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Jiménez-Ubieto A, Martín-Muñoz A, Poza M, Dorado S, García-Ortiz A, Revilla E, Sarandeses P, Ruiz-Heredia Y, Baumann T, Rodríguez A, Calbacho M, Sánchez PM, Pina JMS, García-Sancho AM, Figaredo G, Gil-Alós D, Rufián L, Rodríguez M, Carneros L, Martínez-Laperche C, Bastos-Oreiro M, Wang C, Cedena MT, Rapado I, de Toledo P, Gallardo M, Valeri A, Ayala R, Martínez-López J, Barrio S. Corrigendum: Personalized monitoring of circulating tumor DNA with a specific signature of trackable mutations after chimeric antigen receptor T-cell therapy in follicular lymphoma patients. Front Immunol 2024; 14:1349296. [PMID: 38268917 PMCID: PMC10806392 DOI: 10.3389/fimmu.2023.1349296] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/04/2023] [Accepted: 12/21/2023] [Indexed: 01/26/2024] Open
Abstract
[This corrects the article DOI: 10.3389/fimmu.2023.1188818.].
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Affiliation(s)
- Ana Jiménez-Ubieto
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Alejandro Martín-Muñoz
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - María Poza
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Sara Dorado
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
- Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | - Almudena García-Ortiz
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Enrique Revilla
- Departamento de Anatomía Patológica, Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid, Spain
| | - Pilar Sarandeses
- Departamento de Medicina Nuclear, Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid, Spain
| | - Yanira Ruiz-Heredia
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Tycho Baumann
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Antonia Rodríguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - María Calbacho
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Pilar Martínez Sánchez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - José María Sánchez Pina
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | | | - Gloria Figaredo
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Daniel Gil-Alós
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Laura Rufián
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Margarita Rodríguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Laura Carneros
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | | | | | - Chongwu Wang
- Hosea Precision Medical Technology Co., Ltd., Weihai, Shangdong, China
| | - María-Teresa Cedena
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Inmaculada Rapado
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Paula de Toledo
- Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | - Miguel Gallardo
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Antonio Valeri
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Rosa Ayala
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Joaquín Martínez-López
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Santiago Barrio
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
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2
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Jiménez-Ubieto A, Martín-Muñoz A, Poza M, Dorado S, García-Ortiz A, Revilla E, Sarandeses P, Ruiz-Heredia Y, Baumann T, Rodríguez A, Calbacho M, Sánchez PM, Pina JMS, García-Sancho AM, Figaredo G, Rufián L, Rodríguez M, Carneros L, Martínez-Laperche C, Bastos-Oreiro M, Wang C, Cedena MT, Rapado I, de Toledo P, Gallardo M, Valeri A, Ayala R, Martínez-López J, Barrio S. Corrigendum: Personalized monitoring of circulating tumor DNA with a specific signature of trackable mutations after chimeric antigen receptor T-cell therapy in follicular lymphoma patients. Front Immunol 2023; 14:1243241. [PMID: 37662957 PMCID: PMC10469463 DOI: 10.3389/fimmu.2023.1243241] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 06/20/2023] [Accepted: 08/08/2023] [Indexed: 09/05/2023] Open
Abstract
[This corrects the article DOI: 10.3389/fimmu.2023.1188818.].
