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Lejeune C, Robert-Viard C, Meunier-Beillard N, Borel MA, Gourvès L, Staraci S, Soilly AL, Guillemin F, Seror V, Achit H, Bouctot M, Asensio ML, Briffaut AS, Delmas C, Bruel AL, Benoit A, Simon A, Gerard B, Hadj Abdallah H, Lyonnet S, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Odent S, Heron D, Sanlaville D, Frebourg T, Muller J, Duffourd Y, Boland A, Deleuze JF, Espérou H, Binquet C, Dollfus H. The Economic, Medical and Psychosocial Consequences of Whole Genome Sequencing for the Genetic Diagnosis of Patients With Intellectual Disability: The DEFIDIAG Study Protocol. Front Genet 2022; 13:852472. [PMID: 35444683 PMCID: PMC9013934 DOI: 10.3389/fgene.2022.852472] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 01/11/2022] [Accepted: 03/08/2022] [Indexed: 11/13/2022] Open
Abstract
Introduction: Like other countries, France has invested in a national medical genomics program. Among the four pilot research studies, the DEFIDIAG project focuses on the use of whole genome sequencing (WGS) for patients with intellectual disability (ID), a neurodevelopmental condition affecting 1–3% of the general population but due to a plethora of genes. However, the access to genomic analyses has many potential individual and societal issues in addition to the technical challenges. In order to help decision-makers optimally introduce genomic testing in France, there is a need to identify the socio-economic obstacles and leverages associated with the implementation of WGS. Methods and Analysis: This humanities and social sciences analysis is part of the DEFIDIAG study. The main goal of DEFIDIAG is to compare the percentage of causal genetic diagnoses obtained by trio WGS (including the patient and both parents) (WGST) to the percentage obtained using the minimal reference strategy currently used in France (Fragile-X testing, chromosomal microarray analysis, and gene panel strategy including 44 ID genes) for patients with ID having their first clinical genetics consultation. Additionally, four complementary studies will be conducted. First, a cost-effectiveness analysis will be undertaken in a subsample of 196 patients consulting for the first time for a genetic evaluation; in a blinded fashion, WGST and solo (index case, only) genomic analysis (WGSS) will be compared to the reference strategy. In addition, quantitative studies will be conducted: the first will estimate the cost of the diagnostic odyssey that could potentially be avoidable with first-line WGST in all patients previously investigated in the DEFIDIAG study; the second will estimate changes in follow-up of the patients in the year after the return of the WGST analysis compared to the period before inclusion. Finally, through semi-directive interviews, we will explore the expectations of 60 parents regarding genomic analyses. Discussion: Humanities and social sciences studies can be used to demonstrate the efficiency of WGS and assess the value that families associate with sequencing. These studies are thus expected to clarify trade-offs and to help optimize the implementation of genomic sequencing in France. Ethics Statement: The protocol was approved by the Ethics Committee Sud Méditerranée I (June 2019)—identification number: 2018-A00680-55 and the French data privacy commission (CNIL, authorization 919361). Clinical Trial Registration: (ClinicalTrials.gov), identifier (NCT04154891).
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Affiliation(s)
- Catherine Lejeune
- CHU Dijon Bourgogne, Inserm, Université de Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France.,Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR 1231, EPICAD, Dijon, France
| | - Charley Robert-Viard
- CHU Dijon Bourgogne, Inserm, Université de Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France.,CHU Dijon Bourgogne, Délégation à la Recherche Clinique et à l'Innovation, USMR, Dijon, France
| | - Nicolas Meunier-Beillard
- CHU Dijon Bourgogne, Inserm, Université de Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France.,CHU Dijon Bourgogne, Délégation à la Recherche Clinique et à l'Innovation, USMR, Dijon, France
| | | | - Léna Gourvès
- CHU Dijon Bourgogne, Direction de la Recherche Clinique, Dijon, France
| | - Stéphanie Staraci
- Unité Fonctionnelle de Génétique Médicale et Centre de Référence « Déficiences Intellectuelles de Causes Rares », APHP Sorbonne Université, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière et Hôpital Trousseau, Paris, France
| | - Anne-Laure Soilly
- CHU Dijon Bourgogne, Délégation à la Recherche Clinique et à l'Innovation, USMR, Dijon, France
| | - Francis Guillemin
- CIC1433-Epidémiologie Clinique, Centre Hospitalier Régional et Universitaire, Inserm, Université de Lorraine, Nancy, France
| | - Valerie Seror
- Aix Marseille Univ, IRD, APHM, SSA, VITROME, IHU-Méditerranée Infection, Marseille, France
| | - Hamza Achit
