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Torres C, Mojsiejczuk L, Acuña D, Alexay S, Amadio A, Aulicino P, Debat H, Fay F, Fernández F, Giri AA, Goya S, König G, Lucero H, Nabaes Jodar M, Pianciola L, Sfalcin JA, Acevedo RM, Bengoa Luoni S, Bolatti EM, Brusés B, Cacciabue M, Casal PE, Cerri A, Chouhy D, Dus Santos MJ, Eberhardt MF, Fernandez A, Fernández PDC, Fernández Do Porto D, Formichelli L, Gismondi MI, Irazoqui M, Campos ML, Lusso S, Marquez N, Muñoz M, Mussin J, Natale M, Oria G, Pisano MB, Posner V, Puebla A, Re V, Sosa E, Villanova GV, Zaiat J, Zunino S, Acevedo ME, Acosta J, Alvarez Lopez C, Álvarez ML, Angeleri P, Angelletti A, Arca M, Ayala NA, Barbas G, Bertone A, Bonnet A, Bourlot I, Cabassi V, Castello A, Castro G, Cavatorta AL, Ceriani C, Cimmino C, Cipelli J, Colmeiro M, Cordero A, Cristina C, Di Bella S, Dolcini G, Ercole R, Espasandin Y, Espul C, Falaschi A, Fernandez Moll F, Foussal MD, Gatelli A, Goñi S, Jofré ME, Jaramillo J, Labarta N, Lacaze MA, Larreche R, Leiva V, Levin G, Luczak E, Mandile M, Marino G, Massone C, Mazzeo M, Medina C, Monaco B, Montoto L, Mugna V, Musto A, Nadalich V, Nieto MV, Ojeda G, Piedrabuena AC, Pintos C, Pozzati M, Rahhal M, Rechimont C, Remes Lenicov F, Rompato G, Seery V, Siri L, Spina J, Streitenberger C, Suárez A, Suárez J, Sujansky P, Talia JM, Theaux C, Thomas G, Ticeira M, Tittarelli E, Toro R, Uez O, Zaffanella MB, Ziehm C, Zubieta M. Cost-Effective Method to Perform SARS-CoV-2 Variant Surveillance: Detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in Argentina. Front Med (Lausanne) 2021; 8:755463. [PMID: 34957143 PMCID: PMC8703000 DOI: 10.3389/fmed.2021.755463] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 1.7] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/08/2021] [Accepted: 11/02/2021] [Indexed: 11/23/2022] Open
Abstract
SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics have emerged since the end of 2020. Surveillance of SARS-CoV-2 variants was performed on a total of 4,851 samples from the capital city and 10 provinces of Argentina, during 51 epidemiological weeks (EWs) that covered the end of the first wave and the ongoing second wave of the COVID-19 pandemic in the country (EW 44/2020 to EW 41/2021). The surveillance strategy was mainly based on Sanger sequencing of a Spike coding region that allows the identification of signature mutations associated with variants. In addition, whole-genome sequences were obtained from 637 samples. The main variants found were Gamma and Lambda, and to a lesser extent, Alpha, Zeta, and Epsilon, and more recently, Delta. Whereas, Gamma dominated in different regions of the country, both Gamma and Lambda prevailed in the most populated area, the metropolitan region of Buenos Aires. The lineages that circulated on the first wave were replaced by emergent variants in a term of a few weeks. At the end of the ongoing second wave, Delta began to be detected, replacing Gamma and Lambda. This scenario is consistent with the Latin American variant landscape, so far characterized by a concurrent increase in Delta circulation and a stabilization in the number of cases. The cost-effective surveillance protocol presented here allowed for a rapid response in a resource-limited setting, added information on the expansion of Lambda in South America, and contributed to the implementation of public health measures to control the disease spread in Argentina.
