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Domínguez J, Acosta F, Pérez-Lago L, Sambrano D, Batista V, De La Guardia C, Abascal E, Chiner-Oms Á, Comas I, González P, Bravo J, Del Cid P, Rosas S, Muñoz P, Goodridge A, García de Viedma D. Simplified Model to Survey Tuberculosis Transmission in Countries Without Systematic Molecular Epidemiology Programs. Emerg Infect Dis 2019; 25:507-514. [PMID: 30789134 PMCID: PMC6390753 DOI: 10.3201/eid2503.181593] [Citation(s) in RCA: 4] [Impact Index Per Article: 0.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/19/2022] Open
Abstract
Systematic molecular/genomic epidemiology studies for tuberculosis surveillance cannot be implemented in many countries. We selected Panama as a model for an alternative strategy. Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem-repeat (MIRU-VNTR) analysis revealed a high proportion (50%) of Mycobacterium tuberculosis isolates included in 6 clusters (A-F) in 2 provinces (Panama and Colon). Cluster A corresponded to the Beijing sublineage. Whole-genome sequencing (WGS) differentiated clusters due to active recent transmission, with low single-nucleotide polymorphism-based diversity (cluster C), from clusters involving long-term prevalent strains with higher diversity (clusters A, B). Prospective application in Panama of 3 tailored strain-specific PCRs targeting marker single-nucleotide polymorphisms identified from WGS data revealed that 31.4% of incident cases involved strains A-C and that the Beijing strain was highly represented and restricted mainly to Colon. Rational integration of MIRU-VNTR, WGS, and tailored strain-specific PCRs could be a new model for tuberculosis surveillance in countries without molecular/genomic epidemiology programs.
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Affiliation(s)
| | | | - Laura Pérez-Lago
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| | - Dilcia Sambrano
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| | - Victoria Batista
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| | - Prudencio González
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| | - Jaime Bravo
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| | - Pedro Del Cid
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| | - Patricia Muñoz
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