- CIC1433-Epidémiologie Clinique, Centre Hospitalier Régional et Universitaire, Inserm, Université de Lorraine, Nancy, France
| | - Marion Bouctot
- CHU Dijon Bourgogne, Inserm, Université de Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France
| | - Marie-Laure Asensio
- CHU Dijon Bourgogne, Inserm, Université de Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France
| | - Anne-Sophie Briffaut
- CHU Dijon Bourgogne, Inserm, Université de Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France
| | | | - Ange-Line Bruel
- CHU Dijon Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Dévelopment (TRANSLAD), Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, Équipe GAD, Dijon, France
| | - Alexia Benoit
- Laboratoires de Diagnostic Génétique, Institut de Génétique Médicale d'Alsace (IGMA), Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Alban Simon
- Inserm UMRS_1112, Institut de Génétique Médicale d'Alsace, Université de Strasbourg, France et Service de Génétique Médicale Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Bénédicte Gerard
- Laboratoires de Diagnostic Génétique, Institut de Génétique Médicale d'Alsace (IGMA), Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Hamza Hadj Abdallah
- Inserm, IHU Imagine-Institut des Maladies Génétiques, Université Paris Cité, Paris, France.,Fédération de Génétique et Médecine Génomique, Hôpital Necker-Enfants Malades, GHU APHP. Centre-Université Paris Cité, Paris, France
| | - Stanislas Lyonnet
- Inserm, IHU Imagine-Institut des Maladies Génétiques, Université Paris Cité, Paris, France.,Fédération de Génétique et Médecine Génomique, Hôpital Necker-Enfants Malades, GHU APHP. Centre-Université Paris Cité, Paris, France
| | - Laurence Faivre
- CHU Dijon Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Dévelopment (TRANSLAD), Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, Équipe GAD, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- CHU Dijon Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Dévelopment (TRANSLAD), Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, Équipe GAD, Dijon, France
| | - Sylvie Odent
- Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Anomalies du Dévelopment CLAD- Ouest, CNRS, IGDR UMR6290 (Institut de Génétique et Dévelopment de Rennes), ERN ITHACA, Université de Rennes, Rennes, France
| | - Delphine Heron
- Unité Fonctionnelle de Génétique Médicale et Centre de Référence « Déficiences Intellectuelles de Causes Rares », APHP Sorbonne Université, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière et Hôpital Trousseau, Paris, France
| | - Damien Sanlaville
- Hospices Civils de Lyon, GHE, Service de Génétique, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
| | - Thierry Frebourg
- CHU de Rouen, Service de Génétique, Rouen, France.,Inserm, UMR1245, Centre de Génomique et de Médecine Personnalisée, Université de Normandie, Rouen, France
| | - Jean Muller
- Laboratoires de Diagnostic Génétique, Institut de Génétique Médicale d'Alsace (IGMA), Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France.,Inserm UMRS_1112, Institut de Génétique Médicale d'Alsace, Université de Strasbourg, France et Service de Génétique Médicale Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France.,Unité Fonctionnelle de Bioinformatique Médicale Appliquée au Diagnostic (UF7363), Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Yannis Duffourd
- CHU Dijon Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Dévelopment (TRANSLAD), Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, Équipe GAD, Dijon, France
| | - Anne Boland
- CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Université Paris-Saclay, Evry, France
| | - Jean-François Deleuze
- CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Université Paris-Saclay, Evry, France
| | | | - Christine Binquet
- CHU Dijon Bourgogne, Inserm, Université de Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France
| | - Hélène Dollfus
- Inserm UMRS_1112, Institut de Génétique Médicale d'Alsace, Université de Strasbourg, France et Service de Génétique Médicale Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
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Binquet C, Lejeune C, Faivre L, Bouctot M, Asensio ML, Simon A, Deleuze JF, Boland A, Guillemin F, Seror V, Delmas C, Espérou H, Duffourd Y, Lyonnet S, Odent S, Heron D, Sanlaville D, Frebourg T, Gerard B, Dollfus H. Genome Sequencing for Genetics Diagnosis of Patients With Intellectual Disability: The DEFIDIAG Study. Front Genet 2022; 12:766964. [PMID: 35178068 PMCID: PMC8845475 DOI: 10.3389/fgene.2021.766964] [Citation(s) in RCA: 2] [Impact Index Per Article: 1.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/30/2021] [Accepted: 12/28/2021] [Indexed: 12/26/2022] Open
Abstract
