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Da Silva MS, Budaszewski RF, Weber MN, Cibulski SP, Paim WP, Mósena ACS, Canova R, Varela APM, Mayer FQ, Pereira CW, Canal CW. Liver virome of healthy pigs reveals diverse small ssDNA viral genomes. Infect Genet Evol 2020; 81:104203. [PMID: 32035977 DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104203] [Citation(s) in RCA: 15] [Impact Index Per Article: 3.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 11/25/2019] [Revised: 01/08/2020] [Accepted: 01/20/2020] [Indexed: 02/07/2023]
Abstract
Brazil is a major exporter of pork meat worldwide. Swine liver is a common ingredient in food consumed by humans, thus emphasizing the importance of evaluating the presence of associated pathogens in swine liver. To obtain knowledge, this study aimed to provide insights into the viral communities of livers collected from slaughtered pigs from southern Brazil. The 46 livers were processed and submitted for high-throughput sequencing (HTS). The sequences were most closely related to Anelloviridae, Circoviridae and Parvoviridae families. The present work also describes the first Brazilian PCV1 and the first PPV6 and PPV7 from South America. Virus frequencies revelead 63% of samples positive for TTSuV1, 71% for TTSuVk2, 10.8% for PCV, 13% for PPV and 6% for PBov. This report addresses the diversity of the liver virome of healthy pigs and expands the number of viruses detected, further characterizing their genomes to assist future studies.
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Affiliation(s)
- M S Da Silva
- Laboratório de Virologia Veterinária, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brazil
| | - R F Budaszewski
- Laboratório de Virologia Veterinária, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brazil
| | - M N Weber
- Laboratório de Virologia Veterinária, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brazil
| | - S P Cibulski
- Departamento de Biotecnologia, Universidade Federal da Paraíba (UFPB), João Pessoa, Paraíba, Brazil
| | - W P Paim
- Laboratório de Virologia Veterinária, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A C S Mósena
- Laboratório de Virologia Veterinária, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brazil
| | - R Canova
- Laboratório de Virologia Veterinária, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A P M Varela
- Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - F Q Mayer
- Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - C W Pereira
- Secretaria de Agricultura, Pecuária e Desenvolvimento Rural do Estado do Rio Grande do Sul, Brazil
| | - C W Canal
- Laboratório de Virologia Veterinária, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brazil.
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Da Silva MS, Weber MN, Baumbach LF, Cibulski SP, Budaszewski RF, Mósena ACS, Canova R, Varela APM, Mayer FQ, Canal CW. Highly divergent cattle hepacivirus N in Southern Brazil. Arch Virol 2019; 164:3133-3136. [PMID: 31563979 DOI: 10.1007/s00705-019-04419-2] [Citation(s) in RCA: 3] [Impact Index Per Article: 0.6] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 04/26/2019] [Accepted: 08/30/2019] [Indexed: 12/27/2022]
Abstract
The genus Hepacivirus includes 14 species (Hepacivirus A-N). In this study, we determined a partial genome sequence of a highly divergent bovine hepacivirus (hepacivirus N, HNV) isolate from cattle in Southern Brazil. Previously described HNV isolates have shared 80-99.7% nucleotide sequence identity in the NS3 coding region. However, the sequence determined in this study had 72.6% to 73.8% nucleotide sequence identity to known HNV NS3 sequences. This high divergence could be seen in a phylogenetic tree, suggesting that it represents a new genotype of HNV. These data expand our knowledge concerning the genetic variability and evolution of hepaciviruses.
