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Gómez-Vecino A, Corchado-Cobos R, Blanco-Gómez A, García-Sancha N, Castillo-Lluva S, Martín-García A, Mendiburu-Eliçabe M, Prieto C, Ruiz-Pinto S, Pita G, Velasco-Ruiz A, Patino-Alonso C, Galindo-Villardón P, Vera-Pedrosa ML, Jalife J, Mao JH, Macías de Plasencia G, Castellanos-Martín A, Sáez-Freire MDM, Fraile-Martín S, Rodrigues-Teixeira T, García-Macías C, Galvis-Jiménez JM, García-Sánchez A, Isidoro-García M, Fuentes M, García-Cenador MB, García-Criado FJ, García-Hernández JL, Hernández-García MÁ, Cruz-Hernández JJ, Rodríguez-Sánchez CA, García-Sancho AM, Pérez-López E, Pérez-Martínez A, Gutiérrez-Larraya F, Cartón AJ, García-Sáenz JÁ, Patiño-García A, Martín M, Alonso-Gordoa T, Vulsteke C, Croes L, Hatse S, Van Brussel T, Lambrechts D, Wildiers H, Chang H, Holgado-Madruga M, González-Neira A, Sánchez PL, Pérez Losada J. Intermediate Molecular Phenotypes to Identify Genetic Markers of Anthracycline-Induced Cardiotoxicity Risk. Cells 2023; 12:1956. [PMID: 37566035 PMCID: PMC10417374 DOI: 10.3390/cells12151956] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 04/17/2023] [Revised: 07/14/2023] [Accepted: 07/21/2023] [Indexed: 08/12/2023] Open
Abstract
Cardiotoxicity due to anthracyclines (CDA) affects cancer patients, but we cannot predict who may suffer from this complication. CDA is a complex trait with a polygenic component that is mainly unidentified. We propose that levels of intermediate molecular phenotypes (IMPs) in the myocardium associated with histopathological damage could explain CDA susceptibility, so variants of genes encoding these IMPs could identify patients susceptible to this complication. Thus, a genetically heterogeneous cohort of mice (n = 165) generated by backcrossing were treated with doxorubicin and docetaxel. We quantified heart fibrosis using an Ariol slide scanner and intramyocardial levels of IMPs using multiplex bead arrays and QPCR. We identified quantitative trait loci linked to IMPs (ipQTLs) and cdaQTLs via linkage analysis. In three cancer patient cohorts, CDA was quantified using echocardiography or Cardiac Magnetic Resonance. CDA behaves as a complex trait in the mouse cohort. IMP levels in the myocardium were associated with CDA. ipQTLs integrated into genetic models with cdaQTLs account for more CDA phenotypic variation than that explained by cda-QTLs alone. Allelic forms of genes encoding IMPs associated with CDA in mice, including AKT1, MAPK14, MAPK8, STAT3, CAS3, and TP53, are genetic determinants of CDA in patients. Two genetic risk scores for pediatric patients (n = 71) and women with breast cancer (n = 420) were generated using machine-learning Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) regression. Thus, IMPs associated with heart damage identify genetic markers of CDA risk, thereby allowing more personalized patient management.
Collapse
Affiliation(s)
- Aurora Gómez-Vecino
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | - Roberto Corchado-Cobos
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | - Adrián Blanco-Gómez
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | - Natalia García-Sancha
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | - Sonia Castillo-Lluva
- Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, Facultad de Ciencias Químicas, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain;
- Instituto de Investigaciones Sanitarias San Carlos (IdISSC), 24040 Madrid, Spain
| | - Ana Martín-García
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Servicio de Cardiología, Hospital Universitario de Salamanca, Universidad de Salamanca (CIBER.CV), 37007 Salamanca, Spain
| | - Marina Mendiburu-Eliçabe
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | - Carlos Prieto
- Servicio de Bioinformática, Nucleus, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain;
| | - Sara Ruiz-Pinto
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029 Madrid, Spain; (S.R.-P.); (G.P.); (A.V.-R.)
| | - Guillermo Pita
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029 Madrid, Spain; (S.R.-P.); (G.P.); (A.V.-R.)
| | - Alejandro Velasco-Ruiz
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029 Madrid, Spain; (S.R.-P.); (G.P.); (A.V.-R.)