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Affiliation(s)
- Carolina Torres
- Facultad de Farmacia y Bioquímica, Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM), Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
| | - Laura Mojsiejczuk
- Facultad de Farmacia y Bioquímica, Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM), Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
| | - Dolores Acuña
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Sofía Alexay
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Ariel Amadio
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (IDICAL) INTA-CONICET, Rafaela, Argentina
| | - Paula Aulicino
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus, Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan”, Buenos Aires, Argentina
| | - Humberto Debat
- Instituto de Patología Vegetal – Centro de Investigaciones Agropecuarias – Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (IPAVE-CIAP-INTA), Córdoba, Argentina
| | | | - Franco Fernández
- Instituto de Patología Vegetal – Centro de Investigaciones Agropecuarias – Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (IPAVE-CIAP-INTA), Córdoba, Argentina
| | - Adriana A. Giri
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario CONICET, Rosario, Argentina
| | - Stephanie Goya
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Guido König
- Instituto de Biotecnología/Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular INTA-CONICET, Hurlingham, Argentina
| | - Horacio Lucero
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Resistencia, Argentina
| | - Mercedes Nabaes Jodar
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Luis Pianciola
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Neuquén, Argentina
| | | | - Raúl M. Acevedo
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Botánica del Nordeste, Universidad Nacional del Nordeste-CONICET, Resistencia, Argentina
| | - Sofía Bengoa Luoni
- Instituto de Biotecnología/Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular INTA-CONICET, Hurlingham, Argentina
| | - Elisa M. Bolatti
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario CONICET, Rosario, Argentina
| | - Bettina Brusés
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Resistencia, Argentina
| | - Marco Cacciabue
- Instituto de Biotecnología/Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular INTA-CONICET, Hurlingham, Argentina
| | - Pablo E. Casal
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario CONICET, Rosario, Argentina
| | - Agustina Cerri
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario CONICET, Rosario, Argentina
| | - Diego Chouhy
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Grupo Virología Humana, Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario CONICET, Rosario, Argentina
| | - María José Dus Santos
- Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas INTA-CONICET, Hurlingham, Argentina
- Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID- Universidad Nacional de Hurlingham, Hurlingham, Argentina
| | - María Florencia Eberhardt
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (IDICAL) INTA-CONICET, Rafaela, Argentina
| | - Ailen Fernandez
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Neuquén, Argentina
| | - Paula del Carmen Fernández
- Instituto de Biotecnología/Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular INTA-CONICET, Hurlingham, Argentina
| | - Darío Fernández Do Porto
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Cálculo, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
| | - Laura Formichelli
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Resistencia, Argentina
| | - María Inés Gismondi
- CIBIC Laboratorio, Rosario, Argentina
- Departamento de Ciencias Básicas, Universidad Nacional de Luján, Luján, Argentina
| | - Matías Irazoqui
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (IDICAL) INTA-CONICET, Rafaela, Argentina
| | - Melina Lorenzini Campos
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Resistencia, Argentina
| | - Silvina Lusso
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Nathalie Marquez
- Instituto de Patología Vegetal – Centro de Investigaciones Agropecuarias – Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (IPAVE-CIAP-INTA), Córdoba, Argentina
| | - Marianne Muñoz
- Unidad de Genómica del Instituto de Biotecnología/Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular, INTA-CONICET, Hurlingham, Argentina
| | - Javier Mussin
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Resistencia, Argentina
| | - Mónica Natale