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Affiliation(s)
- M S Da Silva
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária (FAVET), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - M N Weber
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária (FAVET), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - L F Baumbach
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária (FAVET), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - S P Cibulski
- Departamento de Biotecnologia, Universidade Federal da Paraíba (UFPB), João Pessoa, Paraíba, Brazil
| | - R F Budaszewski
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária (FAVET), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A C S Mósena
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária (FAVET), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - R Canova
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária (FAVET), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A P M Varela
- Laboratório de Biologia Molecular-Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - F Q Mayer
- Laboratório de Biologia Molecular-Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - Cláudio W Canal
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária (FAVET), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
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Paim WP, Weber MN, Cibulski SP, da Silva MS, Puhl DE, Budaszewski RF, Varela APM, Mayer FQ, Canal CW. Characterization of the viral genomes present in commercial batches of horse serum obtained by high-throughput sequencing. Biologicals 2019; 61:1-7. [PMID: 31447377 DOI: 10.1016/j.biologicals.2019.08.005] [Citation(s) in RCA: 7] [Impact Index Per Article: 1.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/17/2019] [Revised: 08/19/2019] [Accepted: 08/20/2019] [Indexed: 12/15/2022] Open
Abstract
Horses are often used as blood donors for commercial horse serum (HS) production and to manufacture biologicals. HS is an alternative for fetal bovine serum (FBS) used as a supplement for cell culture and vaccine production. Furthermore, HS is also frequently obtained in order to produce antisera toxins and pathogens. The advent of high-throughput sequencing (HTS) has promoted changes in virus detection, since previous knowledge of targets is not required. Thus, the present study aimed to describe the virome of five different batches of commercial HS from New Zealand (three batches) and Brazil and the United States (one batch each) using HTS. Each HS pool were processed and sequenced using an Illumina MiSeq platform. Sequences-related to viruses belonging to the Flaviviridae, Herpesviridae, and Parvoviridae families were detected. Particularly, equine hepacivirus (EqHV), equine pegivirus (EPgV), and Theiler's disease-associated virus (TDAV) were more frequent found in the batches analyzed. The presence of viral genomes in cell culture sera illustrates that these commercial sera can contain a mixture of different viruses and, therefore, can be regarded as potentially infectious for susceptible hosts. Moreover, the innocuity of commercial HS is important for the efficiency and security of diagnostics and the production of biological products.
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Affiliation(s)
- W P Paim
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal Do Rio Grande Do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul (RS), Brazil
| | - M N Weber
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal Do Rio Grande Do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul (RS), Brazil
| | - S P Cibulski
- Laboratório de Biotecnologia Cellular e Molecular, Centro de Biotecnologia-CBiotec, Universidade Federal da Paraíba (UFPB), Cidade Universitária, João Pessoa, PB, Brazil
| | - M S da Silva
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal Do Rio Grande Do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul (RS), Brazil
| | - D E Puhl
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal Do Rio Grande Do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul (RS), Brazil
| | - R F Budaszewski
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal Do Rio Grande Do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul (RS), Brazil
| | - A P M Varela
- Equipe de Virologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, UFRGS, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - F Q Mayer
- Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária (FEPAGRO), Eldorado Do Sul, RS, Brazil
| | - C W Canal
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal Do Rio Grande Do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul (RS), Brazil.
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da Silva MS, Silveira S, Caron VS, Mósena ACS, Weber MN, Cibulski SP, Medeiros AAR, Silva GS, Corbellini LG, Klein R, Kreutz LC, Frandoloso R, Canal CW. Backyard pigs are a reservoir of zoonotic hepatitis E virus in southern Brazil. Trans R Soc Trop Med Hyg 2019; 112:14-21. [PMID: 29554365 DOI: 10.1093/trstmh/try017] [Citation(s) in RCA: 7] [Impact Index Per Article: 1.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/15/2017] [Accepted: 02/08/2018] [Indexed: 12/27/2022] Open
Abstract
Background Hepatitis E virus (HEV) is the causative agent of acute hepatitis worldwide. There is no seroprevalence study in backyard farms, which are characterized by suboptimal hygienic conditions in Brazil. We aimed to determine the seroprevalence and genetic diversity of HEV in backyard pigs in Brazil. Methods Swine serum samples collected in 2012 (n=731) and 2014 (n=713) were analysed. The presence of anti-HEV immunoglobulin G in pig serum was evaluated by indirect enzyme-linked immunosorbent assay. Reverse transcription polymerase chain reaction was performed and phylogenetic analyses were carried out based on the partial ORF1 and ORF2 coding regions. Results Anti-HEV antibodies were detected in 77.6% (567/731; 95% confidence interval [CI] 74.5 to 90.6%) of serum samples in 2012 and 65.5% (467/713; 95% CI 62.0 to 69.0%) in 2014. The herd seroprevalence was 91.7% (187/204; 95% CI 91% to 99%) in 2012 and 83.7% (164/196; 95% CI 78% to 89%) in 2014. Further, HEV RNA was detected in 0.8% (6/713) of samples from 2014. Phylogenetic analysis showed three different genotype 3 subtypes with high similarity to human HEV strains. Conclusions This study showed that backyard pigs are a reservoir of HEV and alerts us to the need to control infection and spillover from backyard farms. GenBank accession numbers MF438128-MF438135.
