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Afouda P, Ndongo S, Khelaifia S, Labas N, Cadoret F, Di Pinto F, Delerce J, Raoult D, Million M. Noncontiguous finished genome sequence and description of Prevotella phocaeensis sp. nov., a new anaerobic species isolated from human gut infected by Clostridium difficile. New Microbes New Infect 2016; 15:117-127. [PMID: 28070336 PMCID: PMC5219628 DOI: 10.1016/j.nmni.2016.12.013] [Citation(s) in RCA: 7] [Impact Index Per Article: 0.9] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/28/2016] [Accepted: 12/08/2016] [Indexed: 12/19/2022] Open
Abstract
Prevotella phocaeensis sp. nov. strain SN19T (= DSM 103364) is a new species isolated from the gut microbiota of patient with colitis due to Clostridium difficile. Strain SN19T is Gram-negative rod-shaped bacteria, strictly anaerobic, nonmotile and non-endospore forming. The predominance fatty acid is hexadecanoic acid. Its 16S rRNA showed a 97.70% sequence identity with its phylogenetically closest species, Prevotella oralis. The genome is 2 922 117 bp long and contains 2486 predicted genes including 56 RNA genes.
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Affiliation(s)
- P Afouda
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - S Ndongo
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - S Khelaifia
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - N Labas
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - F Cadoret
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - F Di Pinto
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - J Delerce
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
| | - D Raoult
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France; Special Infectious Agents Unit, King Fahd Medical Research Center, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia
| | - M Million
- Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, IRD 198, INSERM 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Faculté de médecine, Aix-Marseille Université, Marseille, France
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