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Engel C, Chevarin M, Piard J, Abad M, Thomas Q, Carmignac V, Duffourd Y, Lemesle-Martin M, Tarris G, Thauvin-Robinet C, Vabres P, Faivre L, Kuentz P. Allelic heterogeneity in a patient with postzygotic MTOR-related hypomelanosis of Ito with neurodevelopmental abnormalities. Clin Genet 2024; 105:581-583. [PMID: 38379111 DOI: 10.1111/cge.14511] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/14/2023] [Revised: 01/25/2024] [Accepted: 02/12/2024] [Indexed: 02/22/2024]
Abstract
A case of mosaic MTOR-associated hemimegalencephaly and hypomelanosis of Ito, died at 33 probably because of sudden unexpected death in epilepsy. Assessment of the variant allele fraction (VAF) in different tissues postmortem showed high variability not correlated with clinical features, representing the most detailed assessment of VAFs in different tissues to date.
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Affiliation(s)
- Camille Engel
- Centre de Génétique Humaine, CHU Besançon, Besançon, France
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Martin Chevarin
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation Diagnostique dans les Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Juliette Piard
- Centre de Génétique Humaine, CHU Besançon, Besançon, France
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Marine Abad
- Service d'Anatomie Pathologique, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Quentin Thomas
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Service de Neurologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Virginie Carmignac
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation Diagnostique dans les Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | | | - Georges Tarris
- Service de Neurologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation Diagnostique dans les Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centres de référence Anomalies du Développement et Déficience Intellectuelle, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Pierre Vabres
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Centre de référence MAGEC "Maladies Génétiques à Expression Cutanée", FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centres de référence Anomalies du Développement et Déficience Intellectuelle, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, CHU Besançon, Besançon, France
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Kuentz P, Engel C, Laeng M, Chevarin M, Duffourd Y, Martel J, Piard J, Morice-Picard F, Aubert H, Bessis D, Guerrot AM, Maruani A, Boccara O, Mazereeuw-Hautier J, Ott H, Phan A, Puzenat E, Quelin C, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Vabres P. Clinical phenotype of the PIK3R1-related vascular overgrowth syndrome. Br J Dermatol 2024:ljae167. [PMID: 38623710 DOI: 10.1093/bjd/ljae167] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 02/12/2024] [Revised: 03/25/2024] [Accepted: 04/12/2024] [Indexed: 04/17/2024]
Abstract
Here we report 19 additional mosaic PIK3R1 patients with clinical phenotyping, showing that the PIK3R1 phenotype is indistinguishable from the PIK3CA-related phenotypes, although the MCAP phenotype is consistently absent in PIK3R1 patients. We also report novel PIK3R1 variants. We consider that the meaning of PROS should shift from “PIK3CA-related overgrowth spectrum” to “PI3-kinase-related overgrowth spectrum”.
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Affiliation(s)
- Paul Kuentz
- Université de Franche-Comté, CHU Besançon, Oncobiologie Génétique Bioinformatique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-25000 Besançon, France
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
| | - Camille Engel
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
- Université de Franche-Comté, CHU Besançon, Centre de Génétique Humaine, F-25000 Besançon, France
| | - Mathieu Laeng
- Université de Franche-Comté, CHU Besançon, Oncobiologie Génétique Bioinformatique, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-25000 Besançon, France
| | - Martin Chevarin
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
- CHU Dijon, Unité Fonctionnelle "Innovation diagnostique dans les maladies rares", FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-21000 Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
- CHU Dijon, Unité Fonctionnelle "Innovation diagnostique dans les maladies rares", FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-21000 Dijon, France
| | - Jéhanne Martel
- CHU Dijon, Centre de référence MAGEC Nord "Maladies rares de la peau et des muqueuses d'origine Génétique à Expression Cutanée", FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-21000 Dijon, France
| | - Juliette Piard
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
- Université de Franche-Comté, CHU Besançon, Centre de Génétique Humaine, F-25000 Besançon, France
| | - Fanny Morice-Picard
- CHU Bordeaux, Service de Dermatologie, Centre de référence MAGEC Sud "Maladies rares de la peau et des muqueuses d'origine Génétique à Expression Cutanée", F-33000 Bordeaux, France
| | - Helene Aubert
- CHU Nantes, Service de Dermatologie, F-44000 Nantes, France
| | - Didier Bessis
- CHU Montpellier, Service de Dermatologie, F-34000 Montpellier, France
| | - Anne-Marie Guerrot
- CHU Rouen, Service de Génétique, NGP "Centre normand de médecine génomique et de médecine personnalisée", F-76000 Rouen, France
| | - Annabel Maruani
- CHU Tours, Service de Dermatologie, Centre de référence MAGEC Nord "Maladies rares de la peau et des muqueuses d'origine Génétique à Expression Cutanée", F-37000 Tours, France
| | - Olivia Boccara
- CHU Necker-Enfants Malades, Service de Dermatologie, Centre de référence MAGEC Nord "Maladies rares de la peau et des muqueuses d'origine Génétique à Expression Cutanée", F-75000 Paris, France
| | - Juliette Mazereeuw-Hautier
- CHU Toulouse, Service de Dermatologie, Centre de référence MAGEC Sud "Maladies rares de la peau et des muqueuses d'origine Génétique à Expression Cutanée", F-31000 Toulouse, France
| | - Hagen Ott
- Kinder- und Jugendkrankenhaus Auf der Bult, Pädiatrische Dermatologie und Allergologie, Epidermolysis bullosa-Zentrum, D-30000 Hannover, Deutschland
| | - Alice Phan
- HCL-Femme-mère-enfant, Service de Néphrologie-Rhumatologie-Dermatologie, F-69029 Bron, France
| | - Eve Puzenat
- Université de Franche-Comté, CHU Besançon, Service de Dermatologie, F-25000 Besançon, France
| | - Chloe Quelin
- CHU Rennes, Service de génétique clinique, F-35000 Rennes, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
- CHU Dijon, Unité Fonctionnelle "Innovation diagnostique dans les maladies rares", FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-21000 Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
- CHU Dijon, Centre de Génétique et Centres de référence Anomalies du Développement et Déficience Intellectuelle, FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-21000 Dijon, France
| | - Pierre Vabres
- Université de Bourgogne, INSERM UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", F-21000 Dijon, France
- CHU Dijon, Centre de référence MAGEC Nord "Maladies rares de la peau et des muqueuses d'origine Génétique à Expression Cutanée", FHU-TRANSLAD et Institut GIMI, F-21000 Dijon, France
- Reference centre for rare diseases, St John's Institute of Dermatology, St Thomas' Hospital, London, UK
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Billes A, Pujalte M, Jedraszak G, Amsallem D, Boudry-Labis E, Boute O, Bouquillon S, Brischoux-Boucher E, Callier P, Coutton C, Denizet ALA, Dieterich K, Kuentz P, Lespinasse J, Mazel B, Morin G, Amram F, Pennamen P, Rio M, Piard J, Putoux A, Rama M, Roze-Guillaumey V, Schluth-Bolard C, Till M, Trouvé C, Vieville G, Rooryck C, Sanlaville D, Chatron N. Possible incomplete penetrance of Xq28 int22h-1/int22h-2 duplication. Clin Genet 2024. [PMID: 38561231 DOI: 10.1111/cge.14525] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/03/2023] [Revised: 03/16/2024] [Accepted: 03/18/2024] [Indexed: 04/04/2024]
Abstract
Xq28 int22h-1/int22h-2 duplication is the result of non-allelic homologous recombination between int22h-1/int22h-2 repeats separated by 0.5 Mb. It is responsible for a syndromic form of intellectual disability (ID), with recurrent infections and atopic diseases. Minor defects, nonspecific facial dysmorphic features, and overweight have also been described. Half of female carriers have been reported with ID, whereas all reported evaluated born males present mild to moderate ID, suggesting complete penetrance. We collected data on 15 families from eight university hospitals. Among them, 40 patients, 21 females (one fetus), and 19 males (two fetuses), were carriers of typical or atypical Xq28 int22h-1/int22h-2 duplication. Twenty-one individuals were considered asymptomatic (16 females and 5 males), without significantly higher rate of recurrent infections, atopia, overweight, or facial dysmorphism. Approximately 67% live-born males and 23% live-born female carriers of the typical duplication did not have obvious signs of intellectual disability, suggesting previously undescribed incomplete penetrance or low expression in certain carriers. The possibility of a second-hit or modifying factors to this possible susceptibility locus is yet to be studied but a possible observational bias should be considered in assessing such challenging X-chromosome copy number gains. Additional segregation studies should help to quantify this newly described incomplete penetrance.
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Affiliation(s)
- Alexis Billes
- CHU Amiens Picardie, Service de Génétique Clinique, Amiens, France
- CHU Amiens Picardie, Laboratoire de Génétique Constitutionnelle, Amiens, France
| | - Mathilde Pujalte
- Service de Génétique, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
| | - Guillaume Jedraszak
- CHU Amiens Picardie, Laboratoire de Génétique Constitutionnelle, Amiens, France
- CHU Amiens Picardie, Département de génétique, UR4666 HEMATIM, CURS, Université Picardie Jules Verne, Amiens, France
| | - Daniel Amsallem
- Service de Neuropédiatrie, CHU de Besançon, Besançon, France
| | - Elise Boudry-Labis
- Institut de Génétique Médicale, Hôpital Jeanne de Flandre, Centre Hospitalier Universitaire de Lille, Lille, France
| | - Odile Boute
- Génétique Clinique, Centre Hospitalier Universitaire de Lille, Hôpital Jeanne de Flandre, Lille, France
| | - Sonia Bouquillon
- Institut de Génétique Médicale, Hôpital Jeanne de Flandre, Centre Hospitalier Universitaire de Lille, Lille, France
| | - Elise Brischoux-Boucher
- Centre de Génétique Humaine - CHU de Besançon, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Besançon, France
| | - Patrick Callier
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation diagnostique dans les maladies rares, laboratoire de génétique chromosomique et moléculaire, Plateau Technique de Biologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), CHU Dijon Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Charles Coutton
- Service de Génétique, Génomique, et Procréation, Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, La Tronche, France
- INSERM 1209, CNRS UMR 5309, Institut pour l'Avancée des Biosciences (IAB), Université Grenoble Alpes, Grenoble, France
| | - Anne-Laude Avice Denizet
- Centre de Génétique Humaine - CHU de Besançon, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Besançon, France
| | - Klaus Dieterich
- Université Grenoble Alpes, Inserm, U1216, CHU Grenoble Alpes, Medical Genetics, Grenoble Institute of Neurosciences, Grenoble, France
- CHU Grenoble, UM Génétique Chromosomique, Grenoble, France
| | - Paul Kuentz
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU de Besançon, Besançon, France
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France
| | - James Lespinasse
- Centre Hospitalier de Chambéry, Service de Cytogénétique, Chambéry, France
| | - Benoît Mazel
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, FHUTRANSLAD - CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Gilles Morin
- CHU Amiens Picardie, Service de Génétique Clinique, Amiens, France
| | - Florence Amram
- CHU Amiens Picardie, Service de Génétique Clinique, Amiens, France
| | - Perrine Pennamen
- CHU Bordeaux, Laboratoire de Génétique Biologique, Bordeaux, France
| | - Marlène Rio
- Université Paris Cité, Institut Imagine, Inserm U1163, Paris, France
- Service de Médecine Génomique des maladies rares, AP-HP, Centre Hôpital Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Juliette Piard
- Centre de Génétique Humaine - CHU de Besançon, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Besançon, France
- UMR 1231 GAD, Inserm, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
| | - Audrey Putoux
- Hospices Civils de Lyon, Service de Génétique, Groupement Hospitalier Est, Bron, France
- Equipe GENDEV, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, INSERM U1028 CNRS UMR5292, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
| | - Mélanie Rama
- Institut de Génétique Médicale, Hôpital Jeanne de Flandre, Centre Hospitalier Universitaire de Lille, Lille, France
| | | | - Caroline Schluth-Bolard
- Service de Génétique, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
- Institute NeuroMyoGène, Laboratoire Physiopathologie et Génétique du Neurone et du Muscle, CNRS UMR 5261-INSERM U1315, Université de Lyon - Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
- Laboratoire de Diagnostic Génétique, Institut de Génétique Médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Marianne Till
- Service de Génétique, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
| | - Chloé Trouvé
- Centre de Génétique Humaine - CHU de Besançon, Université de Bourgogne-Franche-Comté, Besançon, France
| | - Gaëlle Vieville
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble-Alpes, Grenoble, France
| | - Caroline Rooryck
- CHU de Bordeaux, Service de Génétique Médicale, Bordeaux, France
- Univ. Bordeaux, Maladies Rares: Génétique et Métabolisme (MRGM), U 1211 INSERM, Bordeaux, France
| | - Damien Sanlaville
- Service de Génétique, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
- Institute NeuroMyoGène, Laboratoire Physiopathologie et Génétique du Neurone et du Muscle, CNRS UMR 5261-INSERM U1315, Université de Lyon - Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
| | - Nicolas Chatron
- Service de Génétique, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
- Institute NeuroMyoGène, Laboratoire Physiopathologie et Génétique du Neurone et du Muscle, CNRS UMR 5261-INSERM U1315, Université de Lyon - Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
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Ruault V, Burger P, Gradels‐Hauguel J, Ruiz N, Jamra RA, Afenjar A, Alembik Y, Alessandri J, Arpin S, Barcia G, Bendová Š, Bruel A, Charles P, Chatron N, Chopra M, Conrad S, Daire VC, Cospain A, Coubes C, Coursimault J, Delahaye‐Duriez A, Doco M, Dufour W, Durand B, Engel C, Faivre L, Ferroul F, Fradin M, Frenkiel H, Fusco C, Garavelli L, Garde A, Gerard B, Germanaud D, Goujon L, Gouronc A, Ginglinger E, Goldenberg A, Hancarova M, Havlovicová M, Heron D, Isidor B, Marçais NJ, Keren B, Koch‐Hogrebe M, Kuentz P, Lamure V, Lebre A, Lecoquierre F, Lehman N, Lesca G, Lyonnet S, Martin D, Mignot C, Neuhann TM, Nicolas G, Nizon M, Petit F, Philippe C, Piton A, Pollazzon M, Prchalová D, Putoux A, Rio M, Rondeau S, Rossi M, Sabbagh Q, Saugier‐Veber P, Schmetz A, Steffann J, Thauvin‐Robinet C, Toutain A, Them FTM, Trimarchi G, Vincent M, Vlčková M, Wieczorek D, Willems M, Yauy K, Zelinová M, Ziegler A, Chaumette B, Sadikovic B, Mandel J, Geneviève D. Lessons from two series by physicians and caregivers' self-reported data in DDX3X-related disorders. Mol Genet Genomic Med 2024; 12:e2363. [PMID: 38284452 PMCID: PMC10801341 DOI: 10.1002/mgg3.2363] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/03/2023] [Revised: 12/08/2023] [Accepted: 01/04/2024] [Indexed: 01/30/2024] Open
Abstract
INTRODUCTION AND METHODS We report two series of individuals with DDX3X variations, one (48 individuals) from physicians and one (44 individuals) from caregivers. RESULTS These two series include several symptoms in common, with fairly similar distribution, which suggests that caregivers' data are close to physicians' data. For example, both series identified early childhood symptoms that were not previously described: feeding difficulties, mean walking age, and age at first words. DISCUSSION Each of the two datasets provides complementary knowledge. We confirmed that symptoms are similar to those in the literature and provides more details on feeding difficulties. Caregivers considered that the symptom attention-deficit/hyperactivity disorder were most worrisome. Both series also reported sleep disturbance. Recently, anxiety has been reported in individuals with DDX3X variants. We strongly suggest that attention-deficit/hyperactivity disorder, anxiety, and sleep disorders need to be treated.
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Affiliation(s)
- Valentin Ruault
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
| | - Pauline Burger
- Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology (IGBMC)Université de Strasbourg, INSERM U1258, CNRS UMR7104IllkirchFrance
| | - Johanna Gradels‐Hauguel
- Center for Rare Psychiatric Disorders – GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences – Paris – France APHPGHU Sainte AnneParisFrance
| | - Nathalie Ruiz
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
| | | | - Rami Abou Jamra
- Institute of Human GeneticsUniversity of Leipzig Medical CenterLeipzigGermany
| | - Alexandra Afenjar
- Département de Génétique ParisCentre de Référence Malformations et maladies congénitales du cervelet et déficiences intellectuelles de causes rares, APHP, Sorbonne UniversitéParisFrance
| | - Yves Alembik
- Service de Génétique MédicaleInstitut de Génétique Médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de StrasbourgStrasbourgFrance
| | | | - Stéphanie Arpin
- Genetics DepartmentUniversity Hospital, UMR1253 iBrain INSERM, University of ToursToursFrance
| | - Giulia Barcia
- Service de Médecine Génomique des Maladies RaresHôpital Necker – Enfants Malades, Assistance Publique‐Hôpitaux de ParisParisFrance
| | - Šárka Bendová
- Department of Biology and Medical GeneticsCharles University Second Faculty of Medicine and University Hospital MotolPragueCzech Republic
| | - Ange‐Line Bruel
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies raresCHU Dijon BourgogneDijonFrance
- UFR Des Sciences de SantéINSERM‐Université de Bourgogne UMR1231 GAD “Génétique des Anomalies du Développement”, FHUTRANSLADDijonFrance
| | | | - Nicolas Chatron
- Department of Medical GeneticsUniversity Hospital of Lyon and Claude Bernard Lyon I UniversityLyonFrance
- Pathophysiology and Genetics of Neuron and Muscle (PNMG)UCBL, CNRS UMR5261 – INSERM U1315LyonFrance
| | - Maya Chopra
- Department of Neurology, Rosamund Stone Zander Translational Neuroscience CenterBoston Children's HospitalBostonMassachusettsUSA
- Genetic DepartmentHarvard Medical SchoolBostonMassachusettsUSA
| | - Solène Conrad
- Genetic DepartmentCHU Nantes, Service de GénétiqueNantesFrance
| | - Valérie Cormier Daire
- Service de Médecine Génomique des Maladies RaresHôpital Necker – Enfants Malades, Assistance Publique‐Hôpitaux de ParisParisFrance
| | - Auriane Cospain
- Genetic DepartmentCHU Rennes, Service de Génétique, CLAD Ouest CRDIRennesFrance
| | - Christine Coubes
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
| | - Juliette Coursimault
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental DisordersUniversity of Rouen Normandie, Inserm U1245, CHU RouenRouenFrance
| | - Andrée Delahaye‐Duriez
- Medical Genomics and Clinical Genetics UnitAP‐HP, Hôpital Jean VerdierBondyFrance
- Genetic DepartmentUFR SMBH, Université Sorbonne Paris NordParisFrance
- Genetic DepartmentInserm 1141 NeuroDiderotParisFrance
| | - Martine Doco
- Genetic DepartmentCHU Nantes, Service de GénétiqueNantesFrance
- Centre Hospitalier Universitaire de ReimsPôle de Biologie Médicale et Pathologie, Service de GénétiqueReimsFrance
| | - William Dufour
- Department of Medical GeneticsUniversity Hospital of Lyon and Claude Bernard Lyon I UniversityLyonFrance
| | - Benjamin Durand
- Service de Génétique MédicaleInstitut de Génétique Médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de StrasbourgStrasbourgFrance
| | - Camille Engel
- Oncobiologie Génétique BioinformatiquePC BIO, CHU BesançonBesançonFrance
| | - Laurence Faivre
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies raresCHU Dijon BourgogneDijonFrance
- Centre de Génétique et Centre de référence maladies rares « Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs », FHU TRANSLADHôpital d'Enfants, CHU DijonDijonFrance
| | - Fanny Ferroul
- CHU La Réunion, Service de génétiqueSaint DenisFrance
| | - Mélanie Fradin
- Genetic DepartmentCHU Rennes, Service de Génétique, CLAD Ouest CRDIRennesFrance
- CH Saint Brieuc, Service de GénétiqueSaint BrieuxFrance
| | | | - Carlo Fusco
- Child Neurology and Psychiatry UnitAzienda USL‐IRCCS di Reggio EmiliaReggio EmiliaItaly
| | - Livia Garavelli
- Medical Genetics UnitAzienda USL‐IRCCS di Reggio EmiliaReggio EmiliaItaly
| | - Aurore Garde
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies raresCHU Dijon BourgogneDijonFrance
- Centre de Génétique et Centre de référence maladies rares « Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs », FHU TRANSLADHôpital d'Enfants, CHU DijonDijonFrance
| | - Bénédicte Gerard
- Service de Génétique MédicaleInstitut de Génétique Médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de StrasbourgStrasbourgFrance
| | - David Germanaud
- Genetic DepartmentCEA Paris‐Saclay, NeuroSpinGif‐sur‐YvetteFrance
- Département de GénétiqueCentre de référence Déficiences intellectuelles de causes rares, Assistance publique‐Hopitaux de Paris (AP‐HP), Hopital Robert‐DebréParisFrance
| | - Louise Goujon
- Genetic DepartmentCEA Paris‐Saclay, NeuroSpinGif‐sur‐YvetteFrance
- Département de GénétiqueCentre de référence Déficiences intellectuelles de causes rares, Assistance publique‐Hopitaux de Paris (AP‐HP), Hopital Robert‐DebréParisFrance
| | - Aurélie Gouronc
- Service de Génétique MédicaleInstitut de Génétique Médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de StrasbourgStrasbourgFrance
| | | | - Alice Goldenberg
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental DisordersUniversity of Rouen Normandie, Inserm U1245, CHU RouenRouenFrance
| | - Miroslava Hancarova
- Department of Biology and Medical GeneticsCharles University Second Faculty of Medicine and University Hospital MotolPragueCzech Republic
| | - Markéta Havlovicová
- Department of Biology and Medical GeneticsCharles University Second Faculty of Medicine and University Hospital MotolPragueCzech Republic
| | | | - Bertrand Isidor
- Genetic DepartmentCHU Nantes, Service de GénétiqueNantesFrance
| | | | - Boris Keren
- Département de Génétique, Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes RaresAPHP Sorbonne UniversitéParisFrance
| | - Margarete Koch‐Hogrebe
- Institute of Human Genetics, Medical FacultyUniversity Hospital Düsseldorf, Heinrich Heine University DüsseldorfDüsseldorfGermany
| | - Paul Kuentz
- UFR Des Sciences de SantéINSERM‐Université de Bourgogne UMR1231 GAD “Génétique des Anomalies du Développement”, FHUTRANSLADDijonFrance
- Oncobiologie Génétique BioinformatiquePC BIO, CHU BesançonBesançonFrance
| | - Victoria Lamure
- Genetic DepartmentUFR SMBH, Université Sorbonne Paris NordParisFrance
| | - Anne‐Sophie Lebre
- Centre Hospitalier Universitaire de ReimsPôle de Biologie Médicale et Pathologie, Service de GénétiqueReimsFrance
- Institute of Psychiatry and Neuroscience of Paris (IPNP)INSERM U1266, Université Paris CitéParisFrance
| | - François Lecoquierre
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental DisordersUniversity of Rouen Normandie, Inserm U1245, CHU RouenRouenFrance
| | - Natacha Lehman
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
| | - Gaetan Lesca
- Department of Medical GeneticsUniversity Hospital of Lyon and Claude Bernard Lyon I UniversityLyonFrance
- Pathophysiology and Genetics of Neuron and Muscle (PNMG)UCBL, CNRS UMR5261 – INSERM U1315LyonFrance
| | - Stanislas Lyonnet
- Service de Médecine Génomique des Maladies RaresHôpital Necker – Enfants Malades, Assistance Publique‐Hôpitaux de ParisParisFrance
- Laboratoire Embryologie et Génétique des MalformationsUniversité Paris Cité, INSERM, IHU Imagine – Institut des maladies génétiquesParisFrance
| | | | - Cyril Mignot
- Département de Génétique, Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes RaresAPHP Sorbonne UniversitéParisFrance
| | | | - Gaël Nicolas
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental DisordersUniversity of Rouen Normandie, Inserm U1245, CHU RouenRouenFrance
| | - Mathilde Nizon
- Genetic DepartmentCHU Nantes, Service de GénétiqueNantesFrance
| | - Florence Petit
- Genetic DepartmentCHU Lille, Clinique de Génétique Guy FontaineLilleFrance
| | - Christophe Philippe
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies raresCHU Dijon BourgogneDijonFrance
- UFR Des Sciences de SantéINSERM‐Université de Bourgogne UMR1231 GAD “Génétique des Anomalies du Développement”, FHUTRANSLADDijonFrance
| | - Amélie Piton
- Service de Génétique MédicaleInstitut de Génétique Médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de StrasbourgStrasbourgFrance
| | - Marzia Pollazzon
- Medical Genetics UnitAzienda USL‐IRCCS di Reggio EmiliaReggio EmiliaItaly
| | - Darina Prchalová
- Department of Biology and Medical GeneticsCharles University Second Faculty of Medicine and University Hospital MotolPragueCzech Republic
| | - Audrey Putoux
- Department of Medical GeneticsUniversity Hospital of Lyon and Claude Bernard Lyon I UniversityLyonFrance
- INSERM U1028, CNRS UMR5292, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, GENDEV TeamUniversité Claude Bernard Lyon 1BronFrance
| | - Marlène Rio
- Service de Médecine Génomique des Maladies RaresHôpital Necker – Enfants Malades, Assistance Publique‐Hôpitaux de ParisParisFrance
| | - Sophie Rondeau
- Service de Médecine Génomique des Maladies RaresHôpital Necker – Enfants Malades, Assistance Publique‐Hôpitaux de ParisParisFrance
| | - Massimiliano Rossi
- Department of Medical GeneticsUniversity Hospital of Lyon and Claude Bernard Lyon I UniversityLyonFrance
- INSERM U1028, CNRS UMR5292, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, GENDEV TeamUniversité Claude Bernard Lyon 1BronFrance
| | - Quentin Sabbagh
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
| | - Pascale Saugier‐Veber
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental DisordersUniversity of Rouen Normandie, Inserm U1245, CHU RouenRouenFrance
| | - Ariane Schmetz
- Institute of Human Genetics, Medical FacultyUniversity Hospital Düsseldorf, Heinrich Heine University DüsseldorfDüsseldorfGermany
| | - Julie Steffann
- Service de Médecine Génomique des Maladies RaresHôpital Necker – Enfants Malades, Assistance Publique‐Hôpitaux de ParisParisFrance
| | - Christel Thauvin‐Robinet
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies raresCHU Dijon BourgogneDijonFrance
- UFR Des Sciences de SantéINSERM‐Université de Bourgogne UMR1231 GAD “Génétique des Anomalies du Développement”, FHUTRANSLADDijonFrance
- Centre de Génétique et Centre de référence maladies rares « Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs », FHU TRANSLADHôpital d'Enfants, CHU DijonDijonFrance
| | - Annick Toutain
- Genetics DepartmentUniversity Hospital, UMR1253 iBrain INSERM, University of ToursToursFrance
| | - Frederic Tran Mau Them
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des maladies raresCHU Dijon BourgogneDijonFrance
- UFR Des Sciences de SantéINSERM‐Université de Bourgogne UMR1231 GAD “Génétique des Anomalies du Développement”, FHUTRANSLADDijonFrance
| | - Gabriele Trimarchi
- Medical Genetics UnitAzienda USL‐IRCCS di Reggio EmiliaReggio EmiliaItaly
| | - Marie Vincent
- Genetic DepartmentCHU Nantes, Service de GénétiqueNantesFrance
| | - Markéta Vlčková
- Department of Biology and Medical GeneticsCharles University Second Faculty of Medicine and University Hospital MotolPragueCzech Republic
| | - Dagmar Wieczorek
- Institute of Human Genetics, Medical FacultyUniversity Hospital Düsseldorf, Heinrich Heine University DüsseldorfDüsseldorfGermany
| | - Marjolaine Willems
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
| | - Kevin Yauy
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
| | - Michaela Zelinová
- Department of Biology and Medical GeneticsCharles University Second Faculty of Medicine and University Hospital MotolPragueCzech Republic
| | - Alban Ziegler
- Genetic DepartmentService de Génétique, CHU d'AngersAngers Cedex 9France
| | - GENIDA Project
- Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology (IGBMC)Université de Strasbourg, INSERM U1258, CNRS UMR7104IllkirchFrance
| | - Boris Chaumette
- Center for Rare Psychiatric Disorders – GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences – Paris – France APHPGHU Sainte AnneParisFrance
- Institute of Psychiatry and Neuroscience of ParisUniversité Paris Cité, INSERM U1266ParisFrance
- Department of PsychiatryMcGill UniversityMontrealQuebecCanada
| | - Bekim Sadikovic
- Department of Pathology and Laboratory MedicineWestern UniversityLondonOntarioCanada
- Verspeeten Clinical Genome CentreLondon Health Sciences CentreLondonOntarioCanada
| | - Jean‐Louis Mandel
- Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology (IGBMC)Université de Strasbourg, INSERM U1258, CNRS UMR7104IllkirchFrance
- Genetic DepartmentUniversity of Strasbourg Institute for Advanced Studies (USIAS)StrasbourgFrance
| | - David Geneviève
- Genetic DepartmentMontpellier University, INSERM Unit 1183MontpellierFrance
- Reference Center for Rare Diseases Developmental Anomaly and Malformative Syndromes, Genetics DepartmentMontpellier HospitalMontpellierFrance
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Faivre L, Crépin JC, Réda M, Nambot S, Carmignac V, Abadie C, Mirault T, Faure-Conter C, Mazereeuw-Hautier J, Maza A, Puzenat E, Collonge-Rame MA, Bursztejn AC, Philippe C, Thauvin-Robinet C, Chevarin M, Abasq-Thomas C, Amiel J, Arpin S, Barbarot S, Baujat G, Bessis D, Bourrat E, Boute O, Chassaing N, Coubes C, Demeer B, Edery P, El Chehadeh S, Goldenberg A, Hadj-Rabia S, Haye D, Isidor B, Jacquemont ML, Van Kien PK, Lacombe D, Lehalle D, Lambert L, Martin L, Maruani A, Morice-Picard F, Petit F, Phan A, Pinson L, Rossi M, Touraine R, Vanlerberghe C, Vincent M, Vincent-Delorme C, Whalen S, Willems M, Marle N, Verkarre V, Devalland C, Devouassoux-Shisheboran M, Abad M, Rioux-Leclercq N, Bonniaud B, Duffourd Y, Martel J, Binquet C, Kuentz P, Vabres P. Low risk of embryonic and other cancers in PIK3CA-related overgrowth spectrum: Impact on screening recommendations. Clin Genet 2023; 104:554-563. [PMID: 37580112 DOI: 10.1111/cge.14410] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/23/2022] [Revised: 07/07/2023] [Accepted: 07/19/2023] [Indexed: 08/16/2023]
Abstract
The PIK3CA-related overgrowth spectrum (PROS) encompasses various conditions caused by mosaic activating PIK3CA variants. PIK3CA somatic variants are also involved in various cancer types. Some generalized overgrowth syndromes are associated with an increased risk of Wilms tumor (WT). In PROS, abdominal ultrasound surveillance has been advocated to detect WT. We aimed to determine the risk of embryonic and other types of tumors in patients with PROS in order to evaluate surveillance relevance. We searched the clinical charts from 267 PROS patients for the diagnosis of cancer, and reviewed the medical literature for the risk of cancer. In our cohort, six patients developed a cancer (2.2%), and Kaplan Meier analyses estimated cumulative probabilities of cancer occurrence at 45 years of age was 5.6% (95% CI = 1.35%-21.8%). The presence of the PIK3CA variant was only confirmed in two out of four tumor samples. In the literature and our cohort, six cases of Wilms tumor/nephrogenic rests (0.12%) and four cases of other cancers have been reported out of 483 proven PIK3CA patients, in particular the p.(His1047Leu/Arg) variant. The risk of WT in PROS being lower than 5%, this is insufficient evidence to recommend routine abdominal imaging. Long-term follow-up studies are needed to evaluate the risk of other cancer types, as well as the relationship with the extent of tissue mosaicism and the presence or not of the variant in the tumor samples.