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Affiliation(s)
- M S da Silva
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves 9090, CEP 91-540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - S Silveira
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves 9090, CEP 91-540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - V S Caron
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves 9090, CEP 91-540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A C S Mósena
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves 9090, CEP 91-540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - M N Weber
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves 9090, CEP 91-540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - S P Cibulski
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves 9090, CEP 91-540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A A R Medeiros
- Laboratório de Epidemiologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - G S Silva
- Laboratório de Epidemiologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - L G Corbellini
- Laboratório de Epidemiologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - R Klein
- Laboratório de Microbiologia e Imunologia Avançada, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Universidade de Passo Fundo (UPF), Passo Fundo, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - L C Kreutz
- Laboratório de Microbiologia e Imunologia Avançada, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Universidade de Passo Fundo (UPF), Passo Fundo, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - R Frandoloso
- Laboratório de Microbiologia e Imunologia Avançada, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Universidade de Passo Fundo (UPF), Passo Fundo, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - C W Canal
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves 9090, CEP 91-540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
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da Silva MS, Junqueira DM, Baumbach LF, Cibulski SP, Mósena ACS, Weber MN, Silveira S, de Moraes GM, Maia RD, Coimbra VCS, Canal CW. Comprehensive evolutionary and phylogenetic analysis of Hepacivirus N (HNV). J Gen Virol 2018; 99:890-896. [DOI: 10.1099/jgv.0.001082] [Citation(s) in RCA: 9] [Impact Index Per Article: 1.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 12/20/2022] Open
Affiliation(s)
- M. S. da Silva
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves, 9090 - Agronomia, CEP 91540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - D. M. Junqueira
- Centro Universitário Ritter dos Reis – UniRitter, Rua Orfanotrófio, 555 - Santa Tereza, Porto Alegre – RS, CEP 90840-440. Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - L. F. Baumbach
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves, 9090 - Agronomia, CEP 91540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - S. P. Cibulski
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves, 9090 - Agronomia, CEP 91540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A. C. S. Mósena
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves, 9090 - Agronomia, CEP 91540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - M. N. Weber
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves, 9090 - Agronomia, CEP 91540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - S. Silveira
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves, 9090 - Agronomia, CEP 91540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - G. M. de Moraes
- Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, Brasília, Distrito Federal, Brazil
| | - R. D. Maia
- Instituto de Defesa e Inspeção Agropecuária do Rio Grande do Norte (IDIARN), Natal, Rio Grande do Norte, Brazil
| | - V. C. S. Coimbra
- Agência Estadual de Defesa Agropecuária do Maranhão (AGED-MA), São Luís, Maranhão, Brazil
| | - C. W. Canal
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Av. Bento Gonçalves, 9090 - Agronomia, CEP 91540-000, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
