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Rocha CFD, Militão CM, Vrcibradic D, Van Sluys M, Pereira-Ribeiro J, Dias EJR, Marra RV, Bergallo HG, Winck GR, Galdino CAB, Cunha-Barros M, Kiefer MC, Telles FBS, Almeida-Santos P, Hatano FH, Menezes VA, Siqueira CC, Miranda JP, Maia-Carneiro T, Oliveira JCF. A summary of reptile and anuran amphibian species from Brazilian sandy coastal plains: 31 years of sampling efforts of the "Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Universidade do Estado do Rio de Janeiro". BRAZ J BIOL 2021; 81:1144-1165. [PMID: 33111929 DOI: 10.1590/1519-6984.229617] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/05/2019] [Accepted: 04/21/2020] [Indexed: 11/22/2022] Open
Abstract
Although currently there is already a set of studies regarding ecological aspects of some particular reptile and amphibian species living in Brazilian sandy coastal plains (including the so-called "restinga" and "campo nativo" habitats), there is comparatively few information on the species composition usually associated to these environments. During 31 years (1988-2019) of herpetological studies carried out in sandy coastal plains environments by our research team of the Laboratory of Vertebrate Ecology (Department of Ecology, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, in Rio de Janeiro Brazil) we have surveyed reptile and amphibian communities and performed different studies with similar methods in 70 sites from 10 different states along the Brazilian coast. Our surveys resulted in records of 87 species of reptile (five turtles, two crocodylians, six amphisbaenians, 36 lizards and 39 snakes) from 24 families, and 77 species of anuran amphibians from nine families. We have studied multiple natural history topics for anurans and reptiles which resulted in the publication of some specific ecological studies, especially regarding some species, encompassing population and community ecology, foraging and feeding habits, species activity, thermoregulation, reproduction, use of microhabitats, and parasitism by ecto and endoparasites. Our results along these three decades have also contributed for the description of four new lizard species (Ameivula nativo, Glaucomastix littoralis, G. abaetensis and G. itabaianensis). Our studies constitute an important contribution to the knowledge of the ecology of anuran amphibians and reptiles in these ecosystems, as well as to the conservation of sandy coastal plains environment. The checklist presented in this study, based on our records of sandy coastal plains herpetofauna, provides for many localities along the Brazilian coast, the needed knowledge on species occurrence, including the presence of endemic and/or endangered species, which can be of value for many conservation actions.
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Affiliation(s)
- C F D Rocha
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - C M Militão
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - D Vrcibradic
- Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro - UNIRIO, Instituto de Biociências, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - M Van Sluys
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - J Pereira-Ribeiro
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - E J R Dias
- Universidade Federal de Sergipe - UFS,Laboratório de Biologia e Ecologia de Vertebrados, Departamento de Biociências, Itabaiana, SE, Brasil
| | - R V Marra
- Grupo de Apoio Técnico Especializado - GATE, Ministério Público do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - H G Bergallo
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - G R Winck
- Université Grenoble Alpes, Laboratoire d'Ecologie Alpine, Grenoble, France
| | - C A B Galdino
- Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais - PUCMG, Programa de Pós-graduação em Biologia de Vertebrados, Belo Horizonte, MG, Brasil
| | - M Cunha-Barros
- Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ, Departamento de Ecologia, Instituto de Biologia, Laboratório de Ecologia Aplicada, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - M C Kiefer
- Universidade Federal Fluminense - UFF, Departamento de Biologia Geral, Instituto de Biologia, Niterói, RJ, Brasil
| | - F B S Telles
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - P Almeida-Santos
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - F H Hatano
- Universidade Federal Rural da Amazônia - UFRA, Instituto Socioambiental e dos Recursos Hídricos, Belém, PA, Brasil
| | - V A Menezes
- Fundação Centro Universitário Estadual da Zona Oeste - UEZO, Unidade de Biologia, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - C C Siqueira
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - J P Miranda
- Universidade Federal do Maranhão - UFMA, Centro de Ciências Agrárias e Ambientais, Laboratório de Herpetologia, Chapadinha, MA, Brasil
| | - T Maia-Carneiro
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
| | - J C F Oliveira
- Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ, Instituto de Biologia Roberto de Alcantara Gomes, Departamento de Ecologia, Laboratório de Ecologia de Vertebrados, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
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Carvalho FMS, Oliveira JCF, Laia ML, Jacob TR, Ferreira RM, Ferro MIT, Tezza RID, Zingaretti SM, Silva CF, Ferro JA. Mapping and validation of Xanthomonas citri subsp citri genes regulated by putative plant-inducible promoter box (PIP-box). Genet Mol Res 2016; 15:gmr8428. [PMID: 27173329 DOI: 10.4238/gmr.15028428] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/03/2022]
Abstract
Citrus canker, caused by the Gram-negative bacterium Xanthomonas citri subsp citri (Xac), is a major disease affecting citriculture worldwide, because of the susceptibility of the host and the lack of efficient control methods. Previous studies have reported that some genes of phytopathogenic bacteria possess a consensus nucleotide sequence (TTCGC...N15...TTCGC) designated the "plant-inducible-promoter box" (PIP box) located in the promoter region, which is responsible for activating the expression of pathogenicity and virulence factors when the pathogen is in contact with the host plant. In this study, we mapped and investigated the expression of 104 Xac genes associated with the PIP box sequences using a macroarray analysis. Xac gene expression was observed during in vitro (Xac grown for 12 or 20 h in XAM1 induction medium) or in vivo (bacteria grown in orange leaves for 3 to 5 days) infection conditions. Xac grown in non-induction NB liquid medium was used as the control. cDNA was isolated from bacteria grown under the different conditions and hybridized to the macroarray, and 32 genes differentially expressed during the infection period (in vitro or in vivo induction) were identified. The macroarray results were validated for some of the genes through semi-quantitative RT-PCR, and the functionality of the PIP box-containing promoter was demonstrated by activating b-glucuronidase reporter gene activity by the PIP box-containing promoter region during Xac-citrus host interaction.
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Affiliation(s)
- F M S Carvalho
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil.,Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, Brasil
| | - J C F Oliveira
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil.,Departamento de Ciências Biológicas, Universidade Federal de São Paulo, Diadema, SP, Brasil
| | - M L Laia
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil.,Departamento de Engenharia Florestal, Faculdade de Ciências Agrárias, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, Diamantina, MG, Brasil
| | - T R Jacob
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil.,Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, Brasil
| | - R M Ferreira
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil
| | - M I T Ferro
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil
| | - R I D Tezza
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil.,Centro de Recursos Biológicos e Biologia Genômica
| | - S M Zingaretti
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil.,Unidade de Biotecnologia, Universidade de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brasil
| | - C F Silva
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil
| | - J A Ferro
- Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular, Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, SP, Brasil.,Centro de Recursos Biológicos e Biologia Genômica
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