Collapse
Affiliation(s)
- Laurence Faivre
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs et FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Jean-Charles Crépin
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Service de Dermatologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de référence Maladies Rares Génétiques à Expression Cutanée (MAGEC), CHU Dijon, Dijon, France
| | - Manon Réda
- Oncogénétique, Centre de lutte contre le cancer Georges François Leclerc, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs et FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Oncogénétique, Centre de lutte contre le cancer Georges François Leclerc, Dijon, France
| | - Virginie Carmignac
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Centre de référence Maladies Rares Génétiques à Expression Cutanée (MAGEC), CHU Dijon, Dijon, France
| | | | - Tristan Mirault
- Université Paris Cité, PARCC INSERM U970, Centre de référence des maladies vasculaires rares, Hôpital européen Georges-Pompidou, Assistance Publique Hôpitaux de Paris, Paris, France
| | | | | | - Aude Maza
- Service de Dermatologie, CHU Toulouse, Toulouse, France
| | - Eve Puzenat
- Service de Dermatologie, CHU Besançon, Besançon, France
| | | | | | - Christophe Philippe
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- UF6254 Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, Plate-forme de Biologie Hospitalo-Universitaire, CHU Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Martin Chevarin
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- UF6254 Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, Plate-forme de Biologie Hospitalo-Universitaire, CHU Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Claire Abasq-Thomas
- Département de Pédiatrie et Génétique Médicale, CHU Brest Morvan, Brest, France
| | - Jeanne Amiel
- Service de Médecine Génomique des Maladies Rares et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Hôpital Necker-Enfants Malades, AP-HP, Paris, France
| | - Stéphanie Arpin
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHRU de Tours, Tours, France
| | | | - Geneviève Baujat
- Service de Médecine Génomique des Maladies Rares et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Hôpital Necker-Enfants Malades, AP-HP, Paris, France
| | - Didier Bessis
- Département de Dermatologie, CHRU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Emmanuelle Bourrat
- Service de dermatologie, centre de référence maladies génétiques à expression cutanée MAGEC, CHU St-Louis, Service de pédiatrie générale, CHU Robert Debré, Paris, France
| | - Odile Boute
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU Lille, Lille, France
| | - Nicolas Chassaing
- Service de Génétique Médicale et Centre de Compétence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU Toulouse, Toulouse, France
| | - Christine Coubes
- Département de Génétique Médicale, Maladies rares et Médecine Personnalisée, et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHRU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Bénédicte Demeer
- Centre d'Activité de Génétique Clinique et Oncogénétique, CHU d'Amiens, Amiens, France
| | - Patrick Edery
- Service de génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
- INSERM U1028, CNRS UMR5292, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, GENDEV Team, Université Claude Bernard Lyon 1, Bron, France
| | - Salima El Chehadeh
- Service de Génétique Médicale, Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Institut de Génétique Médicale d'Alsace (IGMA), CHRU de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Alice Goldenberg
- Service de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Rouen et Centre Normand de Génomique Médicale et Médecine Personnalisée, Rouen, France
| | - Smail Hadj-Rabia
- Service de Dermatologie et Centre de Référence des Maladies Rares Génétiques à Expression Cutanée (MAGEC), Université Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité, Institut Imagine, Hôpital Universitaire Necker Enfants Malades, Paris, France
| | - Damien Haye
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHRU de Tours, Tours, France
| | - Bertrand Isidor
- Service de Génétique Médicale et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Nantes, Nantes, France
| | - Marie-Line Jacquemont
- Unité de Génétique Médicale et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de la Réunion, Saint-Pierre, France
| | - Philippe Khau Van Kien
- Unité de Génétique Médicale et Cytogénétique, Centre de Compétence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Nîmes, Nîmes, France
| | - Didier Lacombe
- Service de Génétique Médicale et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Daphné Lehalle
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Laetitia Lambert
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Nancy, Nancy, France
| | | | | | - Fanny Morice-Picard
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Nancy, Nancy, France
- Service de Dermatologie, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Florence Petit
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU Lille, Lille, France
| | - Alice Phan
- Service de Dermatologie, CHU de Lyon, Lyon, France
| | - Lucile Pinson
- Département de Génétique Médicale, Maladies rares et Médecine Personnalisée, et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHRU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Massimiliano Rossi
- Service de génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
- INSERM U1028, CNRS UMR5292, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, GENDEV Team, Université Claude Bernard Lyon 1, Bron, France
| | - Renaud Touraine
- Service de Génétique Clinique et Centre de Compétence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Saint-Etienne, Saint-Etienne, France
| | - Clémence Vanlerberghe
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU Lille, Lille, France
| | - Marie Vincent
- Service de Génétique Médicale et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Nantes, Nantes, France
| | - Catherine Vincent-Delorme
- Service de Génétique Clinique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU Lille, Lille, France
| | - Sandra Whalen
- Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique, Hôpital Armand-Trousseau, Paris, France
| | - Marjolaine Willems
- Département de Génétique Médicale, Maladies rares et Médecine Personnalisée, et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHRU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Nathalie Marle
- UF6254 Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, Plate-forme de Biologie Hospitalo-Universitaire, CHU Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Virginie Verkarre
- Service d'Anatomie Pathologique, Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris, France et INSERM UMR 970, Equipe 13, PARCC Université de Paris Cité, Paris, France
| | - Christine Devalland
- Service d'Anatomie Pathologique, Hôpital Nord Franche Comté, Trevenans, France
| | | | - Marine Abad
- Service d'Anatomie Pathologique, CHU Besançon, Besançon, France
| | | | | | - Yannis Duffourd
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Jehanne Martel
- Centre de référence Maladies Rares Génétiques à Expression Cutanée (MAGEC), CHU Dijon, Dijon, France
| | - Christine Binquet
- INSERM, Université de Bourgogne, CHU Dijon Bourgogne, CIC 1432, Module Épidémiologie Clinique, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Pierre Vabres
- Equipe INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Service de Dermatologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de référence Maladies Rares Génétiques à Expression Cutanée (MAGEC), CHU Dijon, Dijon, France
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6
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Engel C, Valence S, Delplancq G, Maroofian R, Accogli A, Agolini E, Alkuraya FS, Baglioni V, Bagnasco I, Becmeur-Lefebvre M, Bertini E, Borggraefe I, Brischoux-Boucher E, Bruel AL, Brusco A, Bubshait DK, Cabrol C, Cilio MR, Cornet MC, Coubes C, Danhaive O, Delague V, Denommé-Pichon AS, Di Giacomo MC, Doco-Fenzy M, Engels H, Cremer K, Gérard M, Gleeson JG, Heron D, Goffeney J, Guimier A, Harms FL, Houlden H, Iacomino M, Kaiyrzhanov R, Kamien B, Karimiani EG, Kraus D, Kuentz P, Kutsche K, Lederer D, Massingham L, Mignot C, Morris-Rosendahl D, Nagarajan L, Odent S, Ormières C, Partlow JN, Pasquier L, Penney L, Philippe C, Piccolo G, Poulton C, Putoux A, Rio M, Rougeot C, Salpietro V, Scheffer I, Schneider A, Srivastava S, Straussberg R, Striano P, Valente EM, Venot P, Villard L, Vitobello A, Wagner J, Wagner M, Zaki MS, Zara F, Lesca G, Yassaee VR, Miryounesi M, Hashemi-Gorji F, Beiraghi M, Ashrafzadeh F, Galehdari H, Walsh C, Novelli A, Tacke M, Sadykova D, Maidyrov Y, Koneev K, Shashkin C, Capra V, Zamani M, Van Maldergem L, Burglen L, Piard J. BRAT1-related disorders: phenotypic spectrum and phenotype-genotype correlations from 97 patients. Eur J Hum Genet 2023; 31:1023-1031. [PMID: 37344571 PMCID: PMC10474045 DOI: 10.1038/s41431-023-01410-z] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/22/2022] [Revised: 04/26/2023] [Accepted: 06/07/2023] [Indexed: 06/23/2023] Open
Abstract
BRAT1 biallelic variants are associated with rigidity and multifocal seizure syndrome, lethal neonatal (RMFSL), and neurodevelopmental disorder associating cerebellar atrophy with or without seizures syndrome (NEDCAS). To date, forty individuals have been reported in the literature. We collected clinical and molecular data from 57 additional cases allowing us to study a large cohort of 97 individuals and draw phenotype-genotype correlations. Fifty-nine individuals presented with BRAT1-related RMFSL phenotype. Most of them had no psychomotor acquisition (100%), epilepsy (100%), microcephaly (91%), limb rigidity (93%), and died prematurely (93%). Thirty-eight individuals presented a non-lethal phenotype of BRAT1-related NEDCAS phenotype. Seventy-six percent of the patients in this group were able to walk and 68% were able to say at least a few words. Most of them had cerebellar ataxia (82%), axial hypotonia (79%) and cerebellar atrophy (100%). Genotype-phenotype correlations in our cohort revealed that biallelic nonsense, frameshift or inframe deletion/insertion variants result in the severe BRAT1-related RMFSL phenotype (46/46; 100%). In contrast, genotypes with at least one missense were more likely associated with NEDCAS (28/34; 82%). The phenotype of patients carrying splice variants was variable: 41% presented with RMFSL (7/17) and 59% with NEDCAS (10/17).
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Affiliation(s)
- Camille Engel
- Centre de Génétique Humaine, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Université de Franche-Comté, Besançon, France.
| | - Stéphanie Valence
- Service de Neurologie Pédiatrique, Hôpital Armand Trousseau, APHP Sorbonne Université, Paris, France
| | - Geoffroy Delplancq
- Centre de Génétique Humaine, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Université de Franche-Comté, Besançon, France
| | - Reza Maroofian
- Department of Neuromuscular Diseases UCL Queen Square Institute of Neurology, University College London, London, UK
| | - Andrea Accogli
- Department of Specialized Medicine, Division of Medical Genetics, McGill University Health Centre, Montreal, QC, Canada
| | - Emanuele Agolini
- Laboratory of Medical Genetics, Translational Cytogenomics Research Unit, Bambino Gesù Children's Hospital, IRCCS, Rome, Italy
| | - Fowzan S Alkuraya
- Department of Translational Genomics, Center for Genomic Medicine, King Faisal Specialist Hospital and Research Center, Riyadh, Saudi Arabia
| | - Valentina Baglioni
- Department of Human Neurosciences, Institute of Child and Adolescent Neuropsychiatry, Sapienza University of Rome, Rome, Italy
| | - Irene Bagnasco
- Division of Neuropsychiatry, Epilepsy Center for Children, Martini Hospital, 10141, Turin, Italy
| | | | - Enrico Bertini
- Unit of Neuromuscular and Neurodegenerative Disorders, Department of Neurosciences, Bambino Gesù Children's Hospital IRCCS, Rome, Italy
| | - Ingo Borggraefe
- Department of Pediatric Neurology, Developmental Medicine and Social Pediatrics, University of Munich, 80337, Munich, Germany
| | - Elise Brischoux-Boucher
- Centre de Génétique Humaine, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Université de Franche-Comté, Besançon, France
| | - Ange-Line Bruel
- UMR 1231 GAD, Inserm, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Alfredo Brusco
- Department of Medical Sciences, University of Torino, 10126, Turin, Italy
| | - Dalal K Bubshait
- Department of Pediatrics, College of Medicine, Imam Abdulrahman Bin Faisal University, Dammam, Saudi Arabia
| | - Christelle Cabrol
- Centre de Génétique Humaine, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Université de Franche-Comté, Besançon, France
| | - Maria Roberta Cilio
- Department of Pediatrics, Division of Pediatric Neurology Saint-Luc University Hospital, and Institute of Neuroscience (IoNS), Catholic University of Louvain, Brussels, Belgium
| | - Marie-Coralie Cornet
- Department of Pediatrics, Division of Neonatology, University of California San Francisco, San Francisco, CA, USA
| | - Christine Coubes
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Olivier Danhaive
- Division of Neonatology, Saint-Luc university Hospital, and Institut of Clinical and Experimental Research (IREC), Bruxelles, Belgium
| | - Valérie Delague
- Aix Marseille Univ, INSERM, Marseille Medical Genetics Center, MMG, Marseille, France
| | - Anne-Sophie Denommé-Pichon
- UMR 1231 GAD, Inserm, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Marilena Carmela Di Giacomo
- Medical Genetics Service and Laboratory of Cytogenetics, SIC Anatomia Patologica, "San Carlo" Hospital, 85100, Potenza, Italy
| | - Martine Doco-Fenzy
- CHU Reims, Service de Génétique, Reims, France
- CHU de Nantes, service de génétique médicale, Nantes, France
- L'institut du thorax, INSERM, UNIV Nantes, Nantes, France
| | - Hartmut Engels
- Institute of Human Genetics, University of Bonn, School of Medicine & University Hospital Bonn, Bonn, Germany
| | - Kirsten Cremer
- Institute of Human Genetics, University of Bonn, School of Medicine & University Hospital Bonn, Bonn, Germany
| | - Marion Gérard
- Clinical Genetics, Côte de Nacre University Hospital Center, Caen, France
| | - Joseph G Gleeson
- University of California San Diego, Department of Neurosciences, Rady Children's Institute for Genomic Medicine, San Diego, CA, 92037, USA
| | - Delphine Heron
- Department of Genetics, Pitié-Salpêtrière Hospital, AP-HP, Sorbonne University, Paris, France
| | - Joanna Goffeney
- Service de neuropédiatrie, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Université de Franche-Comté, Besançon, France
| | - Anne Guimier
- Service de Médecine Génomique des Maladies Rares, Hôpital Necker Enfants Malades, Institut Imagine et Université Paris-Cité, Paris, France
| | - Frederike L Harms
- Institute of Human Genetics, University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany
| | - Henry Houlden
- Department of Neuromuscular Diseases UCL Queen Square Institute of Neurology, University College London, London, UK
| | - Michele Iacomino
- Unit of Medical Genetics, IRCCS Instituto Giannina Gaslini, Genova, Italy
| | - Rauan Kaiyrzhanov
- Department of Neuromuscular Diseases UCL Queen Square Institute of Neurology, University College London, London, UK
| | - Benjamin Kamien
- Genetic Services of Western Australia, King Edward Memorial Hospital, Perth, WA, 6008, Australia
| | - Ehsan Ghayoor Karimiani
- Department of Molecular Genetics, Next Generation Genetic Polyclinic, Mashhad, Iran
- Molecular and Clinical Sciences Institute, St. George's, University of London, Cranmer Terrace, London, SW17 0RE, UK
| | - Dror Kraus
- Department of Neurology, Schneider Children's Medical Center of Israel, Petah Tiqva, Israel
- Sackler Faculty of Medicine, Tel Aviv University, Tel Aviv, 6997801, Israel
| | - Paul Kuentz
- UMR 1231 GAD, Inserm, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Kerstin Kutsche
- Institute of Human Genetics, University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany
| | - Damien Lederer
- Institute for Pathology and Genetics, 6040, Gosselies, Belgium
| | - Lauren Massingham
- Division of Medical Genetics, Department of Pediatrics, Hasbro Children's Hospital, Providence, RI, USA
| | - Cyril Mignot
- APHP, Sorbonne Université, Département de Génétique, Paris, France
- Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, GH Pitié-Salpêtrière/Hôpital Armand Trousseau, Paris, France
| | - Déborah Morris-Rosendahl
- Clinical Genetics and Genomics, Royal Brompton and Harefield NHS Foundation Trust, London, UK
- NHLI, Imperial College London, London, UK
| | - Lakshmi Nagarajan
- Department of Neurology, Perth Children's Hospital, Nedlands, WA, Australia
- University of Western Australia, Nedlands, WA, Australia
| | - Sylvie Odent
- Service de Génétique Clinique, Centre Référence "Déficiences Intellectuelles de causes rares" (CRDI), Centre Référence Anomalies du développement (CLAD-Ouest), CHU Rennes, Univ Rennes, Rennes, France
| | - Clothilde Ormières
- Service de Médecine Génomique des Maladies Rares, Hôpital Necker Enfants Malades, Institut Imagine et Université Paris-Cité, Paris, France
| | - Jennifer Neil Partlow
- Division of Genetics and Genomics and Howard Hughes Medical Institute, Boston Children's Hospital, Boston, MA, USA
| | - Laurent Pasquier
- Service de Génétique Clinique, Centre Référence "Déficiences Intellectuelles de causes rares" (CRDI), Centre Référence Anomalies du développement (CLAD-Ouest), CHU Rennes, Univ Rennes, Rennes, France
| | - Lynette Penney
- Department of Pediatrics, IWK Health Centre, Dalhousie University, Halifax, NS, Canada
| | - Christophe Philippe
- UMR 1231 GAD, Inserm, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | | | - Cathryn Poulton
- Genetic Services of Western Australia, King Edward Memorial Hospital, Perth, WA, 6008, Australia
| | - Audrey Putoux
- Hospices Civils de Lyon, Service de Génétique, Bron, France
- Équipe GENDEV, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, INSERM U1028 CNRS UMR5292, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
| | - Marlène Rio
- Service de Médecine Génomique des Maladies Rares, Hôpital Necker Enfants Malades, Institut Imagine et Université Paris-Cité, Paris, France
| | | | - Vincenzo Salpietro
- Department of Neuromuscular Diseases UCL Queen Square Institute of Neurology, University College London, London, UK
- IRCCS Giannina Gaslini Institute, Genova, Italy
- Department of Neurosciences, Rehabilitation, Ophthalmology, Genetics, Maternal and Child Health, University of Genova, Genova, Italy
| | - Ingrid Scheffer
- Department of Medicine, Austin Health, The University of Melbourne, Heidelberg, VIC, Australia
- Royal Children's Hospital, Florey Institute and Murdoch Children's Research Institute, Melbourne, VIC, Australia
| | - Amy Schneider
- Department of Medicine, Austin Health, The University of Melbourne, Heidelberg, VIC, Australia
| | | | - Rachel Straussberg
- Sackler Faculty of Medicine, Tel Aviv University, Tel Aviv, 6997801, Israel
| | - Pasquale Striano
- IRCCS Giannina Gaslini Institute, Genova, Italy
- Department of Neurosciences, Rehabilitation, Ophthalmology, Genetics, Maternal and Child Health, University of Genova, Genova, Italy
| | - Enza Maria Valente
- Department of Molecular Medicine, University of Pavia, Pavia, Italy
- Neurogenetics Research Center, IRCCS Mondino Foundation, Pavia, Italy
| | - Perrine Venot
- Neonatal Intensive Care Unit, Institut Alix de Champagne, Reims, France
| | - Laurent Villard
- Aix Marseille Univ, INSERM, Marseille Medical Genetics Center, MMG, Marseille, France
- Département de Génétique Médicale, AP-HM, Hôpital d'Enfants de La Timone, Marseille, France
| | - Antonio Vitobello
- UMR 1231 GAD, Inserm, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Johanna Wagner
- Department of Pediatric Neurology, Developmental Medicine and Social Pediatrics, University of Munich, 80337, Munich, Germany
| | - Matias Wagner
- Department of Pediatric Neurology, Developmental Medicine and Social Pediatrics, University of Munich, 80337, Munich, Germany
- Institute for Neurogenomics, Helmholtz Center Munich, Neuherberg, Germany
- Institute of Human Genetics, School of Medicine, Technical University Munich, Munich, Germany
| | - Maha S Zaki
- Clinical Genetics Department, Human Genetics and Genome Research Institute, National Research Centre, Cairo, Egypt
| | - Federizo Zara
- IRCCS Giannina Gaslini Institute, Genova, Italy
- Department of Neurosciences, Rehabilitation, Ophthalmology, Genetics, Maternal and Child Health, University of Genova, Genova, Italy
| | - Gaetan Lesca
- Hospices Civils de Lyon, Service de Génétique, Bron, France
- Pathophysiology and Genetics of Neuron and Muscle (PGNM, UCBL - CNRS UMR5261 - INSERM U1315), Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
| | - Vahid Reza Yassaee
- Genomic Research Center, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran
| | - Mohammad Miryounesi
- Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran
| | - Farzad Hashemi-Gorji
- Genomic Research Center, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran
| | - Mehran Beiraghi
- Department of Pediatrics, Faculty of Medicine, Mashhad University of Medical Sciences, Mashhad, Iran
| | - Farah Ashrafzadeh
- Department of Pediatrics, Faculty of Medicine, Mashhad University of Medical Sciences, Mashhad, Iran
| | - Hamid Galehdari
- Department of Biology, Faculty of Science, Shahid Chamran University of Ahvaz, Ahvaz, Iran
| | - Christopher Walsh
- Division of Genetics and Genomics and Howard Hughes Medical Institute, Boston Children's Hospital, Boston, MA, USA
| | - Antonio Novelli
- Laboratory of Medical Genetics, Translational Cytogenomics Research Unit, Bambino Gesù Children's Hospital, IRCCS, Rome, Italy
| | - Moritz Tacke
- Department of Pediatric Neurology, Developmental Medicine and Social Pediatrics, University of Munich, 80337, Munich, Germany
| | | | - Yerdan Maidyrov
- S. D. Asfendiyarov Kazakh National Medical University Almaty, Almaty, Kazakhstan
| | - Kairgali Koneev
- Department of Neurology and Neurosurgery, Asfendiyarov Kazakh National Medical University, Almaty, 050000, Kazakhstan
| | - Chingiz Shashkin
- Department of Neurology, The International Institute of Postraduate Education, Almaty, Kazakhstan
| | - Valeria Capra
- Unit of Medical Genetics, IRCCS Instituto Giannina Gaslini, Genova, Italy
| | - Mina Zamani
- Department of Biology, Faculty of Science, Shahid Chamran University of Ahvaz, Ahvaz, Iran
| | - Lionel Van Maldergem
- Centre de Génétique Humaine, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Université de Franche-Comté, Besançon, France
| | - Lydie Burglen
- Centre de Référence des Malformations et Maladies Congénitales du Cervelet, Département de Génétique, AP-HP, Sorbonne Université, Hôpital Trousseau, Paris, France
| | - Juliette Piard
- Centre de Génétique Humaine, Centre Hospitalier Régional Universitaire, Université de Franche-Comté, Besançon, France
- UMR 1231 GAD, Inserm, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
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Albokhari D, Pritchard AB, Beil A, Muss C, Bupp C, Grange DK, Delplancq G, Heeley J, Zuteck M, Morrow MM, Kuentz P, Palculict TB, Hoover-Fong JE. TELO2-related syndrome (You-Hoover-Fong syndrome): Description of 14 new affected individuals and review of the literature. Am J Med Genet A 2023; 191:1261-1272. [PMID: 36797513 DOI: 10.1002/ajmg.a.63142] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 06/06/2022] [Revised: 10/18/2022] [Accepted: 01/18/2023] [Indexed: 02/18/2023]
Abstract
You-Hoover-Fong syndrome (YHFS) is an autosomal recessive condition caused by pathogenic variants in the TELO2 gene. Affected individuals were reported to have global developmental delay, intellectual disability, microcephaly, dysmorphic facial features, ocular involvement including cortical visual impairment, strabismus, cataract and rotatory nystagmus, movement disorder, hypertonia and spasticity, balance disturbance and ataxia, and abnormal sleep pattern. Other features reported include poor growth, cleft palate, cardiac malformations, epilepsy, scoliosis, and hearing loss. To date, 12 individuals with YHFS have been reported in the literature. Here we describe 14 new individuals with YHFS from 10 families. Their clinical presentation provides additional support of the phenotype recognized previously and delineates the clinical spectrum associated with YHFS syndrome. In addition, we present a review of the literature including follow-up data on four previously reported individuals with YHFS.
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Affiliation(s)
- Daniah Albokhari
- Department of Pediatrics, Taibah University College of Medicine, Medina, Saudi Arabia.,Mckusick-Nathan Department of Genetic Medicine, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, Maryland, USA
| | - Amanda Barone Pritchard
- Division of Pediatric Genetics, Metabolism, and Genomic Medicine, Department of Pediatrics, C.S. Mott Children's Hospital, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan, USA
| | - Adelyn Beil
- Division of Pediatric Genetics, Metabolism, and Genomic Medicine, Department of Pediatrics, C.S. Mott Children's Hospital, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan, USA
| | - Candace Muss
- Department of Genetics, Nemours Children's Hospital, Wilmington, Delaware, USA
| | - Caleb Bupp
- Spectrum Health, Helen Devos Children's Hospital, Medical Genetics and Genomics, Grand Rapids, Michigan, USA
| | - Dorothy K Grange
- Division of Genetics and Genomic Medicine, Department of Pediatrics, Washington University School of Medicine, St. Louis Children's Hospital, St. Louis, Missouri, USA
| | - Geoffroy Delplancq
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France.,Service de Neuropédiatrie, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Jennifer Heeley
- Division of Genetics and Genomic Medicine, Department of Pediatrics, Washington University School of Medicine, St. Louis Children's Hospital, St. Louis, Missouri, USA
| | - Melissa Zuteck
- Spectrum Health, Helen Devos Children's Hospital, Medical Genetics and Genomics, Grand Rapids, Michigan, USA
| | | | - Paul Kuentz
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France.,INSERM - Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 Equipe GAD, Génétique des Anomalies du Développement, FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | | | - Julie E Hoover-Fong
- Mckusick-Nathan Department of Genetic Medicine, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, Maryland, USA
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Chevarin M, Alcantara D, Albuisson J, Collonge-Rame MA, Populaire C, Selmani Z, Baurand A, Sawka C, Bertolone G, Callier P, Duffourd Y, Jonveaux P, Bignon YJ, Coupier I, Cornelis F, Cordier C, Mozelle-Nivoix M, Rivière JB, Kuentz P, Thauvin C, Boidot R, Ghiringhelli F, O'Driscoll M, Faivre L, Nambot S. The "extreme phenotype approach" applied to male breast cancer allows the identification of rare variants of ATR as potential breast cancer susceptibility alleles. Oncotarget 2023; 14:111-125. [PMID: 36749285 PMCID: PMC9904323 DOI: 10.18632/oncotarget.28358] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 06/23/2022] [Accepted: 01/23/2023] [Indexed: 02/08/2023] Open
Abstract
In oncogenetics, some patients could be considered as "extreme phenotypes", such as those with very early onset presentation or multiple primary malignancies, unusually high numbers of cancers of the same spectrum or rare cancer types in the same parental branch. For these cases, a genetic predisposition is very likely, but classical candidate gene panel analyses often and frustratingly remains negative. In the framework of the EX2TRICAN project, exploring unresolved extreme cancer phenotypes, we applied exome sequencing on rare familial cases with male breast cancer, identifying a novel pathogenic variant of ATR (p.Leu1808*). ATR has already been suspected as being a predisposing gene to breast cancer in women. We next identified 3 additional ATR variants in a cohort of both male and female with early onset and familial breast cancers (c.7762-2A>C; c.2078+1G>A; c.1A>G). Further molecular and cellular investigations showed impacts on transcripts for variants affecting splicing sites and reduction of ATR expression and phosphorylation of the ATR substrate CHEK1. This work further demonstrates the interest of an extended genetic analysis such as exome sequencing to identify very rare variants that can play a role in cancer predisposition in extreme phenotype cancer cases unexplained by classical cancer gene panels testing.