| | - Carmen Patino-Alonso
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Estadística, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - Purificación Galindo-Villardón
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Estadística, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
- Escuela Superior Politécnica del Litoral, ESPOL, Centro de Estudios e Investigaciones Estadísticas, Campus Gustavo Galindo, Km. 30.5 Via Perimetral, Guayaquil P.O. Box 09-01-5863, Ecuador
| | | | - José Jalife
- Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares (CNIC) Carlos III, 28029 Madrid, Spain; (M.L.V.-P.); (J.J.)
| | - Jian-Hua Mao
- Biological Systems and Engineering Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA 94720, USA;
- Berkeley Biomedical Data Science Center, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA 92720, USA
| | - Guillermo Macías de Plasencia
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Servicio de Cardiología, Hospital Universitario de Salamanca, Universidad de Salamanca (CIBER.CV), 37007 Salamanca, Spain
| | - Andrés Castellanos-Martín
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | - María del Mar Sáez-Freire
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | - Susana Fraile-Martín
- Servicio de Patología Molecular Comparada, Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain; (S.F.-M.); (T.R.-T.); (C.G.-M.)
| | - Telmo Rodrigues-Teixeira
- Servicio de Patología Molecular Comparada, Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain; (S.F.-M.); (T.R.-T.); (C.G.-M.)
| | - Carmen García-Macías
- Servicio de Patología Molecular Comparada, Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain; (S.F.-M.); (T.R.-T.); (C.G.-M.)
| | - Julie Milena Galvis-Jiménez
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Instituto Nacional de Cancerología de Colombia, Bogotá 111511-110411001, Colombia
| | - Asunción García-Sánchez
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Servicio de Bioquímica Clínica, Hospital Universitario de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - María Isidoro-García
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Servicio de Bioquímica Clínica, Hospital Universitario de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - Manuel Fuentes
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
- Unidad de Proteómica y Servicio General de Citometría de Flujo, Nucleus, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - María Begoña García-Cenador
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Cirugía, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - Francisco Javier García-Criado
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Cirugía, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - Juan Luis García-Hernández
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
| | | | - Juan Jesús Cruz-Hernández
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
- Servicio de Oncología, Hospital Universitario de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - César Augusto Rodríguez-Sánchez
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
- Servicio de Oncología, Hospital Universitario de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - Alejandro Martín García-Sancho
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Servicio de Hematología, Hospital Universitario de Salamanca, CIBERONC, 37007 Salamanca, Spain;
| | - Estefanía Pérez-López
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Servicio de Hematología, Hospital Universitario de Salamanca, CIBERONC, 37007 Salamanca, Spain;
| | - Antonio Pérez-Martínez
- Department of Paediatric Hemato-Oncology, Hospital Universitario La Paz, 28046 Madrid, Spain;
| | - Federico Gutiérrez-Larraya
- Department of Paediatric Cardiology, Hospital Universitario La Paz, 28046 Madrid, Spain; (F.G.-L.); (A.J.C.)
| | - Antonio J. Cartón
- Department of Paediatric Cardiology, Hospital Universitario La Paz, 28046 Madrid, Spain; (F.G.-L.); (A.J.C.)
| | - José Ángel García-Sáenz
- Medical Oncology Service, Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Clínico San Carlos (IdISSC), Hospital Clínico San Carlos, 28040 Madrid, Spain;
| | - Ana Patiño-García
- Department of Pediatrics, Solid Tumor Program, Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA), Universidad de Navarra, IdisNA, 31008 Pamplona, Spain;
| | - Miguel Martín
- Department of Medicine, Gregorio Marañón Health Research Institute (IISGM), Centro de Investigación Biomédica en Red Oncológica (CIBERONC), Universidad Complutense, 28007 Madrid, Spain;
| | - Teresa Alonso-Gordoa
- Department of Medical Oncology, Hospital Universitario Ramón y Cajal, 28034 Madrid, Spain;
| | - Christof Vulsteke
- Department of Molecular Imaging, Pathology, Radiotherapy and Oncology (MIPRO), Center for Oncological Research (CORE), Antwerp University, 2610 Antwerp, Belgium; (C.V.); (L.C.)
