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NIANG D, GUEDDOU A, NIANG N, NZEPANG D, SAMBOU A, DIOUF A, ZAIYA AZ, CISSOKO M, GULLY D, NGUEPJOP JR, SVISTOONOFF S, FONCEKA D, HOCHER V, DIOUF D, FALL S, TISA LS. Permanent draft genome sequence of Bradyrhizobium vignae, strain ISRA 400, an elite nitrogen-fixing bacterium, isolated from the groundnut growing area in Senegal. J Genomics 2023; 11:52-57. [PMID: 37915957 PMCID: PMC10615618 DOI: 10.7150/jgen.88302] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/21/2023] [Accepted: 10/12/2023] [Indexed: 11/03/2023] Open
Abstract
A new Bradyrhizobium vignae strain called ISRA400 was isolated from groundnut (Arachis hypogaea L.) root nodules obtained by trapping the bacteria from soil samples collected in the Senegalese groundnut basin. In this study, we present the draft genome sequence of this strain ISRA400, which spans approximatively 7.9 Mbp and exhibits a G+C content of 63.4%. The genome analysis revealed the presence of 48 tRNA genes and one rRNA operon (16S, 23S, and 5S). The nodulation test revealed that this strain ISRA400 significantly improves the nodulation parameters and chlorophyll content of the Arachis hypogaea variety Fleur11. These findings suggest the potential of Bradyrhizobium vignae strain ISRA400 as an effective symbiotic partner for improving the growth and productivity of groundnut crop.
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Affiliation(s)
- Diariatou NIANG
- Université Cheikh Anta Diop (UCAD/FST), Département de Biologie Végétale, École doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement (EDSEV), B.P.: 5005 Dakar-Fann, Senegal
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Laboratoire National de Recherches sur la Productions Végétales (LNRPV), Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
| | - Abdellatif GUEDDOU
- Department of Molecular, Cellular, and Biomedical Sciences, University of New Hampshire, Durham, New Hampshire, USA
| | - Nogaye NIANG
- Université Cheikh Anta Diop (UCAD/FST), Département de Biologie Végétale, École doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement (EDSEV), B.P.: 5005 Dakar-Fann, Senegal
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Laboratoire National de Recherches sur la Productions Végétales (LNRPV), Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
| | - Darius NZEPANG
- Université Cheikh Anta Diop (UCAD/FST), Département de Biologie Végétale, École doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement (EDSEV), B.P.: 5005 Dakar-Fann, Senegal
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Laboratoire National de Recherches sur la Productions Végétales (LNRPV), Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Department of Molecular, Cellular, and Biomedical Sciences, University of New Hampshire, Durham, New Hampshire, USA
| | - Aissatou SAMBOU
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Centre d'Etudes Régional pour l'Amélioration de l'Adaptation à la Sécheresse, CERAAS - Route de Khombole, BP3320 Thiès, Senegal
| | - Adama DIOUF
- Université Cheikh Anta Diop (UCAD/FST), Département de Biologie Végétale, École doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement (EDSEV), B.P.: 5005 Dakar-Fann, Senegal
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
| | - Arlette Z ZAIYA
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Centre d'Etudes Régional pour l'Amélioration de l'Adaptation à la Sécheresse, CERAAS - Route de Khombole, BP3320 Thiès, Senegal
- Present address: Institute of Agricultural Research for Development (IRAD), Yaounde, Cameroon
| | - Maimouna CISSOKO
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR PHIM IRD/INRAE/CIRAD/U.Montpellier/Institut Agro , Montpellier, France
| | - Djamel GULLY
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR PHIM IRD/INRAE/CIRAD/U.Montpellier/Institut Agro , Montpellier, France
| | - Joel-Romaric NGUEPJOP
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Centre d'Etudes Régional pour l'Amélioration de l'Adaptation à la Sécheresse, CERAAS - Route de Khombole, BP3320 Thiès, Senegal
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR PHIM IRD/INRAE/CIRAD/U.Montpellier/Institut Agro , Montpellier, France
- CIRAD, UMRAGAP, CIRAD/Univ Montpellier/ INRAE, Institut Agro, F-34398 Montpellier, France
| | - Sergio SVISTOONOFF
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR PHIM IRD/INRAE/CIRAD/U.Montpellier/Institut Agro , Montpellier, France
| | - Daniel FONCEKA
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Centre d'Etudes Régional pour l'Amélioration de l'Adaptation à la Sécheresse, CERAAS - Route de Khombole, BP3320 Thiès, Senegal
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR PHIM IRD/INRAE/CIRAD/U.Montpellier/Institut Agro , Montpellier, France
- CIRAD, UMRAGAP, CIRAD/Univ Montpellier/ INRAE, Institut Agro, F-34398 Montpellier, France
| | - Valérie HOCHER
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR PHIM IRD/INRAE/CIRAD/U.Montpellier/Institut Agro , Montpellier, France
| | - Diégane DIOUF
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Université du Sine Saloum El Hadj Ibrahima Niass (USSEIN), UFR Sciences sociales et environnementales, Centre d'Excellence Africain "Agriculture pour la Sécurité Alimentaire et Nutritionnelle" (CEA-AGRISAN), Kaolack
| | - Saliou FALL
- Institut Sénégalais de Recherche Agricole (ISRA), Laboratoire National de Recherches sur la Productions Végétales (LNRPV), Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
- Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM: IRD - ISRA - UCAD), B. P. 3120, Campus ISRA-IRD de Bel air, Dakar
| | - Louis S. TISA
- Department of Molecular, Cellular, and Biomedical Sciences, University of New Hampshire, Durham, New Hampshire, USA
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