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Affiliation(s)
- Martin Chevarin
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation diagnostique dans les maladies rares, laboratoire de génétique chromosomique et moléculaire, Plateau Technique de Biologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Diana Alcantara
- Human DNA Damage Response Disorders Group, University of Sussex, Genome Damage and Stability Centre, Brighton, United Kingdom
| | - Juliette Albuisson
- Service d’Oncogénétique, Centre Georges François Leclerc, Dijon, France
- Département de biologie et pathologie des tumeurs, Centre Georges François Leclerc, Dijon, France
| | | | - Céline Populaire
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Zohair Selmani
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Amandine Baurand
- Service d’Oncogénétique, Centre Georges François Leclerc, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement de l’Interrégion Est, Hôpital d’Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Caroline Sawka
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement de l’Interrégion Est, Hôpital d’Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Geoffrey Bertolone
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement de l’Interrégion Est, Hôpital d’Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Patrick Callier
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle Innovation diagnostique dans les maladies rares, laboratoire de génétique chromosomique et moléculaire, Plateau Technique de Biologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), CHU Dijon Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), CHU Dijon Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Philippe Jonveaux
- Laboratoire de Génétique Médicale, INSERM U954, Hôpitaux de Brabois, Vandoeuvre les Nancy, France
| | - Yves-Jean Bignon
- Laboratoire d’Oncologie Moléculaire, Centre Jean Perrin, Clermont-Ferrand, France
| | | | - François Cornelis
- Université Bordeaux, IMB, UMR 5251, Talence, France
- Service d’imagerie diagnostique et interventionnelle de l’adulte, Hôpital Pellegrin, CHU de Bordeaux, France
| | | | | | - Jean-Baptiste Rivière
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement de l’Interrégion Est, Hôpital d’Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), CHU Dijon Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, Besançon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), CHU Dijon Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Christel Thauvin
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement de l’Interrégion Est, Hôpital d’Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Romain Boidot
- Département de biologie et pathologie des tumeurs, Centre Georges François Leclerc, Dijon, France
| | - François Ghiringhelli
- Département d’oncologie médicale, INSERM LNC U1231, Centre Georges François Leclerc, Dijon, France
| | - Marc O'Driscoll
- Human DNA Damage Response Disorders Group, University of Sussex, Genome Damage and Stability Centre, Brighton, United Kingdom
| | - Laurence Faivre
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Service d’Oncogénétique, Centre Georges François Leclerc, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement de l’Interrégion Est, Hôpital d’Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), CHU Dijon Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- Inserm UMR 1231 GAD Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Service d’Oncogénétique, Centre Georges François Leclerc, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement de l’Interrégion Est, Hôpital d’Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), CHU Dijon Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
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Jacquin C, Landais E, Poirsier C, Afenjar A, Akhavi A, Bednarek N, Bénech C, Bonnard A, Bosquet D, Burglen L, Callier P, Chantot-Bastaraud S, Coubes C, Coutton C, Delobel B, Descharmes M, Dupont JM, Gatinois V, Gruchy N, Guterman S, Heddar A, Herissant L, Heron D, Isidor B, Jaeger P, Jouret G, Keren B, Kuentz P, Le Caignec C, Levy J, Lopez N, Manssens Z, Martin-Coignard D, Marey I, Mignot C, Missirian C, Pebrel-Richard C, Pinson L, Puechberty J, Redon S, Sanlaville D, Spodenkiewicz M, Tabet AC, Verloes A, Vieville G, Yardin C, Vialard F, Doco-Fenzy M. 1p36 deletion syndrome: Review and mapping with further characterization of the phenotype, a new cohort of 86 patients. Am J Med Genet A 2023; 191:445-458. [PMID: 36369750 PMCID: PMC10100125 DOI: 10.1002/ajmg.a.63041] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 1.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/15/2021] [Revised: 08/29/2022] [Accepted: 09/20/2022] [Indexed: 11/13/2022]
Abstract
Chromosome 1p36 deletion syndrome (1p36DS) is one of the most common terminal deletion syndromes (incidence between 1/5000 and 1/10,000 live births in the American population), due to a heterozygous deletion of part of the short arm of chromosome 1. The 1p36DS is characterized by typical craniofacial features, developmental delay/intellectual disability, hypotonia, epilepsy, cardiomyopathy/congenital heart defect, brain abnormalities, hearing loss, eyes/vision problem, and short stature. The aim of our study was to (1) evaluate the incidence of the 1p36DS in the French population compared to 22q11.2 deletion syndrome and trisomy 21; (2) review the postnatal phenotype related to microarray data, compared to previously publish prenatal data. Thanks to a collaboration with the ACLF (Association des Cytogénéticiens de Langue Française), we have collected data of 86 patients constituting, to the best of our knowledge, the second-largest cohort of 1p36DS patients in the literature. We estimated an average of at least 10 cases per year in France. 1p36DS seems to be much less frequent than 22q11.2 deletion syndrome and trisomy 21. Patients presented mainly dysmorphism, microcephaly, developmental delay/intellectual disability, hypotonia, epilepsy, brain malformations, behavioral disorders, cardiomyopathy, or cardiovascular malformations and, pre and/or postnatal growth retardation. Cardiac abnormalities, brain malformations, and epilepsy were more frequent in distal deletions, whereas microcephaly was more common in proximal deletions. Mapping and genotype-phenotype correlation allowed us to identify four critical regions responsible for intellectual disability. This study highlights some phenotypic variability, according to the deletion position, and helps to refine the phenotype of 1p36DS, allowing improved management and follow-up of patients.
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Affiliation(s)
- Clémence Jacquin
- Service de Génétique, CRMR AnDDI-Rares, CHU Reims, Reims, France
| | - Emilie Landais
- Service de Génétique, CRMR AnDDI-Rares, CHU Reims, Reims, France
| | - Céline Poirsier
- Service de Génétique, CRMR AnDDI-Rares, CHU Reims, Reims, France
| | - Alexandra Afenjar
- Centre de Référence des Malformations et Maladies Congénitales du Cervelet, Département de Génétique et Embryologie Médicale, APHP, Hôpital Trousseau, Paris, France
| | - Ahmad Akhavi
- Cardiologie pédiatrique et congénitale, CHU Reims, Reims, France
| | - Nathalie Bednarek
- Service de pédiatrie, Pôle Femme Parents Enfants, CHU Reims, Reims, France.,CReSTIC/EA 3804, URCA, Reims, France
| | - Caroline Bénech
- University of Brest, Inserm, EFS, UMR 1078, GGB, Brest, France
| | - Adeline Bonnard
- Département de Génétique, Hôpital Robert Debré, Paris, France
| | - Damien Bosquet
- Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
| | - Lydie Burglen
- Centre de Référence des Malformations et Maladies Congénitales du Cervelet, Département de Génétique et Embryologie Médicale, APHP, Hôpital Trousseau, Paris, France
| | | | - Sandra Chantot-Bastaraud
- AP-HP Sorbonne Université, Département de Génétique Médicale, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France
| | - Christine Coubes
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Génétique clinique, CHU Montpellier, Université Montpellier, Centre de référence anomalies du développement SOOR, Montpellier, France
| | - Charles Coutton
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble-Alpes, Grenoble, France.,Genetic Epigenetic and Therapies of Infertility team, Institute for Advanced Biosciences, Inserm U 1209, CNRS UMR 5309, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France
| | - Bruno Delobel
- Centre de Génétique Chromosomique, GH de l'Institut Catholique de Lille-Hopital Saint Vincent de Paul, Lille, France
| | - Margaux Descharmes
- Service de pédiatrie, Pôle Femme Parents Enfants, CHU Reims, Reims, France
| | - Jean-Michel Dupont
- Laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle, APHP. Centre-Université Paris Cité site Cochin, Paris, France
| | - Vincent Gatinois
- Plateforme ChromoStem, Unité de génétique chromosomique, Département de génétique moléculaire et cytogénomique, CHU de Montpellier, Université de Montpellier, Montpellier, France
| | - Nicolas Gruchy
- Service de Génétique, CHU Caen, Université Caen Normandie, Caen, France
| | - Sarah Guterman
- Département de Génétique, Centre Hospitalier Intercommunal Poissy-St-Germain-en-Laye, Poissy, France
| | - Abdelkader Heddar
- Laboratoire de Cytogénétique Constitutionnelle, APHP. Centre-Université Paris Cité site Cochin, Paris, France
| | - Lucas Herissant
- Service de Génétique, CRMR AnDDI-Rares, CHU Reims, Reims, France
| | - Delphine Heron
- AP-HP Sorbonne Université, Département de Génétique Médicale, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.,Département de Génétique; Centre de Référence Déficience Intellectuelle de Causes Rares, APHP Sorbonne Université, GH Pitié-Salpêtrière, Paris, France
| | - Bertrand Isidor
- Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes, Nantes, France
| | - Pauline Jaeger
- Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
| | - Guillaume Jouret
- National Center of Genetics, Laboratoire National de Santé, Dudelange, Luxembourg
| | - Boris Keren
- Département de Génétique; Centre de Référence Déficience Intellectuelle de Causes Rares, APHP Sorbonne Université, GH Pitié-Salpêtrière, Paris, France
| | - Paul Kuentz
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, CHU de Besançon, Besançon, France
| | | | - Jonathan Levy
- Département de Génétique, Hôpital Robert Debré, Paris, France
| | - Nathalie Lopez
- Service de neuropédiatrie, Hôpital Armand Trousseau, Groupe Hospitalier Universitaire de l'Est Parisien, Paris, France
| | - Zoe Manssens
- Centre de Génétique Chromosomique, GH de l'Institut Catholique de Lille-Hopital Saint Vincent de Paul, Lille, France
| | | | - Isabelle Marey
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble-Alpes, Grenoble, France
| | - Cyril Mignot
- AP-HP Sorbonne Université, Département de Génétique Médicale, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.,Département de Génétique; Centre de Référence Déficience Intellectuelle de Causes Rares, APHP Sorbonne Université, GH Pitié-Salpêtrière, Paris, France
| | - Chantal Missirian
- Laboratoire de Génétique Chromosomique, Département de Génétique Médicale, AP- HM, Marseille, France
| | - Céline Pebrel-Richard
- Service de Cytogénétique Médicale, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France
| | - Lucile Pinson
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Génétique clinique, CHU Montpellier, Université Montpellier, Centre de référence anomalies du développement SOOR, Montpellier, France
| | - Jacques Puechberty
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Génétique clinique, CHU Montpellier, Université Montpellier, Centre de référence anomalies du développement SOOR, Montpellier, France
| | - Sylvia Redon
- University of Brest, Inserm, EFS, UMR 1078, GGB, Brest, France.,Service de Génétique Médicale et Biologie de la Reproduction, CHU de Brest, Brest, France
| | | | | | | | - Alain Verloes
- Département de Génétique, Hôpital Robert Debré, Paris, France
| | - Gaelle Vieville
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble-Alpes, Grenoble, France
| | - Catherine Yardin
- Department of Cytogenetics and clinical genetics, Limoges University Hospital, University of Limoges, Limoges, France
| | - François Vialard
- Département de Génétique, Centre Hospitalier Intercommunal Poissy-St-Germain-en-Laye, Poissy, France.,RHuMA, UMR BREED, INRAE-UVSQ-ENVA, Montigny-le-bretonneux, France
| | - Martine Doco-Fenzy
- Service de Génétique, CRMR AnDDI-Rares, CHU Reims, Reims, France.,Service de génétique médicale, CHU de Nantes, Nantes, France.,L'institut du thorax, INSERM, CNRS, UNIV Nantes, CHU de Nantes, Nantes, France
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Di Rocco F, Licci ML, Garde A, Mottolese C, Thauvin-Robinet C, Chevarin M, Guibaud L, Vabres P, Kuentz P, Faivre L. Surgical management of Chiari malformation type 1 associated to MCAP syndrome and study of cerebellar and adjacent tissues for PIK3CA mosaicism. Eur J Med Genet 2023; 66:104678. [PMID: 36503153 DOI: 10.1016/j.ejmg.2022.104678] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/18/2022] [Accepted: 12/05/2022] [Indexed: 12/13/2022]
Abstract
BACKGROUND Subjects with Megalencephaly-Capillary Malformation-Polymicrogyria syndrome (MCAP) can present with a Chiari Malformation Type 1 and resulting alterations in cerebrospinal fluid (CSF) dynamics, which may require surgical treatment. The aim of this paper is to describe the features of children with MCAP who underwent surgical decompression for CM1, and to explore the PIK3CA variant allele frequency (VAF) identified in cerebellar parenchyma and other adjacent structures. METHODS This study reviewed two cases of children with CM1 and MCAP who underwent surgical decompression treatment. These two cases were part of a national cohort of 12 MCAP patients who had CM1, due to their surgical eligibility. Tissue samples were obtained from the cerebellar tonsils and adjacent anatomical structures during the surgical procedures. Samples were then subsequently analyzed for PIK3CA postzygotic variants. RESULTS In both cases, alterations in CSF dynamics, specifically hydrocephalus and syringomyelia, were observed and required surgical treatment. PIK3CA targeted sequencing determined the VAF of the postzygotic variant in both cerebellar and adjacent bone/connective tissues. DISCUSSION The recognition of a CM1 comorbidity in MCAP patients is of paramount importance when considering personalized treatment options, especially because these patients are at higher risk of developing complications during surgical decompression surgery. The variable PIK3CA VAF identified in the different analyzed tissues might help explain the heterogeneous nature and severity of anomalies observed in the volume of the posterior fossa structures in MCAP patients and associated CSF and venous disorders.
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Affiliation(s)
- Federico Di Rocco
- Service de Neurochirurgie Pédiatrique, Centre de Référence Craniosténoses-Lyon, HCL, Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France.
| | - Maria Lucia Licci
- Service de Neurochirurgie Pédiatrique, Centre de Référence Craniosténoses-Lyon, HCL, Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France
| | - Aurore Garde
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, Dijon, France; Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, Dijon, France; Equipe GAD, INSERM UMR1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Carmine Mottolese
- Service de Neurochirurgie Pédiatrique, Centre de Référence Craniosténoses-Lyon, HCL, Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, Dijon, France; Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, Dijon, France; Equipe GAD, INSERM UMR1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Martin Chevarin
- Equipe GAD, INSERM UMR1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurent Guibaud
- Service de Radiologie Pédiatrique, HCL, Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France
| | - Pierre Vabres
- Centre de Référence des Maladies Rares de la Peau et des Muqueuses d'origine Génétique (MAGEC), FHU TRANSLAD, Service de Dermatologie, CHU Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Equipe GAD, INSERM UMR1231, Université de Bourgogne, Dijon, France; Centre de Référence des Maladies Rares de la Peau et des Muqueuses d'origine Génétique (MAGEC), FHU TRANSLAD, Service de Dermatologie, CHU Dijon, France; Oncobiologie Génétique Bioinformatique, CHU Besançon, F-25000, Besançon, France
| | - Laurence Faivre
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, Dijon, France; Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, Dijon, France; Equipe GAD, INSERM UMR1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
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Jouret G, Egloff M, Landais E, Tassy O, Giuliano F, Karmous-Benailly H, Coutton C, Satre V, Devillard F, Dieterich K, Vieville G, Kuentz P, le Caignec C, Beneteau C, Isidor B, Nizon M, Callier P, Marquet V, Bieth E, Lévy J, Tabet AC, Lyonnet S, Baujat G, Rio M, Cartault F, Scheidecker S, Gouronc A, Schalk A, Jacquin C, Spodenkiewicz M, Angélini C, Pennamen P, Rooryck C, Doco-Fenzy M, Poirsier C. Clinical and genomic delineation of the new proximal 19p13.3 microduplication syndrome. Am J Med Genet A 2023; 191:52-63. [PMID: 36196855 DOI: 10.1002/ajmg.a.62983] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/16/2022] [Revised: 08/16/2022] [Accepted: 09/20/2022] [Indexed: 12/14/2022]
Abstract
A small but growing body of scientific literature is emerging about clinical findings in patients with 19p13.3 microdeletion or duplication. Recently, a proximal 19p13.3 microduplication syndrome was described, associated with growth delay, microcephaly, psychomotor delay and dysmorphic features. The aim of our study was to better characterize the syndrome associated with duplications in the proximal 19p13.3 region (prox 19p13.3 dup), and to propose a comprehensive analysis of the underlying genomic mechanism. We report the largest cohort of patients with prox 19p13.3 dup through a collaborative study. We collected 24 new patients with terminal or interstitial 19p13.3 duplication characterized by array-based Comparative Genomic Hybridization (aCGH). We performed mapping, phenotype-genotype correlations analysis, critical region delineation and explored three-dimensional chromatin interactions by analyzing Topologically Associating Domains (TADs). We define a new 377 kb critical region (CR 1) in chr19: 3,116,922-3,494,377, GRCh37, different from the previously described critical region (CR 2). The new 377 kb CR 1 includes a TAD boundary and two enhancers whose common target is PIAS4. We hypothesize that duplications of CR 1 are responsible for tridimensional structural abnormalities by TAD disruption and misregulation of genes essentials for the control of head circumference during development, by breaking down the interactions between enhancers and the corresponding targeted gene.
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Affiliation(s)
- Guillaume Jouret
- Department of Genetics, Reims University Hospital, Reims, France.,National Center of Genetics (NCG), Laboratoire national de santé (LNS), Dudelange, Luxembourg
| | - Matthieu Egloff
- Department of Genetics, Necker-Enfants malades, AP-HP, Institut Imagine, Paris, France
| | - Emilie Landais
- Department of Genetics, Reims University Hospital, Reims, France
| | | | | | | | - Charles Coutton
- Service de Génétique et Procréation, Hôpital Couple-Enfant, CHU Grenoble Alpes, Université Grenoble-Alpes, La Tronche, France.,ACLF (Association des Cytogénéticiens de Langue Française, French Society of Cytogenetics) Member, Grenoble cedex, France
| | - Véronique Satre
- Service de Génétique et Procréation, Hôpital Couple-Enfant, CHU Grenoble Alpes, Université Grenoble-Alpes, La Tronche, France
| | - Françoise Devillard
- Service de Génétique et Procréation, Hôpital Couple-Enfant, CHU Grenoble Alpes, Université Grenoble-Alpes, La Tronche, France
| | - Klaus Dieterich
- Service de Génétique et Procréation, Hôpital Couple-Enfant, CHU Grenoble Alpes, Université Grenoble-Alpes, La Tronche, France
| | - Gaëlle Vieville
- Service de Génétique et Procréation, Hôpital Couple-Enfant, CHU Grenoble Alpes, Université Grenoble-Alpes, La Tronche, France
| | - Paul Kuentz
- Génétique Biologique, PCBio, Besançon University Hospital, Besançon, France
| | - Cédric le Caignec
- ACLF (Association des Cytogénéticiens de Langue Française, French Society of Cytogenetics) Member, Grenoble cedex, France.,Department of Genetics, Nantes University Hospital, Nantes, France
| | - Claire Beneteau
- Department of Genetics, Nantes University Hospital, Nantes, France
| | - Bertrand Isidor
- Department of Genetics, Nantes University Hospital, Nantes, France
| | - Mathilde Nizon
- Department of Genetics, Nantes University Hospital, Nantes, France
| | - Patrick Callier
- ACLF (Association des Cytogénéticiens de Langue Française, French Society of Cytogenetics) Member, Grenoble cedex, France.,Department of Genetics, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Valentine Marquet
- ACLF (Association des Cytogénéticiens de Langue Française, French Society of Cytogenetics) Member, Grenoble cedex, France.,Department of Genetics, Limoges University Hospital, Limoges, France
| | - Eric Bieth
- Department of Genetics, Toulouse University Hospital, Toulouse, France
| | - Jonathan Lévy
- Department of Genetics, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Anne-Claude Tabet
- Department of Genetics, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Stanislas Lyonnet
- Department of Genetics, Necker-Enfants malades, AP-HP, Institut Imagine, Paris, France.,INSERM U-1163, Université de Paris, Paris, France
| | - Geneviève Baujat
- Department of Genetics, Necker-Enfants malades, AP-HP, Institut Imagine, Paris, France
| | - Marlène Rio
- Department of Genetics, Necker-Enfants malades, AP-HP, Institut Imagine, Paris, France
| | - François Cartault
- Department of Genetics, La Réunion University Hospital, Saint Denis, France
| | | | | | | | - Clémence Jacquin
- Department of Genetics, Reims University Hospital, Reims, France
| | | | - Chloé Angélini
- CHU Bordeaux, Service de Génétique Médicale, Bordeaux, France
| | | | | | - Martine Doco-Fenzy
- Department of Genetics, Reims University Hospital, Reims, France.,ACLF (Association des Cytogénéticiens de Langue Française, French Society of Cytogenetics) Member, Grenoble cedex, France.,EA3801, SFR CAPSANTE, Reims, France
| | - Céline Poirsier
- Department of Genetics, Reims University Hospital, Reims, France
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Colin E, Duffourd Y, Chevarin M, Tisserant E, Verdez S, Paccaud J, Bruel AL, Tran Mau-Them F, Denommé-Pichon AS, Thevenon J, Safraou H, Besnard T, Goldenberg A, Cogné B, Isidor B, Delanne J, Sorlin A, Moutton S, Fradin M, Dubourg C, Gorce M, Bonneau D, El Chehadeh S, Debray FG, Doco-Fenzy M, Uguen K, Chatron N, Aral B, Marle N, Kuentz P, Boland A, Olaso R, Deleuze JF, Sanlaville D, Callier P, Philippe C, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Vitobello A. Stepwise use of genomics and transcriptomics technologies increases diagnostic yield in Mendelian disorders. Front Cell Dev Biol 2023; 11:1021920. [PMID: 36926521 PMCID: PMC10011630 DOI: 10.3389/fcell.2023.1021920] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 1.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/17/2022] [Accepted: 01/30/2023] [Indexed: 03/08/2023] Open
Abstract
Purpose: Multi-omics offer worthwhile and increasingly accessible technologies to diagnostic laboratories seeking potential second-tier strategies to help patients with unresolved rare diseases, especially patients clinically diagnosed with a rare OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) disease. However, no consensus exists regarding the optimal diagnostic care pathway to adopt after negative results with standard approaches. Methods: In 15 unsolved individuals clinically diagnosed with recognizable OMIM diseases but with negative or inconclusive first-line genetic results, we explored the utility of a multi-step approach using several novel omics technologies to establish a molecular diagnosis. Inclusion criteria included a clinical autosomal recessive disease diagnosis and single heterozygous pathogenic variant in the gene of interest identified by first-line analysis (60%-9/15) or a clinical diagnosis of an X-linked recessive or autosomal dominant disease with no causative variant identified (40%-6/15). We performed a multi-step analysis involving short-read genome sequencing (srGS) and complementary approaches such as mRNA sequencing (mRNA-seq), long-read genome sequencing (lrG), or optical genome mapping (oGM) selected according to the outcome of the GS analysis. Results: SrGS alone or in combination with additional genomic and/or transcriptomic technologies allowed us to resolve 87% of individuals by identifying single nucleotide variants/indels missed by first-line targeted tests, identifying variants affecting transcription, or structural variants sometimes requiring lrGS or oGM for their characterization. Conclusion: Hypothesis-driven implementation of combined omics technologies is particularly effective in identifying molecular etiologies. In this study, we detail our experience of the implementation of genomics and transcriptomics technologies in a pilot cohort of previously investigated patients with a typical clinical diagnosis without molecular etiology.
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Affiliation(s)
- Estelle Colin
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Service de Génétique Médicale, CHU d'Angers, Angers, France
| | - Yannis Duffourd
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France
| | - Martin Chevarin
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Emilie Tisserant
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France
| | - Simon Verdez
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France
| | - Julien Paccaud
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Frédéric Tran Mau-Them
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Anne-Sophie Denommé-Pichon
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Julien Thevenon
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France
| | - Hana Safraou
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Thomas Besnard
- Service de Génétique Médicale, Nantes Université, CHU Nantes, Nantes, France.,CNRS, INSERM, L'institut du thorax, Nantes Université, CHU Nantes, Nantes, France
| | - Alice Goldenberg
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, Normandy Center for Genomic and Personalized Medicine, Rouen University Hospital, Rouen, France.,Normandie Univ, UNIROUEN, Inserm U1245, Rouen, France
| | - Benjamin Cogné
- Service de Génétique Médicale, Nantes Université, CHU Nantes, Nantes, France.,CNRS, INSERM, L'institut du thorax, Nantes Université, CHU Nantes, Nantes, France
| | - Bertrand Isidor
- Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes, Nantes, France
| | - Julian Delanne
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de référence "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs", Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | - Arthur Sorlin
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de référence "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs", Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | - Sébastien Moutton
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de référence "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs", Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | - Mélanie Fradin
- CHU Rennes, Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Maladies Rares, CLAD-Ouest, Rennes, France
| | - Christèle Dubourg
- Service de Génétique Moléculaire et Génomique, CHU Rennes, Rennes, France.,Univ Rennes, CNRS, Institut de Genetique et Developpement de Rennes, UMR 6290, Rennes, France
| | - Magali Gorce
- Service de Génétique Médicale, CHU d'Angers, Angers, France
| | | | - Salima El Chehadeh
- Service de Génétique Médicale, Hôpital de Hautepierre, CHU Strasbourg, Strasbourg, France
| | | | - Martine Doco-Fenzy
- Medical School IFR53, EA3801, Université de Reims Champagne-Ardenne, Reims, France.,Service de Génétique, CHU Reims, Reims, France
| | - Kevin Uguen
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, Lyon University Hospital, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.,CHU Brest, Inserm, Univ Brest, EFS, UMR 1078, GGB, Brest, France
| | - Nicolas Chatron
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, Lyon University Hospital, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
| | - Bernard Aral
- Laboratoire de Génétique Chromosomique et Moléculaire, Pôle Biologie, CHU de Dijon, Dijon, France
| | - Nathalie Marle
- Laboratoire de Génétique Chromosomique et Moléculaire, Pôle Biologie, CHU de Dijon, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Anne Boland
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Evry, France
| | - Robert Olaso
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Evry, France.,LabEx GENMED (Medical Genomics), Dijon, France
| | - Jean-François Deleuze
- Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Evry, France.,LabEx GENMED (Medical Genomics), Dijon, France
| | - Damien Sanlaville
- Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, Lyon University Hospital, Groupement Hospitalier Est, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
| | - Patrick Callier
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Laboratoire de Génétique Chromosomique et Moléculaire, Pôle Biologie, CHU de Dijon, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares "Déficiences Intellectuelles de Causes Rares", Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de référence "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs", Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | - Antonio Vitobello
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD "Génétique des Anomalies du Développement", FHUTRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
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Delanne J, Lecat M, Blackburn P, Klee E, Stumpel C, Stegmann S, Stevens S, Nava C, Heron D, Keren B, Mahida S, Naidu S, Babovic-Vuksanovic D, Herkert J, Torring P, Kibæk M, De Bie I, Pfundt R, Hendriks Y, Ousager L, Bend R, Warren H, Skinner S, Lyons M, Poe C, Chevarin M, Jouan T, Garde A, Thomas Q, Kuentz P, Tisserant E, Duffourd Y, Philippe C, Faivre L, Thauvin-Robinet C. Further clinical and molecular characterization of an XLID syndrome associated with BRWD3 variants, a gene implicate in leukemia-related JAK-STAT pathway. Eur J Med Genet 2022; 66:104670. [DOI: 10.1016/j.ejmg.2022.104670] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/07/2022] [Revised: 10/13/2022] [Accepted: 11/11/2022] [Indexed: 11/21/2022]
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Capron C, Januel L, Vieville G, Jaillard S, Kuentz P, Salaun G, Nadeau G, Clement P, Brechard MP, Herve B, Dupont JM, Gruchy N, Chambon P, Abdelhedi F, Dahlen E, Vago P, Harbuz R, Plotton I, Coutton C, Belaud-Rotureau MA, Schluth-Bolard C, Vialard F. Evidence for high breakpoint variability in 46, XX, SRY-positive testicular disorder and frequent ARSE deletion that may be associated with short stature. Andrology 2022; 10:1625-1631. [PMID: 36026611 DOI: 10.1111/andr.13279] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/04/2022] [Revised: 08/19/2022] [Accepted: 08/19/2022] [Indexed: 11/28/2022]
Abstract
BACKGROUND The translocation of SRY onto one of the two X chromosomes results in a 46,XX testicular disorder of sex development; this is supposedly due to non-allelic homologous recombination between the protein kinase X gene (PRKX) and the inverted protein kinase Y pseudogene (PRKY). Although 46,XX SRY-positive men are infertile, the literature data indicate that some of these individuals are of short stature (relative to the general population). We sought to determine whether short stature was linked to additional, more complex chromosomal rearrangements. METHODS Twelve laboratories gathered detailed clinical, anthropomorphic, cytogenetic and genetic data (including chromosome microarray (CMA) data) on patients with 46,XX SRY-positive male syndrome. RESULTS SRY was present (suggesting a der(X)t(X;Y)) in 34 of the 38 cases (89.5%). When considering only the 20 patients with CMA data, we identified several chromosomal rearrangements and breakpoints - especially on the X chromosome. In the five cases for whom the X chromosome breakpoint was located in the pseudoautosomal (PAR) region, there was partial duplication of the derivate X chromosome. In contrast, in the 15 cases for whom the breakpoint was located downstream of the pseudoautosomal region, part of the derivate X chromosome had been deleted (included the arylsulfatase E (ARSE) gene in 11 patients). For patients with vs. without ARSE deletion, the mean height was respectively 167.7 ± 4.5 and 173.1 ± 4.0 cm; this difference was not statistically significant (p = 0.1005). CONCLUSION Although 46,XX SRY-positive male syndromes were mainly due to imbalanced crossover between the X and Y chromosome during meiosis, the breakpoints differed markedly from one patient to another (especially on the X chromosome); this suggests the presence of a replication-based mechanism for recombination between non-homologous sequences. In some patients, the translocation of SRY to the X chromosome was associated with ARSE gene deletion, which might have led to short stature. With a view to explaining this disorder of sex development, whole exome sequencing could be suggested for SRY-negative patients. This article is protected by copyright. All rights reserved.