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6
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Daudt C, Da Silva FRC, Lunardi M, Alves CBDT, Weber MN, Cibulski SP, Alfieri AF, Alfieri AA, Canal CW. Papillomaviruses in ruminants: An update. Transbound Emerg Dis 2018; 65:1381-1395. [DOI: 10.1111/tbed.12868] [Citation(s) in RCA: 37] [Impact Index Per Article: 6.2] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/31/2017] [Indexed: 02/06/2023]
Affiliation(s)
- C. Daudt
- Laboratório de Virologia Veterinária; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre RS Brazil
- Centro de Ciências Biológicas e da Natureza; Universidade Federal do Acre; Rio Branco AC Brazil
| | - F. R. C. Da Silva
- Laboratório de Virologia Veterinária; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre RS Brazil
- Centro de Ciências Biológicas e da Natureza; Universidade Federal do Acre; Rio Branco AC Brazil
| | - M. Lunardi
- Laboratório de Virologia Animal; Departamento de Medicina Veterinária Preventiva; Universidade Estadual de Londrina; Londrina PR Brazil
- Laboratório de Microbiologia Veterinária; Hospital Escola Veterinário; Universidade de Cuiabá; Várzea Grande MT Brazil
| | - C. B. D. T. Alves
- Laboratório de Virologia Veterinária; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre RS Brazil
| | - M. N. Weber
- Laboratório de Virologia Veterinária; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre RS Brazil
| | - S. P. Cibulski
- Laboratório de Virologia Veterinária; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre RS Brazil
| | - A. F. Alfieri
- Laboratório de Virologia Animal; Departamento de Medicina Veterinária Preventiva; Universidade Estadual de Londrina; Londrina PR Brazil
| | - A. A. Alfieri
- Laboratório de Virologia Animal; Departamento de Medicina Veterinária Preventiva; Universidade Estadual de Londrina; Londrina PR Brazil
- Laboratório Multiusuário em Saúde Animal; Unidade de Biologia Molecular; Universidade Estadual de Londrina; Londrina PR Brazil
| | - C. W. Canal
- Laboratório de Virologia Veterinária; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre RS Brazil
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7
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Mósena ACS, Weber MN, da Cruz RAS, Cibulski SP, da Silva MS, Puhl DE, Hammerschmitt ME, Takeuti KL, Driemeier D, de Barcellos DESN, Canal CW. Presence of atypical porcine pestivirus (APPV) in Brazilian pigs. Transbound Emerg Dis 2017; 65:22-26. [DOI: 10.1111/tbed.12753] [Citation(s) in RCA: 34] [Impact Index Per Article: 4.9] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/29/2017] [Indexed: 12/19/2022]
Affiliation(s)
- A. C. S. Mósena
- Faculdade de Veterinária; Laboratório de Virologia; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - M. N. Weber
- Faculdade de Veterinária; Laboratório de Virologia; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - R. A. S. da Cruz
- Faculdade de Veterinária; Setor de Patologia Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - S. P. Cibulski
- Faculdade de Veterinária; Laboratório de Virologia; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - M. S. da Silva
- Faculdade de Veterinária; Laboratório de Virologia; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - D. E. Puhl
- Faculdade de Veterinária; Laboratório de Virologia; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - M. E. Hammerschmitt
- Faculdade de Veterinária; Setor de Patologia Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - K. L. Takeuti
- Faculdade de Veterinária; Setor de Suínos; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - D. Driemeier
- Faculdade de Veterinária; Setor de Patologia Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - D. E. S. N. de Barcellos
- Faculdade de Veterinária; Setor de Suínos; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
| | - C. W. Canal
- Faculdade de Veterinária; Laboratório de Virologia; Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Brazil
