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Becquart P, Bohou Kombila L, Mebaley TN, Paupy C, Garcia D, Nesi N, Olive MM, Vanhomwegen J, Boundenga L, Mombo IM, Piro-Mégy C, Fritz M, Lenguiya LH, Ar Gouilh M, Leroy EM, N’Dilimabaka N, Cêtre-Sossah C, Maganga GD. Evidence for circulation of Rift Valley fever virus in wildlife and domestic animals in a forest environment in Gabon, Central Africa. PLoS Negl Trop Dis 2024; 18:e0011756. [PMID: 38427694 PMCID: PMC10936825 DOI: 10.1371/journal.pntd.0011756] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/27/2023] [Revised: 03/13/2024] [Accepted: 02/10/2024] [Indexed: 03/03/2024] Open
Abstract
Rift Valley fever (RVF) is a mosquito-borne viral zoonosis caused by the Rift Valley fever virus (RVFV) that can infect domestic and wild animals. Although the RVFV transmission cycle has been well documented across Africa in savanna ecosystems, little is known about its transmission in tropical rainforest settings, particularly in Central Africa. We therefore conducted a survey in northeastern Gabon to assess RVFV circulation among wild and domestic animals. Among 163 wildlife samples tested using RVFV-specific RT-qPCR, four ruminants belonging to subfamily Cephalophinae were detected positive. The phylogenetic analysis revealed that the four RVFV sequences clustered together with a virus isolated in Namibia within the well-structured Egyptian clade. A cross-sectional survey conducted on sheep, goats and dogs living in villages within the same area determined the IgG RVFV-specific antibody prevalence using cELISA. Out of the 306 small ruminants tested (214 goats, 92 sheep), an overall antibody prevalence of 15.4% (95% CI [11.5-19.9]) was observed with a higher rate in goats than in sheep (20.1% versus 3.3%). RVFV-specific antibodies were detected in a single dog out of the 26 tested. Neither age, sex of domestic animals nor season was found to be significant risk factors of RVFV occurrence. Our findings highlight sylvatic circulation of RVFV for the first time in Gabon. These results stress the need to develop adequate surveillance plan measures to better control the public health threat of RVFV.
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Affiliation(s)
- Pierre Becquart
- Maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Montpellier University, CNRS, Montpellier, France
| | - Linda Bohou Kombila
- Unité Emergence des Maladies Virales, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville, Gabon
| | - Telstar Ndong Mebaley
- Unité Emergence des Maladies Virales, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville, Gabon
| | - Christophe Paupy
- Maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Montpellier University, CNRS, Montpellier, France
| | - Déborah Garcia
- Maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Montpellier University, CNRS, Montpellier, France
| | - Nicolas Nesi
- INSERM Dynamicure UMR 1311, CHU Caen, department of virology, University of Caen Normandie, Caen, France
| | - Marie-Marie Olive
- ASTRE (Animaux, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes), University of Montpellier, CIRAD (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement), Montpellier, France
| | - Jessica Vanhomwegen
- Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (CIBU), Institut Pasteur, Paris, France
| | - Larson Boundenga
- Unité Emergence des Maladies Virales, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville, Gabon
- Department of Anthropology, University of Durham, Durham, United Kingdom
| | - Illich Manfred Mombo
- Unité Emergence des Maladies Virales, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville, Gabon
| | - Camille Piro-Mégy
- ASTRE (Animaux, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes), University of Montpellier, CIRAD (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement), Montpellier, France
| | - Matthieu Fritz
- Maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Montpellier University, CNRS, Montpellier, France
| | | | - Meriadeg Ar Gouilh
- INSERM Dynamicure UMR 1311, CHU Caen, department of virology, University of Caen Normandie, Caen, France
| | - Eric M. Leroy
- Maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Montpellier University, CNRS, Montpellier, France
| | - Nadine N’Dilimabaka
- Unité Emergence des Maladies Virales, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville, Gabon