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Affiliation(s)
- Céline Capron
- Département de Génétique, CHI de Poissy St Germain en Laye, Poissy, France
| | - Louis Januel
- Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
| | - Gaëlle Vieville
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble, Grenoble Cedex, 38043, France.,INSERM U1209, CNRS UMR 5309, Institute for Advanced Biosciences, Team Genetics Epigenetics and Therapies of Infertility, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France
| | - Sylvie Jaillard
- Cytogénétique et Biologie cellulaire, CHU de Rennes, Rennes, France.,IRSET - INSERM UMR1085 - Equipe Physiologie et physiopathologie du tractus uro-génital, Faculté de Médecine, Université de Rennes 1, Rennes, France
| | - Paul Kuentz
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Gaëlle Salaun
- CHU Clermont-Ferrand, Cytogénétique Médicale, Clermont-Ferrand, France
| | - Gwenaël Nadeau
- Laboratoire de Cytogénétique, CH de Chambéry, Chambéry, France
| | | | | | - Bérénice Herve
- Département de Génétique, CHI de Poissy St Germain en Laye, Poissy, France
| | | | - Nicolas Gruchy
- Service de Génétique - CHU de Caen - Site Clémenceau, Caen, France.,EA7450, Université Caen Normandie, Caen, France
| | - Pascal Chambon
- UNIROUEN, Inserm U1245, Université de Normandie, Rouen, France.,Département de Génétique, CHU Rouen, Rouen, France
| | - Fatma Abdelhedi
- Service de Génétique Médicale, CHU Hédi Chaker, Sfax, Tunisie.,Laboratoire de Génétique Moléculaire Humaine, Faculté de Médecine de Sfax, Sfax, Tunisie
| | - Eric Dahlen
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Philippe Vago
- CHU Clermont-Ferrand, Cytogénétique Médicale, Clermont-Ferrand, France
| | - Radu Harbuz
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble, Grenoble Cedex, 38043, France
| | - Ingrid Plotton
- Service de Médecine de la Reproduction, Hôpital Femme Mère Enfant, Hospices Civils de Lyon, Bron, France.,Laboratoire d'hormonologie et endocrinologie Moléculaire, Hospices Civils de Lyon, Bron, France.,Unité INSERM 1208, Université Lyon 1, Lyon, France
| | - Charles Coutton
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple Enfant, CHU Grenoble, Grenoble Cedex, 38043, France.,INSERM U1209, CNRS UMR 5309, Institute for Advanced Biosciences, Team Genetics Epigenetics and Therapies of Infertility, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France
| | - Marc-Antoine Belaud-Rotureau
- Cytogénétique et Biologie cellulaire, CHU de Rennes, Rennes, France.,IRSET - INSERM UMR1085 - Equipe Physiologie et physiopathologie du tractus uro-génital, Faculté de Médecine, Université de Rennes 1, Rennes, France
| | - Caroline Schluth-Bolard
- Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.,Institut Neuromyogène, Equipe Métabolisme énergétique et développement neuronal, CNRS UMR 5310, INSERM U1217, Université Lyon 1, Lyon, France
| | - François Vialard
- Département de Génétique, CHI de Poissy St Germain en Laye, Poissy, France.,UMR-BREED, INRAE, ENVA, UVSQ, UFR SVS, Montigny le Bretonneux, France
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Delplancq G, Boukebir MA, Amsallem D, Thines L, Rozé V, Dahlen E, Van Maldergem L, Kuentz P. The Largest Germline Heterozygous Deletion Encompassing Potocki-Shaffer and WAGR Syndromes Loci to Date: A Case Report. Neuropediatrics 2022; 53:274-278. [PMID: 34879425 DOI: 10.1055/s-0041-1740357] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Submit a Manuscript] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 10/19/2022]
Abstract
Potocki-Schaffer syndrome includes multiple exostoses, parietal foramina, and variable developmental delay/intellectual disability. It is associated with a heterozygous deletion of the 11p12p11.2 region. In some cases, the deletion extends to the WAGR locus (11p13p12). We describe here a 9-month-old girl harboring the largest germline heterozygous deletion characterized so far. Oligohydramnios and parietal foramina were noticed during pregnancy. No patient has been diagnosed before with concomitance of these two syndromes during the prenatal period. Cytogenetic diagnosis was anticipated on basis of clinical and radiological signs. Postnatal conventional karyotype confirmed an interstitial 11p deletion: 46,XX,del(11)(p11.2p15.1). Array-comparative genomic hybridization characterized a 29.6 Mb deletion. Our case illustrates the interest of high-resolution genomic approaches to correlate adequately clinical phenotypes with specific genes in suspected contiguous gene deletion syndromes.
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Affiliation(s)
- Geoffroy Delplancq
- Centre de Génétique Humaine, Université de Franche-Comté, Besançon, France
| | | | | | - Laurent Thines
- Service de neurochirurgie, université Bourgogne-Franche-Comté, CHRU de Besançon, Besançon, France
| | - Virginie Rozé
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Eric Dahlen
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Lionel Van Maldergem
- Centre de Génétique Humaine, Université de Franche-Comté, Besançon, France.,INSERM CIC1431, CHU, Besançon, France.,EA481 'Neurosciences integratives et cognitives', Université de Franche-Comté, Besançon, France
| | - Paul Kuentz
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France.,UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
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Bourgon N, Carmignac V, Sorlin A, Duffourd Y, Philippe C, Thauvin-Robinet C, Guibaud L, Faivre L, Vabres P, Kuentz P. Clinical and molecular data in cases of prenatal localized overgrowth disorder: major implication of genetic variants in PI3K-AKT-mTOR signaling pathway. Ultrasound Obstet Gynecol 2022; 59:532-542. [PMID: 34170046 DOI: 10.1002/uog.23715] [Citation(s) in RCA: 6] [Impact Index Per Article: 3.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 02/19/2021] [Revised: 06/13/2021] [Accepted: 06/14/2021] [Indexed: 06/13/2023]
Abstract
OBJECTIVES To describe clinical and molecular findings in a French multicenter cohort of fetuses with prenatal diagnosis of congenital abnormality and suspicion of a localized overgrowth disorder (LOD) suggestive of genetic variants in the PI3K-AKT-mTOR signaling pathway. METHODS We analyzed retrospectively data obtained between 1 January 2013 and 1 May 2020 from fetuses with brain and/or limb overgrowth referred for molecular diagnosis of PI3K-AKT-mTOR pathway genes by next-generation sequencing (NGS) using pathological tissue obtained by fetal autopsy. We also assessed the diagnostic yield of amniotic fluid. RESULTS During the study period, 21 subjects with LOD suspected of being secondary to a genetic variant of the PI3K-AKT-mTOR pathway were referred for analysis. Of these, 17 fetuses had brain overgrowth, including six with isolated megalencephaly (MEG) and 11 with hemimegalencephaly (HMEG). Of the six with MEG, germline variants were identified in four cases, in either PIK3R2, AKT3 or MTOR, and a postzygotic PIK3R2 variant was found in the other two cases. Of the 11 with HMEG, a postzygotic PIK3CA variant was found in three fetuses with extracerebral features of PIK3CA-related overgrowth spectrum, and in seven fetuses with isolated HMEG. No pathogenic variant was identified in the 11th case with HMEG. Four fetuses with limb overgrowth also had one or more lymphatic malformations (LM) and harbored a postzygotic PIK3CA variant. NGS on cultured amniocytes performed in 10 cases, of which nine had been found positive on analysis of pathological fetal tissue, showed variants in four, in either PIK3CA, PIK3R2 or AKT3. CONCLUSIONS Isolated MEG or HMEG may lead to identification of genetic variants in the PI3K-AKT-mTOR signaling pathway. Cases of limb overgrowth and LM or isolated HMEG are likely associated with PIK3CA variants. © 2021 International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology.
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Affiliation(s)
- N Bourgon
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Service d'Obstétrique-Maternité, Chirurgie Médecine et Imagerie Fœtale, Hôpital Necker Enfants Malades, AP-HP, Paris, France
| | - V Carmignac
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Référence des Maladies Rares de la Peau et des Muqueuses d'Origine Génétique (MAGEC), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - A Sorlin
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Référence des Maladies Rares de la Peau et des Muqueuses d'Origine Génétique (MAGEC), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence 'Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'Inter-région Est', Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- UF Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Y Duffourd
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - C Philippe
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- UF Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - C Thauvin-Robinet
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence 'Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'Inter-région Est', Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - L Guibaud
- Service d'Imagerie Médicale, Hôpital Femme-Mère-Enfants, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
| | - L Faivre
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence 'Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'Inter-région Est', Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - P Vabres
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Référence des Maladies Rares de la Peau et des Muqueuses d'Origine Génétique (MAGEC), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Service de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - P Kuentz
- INSERM UMR 1231, Equipe 'Génétique des Anomalies du Développement', Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Référence des Maladies Rares de la Peau et des Muqueuses d'Origine Génétique (MAGEC), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon Bourgogne, Dijon, France
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
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Tisserant E, Vitobello A, Callegarin D, Verdez S, Bruel AL, Aho Glele LS, Sorlin A, Viora-Dupont E, Konyukh M, Marle N, Nambot S, Moutton S, Racine C, Garde A, Delanne J, Tran-Mau-Them F, Philippe C, Kuentz P, Poulleau M, Payet M, Poe C, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Mosca-Boidron AL, Thevenon J, Duffourd Y, Callier P. Copy number variants calling from WES data through eXome hidden Markov model (XHMM) identifies additional 2.5% pathogenic genomic imbalances smaller than 30 kb undetected by array-CGH. Ann Hum Genet 2022; 86:171-180. [PMID: 35141892 DOI: 10.1111/ahg.12459] [Citation(s) in RCA: 6] [Impact Index Per Article: 3.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/11/2021] [Revised: 12/14/2021] [Accepted: 01/11/2022] [Indexed: 12/14/2022]
Abstract
It has been estimated that Copy Number Variants (CNVs) account for 10%-20% of patients affected by Developmental Disorder (DD)/Intellectual Disability (ID). Although array comparative genomic hybridization (array-CGH) represents the gold-standard for the detection of genomic imbalances, common Agilent array-CGH 4 × 180 kb arrays fail to detect CNVs smaller than 30 kb. Whole Exome sequencing (WES) is becoming the reference application for the detection of gene variants and makes it possible also to infer genomic imbalances at single exon resolution. However, the contribution of small CNVs in DD/ID is still underinvestigated. We made use of the eXome Hidden Markov Model (XHMM) software, a tool utilized by the ExAC consortium, to detect CNVs from whole exome sequencing data, in a cohort of 200 unsolved DD/DI patients after array-CGH and WES-based single nucleotide/indel variant analyses. In five out of 200 patients (2.5%), we identified pathogenic CNV(s) smaller than 30 kb, ranging from one to six exons. They included two heterozygous deletions in TCF4 and STXBP1 and three homozygous deletions in PPT1, CLCN2, and PIGN. After reverse phenotyping, all variants were reported as causative. This study shows the interest in applying sequencing-based CNV detection, from available WES data, to reduce the diagnostic odyssey of additional patients unsolved DD/DI patients and compare the CNV-detection yield of Agilent array-CGH 4 × 180kb versus whole exome sequencing.
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Affiliation(s)
- Emilie Tisserant
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France
| | - Antonio Vitobello
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Davide Callegarin
- Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Simon Verdez
- Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France
| | | | - Arthur Sorlin
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Eleonore Viora-Dupont
- Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Marina Konyukh
- Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Nathalie Marle
- Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Hospital Hygiene and Epidemiology Unit, Dijon University Hospital, Dijon Cedex, France
| | - Sébastien Moutton
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France.,Reference Center for Intellectual Disorders, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Caroline Racine
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France.,Genetics Department and Reference Center for Developmental Disorders and Malformative Syndromes for East France, FHU TRANSLAD, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Aurore Garde
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Julian Delanne
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Genetics Department and Reference Center for Developmental Disorders and Malformative Syndromes for East France, FHU TRANSLAD, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Frédéric Tran-Mau-Them
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France
| | - Marlène Poulleau
- Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Muriel Payet
- Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Charlotte Poe
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Genetics Department and Reference Center for Developmental Disorders and Malformative Syndromes for East France, FHU TRANSLAD, Dijon University Hospital, Dijon, France.,Reference Center for Intellectual Disorders, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Genetics Department and Reference Center for Developmental Disorders and Malformative Syndromes for East France, FHU TRANSLAD, Dijon University Hospital, Dijon, France.,Reference Center for Intellectual Disorders, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Anne-Laure Mosca-Boidron
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Julien Thevenon
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Genetics Department and Reference Center for Developmental Disorders and Malformative Syndromes for East France, FHU TRANSLAD, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France
| | - Patrick Callier
- Inserm UMR 1231 GAD, Faculty of Health Sciences, University of Burgundy and Franche-Comté, Dijon, France.,Molecular and chromosomal genetics laboratory, Biology Transfer Platform, Dijon University Hospital, Dijon, France
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Douzgou S, Rawson M, Baselga E, Danielpour M, Faivre L, Kashanian A, Keppler-Noreuil KM, Kuentz P, Mancini GMS, Maniere MC, Martinez-Glez V, Parker VE, Semple RK, Srivastava S, Vabres P, de Wit MCY, Graham JM, Clayton-Smith J, Mirzaa GM, Biesecker LG. A standard of care for individuals with PIK3CA-related disorders: An international expert consensus statement. Clin Genet 2022; 101:32-47. [PMID: 34240408 PMCID: PMC8664971 DOI: 10.1111/cge.14027] [Citation(s) in RCA: 18] [Impact Index Per Article: 9.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Grants] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/07/2021] [Revised: 06/10/2021] [Accepted: 06/15/2021] [Indexed: 01/19/2023]
Abstract
Growth promoting variants in PIK3CA cause a spectrum of developmental disorders, depending on the developmental timing of the mutation and tissues involved. These phenotypically heterogeneous entities have been grouped as PIK3CA-Related Overgrowth Spectrum disorders (PROS). Deep sequencing technologies have facilitated detection of low-level mosaic, often necessitating testing of tissues other than blood. Since clinical management practices vary considerably among healthcare professionals and services across different countries, a consensus on management guidelines is needed. Clinical heterogeneity within this spectrum leads to challenges in establishing management recommendations, which must be based on patient-specific considerations. Moreover, as most of these conditions are rare, affected families may lack access to the medical expertise that is needed to help address the multi-system and often complex medical issues seen with PROS. In March 2019, macrocephaly-capillary malformation (M-CM) patient organizations hosted an expert meeting in Manchester, United Kingdom, to help address these challenges with regards to M-CM syndrome. We have expanded the scope of this project to cover PROS and developed this consensus statement on the preferred approach for managing affected individuals based on our current knowledge.
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Affiliation(s)
- Sofia Douzgou
- Department of Medical Genetics, Haukeland University Hospital, Bergen, Norway
- Manchester Centre for Genomic Medicine, St Mary’s Hospital, Manchester University Hospitals NHS Foundation Trust, Manchester Academic Health Sciences Centre, M13 9WL, United Kingdom
- Division of Evolution and Genomic Sciences, School of Biological Sciences, University of Manchester, Oxford Road, M13 9PL, United Kingdom
| | - Myfanwy Rawson
- Manchester Centre for Genomic Medicine, St Mary’s Hospital, Manchester University Hospitals NHS Foundation Trust, Manchester Academic Health Sciences Centre, M13 9WL, United Kingdom
| | - Eulalia Baselga
- Department of Dermatology, Hospital Sant Joan de Déu, Passeig de Sant Joan de Déu, 2, 08950 Esplugues de Llobregat, Barcelona, Spain
| | - Moise Danielpour
- Board of Governors Regenerative Medicine Institute, Cedars-Sinai Medical Centre, Los Angeles, CA 90048, USA; Department of Neurosurgery, Cedars-Sinai Medical Centre, Los Angeles, CA 90048, USA
| | - Laurence Faivre
- Department of Medical Genetics and Centre of Reference for Developmental Anomalies and Malformative syndromes, CHU de Dijon, 14 Rue Paul Gaffarel, 21000 Dijon, France
| | - Alon Kashanian
- Board of Governors Regenerative Medicine Institute, Cedars-Sinai Medical Centre, Los Angeles, CA 90048, USA; Department of Neurosurgery, Cedars-Sinai Medical Centre, Los Angeles, CA 90048, USA
| | - Kim M Keppler-Noreuil
- Division of Genetics & Metabolism, Department of Paediatrics, University of Wisconsin School of Medicine and Public Health, Madison, WI, USA
| | - Paul Kuentz
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, CHU Besançon, France
| | - Grazia MS Mancini
- Department of Clinical Genetics, Erasmus MC University Medical Centre, 3015, GD, Rotterdam, the Netherlands
| | - Marie-Cecile Maniere
- Centre de Référence, Maladies orales et dentaires rares, Pôle de Médecine et Chirurgie Bucco-dentaires, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Victor Martinez-Glez
- IdiPAZ Research Institute, Madrid, Spain
- Centre for Biomedical Network Research on Rare Diseases (CIBERER), CIBER, Institute of Health Carlos III, Madrid, Spain
- Institute of Medical and Molecular Genetics (INGEMM), La Paz University Hospital, Madrid, Spain
| | - Victoria E Parker
- The National Institute for Health Research Cambridge Biomedical Research Centre, Cambridge, United Kingdom
| | - Robert K Semple
- Centre for Cardiovascular Science, Queen's Medical Research Institute, University of Edinburgh, Edinburgh EH16 4TJ, United Kingdom
| | - Siddharth Srivastava
- Department of Neurology, Boston Children's Hospital, Harvard Medical School, Boston, MA, USA
| | - Pierre Vabres
- Department of Medical Genetics and Centre of Reference for Developmental Anomalies and Malformative syndromes, CHU de Dijon, 14 Rue Paul Gaffarel, 21000 Dijon, France
| | - Marie-Claire Y de Wit
- Department of Child Neurology, Sophia Children's hospital, Erasmus MC University Medical Centre Rotterdam, Dr. Molewaterplein 40, 3015 GD Rotterdam, The Netherlands
| | - John M Graham
- Department of Paediatrics, Division of Medical Genetics, Cedars Sinai Medical Centre, David Geffen School of Medicine at UCLA, Los Angeles, CA 90048, USA
| | - Jill Clayton-Smith
- Manchester Centre for Genomic Medicine, St Mary’s Hospital, Manchester University Hospitals NHS Foundation Trust, Manchester Academic Health Sciences Centre, M13 9WL, United Kingdom
- Division of Evolution and Genomic Sciences, School of Biological Sciences, University of Manchester, Oxford Road, M13 9PL, United Kingdom
| | - Ghayda M Mirzaa
- Genetic Medicine, Department of Paediatrics, University of Washington, Seattle, USA
| | - Leslie G Biesecker
- Centre for Precision Health Research, National Human Genome Research Institute, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20892, USA
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Courraud J, Chater-Diehl E, Durand B, Vincent M, Del Mar Muniz Moreno M, Boujelbene I, Drouot N, Genschik L, Schaefer E, Nizon M, Gerard B, Abramowicz M, Cogné B, Bronicki L, Burglen L, Barth M, Charles P, Colin E, Coubes C, David A, Delobel B, Demurger F, Passemard S, Denommé AS, Faivre L, Feger C, Fradin M, Francannet C, Genevieve D, Goldenberg A, Guerrot AM, Isidor B, Johannesen KM, Keren B, Kibæk M, Kuentz P, Mathieu-Dramard M, Demeer B, Metreau J, Steensbjerre Møller R, Moutton S, Pasquier L, Pilekær Sørensen K, Perrin L, Renaud M, Saugier P, Rio M, Svane J, Thevenon J, Tran Mau Them F, Tronhjem CE, Vitobello A, Layet V, Auvin S, Khachnaoui K, Birling MC, Drunat S, Bayat A, Dubourg C, El Chehadeh S, Fagerberg C, Mignot C, Guipponi M, Bienvenu T, Herault Y, Thompson J, Willems M, Mandel JL, Weksberg R, Piton A. Integrative approach to interpret DYRK1A variants, leading to a frequent neurodevelopmental disorder. Genet Med 2021; 23:2150-2159. [PMID: 34345024 DOI: 10.1038/s41436-021-01263-1] [Citation(s) in RCA: 15] [Impact Index Per Article: 5.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 01/26/2021] [Revised: 06/14/2021] [Accepted: 06/15/2021] [Indexed: 11/10/2022] Open
Abstract
PURPOSE DYRK1A syndrome is among the most frequent monogenic forms of intellectual disability (ID). We refined the molecular and clinical description of this disorder and developed tools to improve interpretation of missense variants, which remains a major challenge in human genetics. METHODS We reported clinical and molecular data for 50 individuals with ID harboring DYRK1A variants and developed (1) a specific DYRK1A clinical score; (2) amino acid conservation data generated from 100 DYRK1A sequences across different taxa; (3) in vitro overexpression assays to study level, cellular localization, and kinase activity of DYRK1A mutant proteins; and (4) a specific blood DNA methylation signature. RESULTS This integrative approach was successful to reclassify several variants as pathogenic. However, we questioned the involvement of some others, such as p.Thr588Asn, still reported as likely pathogenic, and showed it does not cause an obvious phenotype in mice. CONCLUSION Our study demonstrated the need for caution when interpreting variants in DYRK1A, even those occurring de novo. The tools developed will be useful to interpret accurately the variants identified in the future in this gene.
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Affiliation(s)
- Jérémie Courraud
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Eric Chater-Diehl
- Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada
| | - Benjamin Durand
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Marie Vincent
- Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes & Inserm, CNRS, Université de Nantes, l'institut du thorax, Nantes, France
| | - Maria Del Mar Muniz Moreno
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Imene Boujelbene
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
- Unité de Génétique Moléculaire, IGMA, Hôpitaux Universitaire de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Nathalie Drouot
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Loréline Genschik
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Elise Schaefer
- Service de Génétique Médicale, IGMA, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Mathilde Nizon
- Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes & Inserm, CNRS, Université de Nantes, l'institut du thorax, Nantes, France
| | - Bénédicte Gerard
- Unité de Génétique Moléculaire, IGMA, Hôpitaux Universitaire de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Marc Abramowicz
- Service of Genetic Medicine, University Hospitals of Geneva, Geneva, Switzerland
| | - Benjamin Cogné
- Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes & Inserm, CNRS, Université de Nantes, l'institut du thorax, Nantes, France
| | | | - Lydie Burglen
- Centre de référence des malformations et maladies congénitales du cervelet et Département de génétique et embryologie médicale, APHP, Sorbonne Université, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France
| | - Magalie Barth
- Pediatrics & Biochemistry and Genetics, Department, Angers Hospital, Angers, France
| | - Perrine Charles
- Genetic Department, University Hospital Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris, France
| | - Estelle Colin
- Pediatrics & Biochemistry and Genetics, Department, Angers Hospital, Angers, France
| | - Christine Coubes
- Département de Génétique Médicale maladies rares et médecine personnalisée, Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Université Montpellier, Montpellier, France
| | - Albert David
- Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes & Inserm, CNRS, Université de Nantes, l'institut du thorax, Nantes, France
| | - Bruno Delobel
- Centre de Génétique Chromosomique, GHICL, Hôpital Saint Vincent de Paul, Lille, France
| | | | - Sandrine Passemard
- Département de Génétique, Hôpital Universitaire Robert Debré, APHP, Paris, France
| | - Anne-Sophie Denommé
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du développement et Syndromes malformatifs, Hôpital d'Enfants and INSERM UMR1231 GAD, FHU TRANSLAD, CHU de Dijon, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle d'Innovation en Diagnostique Génomique des Maladies Rares, Pôle de Biologie, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du développement et Syndromes malformatifs, Hôpital d'Enfants and INSERM UMR1231 GAD, FHU TRANSLAD, CHU de Dijon, Dijon, France
| | - Claire Feger
- Unité de Génétique Moléculaire, IGMA, Hôpitaux Universitaire de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Mélanie Fradin
- Centre de Référence Maladies Rares, Unité Fonctionnelle de Génétique Médicale, CHU, Rennes, France
| | - Christine Francannet
- Service de Génétique médicale, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France
| | - David Genevieve
- Département de Génétique Médicale maladies rares et médecine personnalisée, Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Université Montpellier, Montpellier, France
| | - Alice Goldenberg
- Normandie Univ, UNIROUEN, Inserm U1245 and Rouen University Hospital, Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, F 76000, Normandy Center for Genomic and Personalized Medicine, Rouen, France
| | - Anne-Marie Guerrot
- Normandie Univ, UNIROUEN, Inserm U1245 and Rouen University Hospital, Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, F 76000, Normandy Center for Genomic and Personalized Medicine, Rouen, France
| | - Bertrand Isidor
- Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes & Inserm, CNRS, Université de Nantes, l'institut du thorax, Nantes, France
| | - Katrine M Johannesen
- Department of Epilepsy Genetics and Personalized Treatment, The Danish Epilepsy Centre, Dianalund, Denmark
- Institute for Regional Health Services, University of Southern Denmark, Odense, Denmark
| | - Boris Keren
- Genetic Department, University Hospital Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris, France
| | - Maria Kibæk
- Department of Clinical Genetics, Odense Denmark Hospital, Odense University Hospital, Odense, Denmark
| | - Paul Kuentz
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du développement et Syndromes malformatifs, Hôpital d'Enfants and INSERM UMR1231 GAD, FHU TRANSLAD, CHU de Dijon, Dijon, France
| | - Michèle Mathieu-Dramard
- Service de Génétique Clinique, Centre de référence maladies rares, CHU d'Amiens-site Sud, Amiens, France
| | - Bénédicte Demeer
- Service de Génétique Clinique, Centre de référence maladies rares, CHU d'Amiens-site Sud, Amiens, France
| | - Julia Metreau
- APHP, Service de neurologie pédiatrique, Hôpital Universitaire Bicetre, Le Kremlin-Bicetre, France
| | - Rikke Steensbjerre Møller
- Department of Epilepsy Genetics and Personalized Treatment, The Danish Epilepsy Centre, Dianalund, Denmark
- Institute for Regional Health Services, University of Southern Denmark, Odense, Denmark
| | - Sébastien Moutton
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du développement et Syndromes malformatifs, Hôpital d'Enfants and INSERM UMR1231 GAD, FHU TRANSLAD, CHU de Dijon, Dijon, France
| | - Laurent Pasquier
- Centre de Référence Maladies Rares, Unité Fonctionnelle de Génétique Médicale, CHU, Rennes, France
| | - Kristina Pilekær Sørensen
- Department of Clinical Genetics, Odense Denmark Hospital, Odense University Hospital, Odense, Denmark
| | - Laurence Perrin
- Department of Genetics, Robert Debré Hospital, AP-HP, Paris, France
| | - Mathilde Renaud
- Service de Génétique Clinique et de Neurologie, Hôpital Brabois Enfants, Nancy, France
| | - Pascale Saugier
- Normandie Univ, UNIROUEN, Inserm U1245 and Rouen University Hospital, Department of Genetics and Reference Center for Developmental Disorders, F 76000, Normandy Center for Genomic and Personalized Medicine, Rouen, France
| | - Marlène Rio
- Department of medical genetics and reference centre for rare intellectual disabilities, INSERM UMR 1163, Paris Descartes-Sorbonne Paris Cité University, Imagine Institute, Necker Enfants Malades Hospital, Paris, France
| | - Joane Svane
- Department of Clinical Genetics, Odense Denmark Hospital, Odense University Hospital, Odense, Denmark
| | - Julien Thevenon
- Department of Genetics and Reproduction, Centre Hospitalo-Universitaire Grenoble-Alpes, Grenoble, France
| | - Frédéric Tran Mau Them
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du développement et Syndromes malformatifs, Hôpital d'Enfants and INSERM UMR1231 GAD, FHU TRANSLAD, CHU de Dijon, Dijon, France
- Unité Fonctionnelle d'Innovation en Diagnostique Génomique des Maladies Rares, Pôle de Biologie, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | | | - Antonio Vitobello
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du développement et Syndromes malformatifs, Hôpital d'Enfants and INSERM UMR1231 GAD, FHU TRANSLAD, CHU de Dijon, Dijon, France
| | - Valérie Layet
- Consultations de génétique, Groupe Hospitalier du Havre, Le Havre, France
| | - Stéphane Auvin
- Center for rare epilepsies & epilepsy unit Robert-Debré Hospital, APHP, & INSERM NeuroDiderot, Université de Paris, Paris, France
| | - Khaoula Khachnaoui
- Université Côte d'Azur, Inserm U1081, CNRS UMR7284, IRCAN, CHU de Nice, Nice, France
| | | | - Séverine Drunat
- Département de Génétique, Hôpital Universitaire Robert Debré, Paris, France
| | - Allan Bayat
- Department of Clinical Genetics, Odense Denmark Hospital, Odense University Hospital, Odense, Denmark
| | - Christèle Dubourg
- Laboratoire de Génétique Moléculaire, CHU Pontchaillou, UMR 6290 CNRS, IGDR, Faculté de Médecine, Université de Rennes 1, Rennes, France
| | - Salima El Chehadeh
- Unité de Génétique Moléculaire, IGMA, Hôpitaux Universitaire de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Christina Fagerberg
- Department of Clinical Genetics, Odense Denmark Hospital, Odense University Hospital, Odense, Denmark
| | - Cyril Mignot
- Pediatrics & Biochemistry and Genetics, Department, Angers Hospital, Angers, France
| | - Michel Guipponi
- Service of Genetic Medicine, University Hospitals of Geneva, Geneva, Switzerland
| | - Thierry Bienvenu
- Molecular Genetics Laboratory, Cochin Hospital, APHP.Centre-Université de Paris, and INSERM UMR 1266, Institut de Psychiatrie et de Neurosciences de Paris, Paris, France
| | - Yann Herault
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Julie Thompson
- Complex Systems and Translational Bioinformatics (CSTB), ICube laboratory-CNRS, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), University of Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Marjolaine Willems
- Département de Génétique Médicale maladies rares et médecine personnalisée, Centre de Référence Maladies Rares Anomalies du Développement, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Université Montpellier, Montpellier, France
| | - Jean-Louis Mandel
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France
- Université de Strasbourg, Illkirch, France
| | - Rosanna Weksberg
- Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada
- Division of Clinical and Metabolic Genetics, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada
- Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, ON, Canada
- Department of Pediatrics, University of Toronto, Toronto, ON, Canada
- Institute of Medical Science, School of Graduate Studies, University of Toronto, Toronto, ON, Canada
| | - Amélie Piton
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, France.