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Affiliation(s)
- Ana Jiménez-Ubieto
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Alejandro Martín-Muñoz
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - María Poza
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Sara Dorado
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
- Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | - Almudena García-Ortiz
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Enrique Revilla
- Departamento de Anatomía Patológica, Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid, Spain
| | - Pilar Sarandeses
- Departamento de Medicina Nuclear, Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid, Spain
| | - Yanira Ruiz-Heredia
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Tycho Baumann
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Antonia Rodríguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - María Calbacho
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Pilar Martínez Sánchez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - José María Sánchez Pina
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | | | - Gloria Figaredo
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Laura Rufián
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Margarita Rodríguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Laura Carneros
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | | | | | - Chongwu Wang
- Hosea Precision Medical Technology Co., Ltd., Weihai, Shangdong, China
| | - María-Teresa Cedena
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Inmaculada Rapado
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Paula de Toledo
- Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | - Miguel Gallardo
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Antonio Valeri
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Rosa Ayala
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Joaquín Martínez-López
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Santiago Barrio
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
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Figaredo G, Martín-Muñoz A, Barrio S, Parrilla L, Campos-Martín Y, Poza M, Rufián L, Algara P, De La Torre M, Jiménez Ubieto A, Martínez-López J, Casado LF, Mollejo M. Genetic Profiling of Cell-Free DNA in Liquid Biopsies: A Complementary Tool for the Diagnosis of B-Cell Lymphomas and the Surveillance of Measurable Residual Disease. Cancers (Basel) 2023; 15:4022. [PMID: 37627050 PMCID: PMC10452485 DOI: 10.3390/cancers15164022] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/07/2023] [Revised: 07/26/2023] [Accepted: 08/06/2023] [Indexed: 08/27/2023] Open
Abstract
PURPOSE To assess the potential value of LiqBio as a complementary tool for diagnosis and surveillance of BCL. METHODS This prospective multi-center study included 78 patients (25 follicular lymphomas (FL) and 53 large B-cell lymphomas (LBCL)). We performed next-generation sequencing (NGS) of cfDNA LiqBio and paired gDNA tissue biopsies at diagnosis and compared the mutational statuses. Also, through NGS of LiqBio, we identified MRD biomarkers and compared this novel LiqBio-MRD method with PET/CT in detecting MRD at follow-up. RESULTS We identified mutations in 71% of LiqBio and 95% of tissue biopsies, and found a correlation between variant allele frequency of somatic mutations. Additionally, we identified mutations in 73% of LiqBio from patients with no available tissue samples or no mutations in them. Regarding the utility of LiqBio-MRD as a dynamic monitoring tool, when compared with the PET/CT method, a lower sensitivity was observed for LiqBio-MRD at 92.3% (vs. 100% for PET/CT), but a higher specificity of 91.3% (vs. 86.9% for PET/CT). CONCLUSION Genetic profiling of tumor cfDNA in plasma LiqBio is a complementary tool for BCL diagnosis and MRD surveillance.
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Affiliation(s)
- Gloria Figaredo
- Department of Haematology, Hospital Universitario de Toledo, Av. del Río Guadiana, 45007 Toledo, Spain; (L.P.); (M.D.L.T.); (L.-F.C.)
| | - Alejandro Martín-Muñoz
- Altum Sequencing SL, Av. Gregorio Peces Barba, 1, 28919 Madrid, Spain; (A.M.-M.); (S.B.); (L.R.)
| | - Santiago Barrio
- Altum Sequencing SL, Av. Gregorio Peces Barba, 1, 28919 Madrid, Spain; (A.M.-M.); (S.B.); (L.R.)
- Computational Science Department, Carlos III University, Ronda de Toledo, 1, 28005 Madrid, Spain
| | - Laura Parrilla
- Department of Haematology, Hospital Universitario de Toledo, Av. del Río Guadiana, 45007 Toledo, Spain; (L.P.); (M.D.L.T.); (L.-F.C.)
| | - Yolanda Campos-Martín
- Biobank Department, Hospital Universitario de Toledo, Av. del Río Guadiana, 45007 Toledo, Spain;
| | - María Poza
- Haematology Department, Hospital Universitario 12 de Octubre, Avda. de Córdoba, s/n, 28041 Madrid, Spain; (M.P.); (A.J.U.); (J.M.-L.)
| | - Laura Rufián
- Altum Sequencing SL, Av. Gregorio Peces Barba, 1, 28919 Madrid, Spain; (A.M.-M.); (S.B.); (L.R.)
- Haematology Department, Hospital Universitario 12 de Octubre, Avda. de Córdoba, s/n, 28041 Madrid, Spain; (M.P.); (A.J.U.); (J.M.-L.)
| | - Patrocinio Algara
- Genetics Department, Hospital Universitario de Toledo, Av. del Río Guadiana, 45007 Toledo, Spain;
| | - Marina De La Torre
- Department of Haematology, Hospital Universitario de Toledo, Av. del Río Guadiana, 45007 Toledo, Spain; (L.P.); (M.D.L.T.); (L.-F.C.)
