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Corrêa IA, Faffe DS, Galliez RM, Gonçalves CCA, Maia RA, da Silva GP, Moreira FRR, Mariani D, Campos MF, Leitão IDC, de Souza MR, Cunha MS, Nascimento ÉRDS, Ribeiro LDJ, da Cruz TFC, Policarpo C, Gonzales L, Rodgers MA, Berg M, Vijesurier R, Cloherty GA, Hackett J, Ferreira ODC, Castiñeiras TMPP, Tanuri A, da Costa LJ. A SARS-CoV-2 Negative Antigen Rapid Diagnostic in RT-qPCR Positive Samples Correlates With a Low Likelihood of Infectious Viruses in the Nasopharynx. Front Microbiol 2022; 13:912138. [PMID: 35966714 PMCID: PMC9364907 DOI: 10.3389/fmicb.2022.912138] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Grants] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 04/04/2022] [Accepted: 05/31/2022] [Indexed: 11/13/2022] Open
Abstract
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-CoV-2) transmission occurs even among fully vaccinated individuals; thus, prompt identification of infected patients is central to control viral circulation. Antigen rapid diagnostic tests (Ag-RDTs) are highly specific, but sensitivity is variable. Discordant RT-qPCR vs. Ag-RDT results are reported, raising the question of whether negative Ag-RDT in positive RT-qPCR samples could imply the absence of infectious viruses. To study the relationship between negative Ag-RDT results with virological, molecular, and serological parameters, we selected a cross-sectional and a follow-up dataset and analyzed virus culture, subgenomic RNA quantification, and sequencing to determine infectious viruses and mutations. We demonstrated that RT-qPCR positive while SARS-CoV-2 Ag-RDT negative discordant results correlate with the absence of infectious virus in nasopharyngeal samples. A decrease in sgRNA detection together with an expected increase in detectable anti-S and anti-N IgGs was also verified in these samples. The data clearly demonstrate that a negative Ag-RDT sample is less likely to harbor infectious SARS-CoV-2 and, consequently, has a lower transmissible potential.
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Affiliation(s)
- Isadora Alonso Corrêa
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Débora Souza Faffe
- Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Rafael Mello Galliez
- Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | | | - Richard Araújo Maia
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Gustavo Peixoto da Silva
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Filipe Romero Rebello Moreira
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Diana Mariani
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Mariana Freire Campos
- Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Isabela de Carvalho Leitão
- Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Marcos Romário de Souza
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Marcela Sabino Cunha
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | | | - Liane de Jesus Ribeiro
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Thais Felix Cordeiro da Cruz
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Cintia Policarpo
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Luis Gonzales
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
| | | | - Michael Berg
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
| | | | | | - John Hackett
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
| | - Orlando da Costa Ferreira
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | | | - Amilcar Tanuri
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
| | - Luciana Jesus da Costa
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
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