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Maciel ALG, Loiko MR, Bueno TS, Moreira JG, Coppola M, Dalla Costa ER, Schmid KB, Rodrigues RO, Cibulski SP, Bertagnolli AC, Mayer FQ. Tuberculosis in Southern Brazilian wild boars (Sus scrofa): First epidemiological findings. Transbound Emerg Dis 2017; 65:518-526. [PMID: 29076653 DOI: 10.1111/tbed.12734] [Citation(s) in RCA: 20] [Impact Index Per Article: 2.9] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/11/2017] [Indexed: 12/14/2022]
Abstract
Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis caused mainly by Mycobacterium bovis that affects domestic and wild animals. In Brazil, there are no epidemiological studies on tuberculosis in wild animal populations and their possible role in the disease maintenance in cattle herds; thus, the aim of this study was to evaluate the occurrence of tuberculosis in wild boars in Rio Grande do Sul, southern Brazil. Tissue samples of animals hunted under government consent were submitted to histopathology and M. bovis polymerase chain reaction (PCR) as screening tests; the positive samples were subsequently submitted to bacterial isolation, the gold standard diagnosis. Eighty animals were evaluated, of which 27.9% and 31.3% showed histopathological changes and M. bovis genome presence, respectively. Moreover, 23.8% of the animals had at least one organ with isolates classified as Mycobacterium tuberculosis complex (MTC). Three hunting points were risk factors for positive results on screening tests. This study shows the occurrence of tuberculosis in a wild boars' population, and raise the possibility of these animals to play a role as disease reservoirs in southern Brazil. These results may help to improve the Brazilian tuberculosis control programme, as well as elucidate the circulation of mycobacteria in this country.
Collapse
Affiliation(s)
- A L G Maciel
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - M R Loiko
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - T S Bueno
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - J G Moreira
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - M Coppola
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - E R Dalla Costa
- Fundação Estadual de Pesquisa em Saúde, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - K B Schmid
- Fundação Estadual de Pesquisa em Saúde, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - R O Rodrigues
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - S P Cibulski
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - A C Bertagnolli
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
| | - F Q Mayer
- Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brasil
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Tochetto C, Lima DA, Varela APM, Loiko MR, Paim WP, Scheffer CM, Herpich JI, Cerva C, Schmitd C, Cibulski SP, Santos AC, Mayer FQ, Roehe PM. Full-Genome Sequence of Porcine Circovirus type 3 recovered from serum of sows with stillbirths in Brazil. Transbound Emerg Dis 2017; 65:5-9. [PMID: 29027372 DOI: 10.1111/tbed.12735] [Citation(s) in RCA: 104] [Impact Index Per Article: 14.9] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/02/2017] [Indexed: 02/03/2023]
Abstract
Two full-genome sequences of porcine circovirus type 3 (PCV3) are reported. The genomes were recovered from pooled serum samples from sows who had just delivered litters with variable numbers of stillbirths. The two circular genomes (PCV3-BR/RS/6 and PCV3-BR/RS/8) are 2,000 nucleotides long and contain two open reading frames (ORFs) oriented in opposite directions that encode the putative capsid (Cap) and replicase (Rep) proteins. The intergenic region contains a stem-loop motif, as reported for other circoviruses. Rolling circle replication motifs and putative helicase domains were identified in the Rep coding region. The degree of overall nucleotide similarity between the genomes reported here and those available at GenBank was higher than 97%. No PCV3 sequence was detected in pooled serum samples from sows which had no stillbirths on the same farms. However, further studies are necessary to confirm the association between PCV3 and the occurrence of stillbirths.