- Département de Biologie, Faculté des Sciences, Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Franceville, Gabon
| | - Catherine Cêtre-Sossah
- ASTRE (Animaux, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes), University of Montpellier, CIRAD (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement), INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement), Montpellier, France
| | - Gael Darren Maganga
- Unité Emergence des Maladies Virales, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville, Gabon
- Institut National Supérieur d’Agronomie et de Biotechnologies (INSAB), Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Franceville, Gabon
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Mombo IM, Rieu O, Fritz M, Boundenga L, Mebaley TN, Mbou-Boutambe C, Lenguiya LH, Maganga GD, Rougeron V, Prugnolle F, Thomas F, Leroy EM. Absence of Coronavirus RNA in Faecal Samples from Wild Primates in Gabon, Central Africa. Pathogens 2023; 12:1272. [PMID: 37887788 PMCID: PMC10610257 DOI: 10.3390/pathogens12101272] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 09/04/2023] [Revised: 10/03/2023] [Accepted: 10/20/2023] [Indexed: 10/28/2023] Open
Abstract
Coronaviruses (CoVs, Coronaviridae) are a diverse group of viruses that infect mammals, birds, and fish. Seven CoVs infect humans, among which Severe Acute Respiratory Syndrome CoVs-1 and -2 and Middle East respiratory syndrome CoVs have shown how they can impact global health and the economy. Their spillover from bats-the natural reservoir-to humans has required intermediary hosts. Prevention requires that active surveillance be conducted on animals. Today, there is no data concerning the genetic diversity of CoVs naturally circulating in wild primates. This study aimed to screen wild great apes and mandrills in Gabon for CoVs. A total of 229 faecal samples of great apes and mandrills collected from 2009 to 2012 in forests and national parks were used for the detection of CoVs by nested PCR using primers targeting a conserved region of the RNA-dependent RNA polymerase. While all samples were negative, this lack of detection could be related to sample size, the transient nature of the infection, or because faecal samples are not suitable for detecting CoVs in primates. A longitudinal study should be performed and other non-invasive methods used to collect respiratory samples to better evaluate the circulation of CoVs in these primates.
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Affiliation(s)
- Illich Manfred Mombo
- Centre International de Recherches Médicales de Franceville, Franceville BP 769, Gabon; (L.B.); (C.M.-B.); (G.D.M.)
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier-IRD 224-CNRS 5290, 34394 Montpellier, France; (O.R.); (M.F.); (T.N.M.); (F.T.); (E.M.L.)
| | - Océane Rieu
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier-IRD 224-CNRS 5290, 34394 Montpellier, France; (O.R.); (M.F.); (T.N.M.); (F.T.); (E.M.L.)
| | - Matthieu Fritz
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier-IRD 224-CNRS 5290, 34394 Montpellier, France; (O.R.); (M.F.); (T.N.M.); (F.T.); (E.M.L.)
| | - Larson Boundenga
- Centre International de Recherches Médicales de Franceville, Franceville BP 769, Gabon; (L.B.); (C.M.-B.); (G.D.M.)
| | - Telstar Ndong Mebaley
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier-IRD 224-CNRS 5290, 34394 Montpellier, France; (O.R.); (M.F.); (T.N.M.); (F.T.); (E.M.L.)
| | - Clark Mbou-Boutambe
- Centre International de Recherches Médicales de Franceville, Franceville BP 769, Gabon; (L.B.); (C.M.-B.); (G.D.M.)
| | | | - Gael Darren Maganga
- Centre International de Recherches Médicales de Franceville, Franceville BP 769, Gabon; (L.B.); (C.M.-B.); (G.D.M.)
| | - Virginie Rougeron
- International Research Laboratory-REHABS, CNRS-Université Lyon 1-Nelson Mandela University, Nelson Mandela University George Campus, George 6531, South Africa; (V.R.); (F.P.)
| | - Franck Prugnolle
- International Research Laboratory-REHABS, CNRS-Université Lyon 1-Nelson Mandela University, Nelson Mandela University George Campus, George 6531, South Africa; (V.R.); (F.P.)
| | - Fredéric Thomas
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier-IRD 224-CNRS 5290, 34394 Montpellier, France; (O.R.); (M.F.); (T.N.M.); (F.T.); (E.M.L.)
| | - Eric M. Leroy
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier-IRD 224-CNRS 5290, 34394 Montpellier, France; (O.R.); (M.F.); (T.N.M.); (F.T.); (E.M.L.)