- Department of Oncology, Integrated Cancer Center in Ghent, AZ Maria Middelares, 9000 Ghent, Belgium
| | - Lieselot Croes
- Department of Molecular Imaging, Pathology, Radiotherapy and Oncology (MIPRO), Center for Oncological Research (CORE), Antwerp University, 2610 Antwerp, Belgium; (C.V.); (L.C.)
- Department of Oncology, Integrated Cancer Center in Ghent, AZ Maria Middelares, 9000 Ghent, Belgium
| | - Sigrid Hatse
- Laboratory of Experimental Oncology (LEO), Department of Oncology, Department of General Medical Oncology, University Hospitals Leuven, Leuven Cancer Institute, Katholieke Universiteit (KU) Leuven, 3000 Leuven, Belgium;
| | - Thomas Van Brussel
- VIB Center for Cancer Biology, VIB, 3000 Leuven, Belgium; (T.V.B.); (D.L.)
- Laboratory of Translational Genetics, Department of Human Genetics, Katholieke Universiteit (KU) Leuven, 3000 Leuven, Belgium
| | - Diether Lambrechts
- VIB Center for Cancer Biology, VIB, 3000 Leuven, Belgium; (T.V.B.); (D.L.)
- Laboratory of Translational Genetics, Department of Human Genetics, Katholieke Universiteit (KU) Leuven, 3000 Leuven, Belgium
| | - Hans Wildiers
- Department of General Medical Oncology and Multidisciplinary Breast Unit, Leuven Cancer Institute, and Laboratory of Experimental Oncology (LEO), Department of Oncology, Leuven Cancer Institute and University Hospital Leuven, Katholieke Universiteit (KU) Leuven, 3000 Leuven, Belgium;
| | - Hang Chang
- Biological Systems and Engineering Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA 94720, USA;
- Berkeley Biomedical Data Science Center, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA 92720, USA
| | - Marina Holgado-Madruga
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
- Departamento de Fisiología y Farmacología, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
- Instituto de Neurociencias de Castilla y León (INCyL), 37007 Salamanca, Spain
| | - Anna González-Neira
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029 Madrid, Spain; (S.R.-P.); (G.P.); (A.V.-R.)
| | - Pedro L. Sánchez
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Servicio de Cardiología, Hospital Universitario de Salamanca, Universidad de Salamanca (CIBER.CV), 37007 Salamanca, Spain
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, 37007 Salamanca, Spain
| | - Jesús Pérez Losada
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, 37007 Salamanca, Spain; (A.G.-V.); (R.C.-C.); (A.B.-G.); (N.G.-S.); (M.M.-E.); (A.C.-M.); (M.d.M.S.-F.); (J.M.G.-J.); (M.F.); (J.L.G.-H.); (J.J.C.-H.); (C.A.R.-S.); (A.M.G.-S.); (E.P.-L.)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), 37007 Salamanca, Spain; (A.M.-G.); (C.P.-A.); (P.G.-V.); (G.M.d.P.); (A.G.-S.); (M.I.-G.); (M.B.G.-C.); (F.J.G.-C.)
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Gómez-Vecino A, Corchado-Cobos R, Blanco-Gómez A, García-Sancha N, Castillo-Lluva S, Martín-García A, Mendiburu-Eliçabe M, Prieto C, Ruiz-Pinto S, Pita G, Velasco-Ruiz A, Patino-Alonso C, Galindo-Villardón P, Vera-Pedrosa ML, Jalife J, Mao JH, de Plasencia GM, Castellanos-Martín A, Freire MDMS, Fraile-Martín S, Rodrigues-Teixeira T, García-Macías C, Galvis-Jiménez JM, García-Sánchez A, Isidoro-García M, Fuentes M, García-Cenador MB, García-Criado FJ, García JL, Hernández-García MÁ, Hernández JJC, Rodríguez-Sánchez CA, Martín-Ruiz A, Pérez-López E, Pérez-Martínez A, Gutiérrez-Larraya F, Cartón AJ, García-Sáenz JÁ, Patiño-García A, Martín M, Gordoa TA, Vulsteke C, Croes L, Hatse S, Brussel TV, Lambrechts D, Wildiers H, Hang C, Holgado-Madruga M, González-Neira A, Sánchez PL, Losada JP. Intermediate molecular phenotypes to identify genetic markers of anthracycline-induced cardiotoxicity risk. bioRxiv 2023:2023.01.05.522844. [PMID: 36712139 PMCID: PMC9881971 DOI: 10.1101/2023.01.05.522844] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Grants] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 06/18/2023]
Abstract
