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Amigo J, Rama-Garda R, Bello X, Sobrino B, de Blas J, Martín-Ortega M, Jessop TC, Carracedo Á, Loza MIG, Domínguez E. tagFinder: A Novel Tag Analysis Methodology That Enables Detection of Molecules from DNA-Encoded Chemical Libraries. SLAS Discov 2018; 23:397-404. [PMID: 29361864 DOI: 10.1177/2472555217753840] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 0.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 12/29/2022]
Abstract
Available tools to analyze sequencing data coming from DNA-encoded chemical libraries (DELs) are often limited to in-house methods, which usually rely on strictly looking for the particular DEL structure used. Current methods do not take into account technological errors, such as library codification and sequencing errors, when detecting the sequences. The vast amount of data produced by next-generation sequencing of DEL screens is usually enough to extract the minimum information needed for compound identification. Here, we report a methodology to deconvolute encoding oligonucleotides, thus optimizing the sequencing power regardless of the library size, design complexity, or sequencing technology chosen. tagFinder is a highly flexible tool for fast tag detection and thorough DEL results characterization, which requires minimal hardware resources, scales linearly, and does not introduce any analytical error. The methodology can even deal with sequencing errors and PCR duplicates on single- or double-stranded DNA, enhancing the analytical detection and quantification of molecules and the informativeness of the entire process. Source code is available at https://github.com/jamigo/tagFinder .
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Affiliation(s)
- Jorge Amigo
- 1 Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), Servizo Galego de Saúde (SERGAS), Instituto de Investigaciones Sanitarias (IDIS), A Coruña, Spain
| | | | - Xabier Bello
- 1 Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), Servizo Galego de Saúde (SERGAS), Instituto de Investigaciones Sanitarias (IDIS), A Coruña, Spain
| | - Beatriz Sobrino
- 1 Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), Servizo Galego de Saúde (SERGAS), Instituto de Investigaciones Sanitarias (IDIS), A Coruña, Spain
| | | | | | | | - Ángel Carracedo
- 1 Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (FPGMX), Servizo Galego de Saúde (SERGAS), Instituto de Investigaciones Sanitarias (IDIS), A Coruña, Spain
| | - María Isabel García Loza
- 2 BioFarma, Universidad de Santiago de Compostela (USC), Centro Singular de Investigación en Medicina Molecular y Enfermedades Crónicas (CIMUS), A Coruña, Spain
| | - Eduardo Domínguez
- 2 BioFarma, Universidad de Santiago de Compostela (USC), Centro Singular de Investigación en Medicina Molecular y Enfermedades Crónicas (CIMUS), A Coruña, Spain
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Fernández de la Pradilla R, Castro S, Manzano P, Martín-Ortega M, Priego J, Viso A, Rodríguez A, Fonseca I. Highly Stereoselective Nucleophilic Epoxidation of Simple Vinyl Sulfoxides. J Org Chem 1998. [DOI: 10.1021/jo972358s] [Citation(s) in RCA: 16] [Impact Index Per Article: 0.6] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/29/2022]
Affiliation(s)
- Roberto Fernández de la Pradilla
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
| | - Sonia Castro
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
| | - Pilar Manzano
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
| | - María Martín-Ortega
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
| | - Julián Priego
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
| | - Alma Viso
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
| | - Ana Rodríguez
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
| | - Isabel Fonseca
- Instituto de Química Orgánica, CSIC, Juan de la Cierva, 3, 28006 Madrid, Spain, Departamento de Química Orgánica I, Facultad de Química, Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain, and Departamento de Cristalografía, Instituto de Química-Física Rocasolano, CSIC, Serrano 119, 28006 Madrid, Spain
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