- Centre National de la Recherche Scientifique, UMR7104, Illkirch, France.
- Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, U964, Illkirch, France.
- Université de Strasbourg, Illkirch, France.
- Unité de Génétique Moléculaire, IGMA, Hôpitaux Universitaire de Strasbourg, Strasbourg, France.
- Institut Universitaire de France, Paris, France.
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Delanne J, Bruel AL, Huet F, Moutton S, Nambot S, Grisval M, Houcinat N, Kuentz P, Sorlin A, Callier P, Jean-Marcais N, Mosca-Boidron AL, Mau-Them FT, Denommé-Pichon AS, Vitobello A, Lehalle D, El Chehadeh S, Francannet C, Lebrun M, Lambert L, Jacquemont ML, Gerard-Blanluet M, Alessandri JL, Willems M, Thevenon J, Chouchane M, Darmency V, Fatus-Fauconnier C, Gay S, Bournez M, Masurel A, Leguy V, Duffourd Y, Philippe C, Feillet F, Faivre L, Thauvin-Robinet C. The diagnostic rate of inherited metabolic disorders by exome sequencing in a cohort of 547 individuals with developmental disorders. Mol Genet Metab Rep 2021; 29:100812. [PMID: 34712575 PMCID: PMC8528787 DOI: 10.1016/j.ymgmr.2021.100812] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/29/2021] [Revised: 10/07/2021] [Accepted: 10/09/2021] [Indexed: 11/24/2022] Open
Abstract
Considering that some Inherited Metabolic Disorders (IMDs) can be diagnosed in patients with no distinctive clinical features of IMDs, we aimed to evaluate the power of exome sequencing (ES) to diagnose IMDs within a cohort of 547 patients with unspecific developmental disorders (DD). IMDs were diagnosed in 12% of individuals with causative diagnosis (177/547). There are clear benefits of using ES in DD to diagnose IMD, particularly in cases where biochemical studies are unavailable. Synopsis Exome sequencing and diagnostic rate of Inherited Metabolic Disorders in individuals with developmental disorders.
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Affiliation(s)
- Julian Delanne
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Ange-Line Bruel
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Frédéric Huet
- Centre de Compétence Maladies Héréditaires du Métabolisme, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Sébastien Moutton
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Sophie Nambot
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Margot Grisval
- Centre de Compétence Maladies Héréditaires du Métabolisme, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Nada Houcinat
- CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Paul Kuentz
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France.,Biologie moléculaire, CHU Besançon, Besançon, France
| | - Arthur Sorlin
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Patrick Callier
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Laboratoire de cytogénétique et génétique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Nolwenn Jean-Marcais
- CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | | | - Frédéric Tran Mau-Them
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Anne-Sophie Denommé-Pichon
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Antonio Vitobello
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Daphné Lehalle
- CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Salima El Chehadeh
- CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Christine Francannet
- Service de Génétique Médicale, Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de causes rares, CHU Clermont Ferrand, France
| | - Marine Lebrun
- Laboratoire de génétique, CHU de Saint-Etienne, Saint-Etienne, France
| | | | - Marie-Line Jacquemont
- Unité de Génétique Médicale, Pole Femme-Mère-Enfant, Groupe Hospitalier Sud Réunion, CHU de La Réunion, La Réunion, France
| | | | - Jean-Luc Alessandri
- Service de Réanimation Néonatale, Pole Femme-Mère-Enfant, CH Felix Guyon, CHU de La Réunion, Saint-Denis, La Réunion, France
| | - Marjolaine Willems
- Department of Medical Genetics, Reference Center for Rare Diseases, Developmental Disorders and Multiple Congenital Anomalies, Arnaud de Villeneuve Hospital, Montpellier, France
| | - Julien Thevenon
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Mondher Chouchane
- Centre de Compétence Maladies Héréditaires du Métabolisme, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Véronique Darmency
- Centre de Compétence Maladies Héréditaires du Métabolisme, CHU Dijon Bourgogne, France
| | | | - Sébastien Gay
- Service de Pédiatrie, CH William Morey, Chalon-Sur-Saône, France
| | - Marie Bournez
- Centre de Compétence Maladies Héréditaires du Métabolisme, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Alice Masurel
- CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Vanessa Leguy
- Centre de Compétence Maladies Héréditaires du Métabolisme, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Yannis Duffourd
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Christophe Philippe
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - François Feillet
- Department of Medical Genetics, Reference Center for Rare Diseases, Developmental Disorders and Multiple Congenital Anomalies, Arnaud de Villeneuve Hospital, Montpellier, France
| | - Laurence Faivre
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,CHU Dijon, Centre de référence maladies rares Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- INSERM - University of Bourgogne Franche-Comté, UMR 1231 GAD Team, Genetics of Developmental Disorders, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique dans les maladies rares, Laboratoire de Génétique chromosomique moléculaire, CHU Dijon Bourgogne, France.,Centre de référence maladies rares Déficiences Intellectuelles de causes rares, Centre de Génétique, FHU TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, France
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Ravel JM, Dreumont N, Mosca P, Smith DEC, Mendes MI, Wiedemann A, Coelho D, Schmitt E, Rivière JB, Tran Mau-Them F, Thevenon J, Kuentz P, Polivka M, Fuchs SA, Kok G, Thauvin-Robinet C, Guéant JL, Salomons GS, Faivre L, Feillet F. A bi-allelic loss-of-function SARS1 variant in children with neurodevelopmental delay, deafness, cardiomyopathy, and decompensation during fever. Hum Mutat 2021; 42:1576-1583. [PMID: 34570399 DOI: 10.1002/humu.24285] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 1.7] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 01/28/2021] [Revised: 09/01/2021] [Accepted: 09/23/2021] [Indexed: 11/08/2022]
Abstract
Aminoacyl-tRNA synthetases (aaRS) are ubiquitously expressed enzymes responsible for ligating amino acids to their cognate tRNA molecules through an aminoacylation reaction. The resulting aminoacyl-tRNA is delivered to ribosome elongation factors to participate in protein synthesis. Seryl-tRNA synthetase (SARS1) is one of the cytosolic aaRSs and catalyzes serine attachment to tRNASer . SARS1 deficiency has already been associated with moderate intellectual disability, ataxia, muscle weakness, and seizure in one family. We describe here a new clinical presentation including developmental delay, central deafness, cardiomyopathy, and metabolic decompensation during fever leading to death, in a consanguineous Turkish family, with biallelic variants (c.638G>T, p.(Arg213Leu)) in SARS1. This missense variant was shown to lead to protein instability, resulting in reduced protein level and enzymatic activity. Our results describe a new clinical entity and expand the clinical and mutational spectrum of SARS1 and aaRS deficiencies.
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Affiliation(s)
- Jean-Marie Ravel
- Reference Centre of Inborn Metabolism Diseases, Université de Lorraine, CHRU-Nancy, Nancy, France.,NGERE, Université de Lorraine, Inserm, Nancy, France
| | | | - Pauline Mosca
- NGERE, Université de Lorraine, Inserm, Nancy, France
| | - Desiree E C Smith
- Metabolic Unit, Department of Clinical Chemistry, Amsterdam UMC, Vrije Universiteit Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands
| | - Marisa I Mendes
- Metabolic Unit, Department of Clinical Chemistry, Amsterdam UMC, Vrije Universiteit Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands
| | | | - David Coelho
- NGERE, Université de Lorraine, Inserm, Nancy, France
| | | | - Jean-Baptiste Rivière
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Compétence Maladies Mitochondriales, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, CHU de Dijon, France.,INSERM UMR1231, Equipe Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Frédéric Tran Mau-Them
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Compétence Maladies Mitochondriales, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, CHU de Dijon, France.,INSERM UMR1231, Equipe Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Julien Thevenon
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Compétence Maladies Mitochondriales, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, CHU de Dijon, France.,INSERM UMR1231, Equipe Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Compétence Maladies Mitochondriales, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, CHU de Dijon, France.,INSERM UMR1231, Equipe Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Marc Polivka
- Department of Pathology, Hôpital Lariboisière, Paris, France
| | - Sabine A Fuchs
- Department of Metabolic Diseases, Wilhelmina Children's Hospital, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands.,Regenerative Medicine Center Utrecht, Regenerative Medicine Utrecht, Utrecht, The Netherlands.,On behalf of "United for Metabolic Diseases,", Amsterdam, the Netherlands
| | - Gautam Kok
- Department of Pathology, Hôpital Lariboisière, Paris, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Compétence Maladies Mitochondriales, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, CHU de Dijon, France.,INSERM UMR1231, Equipe Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Jean-Louis Guéant
- Reference Centre of Inborn Metabolism Diseases, Université de Lorraine, CHRU-Nancy, Nancy, France.,NGERE, Université de Lorraine, Inserm, Nancy, France
| | - Gajja S Salomons
- Metabolic Unit, Department of Clinical Chemistry, Amsterdam UMC, Vrije Universiteit Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands
| | - Laurence Faivre
- Centre de Génétique, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Centre de Compétence Maladies Mitochondriales, FHU TRANSLAD, Hôpital d'Enfants, CHU de Dijon, France.,INSERM UMR1231, Equipe Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - François Feillet
- Reference Centre of Inborn Metabolism Diseases, Université de Lorraine, CHRU-Nancy, Nancy, France.,NGERE, Université de Lorraine, Inserm, Nancy, France
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Carmignac V, Mignot C, Blanchard E, Kuentz P, Aubriot-Lorton MH, Parker VER, Sorlin A, Fraitag S, Courcet JB, Duffourd Y, Rodriguez D, Knox RG, Polubothu S, Boland A, Olaso R, Delepine M, Darmency V, Riachi M, Quelin C, Rollier P, Goujon L, Grotto S, Capri Y, Jacquemont ML, Odent S, Amram D, Chevarin M, Vincent-Delorme C, Catteau B, Guibaud L, Arzimanoglou A, Keddar M, Sarret C, Callier P, Bessis D, Geneviève D, Deleuze JF, Thauvin C, Semple RK, Philippe C, Rivière JB, Kinsler VA, Faivre L, Vabres P. Correction to: Clinical spectrum of MTOR-related hypomelanosis of Ito with neurodevelopmental abnormalities. Genet Med 2021; 23:1585. [PMID: 34257424 DOI: 10.1038/s41436-021-01217-7] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/09/2022] Open
Affiliation(s)
- Virginie Carmignac
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France. .,MAGEC-Mosaïque Reference Center, Dijon University Hospital, Dijon, France.
| | - Cyril Mignot
- Neuropaediatrics and Development Pathology Department, Trousseau Hospital, AP-HP, Paris, France.,Genetics Department and Reference Center for rare causes of Intellectual Disability, Pitié-Salpêtrière hospital, AP-HP, Paris, France
| | - Emmanuelle Blanchard
- Plateforme IBiSA de Microscopie Electronique, Anatomie et cytologie pathologique, Université et CHRU de Tours, Tours, France.,INSERM U1259 MAVIVH, Université et CHRU de Tours, Tours, France
| | - Paul Kuentz
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France
| | | | - Victoria E R Parker
- The University of Cambridge Metabolic Research Laboratories, Institute of Metabolic Science, Cambridge, UK
| | - Arthur Sorlin
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France.,Pediatrics and Medical Genetics Department, Dijon-Bourgogne University Hospital, Dijon, France
| | - Sylvie Fraitag
- Service d'Anatomie et Cytologie Pathologique, Necker-Enfants Malades Hospital, Paris, France
| | - Jean-Benoît Courcet
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France.,Pediatrics and Medical Genetics Department, Dijon-Bourgogne University Hospital, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France
| | - Diana Rodriguez
- Genetics Department and Reference Center for rare causes of Intellectual Disability, Pitié-Salpêtrière hospital, AP-HP, Paris, France
| | - Rachel G Knox
- The University of Cambridge Metabolic Research Laboratories, Institute of Metabolic Science, Cambridge, UK
| | - Satyamaanasa Polubothu
- Paediatric Dermatology, Great Ormond St Hospital for Children NHS Foundation Trust, London, UK.,UCL GOS Institute of Child Health, London, UK.,Mosaicism and Precision Medicine laboratory, Francis Crick Institute, London, UK
| | - Anne Boland
- National Genotyping Center, Genomic Institute, CEA, Evry, France
| | - Robert Olaso
- National Genotyping Center, Genomic Institute, CEA, Evry, France
| | - Marc Delepine
- National Genotyping Center, Genomic Institute, CEA, Evry, France
| | - Véronique Darmency
- Pediatrics and Medical Genetics Department, Dijon-Bourgogne University Hospital, Dijon, France
| | - Melissa Riachi
- UCL GOS Institute of Child Health, London, UK.,Mosaicism and Precision Medicine laboratory, Francis Crick Institute, London, UK
| | - Chloé Quelin
- Clinical Genetics department, Rennes University Hospital, Rennes, France
| | - Paul Rollier
- Clinical Genetics department, Rennes University Hospital, Rennes, France
| | - Louise Goujon
- Clinical Genetics department, Rennes University Hospital, Rennes, France
| | - Sarah Grotto
- Genetics Department, AP-HP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Yline Capri
- Genetics Department, AP-HP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | | | - Sylvie Odent
- Clinical Genetics department, Rennes University Hospital, Rennes, France
| | - Daniel Amram
- Clinical Genetics Department, Créteil Hospital, Créteil, France
| | - Martin Chevarin
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne University Hospital, Dijon, France
| | | | - Benoît Catteau
- Dermatology department, Lille University Hospital, Lille, France
| | - Laurent Guibaud
- Pediatric and Fetal Imaging Department, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
| | - Alexis Arzimanoglou
- Department of Paediatric Clinical Epileptology, Sleep Disorders and Functional Neurology, University Hospitals of Lyon (HCL), Lyon, France.,Brain Dynamics and Cognition (DYCOG) Team, Lyon Neuroscience Research Centre, Lyon, France
| | - Malika Keddar
- Cytogenetics Department, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Catherine Sarret
- Medical genetics department, Pôle Femme et Enfant, Clermont-Ferrand University Hospital-Hôpital d'Estaing, Clermont-Ferrand, France
| | - Patrick Callier
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France.,Cytogenetics Department, Dijon University Hospital, Dijon, France
| | - Didier Bessis
- Dermatology Department, Montpellier University Hospital, Montpellier, France
| | - David Geneviève
- Medical Genetics Department, Montpellier University Hospital, Montpellier, France
| | | | - Christel Thauvin
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France.,Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Hôpital d'Enfants, Dijon, France
| | - Robert K Semple
- The University of Cambridge Metabolic Research Laboratories, Institute of Metabolic Science, Cambridge, UK.,Center for Cardiovascular Science, University of Edinburgh, Edinburgh, UK
| | | | - Jean-Baptiste Rivière
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France
| | - Veronica A Kinsler
- Paediatric Dermatology, Great Ormond St Hospital for Children NHS Foundation Trust, London, UK.,UCL GOS Institute of Child Health, London, UK.,Mosaicism and Precision Medicine laboratory, Francis Crick Institute, London, UK
| | - Laurence Faivre
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France.,Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Hôpital d'Enfants, Dijon, France
| | - Pierre Vabres
- INSERM UMR1231, Bourgogne Franche-Comté University, Dijon, France.,MAGEC-Mosaïque Reference Center, Dijon University Hospital, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Dijon-Burgundy University Hospital, Dijon, France
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Lévy J, Schell B, Nasser H, Rachid M, Ruaud L, Couque N, Callier P, Faivre L, Marle N, Engwerda A, van Ravenswaaij-Arts CMA, Plutino M, Karmous-Benailly H, Benech C, Redon S, Boute O, Boudry Labis E, Rama M, Kuentz P, Assoumani J, Maldergem LV, Dupont C, Verloes A, Tabet AC. EPHA7 haploinsufficiency is associated with a neurodevelopmental disorder. Clin Genet 2021; 100:396-404. [PMID: 34176129 DOI: 10.1111/cge.14017] [Citation(s) in RCA: 2] [Impact Index Per Article: 0.7] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 11/27/2020] [Revised: 06/21/2021] [Accepted: 06/23/2021] [Indexed: 11/26/2022]
Abstract
Ephrin receptor and their ligands, the ephrins, are widely expressed in the developing brain. They are implicated in several developmental processes that are crucial for brain development. Deletions in genes encoding for members of the Eph/ephrin receptor family were reported in several neurodevelopmental disorders. The ephrin receptor A7 gene (EPHA7) encodes a member of ephrin receptor subfamily of the protein-tyrosine kinase family. EPHA7 plays a role in corticogenesis processes, determines brain size and shape, and is involved in development of the central nervous system. One patient only was reported so far with a de novo deletion encompassing EPHA7 in 6q16.1. We report 12 additional patients from nine unrelated pedigrees with similar deletions. The deletions were inherited in nine out of 12 patients, suggesting variable expressivity and incomplete penetrance. Four patients had tiny deletions involving only EPHA7, suggesting a critical role of EPHA7 in a neurodevelopmental disability phenotype. We provide further evidence for EPHA7 deletion as a risk factor for neurodevelopmental disorder and delineate its clinical phenotype.
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Affiliation(s)
- Jonathan Lévy
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Bérénice Schell
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Hala Nasser
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Myriam Rachid
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Lyse Ruaud
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France.,Université de Paris Medical School, Paris, France.,INSERM UMR1141, Paris University, APHP, Robert-Debré Hospital, Paris, France
| | - Nathalie Couque
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Patrick Callier
- Centre de Génétique et Centre de référence "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs", Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Laboratoire de Génétique Chromosomique et Moléculaire, Plateau Technique de Biologie, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,UMR-Inserm 1231 GAD Team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- Centre de Génétique et Centre de référence "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs", Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,UMR-Inserm 1231 GAD Team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Nathalie Marle
- Laboratoire de Génétique Chromosomique et Moléculaire, Plateau Technique de Biologie, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,UMR-Inserm 1231 GAD Team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Aafke Engwerda
- Department of Genetics, University of Groningen, University Medical Centre Groningen, Groningen, The Netherlands
| | | | - Morgane Plutino
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Nice, France
| | | | | | - Sylvia Redon
- Laboratoire de Génétique Moléculaire et Histocompatibilité, Service de Génétique Médicale, CHRU, Brest, France
| | - Odile Boute
- CHU Lille, Clinique de Génétique "Guy Fontaine", Lille, France
| | | | - Mélanie Rama
- CHU Lille, Institut de Génétique Médicale, Lille, France
| | - Paul Kuentz
- UMR-Inserm 1231 GAD Team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Génétique Biologique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | | | - Lionel Van Maldergem
- Clinical Investigation Center 1431, INSERM, Besançon, France.,Center of Human Genetics, University of Franche-Comté, Besançon, France
| | - Céline Dupont
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France
| | - Alain Verloes
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France.,Université de Paris Medical School, Paris, France.,INSERM UMR1141, Paris University, APHP, Robert-Debré Hospital, Paris, France
| | - Anne-Claude Tabet
- Genetics Department, APHP, Robert-Debré University Hospital, Paris, France.,Neuroscience Department, Human Genetics and Cognitive Function Unit, Pasteur Institute, Paris, France
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Sorlin A, Carmignac V, Amiel J, Boccara O, Fraitag S, Maruani A, Theiler M, Weibel L, Duffourd Y, Philippe C, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Rivière JB, Vabres P, Kuentz P. Expanding the clinical spectrum of mosaic BRAF skin phenotypes. J Eur Acad Dermatol Venereol 2021; 35:e690-e693. [PMID: 34051131 DOI: 10.1111/jdv.17413] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 02/04/2021] [Accepted: 05/19/2021] [Indexed: 11/28/2022]
Affiliation(s)
- A Sorlin
- Centre de Génétique et Centre de référence « Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs », Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - V Carmignac
- UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - J Amiel
- Service de Génétique Médicale, Hôpital Necker-Enfants Malades, APHP, Paris, France
| | - O Boccara
- Department of Dermatology and Reference Center for Genodermatoses and Rare Skin Diseases (MAGEC), Université Paris, Paris-Centre, Institut Imagine, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, APHP, Paris, France
| | - S Fraitag
- Service d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques, APHP, Hôpital Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - A Maruani
- Service de Dermatologie, Centre de Référence des Maladies Rares - MAGEC, Centre Hospitalier Universitaire de Tours, Université de Tours, SPHERE-INSERM 1246, Tours, France
| | - M Theiler
- Pediatric Skin Center, Department of Dermatology, University Children's Hospital Zurich, Zurich, Switzerland
| | - L Weibel
- Pediatric Skin Center, Department of Dermatology, University Children's Hospital Zurich, Zurich, Switzerland
| | - Y Duffourd
- UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - C Philippe
- UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - C Thauvin-Robinet
- Centre de Génétique et Centre de référence « Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs », Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - L Faivre
- Centre de Génétique et Centre de référence « Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs », Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - J-B Rivière
- UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - P Vabres
- UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Service de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | - P Kuentz
- UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
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Theiler M, Weibel L, Christen-Zaech S, Carmignac V, Sorlin A, Neuhaus K, Chevarin M, Thauvin-Robinet C, Philippe C, Faivre L, Vabres P, Kuentz P. Cerebriform sebaceous nevus: a subtype of organoid nevus due to specific postzygotic FGFR2 mutations. J Eur Acad Dermatol Venereol 2021; 35:2085-2090. [PMID: 33930231 DOI: 10.1111/jdv.17319] [Citation(s) in RCA: 2] [Impact Index Per Article: 0.7] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 01/24/2021] [Revised: 03/20/2021] [Accepted: 04/13/2021] [Indexed: 12/29/2022]
Abstract
BACKGROUND Postzygotic mutations in FGFR2 have been identified in mosaic forms of acne, keratinocytic epidermal nevi, nevoid acanthosis nigricans / rounded and velvety epidermal nevus and in two fetuses with papillomatous pedunculated sebaceous nevus (PPSN). OBJECTIVES To determine the clinical and genetic characteristics of children with cerebriform, papillomatous and pedunculated variants of sebaceous nevi. METHODS Infants diagnosed with sebaceous nevi characterized by a cerebriform, papillomatous and/or pedunculated morphology over a 10-year period (2010-2019) at three paediatric dermatology centres in Switzerland and France were included in this case series. Clinical and histological characteristics were assessed. Next-generation sequencing was used to assess for FGFR2 mutations. RESULTS All nevi were located on the head, with a rounded or linear shape and a typical cerebriform, sometimes papillomatous and pedunculated, surface. No associated extracutaneous anomalies were found. Nevi harboured postzygotic mutations in the transmembrane domain of FGFR2 in 6/8 children (75%), either the known specific p.(Cys382Arg) mutation in 5 cases, or a novel mutation, p.(Val395Asp), in one. CONCLUSIONS We found an exquisite genotype-phenotype correlation in these rare nevi, with specific postzygotic mutations in the transmembrane domain of FGFR2. As not all lesions were truly papillomatous and pedunculated, the term cerebriform sebaceous nevus (CSN) appears more suitable than PPSN to describe this entity. The cerebriform pattern of CSN is reminiscent of cutis gyrata, as seen in Beare-Stevenson syndrome, which is caused by closely related germline FGFR2 mutations. While clinically impressive, CSN seem to carry a good prognosis and a low risk for extracutaneous associations.
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Affiliation(s)
- M Theiler
- Pediatric Skin Center, Department of Dermatology, University Children's Hospital Zurich, Zurich, Switzerland
| | - L Weibel
- Pediatric Skin Center, Department of Dermatology, University Children's Hospital Zurich, Zurich, Switzerland
| | - S Christen-Zaech
- Unité de Dermatologie Pédiatrique, Services de Dermatologie et de Pédiatrie, Département Femme-mère-enfant, Site de l'Hôpital de L'enfance, Lausanne, Switzerland
| | - V Carmignac
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - A Sorlin
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique Médicale, Centre de Référence "Déficiences Intellectuelles de causes rares", CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - K Neuhaus
- Pediatric Skin Center, Division of Plastic and Reconstructive Surgery, Department of Surgery, University Children's Hospital Zurich, Zurich, Switzerland
| | - M Chevarin
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - C Thauvin-Robinet
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique Médicale, Centre de Référence "Déficiences Intellectuelles de causes rares", CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - C Philippe
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - L Faivre
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique Médicale, Centre de Référence "Déficiences Intellectuelles de causes rares", CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - P Vabres
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Référence Constitutif MAGEC, Service de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - P Kuentz
- Inserm UMR1231 GAD, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
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Ghesh L, Besnard T, Nizon M, Trochu E, Landeau-Trottier G, Breheret F, Thauvin-Robinet C, Bruel AL, Kuentz P, Coubes C, Cuisset L, Mignot C, Keren B, Bézieau S, Cogné B. Loss-of-function variants in ARHGEF9 are associated with an X-linked intellectual disability dominant disorder. Hum Mutat 2021; 42:498-505. [PMID: 33600053 DOI: 10.1002/humu.24188] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/31/2020] [Revised: 01/28/2021] [Accepted: 02/14/2021] [Indexed: 01/12/2023]
Abstract
ARHGEF9 defects lead to an X-linked intellectual disability disorder related to inhibitory synaptic dysfunction. This condition is more frequent in males, with a few affected females reported. Up to now, sequence variants and gross deletions have been identified in males, while only chromosomal aberrations have been reported in affected females who showed a skewed pattern of X-chromosome inactivation (XCI), suggesting an X-linked recessive (XLR) disorder. We report three novel loss-of-function (LoF) variants in ARHGEF9: A de novo synonymous variant affecting splicing (NM_015185.2: c.1056G>A, p.(Lys352=)) in one female; a nonsense variant in another female (c.865C>T, p.(Arg289*)), that is, also present as a somatically mosaic variant in her father, and a de novo nonsense variant in a boy (c.899G>A; p.(Trp300*)). Both females showed a random XCI. Thus, we suggest that missense variants are responsible for an XLR disorder affecting males and that LoF variants, mainly occurring de novo, may be responsible for an X-linked dominant disorder affecting males and females.