Introduction: Intellectual Disability (ID) is the most common cause of referral to pediatric genetic centers, as it affects around 1–3% of the general population and is characterized by a wide genetic heterogeneity. The Genome Sequencing (GS) approach is expected to achieve a higher diagnostic yield than exome sequencing given its wider and more homogenous coverage, and, since theoretically, it can more accurately detect variations in regions traditionally not well captured and identify structural variants, or intergenic/deep intronic putatively pathological events. The decreasing cost of sequencing, the progress in data-management and bioinformatics, prompted us to assess GS efficiency as the first line procedure to identify the molecular diagnosis in patients without obvious ID etiology. This work is being carried out in the framework of the national French initiative for genomic medicine (Plan France Médecine Génomique 2025). Methods and Analysis: This multidisciplinary, prospective diagnostic study will compare the diagnostic yield of GS trio analysis (index case, father, mother) with the French core minimal reference strategy (Fragile-X testing, chromosomal microarray analysis and Gene Panel Strategy of 44 selected ID genes). Both strategies are applied in a blinded fashion, in parallel, in the same population of 1275 ID index cases with no obvious diagnosis (50% not previously investigated). Among them, a subgroup of 196 patients are randomized to undergo GS proband analysis in addition to GS trio analysis plus the French core minimal reference strategy, in order to compare their efficiency. The study also aims to identify the most appropriate strategy according to the clinical presentation of the patients, to evaluate the impact of deployment of GS on the families’ diagnostic odyssey and the modification of their care, and to identify the advantages/difficulties for the patients and their families. Ethics Statement: The protocol was approved by the Ethics Committee Sud Méditerranée I and the French data privacy commission (CNIL, authorization 919361). Trial Registration:ClinicalTrials.gov identifier NCT04154891 (07/11/2019).
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Affiliation(s)
- Christine Binquet
- Inserm, CHU Dijon-Bourgogne, CIC1432-Epidémiologie Clinique, Dijon, France.,CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France
| | - Catherine Lejeune
- Inserm, CHU Dijon-Bourgogne, CIC1432-Epidémiologie Clinique, Dijon, France.,CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France.,Inserm, Université de Bourgogne-Franche-Comté, UMR 1231, EPICAD, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France.,Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, équipe GAD, Dijon, France.,Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Anomalies Du Développement CLAD Est, CHU de Dijon, ERN ITHACA, Dijon, France
| | - Marion Bouctot
- Inserm, CHU Dijon-Bourgogne, CIC1432-Epidémiologie Clinique, Dijon, France
| | | | - Alban Simon
- Service de Génétique Médicale, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Jean-François Deleuze
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Evry, France
| | - Anne Boland
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Evry, France
| | - Francis Guillemin
- CIC1433-Epidémiologie Clinique, Inserm, Centre Hospitalier Régional et Universitaire de Nancy, Université de Lorraine, Nancy, France
| | - Valérie Seror
- Aix Marseille Université, IRD, APHM, SSA, VITROME, IHU-Méditerranée Infection, Marseille, France
| | | | | | - Yannis Duffourd
- CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France.,Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, équipe GAD, Dijon, France
| | - Stanislas Lyonnet
- Université de Paris, INSERM, IHU Imagine-Institut des maladies génétiques, Paris, France.,Fédération de Génétique et Médecine Génomique, GHU APHP.centre-Université de Paris, Hôpital Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Sylvie Odent
- Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Anomalies Du Développement CLAD- Ouest, Université de Rennes, CNRS, IGDR (Institut de Génétique et Développement de Rennes), ERN ITHACA, Rennes, France
| | - Delphine Heron
- Unité Fonctionnelle de Génétique Médicale et Centre de Référence « Déficiences Intellectuelles de Causes Rares », APHP Sorbonne Université, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière et Hôpital Trousseau, Paris, France
| | - Damien Sanlaville
- Hospices Civils de Lyon, GHE, Service de Génétique, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
| | - Thierry Frebourg
- CHU de Rouen, Service de Génétique, Rouen, France.,Inserm, Université de Normandie, UMR1245, Centre de Génomique et de Médecine Personnalisée, Rouen, France
| | - Bénédicte Gerard
- Laboratoires de Diagnostic Génétique, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Hélène Dollfus
- Service de Génétique Médicale, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France.,Inserm UMRS_1112, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Université de Strasbourg, France et CHRU, Strasbourg, France
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