital National de Niamey, BP 247, Niamey, Niger
| | - A Diallo
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France.,Campus Commun UCAD-IRD of Hann, Route des pères Maristes, Hann Maristes, BP 1386, CP 18524, Dakar, Senegal
| | - C Sokhna
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France.,Campus Commun UCAD-IRD of Hann, Route des pères Maristes, Hann Maristes, BP 1386, CP 18524, Dakar, Senegal
| | - N Cassir
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - B La Scola
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - F Cadoret
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France
| | - D Raoult
- Aix-Marseille Université, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Marseille, France.,Special Infectious Agents Unit, King Fahd Medical Research Center, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia
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Cadoret F, Alou MT, Afouda P, Traore IS, Bréchard L, Michelle C, Di Pinto F, Andrieu C, Delerce J, Levasseur A, Fournier PE, Raoult D. Noncontiguous finished genome sequences and description of Bacillus massiliglaciei, Bacillus mediterraneensis, Bacillus massilinigeriensis, Bacillus phocaeensis and Bacillus tuaregi, five new species identified by culturomics. New Microbes New Infect 2017; 19:45-59. [PMID: 28706723 PMCID: PMC5496451 DOI: 10.1016/j.nmni.2017.04.005] [Citation(s) in RCA: 3] [Impact Index Per Article: 0.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/01/2016] [Revised: 04/06/2017] [Accepted: 04/13/2017] [Indexed: 11/02/2022] Open
Abstract
Microbial culturomics, which investigates microbial diversity by combining diversified culture conditions, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry and 16S rDNA identification, allowed to identify five new species within the Bacillus genus. Bacillus massiliglaciei strain Marseille-P2600T, Bacillus mediterraneensis strain Marseille-P2384T, Bacillus massilinigeriensis strain Marseille-P2366T, Bacillus tuaregi strain Marseille-P2489T and Bacillus phocaeensis strain SIT16T are each the type strain of the corresponding bacterial species. These strains, the genomes of which are described here, are facultative anaerobic Gram-positive bacilli. Here, we describe the main characteristics of each bacterium and present their complete genome sequence and annotation.
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Affiliation(s)
- F Cadoret
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - M T Alou
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - P Afouda
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - I S Traore
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - L Bréchard
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - C Michelle
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - F Di Pinto
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - C Andrieu
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - J Delerce
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - A Levasseur
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - P-E Fournier
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - D Raoult
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France.,Special Infectious Agents Unit, King Fahd Medical Research Center, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia
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Guilhot E, Alou MT, Lagier JC, Labas N, Couderc C, Delerce J, Diallo A, Sokhna C, Fournier PE, Raoult D, Khelaifia S. Genome sequence and description of Anaeromassilibacillus senegalensis gen. nov., sp. nov., isolated from the gut of patient with kwashiorkor. New Microbes New Infect 2017; 17:54-64. [PMID: 28289546 PMCID: PMC5338722 DOI: 10.1016/j.nmni.2017.01.009] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 0.7] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/09/2016] [Accepted: 01/23/2017] [Indexed: 10/31/2022] Open
Abstract
Using the culturomics strategy, a wide range of anaerobic bacteria was discovered including Anaeromassilibacillus senegalensis strain mt9T (= CSUR P1511 = DSM 102954), isolated from the gut microbiota of a 1-year-old Senegalese patient with kwashiorkor. This Gram-negative strain is a strictly anaerobic, spore-forming rod motile by a polar flagellum. The 3 511 289 bp long genome of this strain contains 3046 protein-coding and 49 RNA genes, including 45 tRNA and four rRNA genes, and exhibits a G+C content of 52.94%. Here we describe the features of this organism, together with the complete genome sequence and annotation.
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Affiliation(s)
- E Guilhot
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - M T Alou
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - J-C Lagier
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - N Labas
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - C Couderc
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - J Delerce
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - A Diallo
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, Aix-Marseille Université, Marseille, France; Campus Commun UCAD-IRD of Hann, Dakar, Senegal
| | - C Sokhna
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, Aix-Marseille Université, Marseille, France; Campus Commun UCAD-IRD of Hann, Dakar, Senegal
| | - P-E Fournier
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - D Raoult
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, Aix-Marseille Université, Marseille, France; Campus Commun UCAD-IRD of Hann, Dakar, Senegal; Special Infectious Agents Unit, King Fahd Medical Research Center, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia
| | - S Khelaifia
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes IRD 198, CNRS 7278, UM63, INSERM 1095, Aix-Marseille Université, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
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Alou MT, Fournier PE, Raoult D. "Bacillus mediterraneensis," a new bacterial species isolated from human gut microbiota. New Microbes New Infect 2016; 12:86-7. [PMID: 27330818 PMCID: PMC4913182 DOI: 10.1016/j.nmni.2016.05.006] [Citation(s) in RCA: 8] [Impact Index Per Article: 1.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/06/2016] [Revised: 05/10/2016] [Accepted: 05/10/2016] [Indexed: 11/25/2022] Open
Abstract
We present a brief description of “Bacillus mediterraneensis” strain Marseille-P2366T (= CSUR P2366 = DSM 102091), a new species isolated from the gastrointestinal tract of a healthy 13-month-old boy from Senegal.
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Affiliation(s)
- M T Alou
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - P-E Fournier
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France
| | - D Raoult
- Aix-Marseille Université, URMITE, UM63, CNRS7278, IRD198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Marseille, France; Special Infectious Agents Unit, King Fahd Medical Research Center, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia
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