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Affiliation(s)
- Leïla Ghesh
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
| | - Thomas Besnard
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
- l'institut du thorax, Université de Nantes, CNRS, INSERM, Nantes, France
| | - Mathilde Nizon
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
- l'institut du thorax, Université de Nantes, CNRS, INSERM, Nantes, France
| | - Eva Trochu
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
| | | | - Flora Breheret
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
- Génétique des Anomalies du Développement, Inserm UMR 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
- Centre de Génétique et Centre de Référence Déficience Intellectuelle de causes rares, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France
- UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
- Génétique des Anomalies du Développement, Inserm UMR 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
- UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
- Génétique des Anomalies du Développement, Inserm UMR 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Christine Coubes
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Laurence Cuisset
- Laboratoire de Génétique et Biologie Moléculaires, Département Médico-Universitaire BioPhyGen, Hôpital Cochin, APHP, Université de Paris, Paris, France
| | - Cyril Mignot
- Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, INSERM, U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Paris, France
- Service de Génétique clinique et Médicale, CHU Paris, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France
| | - Boris Keren
- Service de Génétique clinique et Médicale, CHU Paris, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France
| | - Stéphane Bézieau
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
- l'institut du thorax, Université de Nantes, CNRS, INSERM, Nantes, France
| | - Benjamin Cogné
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France
- l'institut du thorax, Université de Nantes, CNRS, INSERM, Nantes, France
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Ramond F, Rio M, Héron B, Imbard A, Marie S, Billiemaz K, Denommé-Pichon AS, Kuentz P, Ceballos I, Piraud M, Vincent MF, Touraine R. AICA-ribosiduria due to ATIC deficiency: Delineation of the phenotype with three novel cases, and long-term update on the first case. J Inherit Metab Dis 2020; 43:1254-1264. [PMID: 32557644 DOI: 10.1002/jimd.12274] [Citation(s) in RCA: 18] [Impact Index Per Article: 4.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Submit a Manuscript] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/20/2020] [Revised: 06/15/2020] [Accepted: 06/16/2020] [Indexed: 11/06/2022]
Abstract
5-Amino-4-imidazolecarboxamide-ribosiduria (AICA)-ribosiduria is an exceedingly rare autosomal recessive condition resulting from the disruption of the bifunctional purine biosynthesis protein PURH (ATIC), which catalyzes the last two steps of de novo purine synthesis. It is characterized biochemically by the accumulation of AICA-riboside in urine. AICA-ribosiduria had been reported in only one individual, 15 years ago. In this article, we report three novel cases of AICA-ribosiduria from two independent families, with two novel pathogenic variants in ATIC. We also provide a clinical update on the first patient. Based on the phenotypic features shared by these four patients, we define AICA-ribosiduria as the syndromic association of severe-to-profound global neurodevelopmental impairment, severe visual impairment due to chorioretinal atrophy, ante-postnatal growth impairment, and severe scoliosis. Dysmorphic features were observed in all four cases, especially neonatal/infancy coarse facies with upturned nose. Early-onset epilepsy is frequent and can be pharmacoresistant. Less frequently observed features are aortic coarctation, chronic hepatic cytolysis, minor genital malformations, and nephrocalcinosis. Alteration of the transformylase activity of ATIC might result in a more severe impairment than the alteration of the cyclohydrolase activity. Data from literature points toward a cytotoxic mechanism of the accumulated AICA-riboside.
Collapse
Affiliation(s)
- Francis Ramond
- Service de Génétique, CHU-Hôpital Nord, Saint-Etienne, France
| | - Marlène Rio
- Institut Imagine, Paris, France
- Inserm U781, Hôpital Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Bénédicte Héron
- Service de Neurologie Pédiatrique, Hôpital Armand-Trousseau, APHP et GRC No. 19, Universités Sorbonne, UPMC 06, Paris, France
| | - Apolline Imbard
- Biochemistry Hormonology Laboratory, Robert-Debré University Hospital, APHP, Paris, France
- LIPSYS, Faculty of pharmacy, Paris Saclay University, Chatenay-Malabry, France
| | - Sandrine Marie
- Laboratoire des Maladies Métaboliques, Cliniques Universitaires Saint-Luc, Bruxelles, Belgium
| | - Kareen Billiemaz
- Service de Réanimation Pédiatrique, CHU-Hôpital Nord, Saint-Étienne, France
| | - Anne-Sophie Denommé-Pichon
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
- Laboratoire de Génétique Moléculaire, UF Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, Plateau Technique de Biologie, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
- UMR-Inserm 1231 GAD Team, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
- UMR-Inserm 1231 GAD Team, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
- Génétique Biologique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Irène Ceballos
- Metabolic Biochemistry Department, Necker Hospital, APHP, Paris, France
| | - Monique Piraud
- Unité Maladies Héréditaires du Métabolisme, Service de Biochimie et Biologie Moléculaire Grand Est, Centre de Biologie et de Pathologie Est, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
| | - Marie-Françoise Vincent
- Laboratoire des Maladies Métaboliques, Cliniques Universitaires Saint-Luc, Bruxelles, Belgium
| | - Renaud Touraine
- Service de Génétique, CHU-Hôpital Nord, Saint-Etienne, France
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Trajkova S, Di Gregorio E, Ferrero GB, Carli D, Pavinato L, Delplancq G, Kuentz P, Brusco A. New Insights into Potocki-Shaffer Syndrome: Report of Two Novel Cases and Literature Review. Brain Sci 2020; 10:brainsci10110788. [PMID: 33126574 PMCID: PMC7693731 DOI: 10.3390/brainsci10110788] [Citation(s) in RCA: 6] [Impact Index Per Article: 1.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 08/31/2020] [Revised: 10/16/2020] [Accepted: 10/27/2020] [Indexed: 12/24/2022] Open
Abstract
Potocki-Shaffer syndrome (PSS) is a rare non-recurrent contiguous gene deletion syndrome involving chromosome 11p11.2. Current literature implies a minimal region with haploinsufficiency of three genes, ALX4 (parietal foramina), EXT2 (multiple exostoses), and PHF21A (craniofacial anomalies, and intellectual disability). The rest of the PSS phenotype is still not associated with a specific gene. We report a systematic review of the literature and included two novel cases. Because deletions are highly variable in size, we defined three groups of patients considering the PSS-genes involved. We found 23 full PSS cases (ALX4, EXT2, and PHF21A), 14 cases with EXT2-ALX4, and three with PHF21A only. Among the latter, we describe a novel male child showing developmental delay, café-au-lait spots, liner postnatal overgrowth and West-like epileptic encephalopathy. We suggest PSS cases may have epileptic spasms early in life, and PHF21A is likely to be the causative gene. Given their subtle presentation these may be overlooked and if left untreated could lead to a severe type or deterioration in the developmental plateau. If our hypothesis is correct, a timely therapy may ameliorate PSS phenotype and improve patients’ outcomes. Our analysis also shows PHF21A is a candidate for the overgrowth phenotype.
Collapse
Affiliation(s)
- Slavica Trajkova
- Department of Medical Sciences, University of Torino, 10126 Turin, Italy; (S.T.); (L.P.)
| | - Eleonora Di Gregorio
- Medical Genetics Unit, Città della Salute e della Scienza, University Hospital, 10126 Turin, Italy; (E.D.)
| | - Giovanni Battista Ferrero
- Department of Public Health and Paediatrics, University of Torino, 10126 Turin, Italy; (G.B.F.); (D.C.)
| | - Diana Carli
- Department of Public Health and Paediatrics, University of Torino, 10126 Turin, Italy; (G.B.F.); (D.C.)
| | - Lisa Pavinato
- Department of Medical Sciences, University of Torino, 10126 Turin, Italy; (S.T.); (L.P.)
| | - Geoffroy Delplancq
- Centre de Génétique Humaine, Université de Franche-Comté, 25000 Besançon, France; (G.D.)
- Service de Pédiatrie, CHU, 25000 Besançon, France
| | - Paul Kuentz
- Oncobiologie Génétique Bioinformatique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, 25000 Besançon, France; (P.K.)
- UMR-Inserm 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, 21000 Dijon, France
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne Franche-Comté, 21000 Dijon, France
| | - Alfredo Brusco
- Department of Medical Sciences, University of Torino, 10126 Turin, Italy; (S.T.); (L.P.)
- Medical Genetics Unit, Città della Salute e della Scienza, University Hospital, 10126 Turin, Italy; (E.D.)
- Correspondence: (A.B.)
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Lefebvre M, Bruel AL, Tisserant E, Bourgon N, Duffourd Y, Collardeau-Frachon S, Attie-Bitach T, Kuentz P, Assoum M, Schaefer E, El Chehadeh S, Antal MC, Kremer V, Girard-Lemaitre F, Mandel JL, Lehalle D, Nambot S, Jean-Marçais N, Houcinat N, Moutton S, Marle N, Lambert L, Jonveaux P, Foliguet B, Mazutti JP, Gaillard D, Alanio E, Poirisier C, Lebre AS, Aubert-Lenoir M, Arbez-Gindre F, Odent S, Quélin C, Loget P, Fradin M, Willems M, Bigi N, Perez MJ, Blesson S, Francannet C, Beaufrere AM, Patrier-Sallebert S, Guerrot AM, Goldenberg A, Brehin AC, Lespinasse J, Touraine R, Capri Y, Saint-Frison MH, Laurent N, Philippe C, Tran Mau-Them F, Thevenon J, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Vitobello A. Genotype-first in a cohort of 95 fetuses with multiple congenital abnormalities: when exome sequencing reveals unexpected fetal phenotype-genotype correlations. J Med Genet 2020; 58:400-413. [PMID: 32732226 DOI: 10.1136/jmedgenet-2020-106867] [Citation(s) in RCA: 13] [Impact Index Per Article: 3.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 02/24/2020] [Revised: 05/04/2020] [Accepted: 05/21/2020] [Indexed: 11/03/2022]
Abstract
PURPOSE Molecular diagnosis based on singleton exome sequencing (sES) is particularly challenging in fetuses with multiple congenital abnormalities (MCA). Indeed, some studies reveal a diagnostic yield of about 20%, far lower than in live birth individuals showing developmental abnormalities (30%), suggesting that standard analyses, based on the correlation between clinical hallmarks described in postnatal syndromic presentations and genotype, may underestimate the impact of the genetic variants identified in fetal analyses. METHODS We performed sES in 95 fetuses with MCA. Blind to phenotype, we applied a genotype-first approach consisting of combined analyses based on variants annotation and bioinformatics predictions followed by reverse phenotyping. Initially applied to OMIM-morbid genes, analyses were then extended to all genes. We complemented our approach by using reverse phenotyping, variant segregation analysis, bibliographic search and data sharing in order to establish the clinical significance of the prioritised variants. RESULTS sES rapidly identified causal variant in 24/95 fetuses (25%), variants of unknown significance in OMIM genes in 8/95 fetuses (8%) and six novel candidate genes in 6/95 fetuses (6%). CONCLUSIONS This method, based on a genotype-first approach followed by reverse phenotyping, shed light on unexpected fetal phenotype-genotype correlations, emphasising the relevance of prenatal studies to reveal extreme clinical presentations associated with well-known Mendelian disorders.
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Affiliation(s)
- Mathilde Lefebvre
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France.,Laboratoire d'Anatomo-Pathologie, Plateforme de Biologie Hospitalo-Universitaire, CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Emilie Tisserant
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France
| | - Nicolas Bourgon
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France
| | | | - Tania Attie-Bitach
- Laboratoire d'Embryologie et de Génétique des Malformations Congénitales, Hopital Necker, APHP, Paris Cedex 15, France
| | - Paul Kuentz
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France
| | - Mirna Assoum
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France
| | - Elise Schaefer
- Service de Génétique Médicale, CHU de Strasbourg, Hôpital de Hautepierre, Strasbourg, France
| | - Salima El Chehadeh
- Service de Génétique Médicale, CHU de Strasbourg, Hôpital de Hautepierre, Strasbourg, France
| | - Maria Cristina Antal
- Service de Fœtopathologie, CHU de Strasbourg, Hôpital de Hautepierre, Strasbourg, France
| | - Valérie Kremer
- Laboratoire de Cytogénétique constitutionnelle et prénatale, CHU de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Françoise Girard-Lemaitre
- Département Médecine translationnelle et neurogénétique, Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, Strasbourg, France
| | - Jean-Louis Mandel
- Département Médecine translationnelle et neurogénétique, Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, Strasbourg, France
| | - Daphne Lehalle
- Centre de Référence Maladies Rares « Anomalies du Développement et Syndrome Malformatifs » de L'Est, Hôpital D'Enfants, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- Centre de Référence Maladies Rares « Anomalies du Développement et Syndrome Malformatifs » de L'Est, Hôpital D'Enfants, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Nolwenn Jean-Marçais
- Centre de Référence Maladies Rares « Anomalies du Développement et Syndrome Malformatifs » de L'Est, Hôpital D'Enfants, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Nada Houcinat
- Centre de Référence Maladies Rares « Anomalies du Développement et Syndrome Malformatifs » de L'Est, Hôpital D'Enfants, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Sébastien Moutton
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares « Anomalies du Développement et Syndrome Malformatifs » de L'Est, Hôpital D'Enfants, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Nathalie Marle
- Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Laetita Lambert
- UF de Génétique médicale, Maternité régionale, CHU de Nancy, Nancy, France
| | | | - Bernard Foliguet
- Laboratoire de Biologie de la Reproduction et du Développement Maternité de Nancy, CHU de Nancy, Nancy, France
| | - Jean-Pierre Mazutti
- Laboratoire de Biologie de la Reproduction et du Développement Maternité de Nancy, CHU de Nancy, Nancy, France
| | | | | | | | - Anne-Sophie Lebre
- Service de Génétique et Biologie de la Reproduction, CHU de Reims, Reims, France
| | | | | | - Sylvie Odent
- Service de Génétique Clinique, Hôpital Sud, CLAD Ouest, CNRS UMR6290 Génétique et Pathologies du Développement, Université de Rennes, Rennes, France
| | - Chloé Quélin
- Service de Génétique Clinique, Hôpital Sud, CLAD Ouest, CNRS UMR6290 Génétique et Pathologies du Développement, Université de Rennes, Rennes, France.,Service de Fœtopathologie, CHU de Rennes, Rennes, France
| | - Philippe Loget
- Service de Fœtopathologie, CHU de Rennes, Rennes, France
| | - Melanie Fradin
- Service de Génétique Clinique, Hôpital Sud, CLAD Ouest, CNRS UMR6290 Génétique et Pathologies du Développement, Université de Rennes, Rennes, France
| | - Marjolaine Willems
- Equipe Maladies Génétiques de l'Enfant et de l'Adulte, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Nicole Bigi
- Service de Fœtopathologie, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Marie-José Perez
- Service de Fœtopathologie, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | | | - Christine Francannet
- Service de Génétique médicale, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France
| | | | | | | | | | | | | | - Renaud Touraine
- Service de Genetique Clinique, C.H.U. De Saint Etienne-Hopital Nord, Saint Etienne Cedex 2, France
| | - Yline Capri
- Service de génétique clinique, Hôpital Robert Debré - APHP, Paris, France
| | | | - Nicole Laurent
- Laboratoire d'Anatomo-Pathologie, Plateforme de Biologie Hospitalo-Universitaire, CHU de Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Frederic Tran Mau-Them
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Julien Thevenon
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France.,Département de Génétique et Procréation, CHU Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France
| | - Laurence Faivre
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France.,Centre de Référence Maladies Rares « Anomalies du Développement et Syndrome Malformatifs » de L'Est, Hôpital D'Enfants, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France .,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Hôpital D'Enfants, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Antonio Vitobello
- UFR Des Sciences de Santé, INSERM-Université de Bourgogne UMR1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », FHU-TRANSLAD, Dijon, France .,Unité Fonctionnelle d'Innovation diagnostique des maladies rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
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Bertacchi M, Romano AL, Loubat A, Tran Mau-Them F, Willems M, Faivre L, Khau van Kien P, Perrin L, Devillard F, Sorlin A, Kuentz P, Philippe C, Garde A, Neri F, Di Giaimo R, Oliviero S, Cappello S, D'Incerti L, Frassoni C, Studer M. NR2F1 regulates regional progenitor dynamics in the mouse neocortex and cortical gyrification in BBSOAS patients. EMBO J 2020; 39:e104163. [PMID: 32484994 PMCID: PMC7327499 DOI: 10.15252/embj.2019104163] [Citation(s) in RCA: 33] [Impact Index Per Article: 8.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Download PDF] [Figures] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/02/2019] [Revised: 04/01/2020] [Accepted: 04/15/2020] [Indexed: 12/12/2022] Open
Abstract
The relationships between impaired cortical development and consequent malformations in neurodevelopmental disorders, as well as the genes implicated in these processes, are not fully elucidated to date. In this study, we report six novel cases of patients affected by BBSOAS (Boonstra‐Bosch‐Schaff optic atrophy syndrome), a newly emerging rare neurodevelopmental disorder, caused by loss‐of‐function mutations of the transcriptional regulator NR2F1. Young patients with NR2F1 haploinsufficiency display mild to moderate intellectual disability and show reproducible polymicrogyria‐like brain malformations in the parietal and occipital cortex. Using a recently established BBSOAS mouse model, we found that Nr2f1 regionally controls long‐term self‐renewal of neural progenitor cells via modulation of cell cycle genes and key cortical development master genes, such as Pax6. In the human fetal cortex, distinct NR2F1 expression levels encompass gyri and sulci and correlate with local degrees of neurogenic activity. In addition, reduced NR2F1 levels in cerebral organoids affect neurogenesis and PAX6 expression. We propose NR2F1 as an area‐specific regulator of mouse and human brain morphology and a novel causative gene of abnormal gyrification.
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Affiliation(s)
- Michele Bertacchi
- Université Côte d'Azur, CNRS, Inserm, iBV, Paris, France.,Clinical and Experimental Epileptology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milano, Italy
| | | | - Agnès Loubat
- Université Côte d'Azur, CNRS, Inserm, iBV, Paris, France
| | - Frederic Tran Mau-Them
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Marjolaine Willems
- Hôpital Arnaud de Villeneuve, Service de Génétique Médicale, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Laurence Faivre
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Référence maladies rares « Anomalies du développement et syndromes malformatifs », Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Philippe Khau van Kien
- Hôpital Carémeau, UF de Génétique Médicale et Cytogénétique, Centre de Compétences Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU de Nîmes, Nîmes, France
| | - Laurence Perrin
- Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique, Hôpital Robert Debré, Paris, France
| | - Françoise Devillard
- Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple-Enfant, CHU de Grenoble, Grenoble, France
| | - Arthur Sorlin
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Référence maladies rares « Anomalies du développement et syndromes malformatifs », Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de référence maladies rares « Déficiences intellectuelles de causes rares », Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Génétique Biologique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Christophe Philippe
- UMR1231 GAD, Inserm - Université Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Aurore Garde
- Unité Fonctionnelle Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Référence maladies rares « Anomalies du développement et syndromes malformatifs », Centre de Génétique, FHU-TRANSLAD, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Francesco Neri
- Epigenetics Unit, Italian Institute for Genomic Medicine, University of Torino, Torino, Italy.,Leibniz Institute on Aging, Fritz Lipmann Institute (FLI), Jena, Germany
| | - Rossella Di Giaimo
- Department of Biology, University of Naples Federico II, Napoli, Italy.,Max Planck Institute of Psychiatry, München, Germany
| | - Salvatore Oliviero
- Epigenetics Unit, Italian Institute for Genomic Medicine, University of Torino, Torino, Italy
| | | | - Ludovico D'Incerti
- Neuroradiology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milano, Italy
| | - Carolina Frassoni
- Clinical and Experimental Epileptology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milano, Italy
| | - Michèle Studer
- Université Côte d'Azur, CNRS, Inserm, iBV, Paris, France
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Lehalle D, Vabres P, Sorlin A, Bierhals T, Avila M, Carmignac V, Chevarin M, Torti E, Abe Y, Bartolomaeus T, Clayton-Smith J, Cogné B, Cusco I, Duplomb L, De Bont E, Duffourd Y, Duijkers F, Elpeleg O, Fattal A, Geneviève D, Guillen Sacoto MJ, Guimier A, Harris DJ, Hempel M, Isidor B, Jouan T, Kuentz P, Koshimizu E, Lichtenbelt K, Loik Ramey V, Maik M, Miyakate S, Murakami Y, Pasquier L, Pedro H, Simone L, Sondergaard-Schatz K, St-Onge J, Thevenon J, Valenzuela I, Abou Jamra R, van Gassen K, van Haelst MM, van Koningsbruggen S, Verdura E, Whelan Habela C, Zacher P, Rivière JB, Thauvin-Robinet C, Betschinger J, Faivre L. De novo mutations in the X-linked TFE3 gene cause intellectual disability with pigmentary mosaicism and storage disorder-like features. J Med Genet 2020; 57:808-819. [PMID: 32409512 DOI: 10.1136/jmedgenet-2019-106508] [Citation(s) in RCA: 10] [Impact Index Per Article: 2.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 09/10/2019] [Revised: 02/16/2020] [Accepted: 02/22/2020] [Indexed: 11/04/2022]
Abstract
INTRODUCTION Pigmentary mosaicism (PM) manifests by pigmentation anomalies along Blaschko's lines and represents a clue toward the molecular diagnosis of syndromic intellectual disability (ID). Together with new insights on the role for lysosomal signalling in embryonic stem cell differentiation, mutations in the X-linked transcription factor 3 (TFE3) have recently been reported in five patients. Functional analysis suggested these mutations to result in ectopic nuclear gain of functions. MATERIALS AND METHODS Subsequent data sharing allowed the clustering of de novo TFE3 variants identified by exome sequencing on DNA extracted from leucocytes in patients referred for syndromic ID with or without PM. RESULTS We describe the detailed clinical and molecular data of 17 individuals harbouring a de novo TFE3 variant, including the patients that initially allowed reporting TFE3 as a new disease-causing gene. The 12 females and 5 males presented with pigmentation anomalies on Blaschko's lines, severe ID, epilepsy, storage disorder-like features, growth retardation and recognisable facial dysmorphism. The variant was at a mosaic state in at least two male patients. All variants were missense except one splice variant. Eleven of the 13 variants were localised in exon 4, 2 in exon 3, and 3 were recurrent variants. CONCLUSION This series further delineates the specific storage disorder-like phenotype with PM ascribed to de novo TFE3 mutation in exons 3 and 4. It confirms the identification of a novel X-linked human condition associated with mosaicism and dysregulation within the mechanistic target of rapamycin (mTOR) pathway, as well as a link between lysosomal signalling and human development.
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Affiliation(s)
- Daphné Lehalle
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France .,UF de Génétique Médicale, Département de Génétique, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, APHP Sorbonne Université, Paris, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Pierre Vabres
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Centre de Référence MAGEC, Service de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, Bourgogne, France
| | - Arthur Sorlin
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Tatjana Bierhals
- Institute of Human Genetics, University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Martinistraße 52, Hamburg, Germany
| | - Magali Avila
- INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Virginie Carmignac
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Martin Chevarin
- INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | | | - Yuichi Abe
- Division of Neurology, National Center for Child Health and Development, Tokyo, Japan
| | - Tobias Bartolomaeus
- Institute of Human Genetics, University of Leipzig Medical Center, Leipzig, Germany
| | - Jill Clayton-Smith
- Genomic Medicine, Manchester Centre for Genomic Medicine, Manchester, Manchester, UK.,Division of Evolution and Genomic Sciences, Faculty of Biology, Medicine and Health, University of Manchester, Manchester, Greater Manchester, UK
| | - Benjamin Cogné
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France.,L'institut du thorax, INSERM, CNRS, Université de Nantes, Nantes, France
| | - Ivon Cusco
- Department of Clinical and Molecular Genetics and Rare Disease Unit, University Hospital Vall d'Hebron, Barcelona, Spain
| | - Laurence Duplomb
- INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Eveline De Bont
- Department of Pediatric Oncology, Ommelander Hospital Groningen, Scheemda, Groningen, The Netherlands
| | - Yannis Duffourd
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Floor Duijkers
- Department of Genetics, Amsterdam University Medical Centres, Amsterdam, Noord-Holland, The Netherlands
| | - Orly Elpeleg
- Monique and Jacques Roboh Department of Genetic Research, Hadassah-Hebrew University Medical Center, Jerusalem, Israel
| | - Aviva Fattal
- Pediatric Neurology Institute, Tel Aviv Sourasky Medical Center, Sackler Faculty of Medicine, Tel Aviv University, Tel-Aviv, Israel
| | - David Geneviève
- Departement de Génétique Medicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHRU Montpellier, Montpellier, France
| | | | - Anne Guimier
- Department of Genetics, Necker-Enfants Malades Hospitals, Paris, Île-de-France, France
| | - David J Harris
- Division of Genomics and Genetics, Boston Children s Hospital, Boston, Massachusetts, USA
| | - Maja Hempel
- Institute of Human Genetics, University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Martinistraße 52, Hamburg, Germany
| | - Bertrand Isidor
- Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Nantes, Nantes, France.,L'institut du thorax, INSERM, CNRS, Université de Nantes, Nantes, France
| | - Thibaud Jouan
- INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Génétique Biologique Histologie, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besancon, Besancon, France
| | - Eriko Koshimizu
- Department of Human Genetics, Yokohama City University School of Medicine Graduate School of Medicine, Yokohama, Kanagawa, Japan
| | - Klaske Lichtenbelt
- Department of Genetics, University Medical Centre Utrecht Brain Centre, Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Valerie Loik Ramey
- Division of Genomics and Genetics, Boston Children s Hospital, Boston, Massachusetts, USA
| | - Miriam Maik
- Hackensack Meridian Health Inc, Edison, New Jersey, USA
| | - Sakoto Miyakate
- Department of Human Genetics, Yokohama City University Graduate School of Medicine, Yokohama, Kanagawa, Japan
| | - Yoshiko Murakami
- Yabumoto Department of Intractable Disease Research, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University, Suita, Osaka, Japan
| | - Laurent Pasquier
- Service de Génétique Clinique, CLAD Ouest, CHU Rennes, Rennes, France
| | - Helio Pedro
- Hackensack Meridian Health Inc, Edison, New Jersey, USA
| | - Laurie Simone
- Hackensack Meridian Health Inc, Edison, New Jersey, USA
| | - Krista Sondergaard-Schatz
- Department of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, United States
| | - Judith St-Onge
- INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Child Health and Human Development Program, Research Institute of the McGill University Health Centre, Montreal, Quebec, Canada
| | - Julien Thevenon
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Département de Génétique et Procréation, CHU Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France
| | - Irene Valenzuela
- Department of Clinical and Molecular Genetics and Rare Disease Unit, University Hospital Vall d'Hebron, Barcelona, Spain
| | - Rami Abou Jamra
- Institute of Human Genetics, University of Erlangen-Nuremberg, Erlangen, Germany
| | - Koen van Gassen
- Department of Medical Genetics, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Mieke M van Haelst
- Department of Medical Genetics, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Silvana van Koningsbruggen
- Department of Clinical Genetics, University of Amsterdam, Academic Medical Centre, Amsterdam, The Netherlands
| | - Edgard Verdura
- Neurometabolic Diseases Laboratory, Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL), L'Hospitalet de Llobregat, Barcelona, Spain.,Centre for Biomedical Research on Rare Diseases (CIBERER), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
| | - Christa Whelan Habela
- Department of Neurology, John M. Freeman Pediatric Epilepsy Center, Johns Hopkins Medicine, Baltimore, Maryland, USA
| | - Pia Zacher
- The Saxon Epilepsy Center Kleinwachau, Radeberg, Germany
| | - Jean-Baptiste Rivière
- INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Department of Human Genetics, McGill University Health Centre, Montreal, Quebec, Canada
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Joerg Betschinger
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, Basel, Basel-Stadt, Switzerland
| | - Laurence Faivre
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
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Lennox AL, Hoye ML, Jiang R, Johnson-Kerner BL, Suit LA, Venkataramanan S, Sheehan CJ, Alsina FC, Fregeau B, Aldinger KA, Moey C, Lobach I, Afenjar A, Babovic-Vuksanovic D, Bézieau S, Blackburn PR, Bunt J, Burglen L, Campeau PM, Charles P, Chung BHY, Cogné B, Curry C, D'Agostino MD, Di Donato N, Faivre L, Héron D, Innes AM, Isidor B, Keren B, Kimball A, Klee EW, Kuentz P, Küry S, Martin-Coignard D, Mirzaa G, Mignot C, Miyake N, Matsumoto N, Fujita A, Nava C, Nizon M, Rodriguez D, Blok LS, Thauvin-Robinet C, Thevenon J, Vincent M, Ziegler A, Dobyns W, Richards LJ, Barkovich AJ, Floor SN, Silver DL, Sherr EH. Pathogenic DDX3X Mutations Impair RNA Metabolism and Neurogenesis during Fetal Cortical Development. Neuron 2020; 106:404-420.e8. [PMID: 32135084 PMCID: PMC7331285 DOI: 10.1016/j.neuron.2020.01.042] [Citation(s) in RCA: 99] [Impact Index Per Article: 24.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/10/2018] [Revised: 11/05/2019] [Accepted: 01/29/2020] [Indexed: 12/16/2022]
Abstract
De novo germline mutations in the RNA helicase DDX3X account for 1%-3% of unexplained intellectual disability (ID) cases in females and are associated with autism, brain malformations, and epilepsy. Yet, the developmental and molecular mechanisms by which DDX3X mutations impair brain function are unknown. Here, we use human and mouse genetics and cell biological and biochemical approaches to elucidate mechanisms by which pathogenic DDX3X variants disrupt brain development. We report the largest clinical cohort to date with DDX3X mutations (n = 107), demonstrating a striking correlation between recurrent dominant missense mutations, polymicrogyria, and the most severe clinical outcomes. We show that Ddx3x controls cortical development by regulating neuron generation. Severe DDX3X missense mutations profoundly disrupt RNA helicase activity, induce ectopic RNA-protein granules in neural progenitors and neurons, and impair translation. Together, these results uncover key mechanisms underlying DDX3X syndrome and highlight aberrant RNA metabolism in the pathogenesis of neurodevelopmental disease.