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Griselda Oria
- Instituto de Medicina Regional, Universidad Nacional del Nordeste, Resistencia, Argentina
| | - María Belén Pisano
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella”, Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina
| | - Victoria Posner
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas, Universidad Nacional de Rosario, Rosario, Argentina
| | - Andrea Puebla
- Unidad de Genómica del Instituto de Biotecnología/Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular, INTA-CONICET, Hurlingham, Argentina
| | - Viviana Re
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella”, Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina
| | - Ezequiel Sosa
- Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (IQUIBICEN), CONICET, Ciudad Universitaria, Buenos Aires, Argentina
| | - Gabriela V. Villanova
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Buenos Aires, Argentina
- Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas, Universidad Nacional de Rosario, Rosario, Argentina
| | - Jonathan Zaiat
- Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (IQUIBICEN), CONICET, Ciudad Universitaria, Buenos Aires, Argentina
| | - Sebastián Zunino
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Neuquén, Argentina
- Laboratorio de Virología Molecular, Hospital Blas L. Dubarry, Mercedes, Argentina
| | - María Elina Acevedo
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Julián Acosta
- Centro de Tecnología en Salud Pública, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas, Universidad Nacional de Rosario, Rosario, Argentina
| | - Cristina Alvarez Lopez
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - María Laura Álvarez
- Laboratorio del Hospital Zonal Dr. Ramón Carrillo, San Carlos de Bariloche, Argentina
| | - Patricia Angeleri
- Comité Operativo de Emergencia COVID, Ministerio de Salud de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
| | - Andrés Angelletti
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina
- Laboratorio de Virología, HIEAyC “San Juan de Dios”, La Plata, Argentina
| | - Manuel Arca
- Laboratorio de Virología del Hospital JJ Urquiza, Concepción del Uruguay, Argentina
| | - Natalia A. Ayala
- Laboratorio Central de Salud Pública del Chaco, Resistencia, Argentina
| | - Gabriela Barbas
- Secretaria de Prevención y Promoción, Ministerio de Salud de la Provincia de Córdoba, Córdoba, Argentina
| | - Ana Bertone
- Laboratorio de la Dirección de Epidemiología, Santa Rosa, Argentina
| | - Agustina Bonnet
- Laboratorio de Virología del Hospital JJ Urquiza, Concepción del Uruguay, Argentina
| | - Ignacio Bourlot
- Laboratorio de Biología Molecular del Hospital Centenario, Gualeguaychú, Argentina
| | - Victoria Cabassi
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina
| | - Alejandro Castello
- Unidad de Emergencia COVID-19, Plataforma de Servicios Biotecnológicos, Universidad Nacional de Quilmes, Bernal, Argentina
| | - Gonzalo Castro
- Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba, Ministerio de Salud la Provincia de Córdoba, Córdoba, Argentina
| | - Ana Laura Cavatorta
- Centro de Tecnología en Salud Pública, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas, Universidad Nacional de Rosario, Rosario, Argentina
| | - Carolina Ceriani
- Laboratorio de Virología, Facultad de Veterinaria, Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
| | - Carlos Cimmino
- Instituto Nacional de Epidemiología “Dr. Jara”, Mar del Plata, Argentina
| | - Julián Cipelli
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - María Colmeiro
- Laboratorio de Virología, HIEAyC “San Juan de Dios”, La Plata, Argentina
| | - Andrés Cordero
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina
| | - Carolina Cristina
- Centro de Investigaciones Básicas y Aplicadas, Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires, Junín, Argentina
| | - Sofia Di Bella
- Laboratorio de Virología, HIEAyC “San Juan de Dios”, La Plata, Argentina
| | - Guillermina Dolcini
- Laboratorio de Virología, Facultad de Veterinaria, Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
| | - Regina Ercole
- Laboratorio de Virología, HIEAyC “San Juan de Dios”, La Plata, Argentina
| | - Yesica Espasandin
- Laboratorio del Hospital Zonal Dr. Ramón Carrillo, San Carlos de Bariloche, Argentina
| | - Carlos Espul
- Dirección de Epidemiología y Red de Laboratorios del Ministerio de Salud de la Provincia de Mendoza, Mendoza, Argentina
| | - Andrea Falaschi
- Dirección de Epidemiología y Red de Laboratorios del Ministerio de Salud de la Provincia de Mendoza, Mendoza, Argentina