| | - Ana Jiménez Ubieto
- Haematology Department, Hospital Universitario 12 de Octubre, Avda. de Córdoba, s/n, 28041 Madrid, Spain; (M.P.); (A.J.U.); (J.M.-L.)
| | - Joaquín Martínez-López
- Haematology Department, Hospital Universitario 12 de Octubre, Avda. de Córdoba, s/n, 28041 Madrid, Spain; (M.P.); (A.J.U.); (J.M.-L.)
| | - Luis-Felipe Casado
- Department of Haematology, Hospital Universitario de Toledo, Av. del Río Guadiana, 45007 Toledo, Spain; (L.P.); (M.D.L.T.); (L.-F.C.)
| | - Manuela Mollejo
- Anatomopathology Department, Hospital Universitario de Toledo, Av. del Río Guadiana, 45007 Toledo, Spain;
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Jiménez-Ubieto A, Martín-Muñoz A, Poza M, Dorado S, García-Ortiz A, Revilla E, Sarandeses P, Ruiz-Heredia Y, Baumann T, Rodríguez A, Calbacho M, Sánchez PM, Pina JMS, García-Sancho AM, Figaredo G, Gil-Alós D, Rufián L, Rodríguez M, Carneros L, Martínez-Laperche C, Bastos-Oreiro M, Wang C, Cedena MT, Rapado I, de Toledo P, Gallardo M, Valeri A, Ayala R, Martínez-López J, Barrio S. Personalized monitoring of circulating tumor DNA with a specific signature of trackable mutations after chimeric antigen receptor T-cell therapy in follicular lymphoma patients. Front Immunol 2023; 14:1188818. [PMID: 37342332 PMCID: PMC10277746 DOI: 10.3389/fimmu.2023.1188818] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/17/2023] [Accepted: 04/26/2023] [Indexed: 06/22/2023] Open
Abstract
Background CART therapy has produced a paradigm shift in the treatment of relapsing FL patients. Strategies to optimize disease surveillance after these therapies are increasingly necessary. This study explores the potential value of ctDNA monitoring with an innovative signature of personalized trackable mutations. Method Eleven FL patients treated with anti-CD19 CAR T-cell therapy were included. One did not respond and was excluded. Genomic profiling was performed before starting lymphodepleting chemotherapy to identify somatic mutations suitable for LiqBio-MRD monitoring. The dynamics of the baseline mutations (4.5 per patient) were further analyzed on 59 cfDNA follow-up samples. PET/CT examinations were performed on days +90, +180, +365, and every six months until disease progression or death. Results After a median follow-up of 36 months, all patients achieved a CR as the best response. Two patients progressed. The most frequently mutated genes were CREBBP, KMT2D and EP300. Simultaneous analysis of ctDNA and PET/CT was available for 18 time-points. When PET/CT was positive, two out of four ctDNA samples were LiqBio-MRD negative. These two negative samples corresponded to women with a unique mesenteric mass in two evaluations and never relapsed. Meanwhile, 14 PET/CT negative images were mutation-free based on our LiqBio-MRD analysis (100%). None of the patients had a negative LiqBio-MRD test by day +7. Interestingly, all durably responding patients had undetectable ctDNA at or around three months after infusion. Two patients presented discordant results by PET/CT and ctDNA levels. No progression was confirmed in these cases. All the progressing patients were LiqBio-MRD positive before progression. Conclusion This is a proof-of-principle for using ctDNA to monitor response to CAR T-cell therapy in FL. Our results confirm that a non-invasive liquid biopsy MRD analysis may correlate with response and could be used to monitor response. Harmonized definitions of ctDNA molecular response and pinpointing the optimal timing for assessing ctDNA responses are necessary for this setting. If using ctDNA analysis, we suggest restricting follow-up PET/CT in CR patients to a clinical suspicion of relapse, to avoid false-positive results.