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Affiliation(s)
- Ashley L Lennox
- Department of Molecular Genetics and Microbiology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA
| | - Mariah L Hoye
- Department of Molecular Genetics and Microbiology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA
| | - Ruiji Jiang
- Department of Neurology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA
| | | | - Lindsey A Suit
- Department of Neurology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA
| | - Srivats Venkataramanan
- Department of Cell and Tissue Biology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA
| | - Charles J Sheehan
- Department of Molecular Genetics and Microbiology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA
| | - Fernando C Alsina
- Department of Molecular Genetics and Microbiology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA
| | - Brieana Fregeau
- Department of Neurology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA
| | - Kimberly A Aldinger
- Center for Integrative Brain Research, Seattle Children's Research Institute, Seattle, WA 98101, USA
| | - Ching Moey
- The University of Queensland, Queensland Brain Institute, Brisbane, QLD 4072, Australia
| | - Iryna Lobach
- Department of Epidemiology and Biostatistics, University of California San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA
| | - Alexandra Afenjar
- Centre de référence des malformations et maladies congénitales du cervelet et Département de génétique et embryologie médicale, APHP, Sorbonne Université, Hôpital Armand Trousseau, 75012 Paris, France
| | - Dusica Babovic-Vuksanovic
- Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA; Department of Clinical Genomics, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA; Department of Pediatric and Adolescent Medicine, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA
| | - Stéphane Bézieau
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, 9 quai Moncousu, 44093 Nantes Cedex 1, France; Université de Nantes, CNRS, INSERM, l'institut du thorax, 44000 Nantes, France
| | - Patrick R Blackburn
- Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA; Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA
| | - Jens Bunt
- The University of Queensland, Queensland Brain Institute, Brisbane, QLD 4072, Australia
| | - Lydie Burglen
- Centre de référence des malformations et maladies congénitales du cervelet et Département de génétique et embryologie médicale, APHP, Sorbonne Université, Hôpital Armand Trousseau, 75012 Paris, France
| | - Philippe M Campeau
- Department of Pediatrics, University of Montreal and CHU Sainte-Justine, Montreal, QC, Canada
| | - Perrine Charles
- Département de Génétique, Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Groupe Hospitalier Pitié Salpêtrière et Hôpital Trousseau, APHP, Sorbonne Université, Paris, France
| | - Brian H Y Chung
- Department of Paediatrics and Adolescent Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong, China
| | - Benjamin Cogné
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, 9 quai Moncousu, 44093 Nantes Cedex 1, France; Université de Nantes, CNRS, INSERM, l'institut du thorax, 44000 Nantes, France
| | - Cynthia Curry
- Genetic Medicine, University of California San Francisco/Fresno, Fresno, CA 93701, USA
| | - Maria Daniela D'Agostino
- Division of Medical Genetics, Departments of Specialized Medicine and Human Genetics, McGill University, Montreal, QC, Canada
| | | | - Laurence Faivre
- Centre de référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, INSERM UMR 1231 GAD, CHU de Dijon et Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Delphine Héron
- APHP, Département de Génétique, Groupe Hospitalier Pitié Salpêtrière, Paris, France
| | - A Micheil Innes
- Department of Medical Genetics, Cumming School of Medicine, University of Calgary, Calgary, AB, Canada
| | - Bertrand Isidor
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, 9 quai Moncousu, 44093 Nantes Cedex 1, France; Université de Nantes, CNRS, INSERM, l'institut du thorax, 44000 Nantes, France
| | - Boris Keren
- APHP, Département de Génétique, Groupe Hospitalier Pitié Salpêtrière, Paris, France
| | - Amy Kimball
- Harvey Institute of Human Genetics, Greater Baltimore Medical Center, Baltimore, MD, USA
| | - Eric W Klee
- Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA; Department of Clinical Genomics, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA; Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA; Department of Health Sciences Research, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA
| | - Paul Kuentz
- UMR-INSERM 1231 GAD, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Sébastien Küry
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, 9 quai Moncousu, 44093 Nantes Cedex 1, France; Université de Nantes, CNRS, INSERM, l'institut du thorax, 44000 Nantes, France
| | | | - Ghayda Mirzaa
- Center for Integrative Brain Research, Seattle Children's Research Institute, Seattle, WA 98101, USA; Department of Pediatrics, University of Washington, Seattle, WA 98101, USA
| | - Cyril Mignot
- Département de Génétique, Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Groupe Hospitalier Pitié Salpêtrière et Hôpital Trousseau, APHP, Sorbonne Université, Paris, France
| | - Noriko Miyake
- Department of Human Genetics, Yokohama City University Graduate School of Medicine, Yokohama 236-0004, Japan
| | - Naomichi Matsumoto
- Department of Human Genetics, Yokohama City University Graduate School of Medicine, Yokohama 236-0004, Japan
| | - Atsushi Fujita
- Department of Human Genetics, Yokohama City University Graduate School of Medicine, Yokohama 236-0004, Japan
| | - Caroline Nava
- APHP, Département de Génétique, Groupe Hospitalier Pitié Salpêtrière, Paris, France
| | - Mathilde Nizon
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, 9 quai Moncousu, 44093 Nantes Cedex 1, France; Université de Nantes, CNRS, INSERM, l'institut du thorax, 44000 Nantes, France
| | - Diana Rodriguez
- Centre de Référence Neurogénétique & Service de Neurologie Pédiatrique, APHP, Sorbonne Université, Hôpital Armand Trousseau, 75012 Paris, France
| | - Lot Snijders Blok
- Department of Human Genetics, Radboud University Medical Center, 6500 HB Nijmegen, the Netherlands
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Centre de référence Déficience Intellectuelle, INSERM UMR 1231 GAD, CHU de Dijon et Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Julien Thevenon
- Centre de référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, INSERM UMR 1231 GAD, CHU de Dijon et Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Marie Vincent
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, 9 quai Moncousu, 44093 Nantes Cedex 1, France; Université de Nantes, CNRS, INSERM, l'institut du thorax, 44000 Nantes, France
| | | | - William Dobyns
- Center for Integrative Brain Research, Seattle Children's Research Institute, Seattle, WA 98101, USA; Departments of Pediatrics and Neurology, University of Washington, Seattle, WA 98101, USA
| | - Linda J Richards
- The University of Queensland, Queensland Brain Institute, Brisbane, QLD 4072, Australia; The University of Queensland, School of Biomedical Sciences, Brisbane 4072, QLD, Australia
| | - A James Barkovich
- Department of Radiology and Biomedical Imaging, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA
| | - Stephen N Floor
- Department of Cell and Tissue Biology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center, San Francisco, CA 94158, USA
| | - Debra L Silver
- Department of Molecular Genetics and Microbiology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA; Department of Cell Biology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA; Department of Neurobiology, Duke University Medical Center, Durham, NC 27710, USA; Duke Institute for Brain Sciences, Duke University, Durham, NC 27710, USA.
| | - Elliott H Sherr
- Department of Neurology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; Institute of Human Genetics and Weill Institute for Neurosciences, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA.
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Jordan M, Carmignac V, Sorlin A, Kuentz P, Albuisson J, Borradori L, Bourrat E, Boute O, Bukvic N, Bursztejn AC, Chiaverini C, Delobel B, Fournet M, Martel J, Goldenberg A, Hadj-Rabia S, Mahé A, Maruani A, Mazereeuw J, Mignot C, Morice-Picard F, Moutard ML, Petit F, Pasteur J, Phan A, Whalen S, Willems M, Philippe C, Vabres P. Reverse Phenotyping in Patients with Skin Capillary Malformations and Mosaic GNAQ or GNA11 Mutations Defines a Clinical Spectrum with Genotype-Phenotype Correlation. J Invest Dermatol 2020; 140:1106-1110.e2. [DOI: 10.1016/j.jid.2019.08.455] [Citation(s) in RCA: 20] [Impact Index Per Article: 5.0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/05/2019] [Revised: 08/12/2019] [Accepted: 08/23/2019] [Indexed: 01/21/2023]
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34
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Chevarin M, Duffourd Y, A Barnard R, Moutton S, Lecoquierre F, Daoud F, Kuentz P, Cabret C, Thevenon J, Gautier E, Callier P, St-Onge J, Jouan T, Lacombe D, Delrue MA, Goizet C, Morice-Picard F, Van-Gils J, Munnich A, Lyonnet S, Cormier-Daire V, Baujat G, Holder M, Petit F, Leheup B, Odent S, Jouk PS, Lopez G, Geneviève D, Collignon P, Martin-Coignard D, Jacquette A, Perrin L, Putoux A, Sarrazin E, Amarof K, Missotte I, Coubes C, Jagadeesh S, Lapi E, Demurger F, Goldenberg A, Doco-Fenzy M, Mignot C, Héron D, Jean-Marçais N, Masurel A, El Chehadeh S, Marle N, Huet F, Binquet C, Collod-Beroud G, Arnaud P, Hanna N, Boileau C, Jondeau G, Olaso R, Lechner D, Poe C, Assoum M, Carmignac V, Duplomb L, Tran Mau-Them F, Philippe C, Vitobello A, Bruel AL, Boland A, Deleuze JF, Thauvin-Robinet C, Rivière JB, O'Roak BJ, Faivre L. Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability. J Med Genet 2020; 57:466-474. [PMID: 32277047 DOI: 10.1136/jmedgenet-2019-106425] [Citation(s) in RCA: 3] [Impact Index Per Article: 0.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 07/16/2019] [Revised: 11/22/2019] [Accepted: 12/21/2019] [Indexed: 01/10/2023]
Abstract
PURPOSE Marfanoid habitus (MH) combined with intellectual disability (ID) (MHID) is a clinically and genetically heterogeneous presentation. The combination of array CGH and targeted sequencing of genes responsible for Marfan or Lujan-Fryns syndrome explain no more than 20% of subjects. METHODS To further decipher the genetic basis of MHID, we performed exome sequencing on a combination of trio-based (33 subjects) or single probands (31 subjects), of which 61 were sporadic. RESULTS We identified eight genes with de novo variants (DNVs) in at least two unrelated individuals (ARID1B, ATP1A1, DLG4, EHMT1, NFIX, NSD1, NUP205 and ZEB2). Using simulation models, we showed that five genes (DLG4, NFIX, EHMT1, ZEB2 and ATP1A1) met conservative Bonferroni genomewide significance for an excess of the observed de novo point variants. Overall, at least one pathogenic or likely pathogenic variant was identified in 54.7% of subjects (35/64). These variants fell within 27 genes previously associated with Mendelian disorders, including NSD1 and NFIX, which are known to be mutated in overgrowth syndromes. CONCLUSION We demonstrated that DNVs were enriched in chromatin remodelling (p=2×10-4) and genes regulated by the fragile X mental retardation protein (p=3×10-8), highlighting overlapping genetic mechanisms between MHID and related neurodevelopmental disorders.
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Affiliation(s)
- Martin Chevarin
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Rebecca A Barnard
- Department of Molecular & Medical Genetics, Oregon Health & Science University, Portland, Oregon, USA
| | - Sébastien Moutton
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
| | - François Lecoquierre
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Fatma Daoud
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Caroline Cabret
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Julien Thevenon
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | | | - Patrick Callier
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Judith St-Onge
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Thibaud Jouan
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Didier Lacombe
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Marie Ange Delrue
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Cyril Goizet
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Fanny Morice-Picard
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Julien Van-Gils
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
| | - Arnold Munnich
- IHU Imagine, Département de Génétique, APHP, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France
| | - Stanislas Lyonnet
- IHU Imagine, Département de Génétique, APHP, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France
| | - Valérie Cormier-Daire
- IHU Imagine, Département de Génétique, APHP, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France
| | - Geneviève Baujat
- IHU Imagine, Département de Génétique, APHP, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France
| | - Muriel Holder
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Nord, Centre Hospitalier Universitaire Lille, Lille, France
| | - Florence Petit
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Nord, Centre Hospitalier Universitaire Lille, Lille, France
| | - Bruno Leheup
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'interrégion Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Nancy, Nancy, France
| | - Sylvie Odent
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Rennes, Rennes, France
| | - Pierre-Simon Jouk
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Centre Est, Centre Hospitalier Universitaire Grenoble, Grenoble, France
| | - Gipsy Lopez
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Centre Est, Centre Hospitalier Universitaire Grenoble, Grenoble, France
| | - David Geneviève
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Languedoc Roussillon, Centre Hospitalier Universitaire Montpellier, Montpellier, France
| | - Patrick Collignon
- Centre de Compétence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Est, CHI de Toulon - La Seyne-sur-Mer, France
| | - Dominique Martin-Coignard
- Centre de compétence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CH Le Mans, Le Mans, France
| | - Aurélia Jacquette
- Département de Génétique et Centre de Référence Déficiences intellectuelles de causes rares, APHP, La Pitié Salpêtrière, Paris, France
| | - Laurence Perrin
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Ile de France, APHP, Hôpital Robert Debré, Paris, France
| | - Audrey Putoux
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Centre Est, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
| | - Elisabeth Sarrazin
- Centre de Référence Caribéen des Maladies Rares Neurologiques et Neuromusculaires, CHU de Fort de France, Hôpital Pierre Zobda-Quitman, La Martinique, France
| | - Khadija Amarof
- Centre de Référence Caribéen des Maladies Rares Neurologiques et Neuromusculaires, CHU de Fort de France, Hôpital Pierre Zobda-Quitman, La Martinique, France
| | - Isabelle Missotte
- Service de Pédiatrie, Centre Hospitalier Territorial, Nouvelle Calédonie, France
| | - Christine Coubes
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Languedoc Roussillon, Centre Hospitalier Universitaire Montpellier, Montpellier, France
| | | | - Elisabetta Lapi
- Genetica Medica, Azienda Ospedaliera Universitaria Anna Meyer, Firenze, Italia
| | | | - Alice Goldenberg
- Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU Rouen, Rouen, France
| | - Martine Doco-Fenzy
- EA3801, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs et service de génétique, CHU Reims et UFR de médecine de Reims, Reims, France
| | - Cyril Mignot
- Département de Génétique et Centre de Référence Déficiences intellectuelles de causes rares, APHP, La Pitié Salpêtrière, Paris, France
| | - Delphine Héron
- Département de Génétique et Centre de Référence Déficiences intellectuelles de causes rares, APHP, La Pitié Salpêtrière, Paris, France
| | | | - Alice Masurel
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Salima El Chehadeh
- Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Nathalie Marle
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Frédéric Huet
- FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France.,Service de Pédiatrie 1, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Christine Binquet
- Centre d'Investigation Clinique - Epidémiologie Clinique, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | | | - Pauline Arnaud
- Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
| | - Nadine Hanna
- Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
| | - Catherine Boileau
- Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
| | - Guillaume Jondeau
- Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
| | - Robert Olaso
- Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Institut de Biologie François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France
| | - Doris Lechner
- Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Institut de Biologie François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France
| | - Charlotte Poe
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Mirna Assoum
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Virginie Carmignac
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Laurence Duplomb
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Frédéric Tran Mau-Them
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Antonio Vitobello
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
| | - Anne Boland
- Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Institut de Biologie François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France
| | - Jean-François Deleuze
- Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Institut de Biologie François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France.,Centre de Référence Déficience intellectuelle, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Jean-Baptiste Rivière
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France.,FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Brian J O'Roak
- Department of Molecular & Medical Genetics, Oregon Health & Science University, Portland, Oregon, USA
| | - Laurence Faivre
- INSERM, U1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France .,FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,Centre de Référence Déficience intellectuelle, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
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Dahlen E, Sarghi SI, Renosi F, Ferrand C, Collonge-Rame MA, Kuentz P. Post-Essential Thrombocythemia Myelofibrosis and Multiple Isodicentric Y Chromosomes: A Unique Case among a Rare Association. Cytogenet Genome Res 2020; 160:18-21. [PMID: 32008001 DOI: 10.1159/000505844] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Abstract] [Key Words] [MESH Headings] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Accepted: 12/20/2019] [Indexed: 11/19/2022] Open
Abstract
Multiple isodicentric Y chromosomes [idic(Y)] is a rare cytogenetic abnormality, most exclusively described in constitutional karyotypes. Only recently has this entity been reported in hematologic neoplasms such as myeloid disorders, albeit these cases remain very scarce. The possible involvement of increasing copies of potential proto-oncogenes located on the multiple idic(Y) led to consider one of them, CRLF2, as a target for kinase inhibitors. We report here, to our knowledge, the first case of multiple idic(Y) in a patient with myelofibrosis secondary to essential thrombocythemia. The patient received ruxolitinib therapy with initial good clinical response.
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Delplancq G, Tarris G, Vitobello A, Nambot S, Sorlin A, Philippe C, Carmignac V, Duffourd Y, Denis C, Eicher JC, Chevarin M, Millat G, Khallouk B, Rousseau T, Falcon-Eicher S, Vasiljevic A, Harizay FT, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Kuentz P. Cardiomyopathy due to PRDM16 mutation: First description of a fetal presentation, with possible modifier genes. Am J Med Genet C Semin Med Genet 2020; 184:129-135. [PMID: 31965688 DOI: 10.1002/ajmg.c.31766] [Citation(s) in RCA: 10] [Impact Index Per Article: 2.5] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 11/25/2019] [Accepted: 01/09/2020] [Indexed: 12/15/2022]
Abstract
PRDM16 (positive regulatory domain 16) is localized in the critical region for cardiomyopathy in patients with deletions of chromosome 1p36, as defined by Gajecka et al., American Journal of Medical Genetics, 2010, 152A, 3074-3083, and encodes a zinc finger transcription factor. We present the first fetal case of left ventricular non-compaction (LVNC) with a PRDM16 variant. The third-trimester obstetric ultrasound revealed a hydropic fetus with hydramnios and expanded hypokinetic heart. After termination of pregnancy, foetopathology showed a eutrophic fetus with isolated cardiomegaly. Endocardial fibroelastosis was associated with non-compaction of the myocardium of the left ventricle. Exome sequencing (ES) identified a de novo unreported p.(Gln353*) heterozygous nonsense variant in PRDM16. ES also identified two rare variants of unknown significance, according to the American College of Medical Genetics and Genomics guidelines, in the titin gene (TTN): a de novo missense p.(Lys14773Asn) variant and a c.33043+5A>G variant inherited from the mother. Along with the PRDM16 de novo probably pathogenic variant, TTN VOUS variants could possibly contribute to the severity and early onset of the cardiac phenotype. Because of the genetic heterogeneity of cardiomyopathies, large panels or even ES could be considered as the main approaches for the molecular diagnosis, particularly in fetal presentations, where multiple hits seem to be common.
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Affiliation(s)
- Geoffroy Delplancq
- Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | | | - Antonio Vitobello
- Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement' de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, CHU, Dijon, France
| | - Arthur Sorlin
- Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Virginie Carmignac
- Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de référence MAGEC (Maladies génétiques à expression cutanée), CHU Dijon, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Charlotte Denis
- Département de Cardiologie Pédiatrique, CHU Dijon, Dijon, France
| | | | - Martin Chevarin
- Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Gilles Millat
- Laboratoire Cardiogénétique, Centre de Biologie et Pathologie Est, CHU de Lyon HCL - GH Est, Lyon, France
| | - Bouchra Khallouk
- Département de Gynécologie Obstétrique, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Thierry Rousseau
- Département de Gynécologie Obstétrique, CHU Dijon, Dijon, France
| | | | - Alexandre Vasiljevic
- Institut de Pathologie Multi-sites des HCL/Centre de Pathologie et Fœtopathologie Est, CHU Lyon, Lyon, France
| | | | - Christel Thauvin-Robinet
- Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement' de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, CHU, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement' de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, CHU, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Équipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (FHU TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Génétique biologique, PCBio, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
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Assoum M, Bruel AL, Crenshaw ML, Delanne J, Wentzensen IM, McWalter K, Dent KM, Vitobello A, Kuentz P, Thevenon J, Duffourd Y, Thauvin-Robinet C, Faivre L. Novel KIAA1033/WASHC4 mutations in three patients with syndromic intellectual disability and a review of the literature. Am J Med Genet A 2020; 182:792-797. [PMID: 31953988 DOI: 10.1002/ajmg.a.61487] [Citation(s) in RCA: 9] [Impact Index Per Article: 2.3] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 05/08/2019] [Revised: 10/13/2019] [Accepted: 12/12/2019] [Indexed: 11/09/2022]
Abstract
In 2011, KIAA1033/WASHC4 was associated with autosomal recessive intellectual disability (ARID) in a large consanguineous family comprising seven affected individuals with moderate ID and short stature. Since then, no other cases of KIAA1033 variants have been reported. Here we describe three additional patients (from two unrelated families) with syndromic ID due to compound heterozygous KIAA1033 variants ascertained by exome sequencing (ES). Two sisters, aged 4 and 5.5 years, had a stop-gain and a missense variants, each inherited from one parent (p.(Gln442*) and p.(Asp1048Gly)). Both had learning disabilities, macrocephaly, dysmorphic features, skeletal anomalies, and subependymal heterotopic nodules. In addition, the younger sibling had a congenital absence of the right internal carotid and bilateral sensorineural hearing loss. The third patient was aged 34 years and had two missense variants, one inherited from each parent (p.(Lys1079Arg) and p.(His503Arg)). This patient presented with mild ID, short stature, and microcephaly. KIAA1033 encodes a large protein (WASHC4), which is part of the WASH complex. The WASH complex is involved in the regulation of the fission of tubules that serve as transport intermediates during endosome sorting. Another member of the WASH complex, KIAA0196/WASHC5, has already been implicated in ARID with brain and cardiac malformations, under the designation of 3C or Ritscher-Schinzel syndrome (MIM#20210). ES has proved efficient for finding replications of genes with insufficient data in the literature to be defined as new OMIM genes. We conclude that KIAA1033 is responsible for a heterogeneous ARID phenotype, and additional description will be needed to refine the clinical phenotype.
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Affiliation(s)
- Mirna Assoum
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | - Melissa L Crenshaw
- Division of Genetics, Johns Hopkins All Children's Hospital, Johns Hopkins University School of Medicine, St. Petersburg, Florida
| | - Julian Delanne
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'Interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | | | | | - Karin M Dent
- Department of Pediatrics, University of Utah, Salt Lake City, Utah
| | - Antonio Vitobello
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Julien Thevenon
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'Interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Laboratoire de Génétique chromosomique et moléculaire, UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- UMR-Inserm 1231 GAD team, Génétique des Anomalies du développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l'Interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
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Sorlin A, Carmignac V, Tisserant E, Kuentz P, Duffourd Y, Rivière JB, Callier P, Thauvin C, Faivre L, Vabres P. Pourquoi et comment rechercher les anomalies chromosomiques et les mutations ponctuelles post-zygotiques dans les dyschromies cutanées en mosaïque. Ann Dermatol Venereol 2019. [DOI: 10.1016/j.annder.2019.09.124] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 10/25/2022]
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Vabres P, Sorlin A, Kholmanskikh SS, Demeer B, St-Onge J, Duffourd Y, Kuentz P, Courcet JB, Carmignac V, Garret P, Bessis D, Boute O, Bron A, Captier G, Carmi E, Devauchelle B, Geneviève D, Gondry-Jouet C, Guibaud L, Lafon A, Mathieu-Dramard M, Thevenon J, Dobyns WB, Bernard G, Polubothu S, Faravelli F, Kinsler VA, Thauvin C, Faivre L, Ross ME, Rivière JB. Author Correction: Postzygotic inactivating mutations of RHOA cause a mosaic neuroectodermal syndrome. Nat Genet 2019; 51:1660. [PMID: 31611689 DOI: 10.1038/s41588-019-0527-3] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.2] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/09/2022]
Abstract
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Affiliation(s)
- Pierre Vabres
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France. .,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France. .,Centre de Référence MAGEC, Service de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.
| | - Arthur Sorlin
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Centre de Référence MAGEC, Service de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Service de Pédiatrie 1 et de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Stanislav S Kholmanskikh
- Center for Neurogenetics, Feil Family Brain and Mind Research Institute, Weill Cornell Medicine, New York, NY, USA
| | - Bénédicte Demeer
- Unité de Génétique Médicale et Oncogénétique, Centre Hospitalier Universitaire Amiens Picardie, Amiens, France
| | - Judith St-Onge
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Child Health and Human Development Program, Research Institute of the McGill University Health Centre, Montreal, Quebec, Canada
| | - Yannis Duffourd
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Génétique Biologique Histologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Jean-Benoît Courcet
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Service de Pédiatrie 1 et de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Virginie Carmignac
- UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Centre de Référence MAGEC, Service de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Philippine Garret
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Didier Bessis
- Département de Dermatologie, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier, Montpellier, France
| | - Odile Boute
- Service de Génétique Clinique, Centre Hospitalier Universitaire Lille, Lille, France
| | - Alain Bron
- Service d'Ophtalmologie, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Guillaume Captier
- Service de Chirurgie Orthopédique et plastique Pédiatrique, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier, Montpellier, France
| | | | - Bernard Devauchelle
- Département de Chirurgie Maxillo-Faciale et Stomatologie, Centre Hospitalier Universitaire Amiens Picardie, Amiens, France
| | - David Geneviève
- Département de Génétique Médicale, Maladies rares et Médecine Personnalisée, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier, Montpellier, France
| | - Catherine Gondry-Jouet
- Départment de Radiologie, Centre Hospitalier Universitaire Amiens Picardie, Amiens, France
| | - Laurent Guibaud
- Service d'Imagerie Pédiatrique et Foetale, Hôpital Femme-Mère-Enfant Louis Pradel, Hospices Civils de Lyon, Bron, France
| | - Arnaud Lafon
- Service d'Odontologie-Stomatologie, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Michèle Mathieu-Dramard
- Unité de Génétique Médicale et Oncogénétique, Centre Hospitalier Universitaire Amiens Picardie, Amiens, France
| | - Julien Thevenon
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Service de Pédiatrie 1 et de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - William B Dobyns
- Center for Integrative Brain Research, Seattle Children's Research Institute, Seattle, WA, USA
| | - Geneviève Bernard
- Child Health and Human Development Program, Research Institute of the McGill University Health Centre, Montreal, Quebec, Canada.,Departments of Neurology and Neurosurgery, and Pediatrics McGill University, Montreal, Quebec, Canada.,Department of Medical Genetics, Montreal Children's Hospital, McGill University Health Centre, Montreal, Quebec, Canada
| | | | | | | | - Christel Thauvin
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Service de Pédiatrie 1 et de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France.,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France.,Service de Pédiatrie 1 et de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - M Elizabeth Ross
- Center for Neurogenetics, Feil Family Brain and Mind Research Institute, Weill Cornell Medicine, New York, NY, USA
| | - Jean-Baptiste Rivière
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France. .,UMR Inserm 1231 Génétique des Anomalies du Développement, Université Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France. .,Child Health and Human Development Program, Research Institute of the McGill University Health Centre, Montreal, Quebec, Canada. .,Department of Human Genetics, Faculty of Medicine, McGill University, Montreal, Quebec, Canada.
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Moradkhani K, Cuisset L, Boisseau P, Pichon O, Lebrun M, Hamdi-Rozé H, Maurin ML, Gruchy N, Manca-Pellissier MC, Malzac P, Bilan F, Audrezet MP, Saugier-Veber P, Fauret-Amsellem AL, Missirian C, Kuentz P, Egea G, Guichet A, Creveaux I, Janel C, Harzallah I, Touraine R, Goumy C, Joyé N, Puechberty J, Haquet E, Chantot-Bastaraud S, Schmitt S, Gosset P, Duban-Bedu B, Delobel B, Vago P, Vialard F, Gomes DM, Siffroi JP, Bonnefont JP, Dupont JM, Jonveaux P, Doco-Fenzy M, Sanlaville D, Le Caignec C. Risk estimation of uniparental disomy of chromosome 14 or 15 in a fetus with a parent carrying a non-homologous Robertsonian translocation. Should we still perform prenatal diagnosis? Prenat Diagn 2019; 39:986-992. [PMID: 31273809 DOI: 10.1002/pd.5518] [Citation(s) in RCA: 6] [Impact Index Per Article: 1.2] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/11/2019] [Revised: 06/07/2019] [Accepted: 06/28/2019] [Indexed: 11/09/2022]
Abstract
OBJECTIVE Uniparental disomy (UPD) testing is currently recommended during pregnancy in fetuses carrying a balanced Robertsonian translocation (ROB) involving chromosome 14 or 15, both chromosomes containing imprinted genes. The overall risk that such a fetus presents a UPD has been previously estimated to be around ~0.6-0.8%. However, because UPD are rare events and this estimate has been calculated from a number of studies of limited size, we have reevaluated the risk of UPD in fetuses for whom one of the parents was known to carry a nonhomologous ROB (NHROB). METHOD We focused our multicentric study on NHROB involving chromosome 14 and/or 15. A total of 1747 UPD testing were performed in fetuses during pregnancy for the presence of UPD(14) and/or UPD(15). RESULT All fetuses were negative except one with a UPD(14) associated with a maternally inherited rob(13;14). CONCLUSION Considering these data, the risk of UPD following prenatal diagnosis of an inherited ROB involving chromosome 14 and/or 15 could be estimated to be around 0.06%, far less than the previous estimation. Importantly, the risk of miscarriage following an invasive prenatal sampling is higher than the risk of UPD. Therefore, we do not recommend prenatal testing for UPD for these pregnancies and parents should be reassured.