| | - Facundo Fernandez Moll
- Centro de Investigaciones Básicas y Aplicadas, Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires, Junín, Argentina
| | - María Delia Foussal
- Servicio de Inmunología, Hospital Dr. Julio C Perrando, Resistencia, Argentina
| | - Andrea Gatelli
- Laboratorio de Virología, HIEAyC “San Juan de Dios”, La Plata, Argentina
| | - Sandra Goñi
- Unidad de Emergencia COVID-19, Plataforma de Servicios Biotecnológicos, Universidad Nacional de Quilmes, Bernal, Argentina
| | | | - José Jaramillo
- Laboratorio de Virología Molecular, Hospital Blas L. Dubarry, Mercedes, Argentina
| | - Natalia Labarta
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - María Agustina Lacaze
- Programa Laboratorio de Salud Pública “Dr Dalmiro Pérez Laborda”, Ministerio de Salud de la Provincia de San Luis, San Luis, Argentina
| | - Rocio Larreche
- Laboratorio de Biología Molecular Bolívar, LABBO, Bolívar, Argentina
| | | | - Gustavo Levin
- Laboratorio de Biología Molecular del Hospital Centenario, Gualeguaychú, Argentina
| | - Erica Luczak
- Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos “Evita”, Lanús, Argentina
| | - Marcelo Mandile
- Unidad de Emergencia COVID-19, Plataforma de Servicios Biotecnológicos, Universidad Nacional de Quilmes, Bernal, Argentina
| | - Gioia Marino
- Laboratorio Pediátrico Avelino Castelán, Resistencia, Argentina
| | - Carla Massone
- Laboratorio de Virología Molecular, Hospital Blas L. Dubarry, Mercedes, Argentina
| | - Melina Mazzeo
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Neuquén, Argentina
| | - Carla Medina
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Belén Monaco
- Laboratorio de Virología Molecular, Hospital Blas L. Dubarry, Mercedes, Argentina
| | - Luciana Montoto
- Laboratorio de Biología Molecular Hospital Pedro de Elizalde, Buenos Aires, Argentina
| | | | | | - Victoria Nadalich
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina
| | - María Victoria Nieto
- Laboratorio de Virología, Facultad de Veterinaria, Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
| | | | - Andrea C. Piedrabuena
- Servicio de Microbiología, Hospital 4 de Junio, Presidencia Roque Saenz Peña, Argentina
| | - Carolina Pintos
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Neuquén, Argentina
| | - Marcia Pozzati
- Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Cosme Argerich, Buenos Aires, Argentina
| | - Marilina Rahhal
- Laboratorio de Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner, Florencio Varela, Argentina
| | | | - Federico Remes Lenicov
- Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida, CONICET-UBA, Buenos Aires, Argentina
| | | | - Vanesa Seery
- Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida, CONICET-UBA, Buenos Aires, Argentina
| | - Leticia Siri
- Laboratorio de Biología Molecular del Hospital Centenario, Gualeguaychú, Argentina
| | - Julieta Spina
- Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Dr. Héctor Cura, Olavarría, Argentina
| | - Cintia Streitenberger
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Ariel Suárez
- Departamento de Biología y Genética Molecular; IACA Laboratorios, Bahía Blanca, Argentina
| | - Jorgelina Suárez
- Centro de Investigaciones Básicas y Aplicadas, Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires, Junín, Argentina
| | - Paula Sujansky
- Comité Operativo de Emergencia COVID, Ministerio de Salud de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
| | - Juan Manuel Talia
- Programa Laboratorio de Salud Pública “Dr Dalmiro Pérez Laborda”, Ministerio de Salud de la Provincia de San Luis, San Luis, Argentina
| | - Clara Theaux
- Laboratorio de Biología Molecular del Hospital General de Agudos Dr. Carlos G. Durand, Buenos Aires, Argentina
| | - Guillermo Thomas
- Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez, Buenos Aires, Argentina
| | - Marina Ticeira
- Laboratorio de Biología Molecular Bolívar, LABBO, Bolívar, Argentina
| | - Estefanía Tittarelli
- Departamento de Biología y Genética Molecular; IACA Laboratorios, Bahía Blanca, Argentina
| | - Rosana Toro
- Laboratorio de Salud Pública, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina
| | - Osvaldo Uez
- Instituto Nacional de Epidemiología “Dr. Jara”, Mar del Plata, Argentina
| | | | - Cecilia Ziehm
- Laboratorio Central Ciudad de Neuquén, Ministerio de Salud, Neuquén, Argentina
| | - Martin Zubieta
- Laboratorio de Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner, Florencio Varela, Argentina
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Collapse
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