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Affiliation(s)
- Ana Jiménez-Ubieto
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Alejandro Martín-Muñoz
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - María Poza
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Sara Dorado
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
- Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | - Almudena García-Ortiz
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Enrique Revilla
- Departamento de Anatomía Patológica, Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid, Spain
| | - Pilar Sarandeses
- Departamento de Medicina Nuclear, Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid, Spain
| | - Yanira Ruiz-Heredia
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Tycho Baumann
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Antonia Rodríguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - María Calbacho
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Pilar Martínez Sánchez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - José María Sánchez Pina
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | | | - Gloria Figaredo
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Daniel Gil-Alós
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Laura Rufián
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Margarita Rodríguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Laura Carneros
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | | | | | - Chongwu Wang
- Hosea Precision Medical Technology Co., Ltd., Weihai, Shangdong, China
| | - María-Teresa Cedena
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Inmaculada Rapado
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Paula de Toledo
- Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | - Miguel Gallardo
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Antonio Valeri
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Rosa Ayala
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Joaquín Martínez-López
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Santiago Barrio
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain
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Jiménez-Ubieto A, Poza M, Martin-Muñoz A, Ruiz-Heredia Y, Dorado S, Figaredo G, Rosa-Rosa JM, Rodriguez A, Barcena C, Navamuel LP, Carrillo J, Sanchez R, Rufian L, Juárez A, Rodriguez M, Wang C, de Toledo P, Grande C, Mollejo M, Casado LF, Calbacho M, Baumann T, Rapado I, Gallardo M, Sarandeses P, Ayala R, Martínez-López J, Barrio S. Real-life disease monitoring in follicular lymphoma patients using liquid biopsy ultra-deep sequencing and PET/CT. Leukemia 2023; 37:659-669. [PMID: 36596983 DOI: 10.1038/s41375-022-01803-x] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/31/2022] [Revised: 12/09/2022] [Accepted: 12/19/2022] [Indexed: 01/05/2023]
Abstract
In the present study, we screened 84 Follicular Lymphoma patients for somatic mutations suitable as liquid biopsy MRD biomarkers using a targeted next-generation sequencing (NGS) panel. We found trackable mutations in 95% of the lymph node samples and 80% of the liquid biopsy baseline samples. Then, we used an ultra-deep sequencing approach with 2 · 10-4 sensitivity (LiqBio-MRD) to track those mutations on 151 follow-up liquid biopsy samples from 54 treated patients. Positive LiqBio-MRD at first-line therapy correlated with a higher risk of progression both at the interim evaluation (HRINT 11.0, 95% CI 2.10-57.7, p = 0.005) and at the end of treatment (HREOT, HR 19.1, 95% CI 4.10-89.4, p < 0.001). Similar results were observed by PET/CT Deauville score, with a median PFS of 19 months vs. NR (p < 0.001) at the interim and 13 months vs. NR (p < 0.001) at EOT. LiqBio-MRD and PET/CT combined identified the patients that progressed in less than two years with 88% sensitivity and 100% specificity. Our results demonstrate that LiqBio-MRD is a robust and non-invasive approach, complementary to metabolic imaging, for identifying FL patients at high risk of failure during the treatment and should be considered in future response-adapted clinical trials.
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Affiliation(s)
- Ana Jiménez-Ubieto
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain.
| | - María Poza
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | | | - Yanira Ruiz-Heredia
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain.,Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Sara Dorado
- Altum sequencing Co., Madrid, Spain.,Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | | | - Juan Manuel Rosa-Rosa
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Antonia Rodriguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Carmen Barcena
- Hospital Universitario 12 de Octubre, Departamento de Anatomía Patológica, Madrid, Spain
| | | | | | - Ricardo Sanchez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain.,Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Laura Rufian
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain.,Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Alexandra Juárez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain.,Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Margarita Rodriguez
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain.,Altum sequencing Co., Madrid, Spain
| | - Chongwu Wang
- Hosea Precision Medical Technology Co., Ltd., Weihai, Shangdong, China
| | - Paula de Toledo
- Computational Science Department, Carlos III University, Madrid, Spain
| | | | | | | | - María Calbacho
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Tycho Baumann
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Inmaculada Rapado
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Miguel Gallardo
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain.,H12O-CNIO Haematological Malignancies Clinical Research Unit, CNIO, Madrid, Spain
| | - Pilar Sarandeses
- Hospital Universitario 12 de Octubre, Departamento de Medicina Nuclear, Madrid, Spain
| | - Rosa Ayala
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Joaquín Martínez-López
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain
| | - Santiago Barrio
- Department of Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), CNIO, CIBERONC, Madrid, Spain. .,Altum sequencing Co., Madrid, Spain.
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