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Baethgen LF, da Veiga ABG, Salvato RS, de Carvalho TG, Rispoli T, Schiefelbein SH, Martins LG, Nunes ZMA, Schaurich AP, Timm LN, Ramos RC, Bastos CGM, Gregianini TS. SARS-CoV-2 laboratory surveillance during the first year of the COVID-19 pandemic in southern Brazil. Rev Soc Bras Med Trop 2023; 56:S0037-86822023000100300. [PMID: 36700597 PMCID: PMC9870280 DOI: 10.1590/0037-8682-0146-2022] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 04/06/2022] [Accepted: 11/08/2022] [Indexed: 01/27/2023] Open
Abstract
BACKGROUND Brazil has one of the highest numbers of COVID-19 cases and deaths. Rio Grande do Sul (RS) in southern Brazil is one of the leading states in terms of case numbers. As part of the national public health network, the State Central Laboratory (LACEN-RS) changed its routine in 2020 to focus on the diagnosis of COVID-19. This study evaluated the laboratory surveillance of COVID-19 suspected cases analyzed at the LACEN-RS in 2020. METHODS Viral detection was performed using RT-qPCR in samples from patients with respiratory infection who met the study criteria. Viral RNA was isolated using commercial manual kits or automated extractors, and SARS-CoV-2 RT-qPCR was performed using the Bio-Manguinhos/Rio de Janeiro, IBMP/Paraná, or Allplex 2019-nCoV assay. In total, 360 representative SARS-CoV-2 samples were sequenced using the Illumina platform. RESULTS In total, 31,197 of 107,578 (positivity rate = 29%) tested positive for SARS-CoV-2. The number of RT-qPCR tests performed per month followed the COVID-19 epidemic curve observed for the state, with peaks in July-August and December. Females accounted for 63% of the samples, whereas the positivity rate was higher among males (33.1% males vs. 26.5% females). The positivity rate was higher in adults aged 50-79 years compared to the overall positivity rate. The majority of cases were observed in the capital, Porto Alegre, and the metropolitan region. Ten distinct lineages were identified, with B.1.1.28, B.1.1.33, and P.2 being the most frequent. CONCLUSIONS Here, we describe laboratory surveillance of COVID-19 to identify priorities for epidemiological surveillance actions in RS.
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Affiliation(s)
- Ludmila Fiorenzano Baethgen
- Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Ana Beatriz Gorini da Veiga
- Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre, Departamento de Ciências Básicas da Saúde - Biologia Molecular, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Richard Steiner Salvato
- Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | | | - Thaiane Rispoli
- Projetos de Cooperação Técnica - Pan American Health Organization/World Health Organization - Secretaria Estadual de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Sun Hee Schiefelbein
- Projetos de Cooperação Técnica - Pan American Health Organization/World Health Organization - Secretaria Estadual de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Letícia Garay Martins
- Centro de Operações de Emergência, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | | | - Zenaida Marion Alves Nunes
- Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Anelise Praetzel Schaurich
- Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Loeci Natalina Timm
- Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Rosane Campanher Ramos
- Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Cynthia Goulart Molina Bastos
- Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
| | - Tatiana Schäffer Gregianini
- Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil.
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