Collapse
Affiliation(s)
- C Tochetto
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - D A Lima
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - A P M Varela
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - M R Loiko
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - W P Paim
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - C M Scheffer
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - J I Herpich
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - C Cerva
- Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Brazil
| | - C Schmitd
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - S P Cibulski
- Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - A C Santos
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
| | - F Q Mayer
- Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Brazil
| | - P M Roehe
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
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Silveira S, Baumbach LF, Weber MN, Mósena ACS, da Silva MS, Cibulski SP, Borba MR, Maia RD, Coimbra VCS, de Moraes GM, Ridpath JF, Canal CW. HoBi-like is the most prevalent ruminant pestivirus in Northeastern Brazil. Transbound Emerg Dis 2017; 65:e113-e120. [DOI: 10.1111/tbed.12689] [Citation(s) in RCA: 19] [Impact Index Per Article: 2.7] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/12/2017] [Indexed: 12/25/2022]
Affiliation(s)
- S. Silveira
- Laboratório de Virologia; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
| | - L. F. Baumbach
- Laboratório de Virologia; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
| | - M. N. Weber
- Laboratório de Virologia; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
| | - A. C. S. Mósena
- Laboratório de Virologia; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
| | - M. S. da Silva
- Laboratório de Virologia; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
| | - S. P. Cibulski
- Laboratório de Virologia; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
| | - M. R. Borba
- Laboratório de Epidemiologia Veterinária (EPILAB); Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
| | - R. D. Maia
- Instituto de Defesa e Inspeção Agropecuária do Rio Grande do Norte (IDIARN); Natal Rio Grande do Norte Brazil
| | - V. C. S. Coimbra
- Agência Estadual de Defesa Agropecuária do Maranhão (AGED-MA); São Luís Maranhão Brazil
| | - G. M. de Moraes
- Ministério da Agricultura; Pecuária e Abastecimento; Brasília Distrito Federal Brazil
| | - J. F. Ridpath
- Ruminant Diseases and Immunology Unit; National Animal Disease Center/ARS/USDA; Ames IA USA
| | - C. W. Canal
- Laboratório de Virologia; Faculdade de Veterinária; Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS); Porto Alegre Rio Grande do Sul Brazil
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Schmidt C, Cibulski SP, Andrade CP, Teixeira TF, Varela APM, Scheffer CM, Franco AC, de Almeida LL, Roehe PM. Swine Influenza Virus and Association with the Porcine Respiratory Disease Complex in Pig Farms in Southern Brazil. Zoonoses Public Health 2015; 63:234-40. [PMID: 26302164 DOI: 10.1111/zph.12223] [Citation(s) in RCA: 22] [Impact Index Per Article: 2.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 06/08/2015] [Indexed: 11/28/2022]
Abstract
Despite the putative endemic status of swine influenza A virus (swIAV) infections, data on the occurrence of swine influenza outbreaks are scarce in Brazil. The aim of this study was to detect and subtype swIAVs from six outbreaks of porcine respiratory disease complex (PRDC) in southern Brazil. Nasal swabs were collected from 66 piglets with signs of respiratory disease in six herds. Lung tissue samples were collected from six necropsied animals. Virus detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by a real-time reverse transcriptase PCR (rRT-PCR) to detect the A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were determined by multiplex RT-PCR. In lung tissues, the major bacterial and viral pathogens associated with PRDC (Pasteurella multocida, Mycoplasma hyopneumoniae, Actinobacillus pleuropneumoniae, Haemophilus parasuis and PCV2) were investigated. In some affected pigs, clinico-pathological evaluations were conducted. Influenza A was detected by screening PCR in 46 of 66 swab samples and from five of six lungs. Virus was recovered from pigs of all six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in four of six herds and H1N2 in the other two herds. In lung tissues, further agents involved in PRDC were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in five of six samples and Mycoplasma hyopneumoniae in three of six. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. These findings indicate that subtypes A(H1N1)pdm09 and H1N2 were present in pigs in southern Brazil and were associated with PRDC outbreaks.