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Bohou Kombila L, N’dilimabaka N, Garcia D, Rieu O, Engone Ondo JD, Ndong Mebaley T, Boundenga L, Fritz M, Lenguiya LH, Maganga GD, Leroy EM, Becquart P, Mombo IM. Molecular Identification of Enteric Viruses in Domestic Animals in Northeastern Gabon, Central Africa. Animals (Basel) 2023; 13:2512. [PMID: 37570320 PMCID: PMC10417819 DOI: 10.3390/ani13152512] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 06/30/2023] [Revised: 07/26/2023] [Accepted: 07/27/2023] [Indexed: 08/13/2023] Open
Abstract
Astroviruses (AstVs), enteroviruses (EVs), and caliciviruses (CaVs) infect several vertebrate taxa. Transmitted through the fecal-oral route, these enteric viruses are highly resistant and can survive in the environment, thereby increasing their zoonotic potential. Here, we screened for AstVs, EVs, and CaVs to investigate the role of domestic animals in the emergence of zoonoses, because they are situated at the human/wildlife interface, particularly in rural forested areas in Central Africa. Rectal swabs were obtained from 123 goats, 41 sheep, and 76 dogs in 10 villages located in northeastern Gabon. Extracted RNA reverse-transcribed into cDNA was used to detect AstVs, EVs, and CaVs by amplification of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), or capsid protein (VP1) gene using PCR. A total of 23 samples tested positive, including 17 goats for AstVs, 2 goats, 2 sheep, 1 dog for EVs, and 1 dog for CaVs. Phylogenetic analyses revealed that AstV RdRp sequences clustered with sheep-, goat-, or bovine-related AstVs. In addition, one goat and two sheep VP1 sequences clustered with caprine/ovine-related Evs within the Enterovirus G species, and the CaV was a canine vesivirus. However, human-pathogenic Evs, EV-B80 and EV-C99, were detected in goats and dogs, raising questions on the maintenance of viruses able to infect humans.
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Affiliation(s)
- Linda Bohou Kombila
- Unité Émergence des Maladies Virales (UEMV), Département de Virologie, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville BP 769, Gabon; (L.B.K.); (N.N.); (T.N.M.); (G.D.M.)
| | - Nadine N’dilimabaka
- Unité Émergence des Maladies Virales (UEMV), Département de Virologie, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville BP 769, Gabon; (L.B.K.); (N.N.); (T.N.M.); (G.D.M.)
- Département de Biologie, Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Franceville BP 941, Gabon
| | - Déborah Garcia
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) (Université de Montpellier—IRD 224–CNRS 5290), 34394 Montpellier, France; (D.G.); (O.R.); (M.F.); (E.M.L.); (P.B.)
| | - Océane Rieu
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) (Université de Montpellier—IRD 224–CNRS 5290), 34394 Montpellier, France; (D.G.); (O.R.); (M.F.); (E.M.L.); (P.B.)
| | - Jéordy Dimitri Engone Ondo
- Unité des Infections Rétrovirales et Pathologies Associées (UIRPA), Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville BP 769, Gabon;
| | - Telstar Ndong Mebaley
- Unité Émergence des Maladies Virales (UEMV), Département de Virologie, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville BP 769, Gabon; (L.B.K.); (N.N.); (T.N.M.); (G.D.M.)
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) (Université de Montpellier—IRD 224–CNRS 5290), 34394 Montpellier, France; (D.G.); (O.R.); (M.F.); (E.M.L.); (P.B.)
| | - Larson Boundenga
- Unité de Recherche en Écologie de la Santé (URES), Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville BP 769, Gabon;
| | - Matthieu Fritz
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) (Université de Montpellier—IRD 224–CNRS 5290), 34394 Montpellier, France; (D.G.); (O.R.); (M.F.); (E.M.L.); (P.B.)
| | | | - Gael Darren Maganga
- Unité Émergence des Maladies Virales (UEMV), Département de Virologie, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville BP 769, Gabon; (L.B.K.); (N.N.); (T.N.M.); (G.D.M.)