Cardiotoxicity due to anthracyclines (CDA) affects cancer patients, but we cannot predict who may suffer from this complication. CDA is a complex disease whose polygenic component is mainly unidentified. We propose that levels of intermediate molecular phenotypes in the myocardium associated with histopathological damage could explain CDA susceptibility; so that variants of genes encoding these intermediate molecular phenotypes could identify patients susceptible to this complication. A genetically heterogeneous cohort of mice generated by backcrossing (N = 165) was treated with doxorubicin and docetaxel. Cardiac histopathological damage was measured by fibrosis and cardiomyocyte size by an Ariol slide scanner. We determine intramyocardial levels of intermediate molecular phenotypes of CDA associated with histopathological damage and quantitative trait loci (ipQTLs) linked to them. These ipQTLs seem to contribute to the missing heritability of CDA because they improve the heritability explained by QTL directly linked to CDA (cda-QTLs) through genetic models. Genes encoding these molecular subphenotypes were evaluated as genetic markers of CDA in three cancer patient cohorts (N = 517) whose cardiac damage was quantified by echocardiography or Cardiac Magnetic Resonance. Many SNPs associated with CDA were found using genetic models. LASSO multivariate regression identified two risk score models, one for pediatric cancer patients and the other for women with breast cancer. Molecular intermediate phenotypes associated with heart damage can identify genetic markers of CDA risk, thereby allowing a more personalized patient management. A similar strategy could be applied to identify genetic markers of other complex trait diseases.
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Affiliation(s)
- Aurora Gómez-Vecino
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | - Roberto Corchado-Cobos
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | - Adrián Blanco-Gómez
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | - Natalia García-Sancha
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | - Sonia Castillo-Lluva
- Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, Facultad de Ciencias Químicas, Universidad Complutense, Madrid, 28040, Spain
- Instituto de Investigaciones Sanitarias San Carlos (IdISSC), Madrid, Spain
| | - Ana Martín-García
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Cardiología, Hospital Universitario de Salamanca, Universidad de Salamanca, and CIBER.CV, Salamanca, 37007, Spain
| | - Marina Mendiburu-Eliçabe
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | - Carlos Prieto
- Servicio de Bioinformática, Nucleus, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - Sara Ruiz-Pinto
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029, Spain
| | - Guillermo Pita
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029, Spain
| | - Alejandro Velasco-Ruiz
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029, Spain
| | - Carmen Patino-Alonso
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Estadística, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain; and Centro de Investigación Institucional (CII). Universidad Bernardo O’Higgins, 1497. Santiago, Chile
| | - Purificación Galindo-Villardón
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Estadística, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain; and Centro de Investigación Institucional (CII). Universidad Bernardo O’Higgins, 1497. Santiago, Chile
| | | | - José Jalife
- Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares (CNIC) Carlos III, Madrid, 28029, Spain
| | - Jian-Hua Mao
- Biological Systems and Engineering Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA, USA
- Berkeley Biomedical Data Science Center, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA, USA
| | - Guillermo Macías de Plasencia
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Cardiología, Hospital Universitario de Salamanca, Universidad de Salamanca, and CIBER.CV, Salamanca, 37007, Spain
| | - Andrés Castellanos-Martín
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | - María del Mar Sáez Freire
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | - Susana Fraile-Martín
- Servicio de Patología Molecular Comparada, Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - Telmo Rodrigues-Teixeira
- Servicio de Patología Molecular Comparada, Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - Carmen García-Macías
- Servicio de Patología Molecular Comparada, Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - Julie Milena Galvis-Jiménez
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Instituto Nacional de Cancerología de Colombia, Bogotá D. C., Colombia
| | - Asunción García-Sánchez
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Bioquímica Clínica, Hospital Universitario de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - María Isidoro-García
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Bioquímica Clínica, Hospital Universitario de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - Manuel Fuentes
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
- Unidad de Proteómica y Servicio General de Citometría de Flujo, Nucleus, Universidad de Salamanca, 37007, Spain