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Affiliation(s)
- C Schmidt
- Virology Laboratory, Department of Microbiology, Immunology and Parasitology, Institute of Basic Health Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.,Fepagro Animal Health -Institute of Veterinary Research Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - S P Cibulski
- Virology Laboratory, Department of Microbiology, Immunology and Parasitology, Institute of Basic Health Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.,Fepagro Animal Health -Institute of Veterinary Research Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - C P Andrade
- Pathology Laboratory, Department of Clinical Pathology, Faculty of Veterinary Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - T F Teixeira
- Fepagro Animal Health -Institute of Veterinary Research Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A P M Varela
- Fepagro Animal Health -Institute of Veterinary Research Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - C M Scheffer
- Virology Laboratory, Department of Microbiology, Immunology and Parasitology, Institute of Basic Health Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.,Fepagro Animal Health -Institute of Veterinary Research Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - A C Franco
- Virology Laboratory, Department of Microbiology, Immunology and Parasitology, Institute of Basic Health Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - L L de Almeida
- Fepagro Animal Health -Institute of Veterinary Research Desidério Finamor (IPVDF), Eldorado do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil
| | - P M Roehe
- Virology Laboratory, Department of Microbiology, Immunology and Parasitology, Institute of Basic Health Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil
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Moraes ML, Ribeiro AML, Kessler AM, Ledur VS, Fischer MM, Bockor L, Cibulski SP, Gava D. Effect of CLA on performance and immune response of weanling piglets1. J Anim Sci 2012; 90:2590-8. [DOI: 10.2527/jas.2011-4115] [Citation(s) in RCA: 6] [Impact Index Per Article: 0.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/13/2022] Open
Affiliation(s)
- M. L. Moraes
- Departamento de Zootecnia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 91540-000, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - A. M. L. Ribeiro
- Departamento de Zootecnia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 91540-000, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - A. M. Kessler
- Departamento de Zootecnia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 91540-000, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - V. S. Ledur
- Departamento de Zootecnia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 91540-000, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - M. M. Fischer
- Departamento de Zootecnia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 91540-000, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - L. Bockor
- Departamento de Zootecnia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 91540-000, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - S. P. Cibulski
- Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 92990-000, Porto Alegre, RS, Brazil
| | - D. Gava
- Setor de Suínos, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CEP 91540-000, Porto Alegre, RS, Brazil
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Varela APM, Holz CL, Cibulski SP, Teixeira TF, Antunes DA, Franco AC, Roehe LR, Oliveira MT, Campos FS, Dezen D, Cenci A, Brito WD, Roehe PM. Neutralizing antibodies to bovine herpesvirus types 1 (BoHV-1) and 5 (BoHV-5) and its subtypes. Vet Microbiol 2009; 142:254-60. [PMID: 19926411 DOI: 10.1016/j.vetmic.2009.10.016] [Citation(s) in RCA: 21] [Impact Index Per Article: 1.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/17/2009] [Revised: 10/13/2009] [Accepted: 10/16/2009] [Indexed: 10/20/2022]
Abstract
This study was carried out to determine whether the sensitivity of serum neutralization (SN) tests would be affected by the use of distinct subtypes of bovine herpesvirus 1 (BoHV-1) and 5 (BoHV-5) as test challenge viruses. Bovine sera collected from a randomized sample (n=287) were tested in a 24h incubation SN against three type 1 viruses (BoHV-1.1 strains "Los Angeles" (LA) and "EVI 123"; BoHV-1.2a strain "SV 265") and three type 5 viruses (BoHV-5a strain "EVI 88"; BoHV-5b strain "A 663" and BoHV-5c "ISO 97"). SN sensitivity varied greatly depending on the test challenge virus used in the test, particularly when results against each virus were considered individually, where it ranged from 77% (detecting 80 out of 104 antibody-positive sera) with ISO 97 to 91% (95/104) with BoHV-1.1 strain LA. All tests to single viruses revealed a significantly low sensitivity (McNemar's; p<0.05). Maximum sensitivity (104/104) was achieved when positive results to a particular combination of four of the challenge viruses (LA+EVI 123+SV 265+A 663) or some combinations of five viruses (or all six viruses) were added cumulatively. These results provide evidence for no association between any particular virus type/subtype and higher SN sensitivity. In addition, it was clearly shown that when SN is performed with single test challenge viruses, sensitivity can vary so significantly that might compromise control or eradication efforts. Performing SN against a number of different viruses demonstrated to improve significantly the test's sensitivity.
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Affiliation(s)
- A P M Varela
- FEPAGRO Animal Health-Institute for Veterinary Research Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul (RS), Brazil
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