- Institut National Supérieur d’Agronomie et de Biotechnologies (INSAB), Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Franceville BP 913, Gabon
| | - Eric M. Leroy
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) (Université de Montpellier—IRD 224–CNRS 5290), 34394 Montpellier, France; (D.G.); (O.R.); (M.F.); (E.M.L.); (P.B.)
| | - Pierre Becquart
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) (Université de Montpellier—IRD 224–CNRS 5290), 34394 Montpellier, France; (D.G.); (O.R.); (M.F.); (E.M.L.); (P.B.)
| | - Illich Manfred Mombo
- Unité Émergence des Maladies Virales (UEMV), Département de Virologie, Centre Interdisciplinaire de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Franceville BP 769, Gabon; (L.B.K.); (N.N.); (T.N.M.); (G.D.M.)
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Maladies Infectieuses et Vecteurs, Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle (MIVEGEC) (Université de Montpellier—IRD 224–CNRS 5290), 34394 Montpellier, France; (D.G.); (O.R.); (M.F.); (E.M.L.); (P.B.)
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Lenguiya LH, Fritz M, De Fonclare DDR, Corbet S, Becquart P, Mbou C, Nguie RJ, Mouellet WS, Demboux JEL, Issamou Mayengue P, Koukouikila-Koussounda F, Ar Gouilh M, Leroy EM, Niama FR. Whole-Genome Characterization of SARS-CoV-2 Reveals Simultaneous Circulation of Three Variants and a Putative Recombination (20B/20H) in Pets, Brazzaville, Republic of the Congo. Viruses 2023; 15:v15040933. [PMID: 37112914 PMCID: PMC10142050 DOI: 10.3390/v15040933] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 02/14/2023] [Revised: 04/04/2023] [Accepted: 04/06/2023] [Indexed: 04/29/2023] Open
Abstract
Following the emergence of SARS-CoV-2, cases of pets infected with variants circulating among humans were reported. In order to evaluate the occurrence of SARS-CoV-2 circulation among pets in the Republic of the Congo, we conducted a ten-month study of dogs and cats living in COVID-19-positive households in Brazzaville and neighboring localities. Real-time PCR and the Luminex platform were used to detect SARS-CoV-2 RNA and antibodies to SARS-CoV-2 RBD and S proteins, respectively. Our results show for the first time the simultaneous circulation of several variants of SARS-CoV-2, including viruses from clades 20A and 20H and a putative recombinant variant between viruses from clades 20B and 20H. We found a high seroprevalence of 38.6%, with 14% of tested pets positive for SARS-CoV-2 RNA. Thirty-four percent of infected pets developed mild clinical signs, including respiratory and digestive signs, and shed the virus for about one day to two weeks. These results highlight the potential risk of SARS-CoV-2 interspecies transmission and the benefits of a "One Health" approach that includes SARS-CoV-2 diagnosis and surveillance of viral diversity in pets. This approach aims to prevent transmission to surrounding wildlife as well as spillback to humans.
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Affiliation(s)
| | - Matthieu Fritz
- Institut de Recherche pour le Développement, Unité Mixte de Recherche Mivegec, BP34090 Montpellier, France
| | - Daphné de Riols De Fonclare
- UNICAEN, Department of Viroloy, University of Rouen Normandie, Inserm Dynamicure UMR 1311, BP14000 Caen, France
| | - Sandrine Corbet
- UNICAEN, Department of Viroloy, University of Rouen Normandie, Inserm Dynamicure UMR 1311, BP14000 Caen, France
| | - Pierre Becquart
- Institut de Recherche pour le Développement, Unité Mixte de Recherche Mivegec, BP34090 Montpellier, France
| | | | | | | | | | - Pembe Issamou Mayengue
- Faculté des Sciences et Techniques, Université Marien Ngouabi, Brazzaville BP69, Congo
- Laboratoire National de Santé Publique, Brazzaville BP120, Congo
| | - Félix Koukouikila-Koussounda
- Faculté des Sciences et Techniques, Université Marien Ngouabi, Brazzaville BP69, Congo
- Laboratoire National de Santé Publique, Brazzaville BP120, Congo
| | - Meriadeg Ar Gouilh
- UNICAEN, Department of Viroloy, University of Rouen Normandie, Inserm Dynamicure UMR 1311, BP14000 Caen, France
| | - Eric M Leroy
- Institut de Recherche pour le Développement, Unité Mixte de Recherche Mivegec, BP34090 Montpellier, France
| | - Fabien Roch Niama
- Faculté des Sciences et Techniques, Université Marien Ngouabi, Brazzaville BP69, Congo
- Laboratoire National de Santé Publique, Brazzaville BP120, Congo
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