| | - María Begoña García-Cenador
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Cirugía, Universidad de Salamanca. Salamanca, 37007, Spain
| | - Francisco Javier García-Criado
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Cirugía, Universidad de Salamanca. Salamanca, 37007, Spain
| | - Juan Luis García
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
| | | | - Juan Jesús Cruz Hernández
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Oncología, Hospital Universitario de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - César Augusto Rodríguez-Sánchez
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Oncología, Hospital Universitario de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - Alejandro Martín-Ruiz
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Hematología, Hospital Universitario de Salamanca, CIBERONC, Salamanca, 37007, Spain
| | - Estefanía Pérez-López
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Hematología, Hospital Universitario de Salamanca, CIBERONC, Salamanca, 37007, Spain
| | - Antonio Pérez-Martínez
- Department of Paediatric Hemato-Oncology, Hospital Universitario La Paz, Madrid, 28046, Spain
| | | | - Antonio J. Cartón
- Department of Paediatric Hemato-Oncology, Hospital Universitario La Paz, Madrid, 28046, Spain
| | - José Ángel García-Sáenz
- Medical Oncology Service, Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Clínico San Carlos (IdISSC), Hospital Clínico San Carlos, Madrid, 28040, Spain
| | - Ana Patiño-García
- Department of Pediatrics, University Clinic of Navarra, Solid Tumor Program, CIMA, Universidad de Navarra, IdisNA, Pamplona, 31008, Spain
| | - Miguel Martín
- Gregorio Marañón Health Research Institute (IISGM), CIBERONC, Department of Medicine, Universidad Complutense, Madrid, 28007, Spain
| | - Teresa Alonso Gordoa
- Department of Medical Oncology, Hospital Universitario Ramón y Cajal, Madrid, 28034, Spain
| | - Christof Vulsteke
- Department of Molecular Imaging, Pathology, Radiotherapy and Oncology (MIPRO), Center for Oncological Research (CORE), Antwerp University, Antwerp, Belgium
- Department of Oncology, Integrated Cancer Center in Ghent, AZ Maria Middelares, Ghent, Belgium
| | - Lieselot Croes
- Department of Molecular Imaging, Pathology, Radiotherapy and Oncology (MIPRO), Center for Oncological Research (CORE), Antwerp University, Antwerp, Belgium
- Department of Oncology, Integrated Cancer Center in Ghent, AZ Maria Middelares, Ghent, Belgium
| | - Sigrid Hatse
- Laboratory of Experimental Oncology (LEO), Department of Oncology, KU Leuven, and Department of General Medical Oncology, University Hospitals Leuven, Leuven Cancer Institute, Leuven, Belgium
| | - Thomas Van Brussel
- VIB Center for Cancer Biology, VIB, Leuven, Belgium
- Laboratory of Translational Genetics, Department of Human Genetics, KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium
| | - Diether Lambrechts
- VIB Center for Cancer Biology, VIB, Leuven, Belgium
- Laboratory of Translational Genetics, Department of Human Genetics, KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium
| | - Hans Wildiers
- Department of General Medical Oncology and Multidisciplinary Breast Centre, University Hospitals Leuven, Leuven Cancer Institute, and Laboratory of Experimental Oncology (LEO), Department of Oncology, KU Leuven, Leuven, Belgium
| | - Chang Hang
- Biological Systems and Engineering Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA, USA
- Berkeley Biomedical Data Science Center, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA, USA
| | - Marina Holgado-Madruga
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Fisiología y Farmacología, Universidad de Salamanca, 37007, Salamanca. Spain
- Instituto de Neurociencias de Castilla y León (INCyL), Salamanca, 37007, Spain
| | - Anna González-Neira
- Human Genotyping Unit-CeGen, Human Cancer Genetics Programme, Spanish National Cancer Research Centre (CNIO), 28029, Spain
| | - Pedro L Sánchez
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
- Servicio de Cardiología, Hospital Universitario de Salamanca, Universidad de Salamanca, and CIBER.CV, Salamanca, 37007, Spain
- Departamento de Medicina, Universidad de Salamanca, Salamanca, 37007, Spain
| | - Jesús Pérez Losada
- Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer (IBMCC-CIC), Universidad de Salamanca/CSIC, Salamanca, 37007, Spain
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Salamanca (IBSAL), Salamanca, 37007, Spain
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