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Zinssmeister C, Soehner S, Kirsch M, Facher E, Sebastian Meier KJ, Keupp H, Gottschling AM. SAME BUT DIFFERENT: TWO NOVEL BICARINATE SPECIES OF EXTANT CALCAREOUS DINOPHYTES (THORACOSPHAERACEAE, PERIDINIALES) FROM THE MEDITERRANEAN SEA(1). J Phycol 2012; 48:1107-1118. [PMID: 27011272 DOI: 10.1111/j.1529-8817.2012.01182.x] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 0.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 06/05/2023]
Abstract
The diversity of extant calcareous dinophytes (Thoracosphaeraceae, Dinophyceae) is currently not sufficiently recorded. The majority of their coccoid stages are cryptotabulate or entirely atabulate, whereas relatively few forms exhibit at least some degree of tabulation more than the archeopyle. A survey of coastal surface sediment samples from the Mediterranean Sea resulted in the isolation and cultivation of several strains of calcareous dinophytes showing a prominent tabulation. We investigated the morphologies of the thecate and the coccoid cells and conducted phylogenetic analyses using Maximum Likelihood and Bayesian approaches. The coccoid cells showed a distinct reflection of the cingulum (and were thus cingulotabulate), whereas thecal morphology corresponded to the widely distributed and species-rich Scrippsiella. As inferred from molecular sequence data (including 81 new GenBank entries), the strains belonged to the Scrippsiella sensu lato clade of the Thoracosphaeraceae and represented two distinct species. Morphological details likewise indicated two distinct species with previously unknown coccoid cells that we describe here as new, namely S. bicarinata spec. nov. and S. kirschiae spec. nov. Cingulotabulation results from the fusion of processes representing the pre- and postcingular plate series in S. bicarinata, whereas the ridges represent sutures between the cingulum and the pre- and postcingular series in S. kirschiae, respectively. Bicarinate cingulotabulation appears homoplasious among calcareous dinophytes, which is further supported by a comparison to similar, but only distantly related fossil forms.
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Affiliation(s)
- Carmen Zinssmeister
- Fachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyFachbereich Geowissenschaften - Fachrichtung Historische Geologie/Paläontologie, Universität Bremen, Klagenfurter Straße, D - 28359 Bremen, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, GermanyInstitut für Geowissenschaften, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Ludewig-Meyn-Str. 10, D - 24118 Kiel, GermanyFachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, Germany
| | - Sylvia Soehner
- Fachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyFachbereich Geowissenschaften - Fachrichtung Historische Geologie/Paläontologie, Universität Bremen, Klagenfurter Straße, D - 28359 Bremen, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, GermanyInstitut für Geowissenschaften, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Ludewig-Meyn-Str. 10, D - 24118 Kiel, GermanyFachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, Germany
| | - Monika Kirsch
- Fachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyFachbereich Geowissenschaften - Fachrichtung Historische Geologie/Paläontologie, Universität Bremen, Klagenfurter Straße, D - 28359 Bremen, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, GermanyInstitut für Geowissenschaften, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Ludewig-Meyn-Str. 10, D - 24118 Kiel, GermanyFachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, Germany
| | - Eva Facher
- Fachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyFachbereich Geowissenschaften - Fachrichtung Historische Geologie/Paläontologie, Universität Bremen, Klagenfurter Straße, D - 28359 Bremen, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, GermanyInstitut für Geowissenschaften, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Ludewig-Meyn-Str. 10, D - 24118 Kiel, GermanyFachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, Germany
| | - K J Sebastian Meier
- Fachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyFachbereich Geowissenschaften - Fachrichtung Historische Geologie/Paläontologie, Universität Bremen, Klagenfurter Straße, D - 28359 Bremen, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, GermanyInstitut für Geowissenschaften, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Ludewig-Meyn-Str. 10, D - 24118 Kiel, GermanyFachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, Germany
| | - Helmut Keupp
- Fachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyFachbereich Geowissenschaften - Fachrichtung Historische Geologie/Paläontologie, Universität Bremen, Klagenfurter Straße, D - 28359 Bremen, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, GermanyInstitut für Geowissenschaften, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Ludewig-Meyn-Str. 10, D - 24118 Kiel, GermanyFachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, Germany
| | - And Marc Gottschling
- Fachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyFachbereich Geowissenschaften - Fachrichtung Historische Geologie/Paläontologie, Universität Bremen, Klagenfurter Straße, D - 28359 Bremen, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, GermanyInstitut für Geowissenschaften, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Ludewig-Meyn-Str. 10, D - 24118 Kiel, GermanyFachbereich Geologische Wissenschaften, Fachrichtung Paläontologie, Freie Universität Berlin, Malteserstraße 74-100, D - 12249 Berlin, GermanyDepartment Biologie, Systematische Botanik und Mykologie, GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, Menzinger Str. 67, D - 80638 München, Germany
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Abstract
• Here, the reliability of published fungal nucleic acid sequences is tested by the critical re-evaluation of 206 named sequences obtained from public-access databases. • Sequences from the ribosomal RNA (rRNA) gene cluster were examined as these are commonly used to establish fungal phylogeny and evolution, and are also increasingly employed in the identification of fungi from nonculture based studies. • Fifty-one rRNA internal transcribed spacer (ITS) sequences were obtained for species of Amanita, 55 ITS sequences were obtained for species of Phoma and 100 rRNA small subunit sequences were obtained from representative genera of the order Helotiales. In each case, the fungal group was selected partly on the basis of sequences deposited by three or more laboratories in order to avoid sample bias. The results suggest that up to 20% of the sequences available for each group may be unreliable, and this proportion is supported by additional informal observations.
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Affiliation(s)
- Paul D Bridge
- School of Biological and Chemical Sciences, Birkbeck College, Malet Street, London WC1E 7HX, UK
- Mycology Section, Royal Botanic Gardens, Kew, Richmond, Surrey TW9 3AB, UK
- Present address, British Antarctic Survey, Natural Environment Research Council, High Cross, Madingley Rd, Cambridge CB3 0ET, UK
| | - Peter J Roberts
- Mycology Section, Royal Botanic Gardens, Kew, Richmond, Surrey TW9 3AB, UK
| | - Brian M Spooner
- Mycology Section, Royal Botanic Gardens, Kew, Richmond, Surrey TW9 3AB, UK
| | - Gita Panchal
- School of Biological and Chemical Sciences, Birkbeck College, Malet Street, London WC1E 7HX, UK
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