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Affiliation(s)
| | - Laurence Cuisset
- Laboratory of Genetics and Molecular Biology, Institute Cochin and Cochin Hospital, APHP, Paris Descartes University, Paris, France
| | | | - Olivier Pichon
- Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, Nantes, France
| | - Marine Lebrun
- Service de Génétique-Laboratoire de Biologie Moléculaire, CHU-Hôpital Nord, Saint-Etienne, France
| | - Houda Hamdi-Rozé
- Department of Molecular Genetics and Genomics, CHU Rennes, Rennes, France
| | - Marie-Laure Maurin
- Service d'Histologie, Embryologie, Cytogénétique., Groupe Hospitalier Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Nicolas Gruchy
- Service de Génétique, CHU Caen, Université Caen Normandie, Caen, France
| | | | - Perrine Malzac
- Département de Génétique Médicale, Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille, Marseille, France
| | | | | | - Pascale Saugier-Veber
- Department of Genetics, Normandy Centre for Genomic Medicine and Personalized Medicine, Rouen University Hospital, Rouen, France
| | - Anne-Laure Fauret-Amsellem
- Department of Genetics, Robert-Debré Teaching Hospital, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, France
| | - Chantal Missirian
- Département de Génétique Médicale, Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille, Marseille, France
| | - Paul Kuentz
- Génétique Biologique Histologie, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Besançon, France
| | - Gregory Egea
- Laboratoire de Biologie Médicale GEN-BIO, Clermont-Ferrand, France
| | | | - Isabelle Creveaux
- Department of Biochemistry and Molecular Genetics, CHU Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France
| | - Caroline Janel
- Department of Biochemistry and Molecular Genetics, CHU Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France
| | - Ines Harzallah
- Service de Génétique-Laboratoire de Biologie Moléculaire, CHU-Hôpital Nord, Saint-Etienne, France
| | - Renaud Touraine
- Service de Génétique-Laboratoire de Biologie Moléculaire, CHU-Hôpital Nord, Saint-Etienne, France
| | - Carole Goumy
- Cytogénétique Médicale, CHU Estaing, Clermont-Ferrand, France.,U1240 Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques, Université Clermont Auvergne, INSERM, Clermont-Ferrand, France
| | - Nicole Joyé
- Physiopathologie des Maladies Génétiques d'Expression Pédiatrique, Sorbonne Université, INSERM, Paris, France
| | - Jacques Puechberty
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | - Emmanuelle Haquet
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHU de Montpellier, Montpellier, France
| | | | | | - Philippe Gosset
- Diagnostic Préimplantatoire, Laboratoire de Diagnostic Génétique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Bénédicte Duban-Bedu
- Centre de Génétique Chromosomique, GH de l'Institut Catholique de Lille-Hopital Saint Vincent de Paul, Lille, France
| | - Bruno Delobel
- Centre de Génétique Chromosomique, GH de l'Institut Catholique de Lille-Hopital Saint Vincent de Paul, Lille, France
| | - Philippe Vago
- Cytogénétique Médicale, CHU Estaing, Clermont-Ferrand, France.,U1240 Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques, Université Clermont Auvergne, INSERM, Clermont-Ferrand, France
| | - François Vialard
- Unité de Cytogénétique, CHI de Poissy St Germain en Laye, Poissy, France.,EA7404-GIG, UFR des Sciences de la Santé Simone Veil, UVSQ, Montigny-le-Bretonneux, France
| | - Denise Molina Gomes
- Unité de Cytogénétique, CHI de Poissy St Germain en Laye, Poissy, France.,EA7404-GIG, UFR des Sciences de la Santé Simone Veil, UVSQ, Montigny-le-Bretonneux, France
| | - Jean-Pierre Siffroi
- Physiopathologie des Maladies Génétiques d'Expression Pédiatrique, Sorbonne Université, INSERM, Paris, France
| | - Jean-Paul Bonnefont
- Service d'Histologie, Embryologie, Cytogénétique., Groupe Hospitalier Necker-Enfants Malades, Paris, France
| | - Jean-Michel Dupont
- Laboratoire de Cytogénétique, HUPC Hôpital Cochin, APHP; Université Paris Descartes, Paris, France
| | - Philippe Jonveaux
- Laboratoire de Génétique, CHRU Nancy, Inserm U1256, Université de Lorraine, Nancy, France
| | - Martine Doco-Fenzy
- Service de Génétique, CHU REIMS, EA3801, UFR de Médecine REIMS, Reims, France
| | - Damien Sanlaville
- Department of Genetics, Lyon University Hospitals, Lyon, France.,Claude Bernard Lyon I University; Lyon Neuroscience Research Centre, CNRS UMR5292, INSERM, Lyon, France
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Marini C, Porro A, Rastetter A, Dalle C, Rivolta I, Bauer D, Oegema R, Nava C, Parrini E, Mei D, Mercer C, Dhamija R, Chambers C, Coubes C, Thévenon J, Kuentz P, Julia S, Pasquier L, Dubourg C, Carré W, Rosati A, Melani F, Pisano T, Giardino M, Innes AM, Alembik Y, Scheidecker S, Santos M, Figueiroa S, Garrido C, Fusco C, Frattini D, Spagnoli C, Binda A, Granata T, Ragona F, Freri E, Franceschetti S, Canafoglia L, Castellotti B, Gellera C, Milanesi R, Mancardi MM, Clark DR, Kok F, Helbig KL, Ichikawa S, Sadler L, Neupauerová J, Laššuthova P, Šterbová K, Laridon A, Brilstra E, Koeleman B, Lemke JR, Zara F, Striano P, Soblet J, Smits G, Deconinck N, Barbuti A, DiFrancesco D, LeGuern E, Guerrini R, Santoro B, Hamacher K, Thiel G, Moroni A, DiFrancesco JC, Depienne C. HCN1 mutation spectrum: from neonatal epileptic encephalopathy to benign generalized epilepsy and beyond. Brain 2019; 141:3160-3178. [PMID: 30351409 DOI: 10.1093/brain/awy263] [Citation(s) in RCA: 68] [Impact Index Per Article: 13.6] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/22/2018] [Accepted: 08/09/2018] [Indexed: 12/15/2022] Open
Abstract
Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels control neuronal excitability and their dysfunction has been linked to epileptogenesis but few individuals with neurological disorders related to variants altering HCN channels have been reported so far. In 2014, we described five individuals with epileptic encephalopathy due to de novo HCN1 variants. To delineate HCN1-related disorders and investigate genotype-phenotype correlations further, we assembled a cohort of 33 unpublished patients with novel pathogenic or likely pathogenic variants: 19 probands carrying 14 different de novo mutations and four families with dominantly inherited variants segregating with epilepsy in 14 individuals, but not penetrant in six additional individuals. Sporadic patients had epilepsy with median onset at age 7 months and in 36% the first seizure occurred during a febrile illness. Overall, considering familial and sporadic patients, the predominant phenotypes were mild, including genetic generalized epilepsies and genetic epilepsy with febrile seizures plus (GEFS+) spectrum. About 20% manifested neonatal/infantile onset otherwise unclassified epileptic encephalopathy. The study also included eight patients with variants of unknown significance: one adopted patient had two HCN1 variants, four probands had intellectual disability without seizures, and three individuals had missense variants inherited from an asymptomatic parent. Of the 18 novel pathogenic missense variants identified, 12 were associated with severe phenotypes and clustered within or close to transmembrane domains, while variants segregating with milder phenotypes were located outside transmembrane domains, in the intracellular N- and C-terminal parts of the channel. Five recurrent variants were associated with similar phenotypes. Using whole-cell patch-clamp, we showed that the impact of 12 selected variants ranged from complete loss-of-function to significant shifts in activation kinetics and/or voltage dependence. Functional analysis of three different substitutions altering Gly391 revealed that these variants had different consequences on channel biophysical properties. The Gly391Asp variant, associated with the most severe, neonatal phenotype, also had the most severe impact on channel function. Molecular dynamics simulation on channel structure showed that homotetramers were not conducting ions because the permeation path was blocked by cation(s) strongly complexed to the Asp residue, whereas heterotetramers showed an instantaneous current component possibly linked to deformation of the channel pore. In conclusion, our results considerably expand the clinical spectrum related to HCN1 variants to include common generalized epilepsy phenotypes and further illustrate how HCN1 has a pivotal function in brain development and control of neuronal excitability.
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Affiliation(s)
- Carla Marini
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy.,EuroEPINOMICS RES Consortium
| | | | - Agnès Rastetter
- Inserm U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, Paris, France
| | - Carine Dalle
- Inserm U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, Paris, France
| | - Ilaria Rivolta
- School of Medicine and Surgery, University Milano-Bicocca, Monza, Italy
| | - Daniel Bauer
- Computational Biology and Simulation Group, Department of Biology, Technische Universität Darmstadt, Darmstadt, Germany
| | - Renske Oegema
- Department of Genetics, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Caroline Nava
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Inserm U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, Paris, France.,AP-HP, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique, Paris, France
| | - Elena Parrini
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy
| | - Davide Mei
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy
| | - Catherine Mercer
- Wessex Clinical Genetics Service, Princess Anne Hospital, Southampton, UK
| | - Radhika Dhamija
- Department of Clinical Genomics and Neurology, Mayo Clinic, Phoenix, AZ, USA
| | - Chelsea Chambers
- Department of Neurosciences, University of Virginia, Charlottesville, VA, USA
| | - Christine Coubes
- Département de Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Montpellier, France
| | - Julien Thévenon
- FHU-TRANSLAD, Université de Bourgogne/CHU Dijon and INSERM UMR 1231 GAD team, Genetics of Developmental Anomalies, Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- FHU-TRANSLAD, Université de Bourgogne/CHU Dijon and INSERM UMR 1231 GAD team, Genetics of Developmental Anomalies, Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Génétique Biologique Histologie, CHRU de Besançon, Besançon, France
| | - Sophie Julia
- Service de génétique médicale, Pôle de biologie, CHU de Toulouse - Hôpital Purpan, Toulouse, France
| | - Laurent Pasquier
- Service de Génétique Clinique, Centre Référence Déficiences Intellectuelles de causes rares (CRDI), CHU Rennes, Rennes, France
| | - Christèle Dubourg
- Laboratoire de Génétique Moléculaire et Génomique, CHU de Rennes, Rennes, France
| | - Wilfrid Carré
- Laboratoire de Génétique Moléculaire et Génomique, CHU de Rennes, Rennes, France
| | - Anna Rosati
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy
| | - Federico Melani
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy
| | - Tiziana Pisano
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy
| | - Maria Giardino
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy
| | - A Micheil Innes
- Department of Medical Genetics and Alberta Children's Hospital Research Institute, Cumming School of Medicine, University of Calgary, Calgary, Alberta, Canada
| | - Yves Alembik
- Laboratoires de génétique, Institut de génétique médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Sophie Scheidecker
- Laboratoires de génétique, Institut de génétique médicale d'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
| | - Manuela Santos
- Neuropediatric Department, Centro Hospitalar do Porto, Porto, Portugal
| | - Sonia Figueiroa
- Neuropediatric Department, Centro Hospitalar do Porto, Porto, Portugal
| | - Cristina Garrido
- Neuropediatric Department, Centro Hospitalar do Porto, Porto, Portugal
| | - Carlo Fusco
- Azienda Unità Sanitaria Locale - IRCCS di Reggio Emilia, Reggio Emilia, Italy
| | - Daniele Frattini
- Azienda Unità Sanitaria Locale - IRCCS di Reggio Emilia, Reggio Emilia, Italy
| | - Carlotta Spagnoli
- Azienda Unità Sanitaria Locale - IRCCS di Reggio Emilia, Reggio Emilia, Italy
| | - Anna Binda
- School of Medicine and Surgery, University Milano-Bicocca, Monza, Italy
| | - Tiziana Granata
- Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milan, Italy
| | | | - Elena Freri
- Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milan, Italy
| | | | | | | | - Cinzia Gellera
- Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milan, Italy
| | - Raffaella Milanesi
- Department of Biosciences, The PaceLab, Università degli Studi di Milano, Milan, Italy
| | - Maria Margherita Mancardi
- Child Neuropsychiatry Unit, Department of Medical and Surgical Neurosciences and Rehabilitation, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genova, Italy
| | | | - Fernando Kok
- Mendelics Genomic Analysis, Sao Paulo, SP, Brazil
| | - Katherine L Helbig
- Division of Neurology, Children's Hospital of Philadelphia, Philadelphia, PA, USA
| | - Shoji Ichikawa
- Department of Clinical Diagnostics, Ambry Genetics, Aliso Viejo, CA, USA
| | - Laurie Sadler
- Division of Genetics, Department of Pediatrics, Oishei Children's Hospital, Jacobs School of Medicine and Biomedical Sciences, University of Buffalo, State University of New York, Buffalo, NY, USA
| | - Jana Neupauerová
- Department of Child Neurology, Charles University 2nd Faculty of Medicine and University Hospital Motol, Prague, Czech Republic
| | - Petra Laššuthova
- Department of Child Neurology, Charles University 2nd Faculty of Medicine and University Hospital Motol, Prague, Czech Republic
| | - Katalin Šterbová
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Department of Child Neurology, Charles University 2nd Faculty of Medicine and University Hospital Motol, Prague, Czech Republic
| | - Annick Laridon
- Department of Neurology, Academic Center for Epileptology, Kempenhaeghe/Maastricht University Medical Center, Heeze, The Netherlands
| | - Eva Brilstra
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Department of Genetics, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Bobby Koeleman
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Department of Genetics, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands
| | - Johannes R Lemke
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Institute of Human Genetics, University of Leipzig Hospitals and Clinics, Leipzig, Germany
| | - Federico Zara
- Laboratory of Neurogenetics and Neuroscience, Institute G Gaslini, Genova, Italy
| | - Pasquale Striano
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Pediatric Neurology and Muscular Diseases Unit, Department of Neurosciences, Rehabilitation, Ophthalmology, Genetics, Maternal and Child Health, University of Genoa, 'G Gaslini' Institute, Genova, Italy
| | - Julie Soblet
- Department of Genetics, Hôpital Universitaire des Enfants Reine Fabiola, ULB Center of Human Genetics, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium.,Department of Genetics, Hôpital Erasme ULB Center of Human Genetics, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium.,Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium
| | - Guillaume Smits
- Department of Genetics, Hôpital Universitaire des Enfants Reine Fabiola, ULB Center of Human Genetics, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium.,Department of Genetics, Hôpital Erasme ULB Center of Human Genetics, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium.,Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium
| | - Nicolas Deconinck
- Department of Pediatric Neurology, Hôpital Universitaire des Enfants Reine Fabiola, Université Libre de Bruxelles, ULB, Brussels, Belgium
| | - Andrea Barbuti
- Department of Biosciences, The PaceLab, Università degli Studi di Milano, Milan, Italy
| | - Dario DiFrancesco
- Department of Biosciences, The PaceLab, Università degli Studi di Milano, Milan, Italy
| | - Eric LeGuern
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Inserm U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, Paris, France.,AP-HP, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique, Paris, France
| | - Renzo Guerrini
- Pediatric Neurology, Neurogenetics and Neurobiology Unit and Laboratories, Neuroscience Department, A Meyer Children's Hospital, University of Florence, Viale Pieraccini 24, Florence, Italy.,EuroEPINOMICS RES Consortium
| | - Bina Santoro
- Department of Neuroscience, Columbia University, New York, NY, USA
| | - Kay Hamacher
- Computational Biology and Simulation Group, Department of Biology, Technische Universität Darmstadt, Darmstadt, Germany
| | - Gerhard Thiel
- Membrane Biophysics, Deparment of Biology, Technische Universität Darmstadt, Darmstadt, Germany
| | - Anna Moroni
- Department of Biosciences, University of Milan, Milan, Italy
| | - Jacopo C DiFrancesco
- Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta, Milan, Italy.,Department of Neurology, San Gerardo Hospital, University Milano-Bicocca, Monza, Italy
| | - Christel Depienne
- EuroEPINOMICS RES Consortium.,Inserm U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, Paris, France.,IGBMC, CNRS UMR 7104/INSERM U964/Université de Strasbourg, Illkirch, France.,Institute of Human Genetics, University Hospital Essen, University Duisburg-Essen, Essen, Germany
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Lehalle D, Colombo R, O'Grady M, Héron B, Houcinat N, Kuentz P, Moutton S, Sorlin A, Thevenon J, Delanne J, Gay S, Racine C, Garde A, Tran Mau-Them F, Philippe C, Vitobello A, Nambot S, Huet F, Duffourd Y, Feillet F, Thauvin-Robinet C, Marlin S, Faivre L. Hearing impairment as an early sign of alpha-mannosidosis in children with a mild phenotype: Report of seven new cases. Am J Med Genet A 2019; 179:1756-1763. [DOI: 10.1002/ajmg.a.61273] [Citation(s) in RCA: 7] [Impact Index Per Article: 1.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 01/15/2019] [Revised: 05/18/2019] [Accepted: 05/21/2019] [Indexed: 01/16/2023]
Affiliation(s)
- Daphné Lehalle
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
| | - Roberto Colombo
- Institute of Clinical Biochemistry, Faculty of Medicine; Catholic University, IRCCS Policlinico Agostino Gemelli; Rome Italy
- Center for the Study of Rare Inherited Diseases; Niguarda Ca' Granda Metropolitan Hospital; Milan Italy
| | - Michael O'Grady
- Department of Paediatrics; Midland Regional Hospital; Mullingar Western Australia Australia
| | - Bénédicte Héron
- Centre de référence des maladies lysosomales, Service de Neuropédiatrie; Hôpital Armand Trousseau- La Roche Guyon, APHP; Paris France
- GRC N°19, Université Paris-Sorbonne; Paris France
| | - Nada Houcinat
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
| | - Paul Kuentz
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire et Université de Bourgogne-Franche Comté; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
| | - Sebastien Moutton
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
| | - Arthur Sorlin
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
| | - Julien Thevenon
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
| | - Julian Delanne
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
| | - Sebastien Gay
- Pédiatrie, Centre Hospitalier; Chalon-sur-Saône France
| | - Caroline Racine
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
| | - Aurore Garde
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
| | - Frédéric Tran Mau-Them
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire et Université de Bourgogne-Franche Comté; Dijon France
- UF d'innovation en génétique moléculaire, Plateau technique de biologie, CHU; Dijon France
| | - Christophe Philippe
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire et Université de Bourgogne-Franche Comté; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
- UF d'innovation en génétique moléculaire, Plateau technique de biologie, CHU; Dijon France
| | - Antonio Vitobello
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
- UF d'innovation en génétique moléculaire, Plateau technique de biologie, CHU; Dijon France
| | - Sophie Nambot
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
| | - Frédéric Huet
- Centre de compétence maladies métaboliques, Hôpital d'Enfants; Dijon France
| | - Yannis Duffourd
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire et Université de Bourgogne-Franche Comté; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
| | - François Feillet
- Centre de référence Maladies Métaboliques, CHU Nancy; Nancy France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire et Université de Bourgogne-Franche Comté; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
| | - Sandrine Marlin
- Centre de référence des Surdités Génétiques, Institut Imagine, Hôpital Necker Enfants Malades, APHP; Paris France
- INSERM UMR_S1163, IHU Imagine - Institut des Maladies Génétiques - Université Paris Descartes; Paris France
| | - Laurence Faivre
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares ‘Anomalies du Développement’ de l'Interrégion Est; Hôpital d'Enfants, CHU; Dijon France
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire et Université de Bourgogne-Franche Comté; Dijon France
- Equipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement), UMR INSERM 1231, Université de Bourgogne; Dijon France
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Hureaux M, Guterman S, Hervé B, Till M, Jaillard S, Redon S, Valduga M, Coutton C, Missirian C, Prieur F, Simon-Bouy B, Beneteau C, Kuentz P, Rooryck C, Gruchy N, Marle N, Plutino M, Tosca L, Dupont C, Puechberty J, Schluth-Bolard C, Salomon L, Sanlaville D, Malan V, Vialard F. Chromosomal microarray analysis in fetuses with an isolated congenital heart defect: A retrospective, nationwide, multicenter study in France. Prenat Diagn 2019; 39:464-470. [PMID: 30896039 DOI: 10.1002/pd.5449] [Citation(s) in RCA: 14] [Impact Index Per Article: 2.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 12/17/2018] [Revised: 03/05/2019] [Accepted: 03/15/2019] [Indexed: 12/25/2022]
Abstract
OBJECTIVES Congenital heart defects (CHDs) may be isolated or associated with other malformations. The use of chromosome microarray (CMA) can increase the genetic diagnostic yield for CHDs by between 4% and 10%. The objective of this study was to evaluate the value of CMA after the prenatal diagnosis of an isolated CHD. METHODS In a retrospective, nationwide study performed in France, we collected data on all cases of isolated CHD that had been explored using CMAs in 2015. RESULTS A total of 239 fetuses were included and 33 copy number variations (CNVs) were reported; 19 were considered to be pathogenic, six were variants of unknown significance, and eight were benign variants. The anomaly detection rate was 10.4% overall but ranged from 0% to 16.7% as a function of the isolated CHD in question. The known CNVs were 22q11.21 deletions (n = 10), 22q11.21 duplications (n = 2), 8p23 deletions (n = 2), an Alagille syndrome (n = 1), and a Kleefstra syndrome (n = 1). CONCLUSION The additional diagnostic yield was clinically significant (3.1%), even when anomalies in the 22q11.21 region were not taken into account. Hence, patients with a suspected isolated CHD and a normal karyotype must be screened for chromosome anomalies other than 22q11.21 duplications and deletions.
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Affiliation(s)
- Marguerite Hureaux
- Service d'Histologie-Embryologie-Cytogénétique, Hôpital Necker-Enfants Malades, APHP, Paris, France
| | - Sarah Guterman
- EA7404-GIG, UFR des sciences de la Santé Simone Veil, UVSQ, Montigny le Bretonneux, France.,Service de Gynécologie Obstétrique, CHI de Poissy, St Germain, Poissy, France
| | - Bérénice Hervé
- EA7404-GIG, UFR des sciences de la Santé Simone Veil, UVSQ, Montigny le Bretonneux, France.,Unité de Cytogénétique, CHI de Poissy St Germain, Poissy, France
| | - Marianne Till
- Service de Génétique, Hospices civils de Lyon, Lyon, France
| | | | - Sylvie Redon
- Laboratoire de Cytogénétique, Cytologie et Biologie de la Reproduction, CHRU, Brest, France
| | | | - Charles Coutton
- Service de Génétique Chromosomique, Hôpital Couple-Enfant, CHU Grenoble Alpes, La Tronche, France.,Equipe GETI - IAB, INSERM U1209, Université Grenoble-Alpes, La Tronche, France
| | - Chantal Missirian
- Département de Génétique Médicale, CHU Timone Enfants, APHM, Marseille, France
| | - Fabienne Prieur
- Service de Génétique Clinique Chromosomique Moléculaire, CHU Saint-Etienne, Saint-Etienne, France
| | - Brigitte Simon-Bouy
- Génétique Constitutionnelle, Laboratoire de Biologie, Centre Hospitalier de Versailles, Le Chesnay, France
| | | | - Paul Kuentz
- Service de Génétique Biologique, CHRU Besançon, Besançon, France
| | - Caroline Rooryck
- CHU de Bordeaux, Service de Génétique Médicale, Bordeaux, France
| | | | - Nathalie Marle
- Laboratoire de Génétique Chromosomique et Moléculaire, CHU Dijon, Dijon, France
| | | | - Lucie Tosca
- Service d'Histologie Embryologie Cytogénétique, Hôpital Antoine Béclère, Clamart, France
| | - Celine Dupont
- Service de Cytogénétique, APHP Hôpital Robert Debré, Paris, France
| | | | | | - Laurent Salomon
- Service d'Obstétrique, Hôpital Necker-Enfants Malades, APHP, Paris, France
| | | | - Valérie Malan
- Service d'Histologie-Embryologie-Cytogénétique, Hôpital Necker-Enfants Malades, APHP, Paris, France.,Sorbonne Paris Cité, Université Paris Descartes, Paris, France
| | - François Vialard
- EA7404-GIG, UFR des sciences de la Santé Simone Veil, UVSQ, Montigny le Bretonneux, France.,Unité de Cytogénétique, CHI de Poissy St Germain, Poissy, France
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Thauvin-Robinet C, Thevenon J, Nambot S, Delanne J, Kuentz P, Bruel AL, Chassagne A, Cretin E, Pelissier A, Peyron C, Gautier E, Lehalle D, Jean-Marçais N, Callier P, Mosca-Boidron AL, Vitobello A, Sorlin A, Tran Mau-Them F, Philippe C, Vabres P, Demougeot L, Poé C, Jouan T, Chevarin M, Lefebvre M, Bardou M, Tisserant E, Luu M, Binquet C, Deleuze JF, Verstuyft C, Duffourd Y, Faivre L. Secondary actionable findings identified by exome sequencing: expected impact on the organisation of care from the study of 700 consecutive tests. Eur J Hum Genet 2019; 27:1197-1214. [PMID: 31019283 DOI: 10.1038/s41431-019-0384-7] [Citation(s) in RCA: 17] [Impact Index Per Article: 3.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 02/23/2018] [Revised: 02/08/2019] [Accepted: 03/05/2019] [Indexed: 01/08/2023] Open
Abstract
With exome/genome sequencing (ES/GS) integrated into the practice of medicine, there is some potential for reporting incidental/secondary findings (IFs/SFs). The issue of IFs/SFs has been studied extensively over the last 4 years. In order to evaluate their implications in care organisation, we retrospectively evaluated, in a cohort of 700 consecutive probands, the frequency and burden of introducing the search for variants in a maximum list of 244 medically actionable genes (genes that predispose carriers to a preventable or treatable disease in childhood/adulthood and genes for genetic counselling issues). We also focused on the 59 PharmGKB class IA/IB pharmacogenetic variants. We also compared the results in different gene lists. We identified variants (likely) affecting protein function in genes for care in 26 cases (3.7%) and heterozygous variants in genes for genetic counselling in 29 cases (3.8%). Mean time for the 700 patients was about 6.3 min/patient for medically actionable genes and 1.3 min/patient for genes for genetic counselling, and a mean time of 37 min/patients for the reinterpreted variants. These results would lead to all 700 pre-test counselling sessions being longer, to 55 post-test genetic consultations and to 27 secondary specialised medical evaluations. ES also detected 42/59 pharmacogenetic variants or combinations of variants in the majority of cases. An extremely low metabolizer status in genes relevant for neurodevelopmental disorders (CYP2C9 and CYP2C19) was found in 57/700 cases. This study provides information regarding the need to anticipate the implementation of genomic medicine, notably the work overload at various steps of the process.
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Affiliation(s)
- Christel Thauvin-Robinet
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France. .,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France. .,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France. .,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France.
| | - Julien Thevenon
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Sophie Nambot
- Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Julian Delanne
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Ange-Line Bruel
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Aline Chassagne
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,CIC-IT Inserm 808, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Besançon, France
| | - Elodie Cretin
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,CIC-IT Inserm 808, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon et Université de Bourgogne-Franche Comté, Besançon, France
| | - Aurore Pelissier
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,EES-LEDI, Université de Bourgogne - UMR CNRS INSERM, Dijon, France
| | - Chritine Peyron
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,EES-LEDI, Université de Bourgogne - UMR CNRS INSERM, Dijon, France
| | - Elodie Gautier
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Daphné Lehalle
- Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Nolwenn Jean-Marçais
- Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Patrick Callier
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Anne-Laure Mosca-Boidron
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Antonio Vitobello
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Arthur Sorlin
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Frédéric Tran Mau-Them
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,UF Innovation en diagnostic génomique des maladies rares, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Pierre Vabres
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurent Demougeot
- Filière AnDDI-Rares, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Charlotte Poé
- Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Thibaud Jouan
- Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Martin Chevarin
- Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Mathilde Lefebvre
- Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France.,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France
| | - Marc Bardou
- CIC-EC 1432, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Emilie Tisserant
- Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Maxime Luu
- CIC-EC 1432, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | - Christine Binquet
- CIC-EC 1432, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France
| | | | - Céline Verstuyft
- CESP/UMR-S1178, Equipe "Dépression et Antidépresseurs", Université Paris-Sud, Faculté de Médecine, Université Paris-Saclay, et Service de Génétique Moléculaire, Pharmacogénétique et Hormonologie, Hôpital Bicêtre, AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre, France
| | - Yannis Duffourd
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- FHU TRANSLAD, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne et Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France. .,Inserm UMR 1231 GAD « Génétique des Anomalies du Développement », Université de Bourgogne, Dijon, France. .,Centre de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares 'Anomalies du Développement de l'Interrégion Est, Hôpital d'Enfants, Centre Hospitalier Universitaire Dijon-Bourgogne, Dijon, France. .,Centre National de Recherche en Génomique Humaine, Evry, France.
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Bourgon N, Kuentz P, Carmignac V, Sorlin A, Duffourd Y, Chevarin M, Jouan T, Thauvin C, Vabres P, Olivier-Faivre L. First prenatal PI3K-AKT-mTOR pathway related overgrowth spectrum cohort: Phenotypic and molecular characterization. Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol 2019. [DOI: 10.1016/j.ejogrb.2018.08.529] [Citation(s) in RCA: 1] [Impact Index Per Article: 0.2] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 10/27/2022]
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Besnard T, Sloboda N, Goldenberg A, Küry S, Cogné B, Breheret F, Trochu E, Conrad S, Vincent M, Deb W, Balguerie X, Barbarot S, Baujat G, Ben-Omran T, Bursztejn AC, Carmignac V, Datta AN, Delignières A, Faivre L, Gardie B, Guéant JL, Kuentz P, Lenglet M, Nassogne MC, Ramaekers V, Schnur RE, Si Y, Torti E, Thevenon J, Vabres P, Van Maldergem L, Wand D, Wiedemann A, Cariou B, Redon R, Lamazière A, Bézieau S, Feillet F, Isidor B. Biallelic pathogenic variants in the lanosterol synthase gene LSS involved in the cholesterol biosynthesis cause alopecia with intellectual disability, a rare recessive neuroectodermal syndrome. Genet Med 2019; 21:2025-2035. [DOI: 10.1038/s41436-019-0445-x] [Citation(s) in RCA: 23] [Impact Index Per Article: 4.6] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 11/02/2018] [Accepted: 01/14/2019] [Indexed: 12/18/2022] Open
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Bourgon N, Lefebvre M, Kuentz P, Thevenon J, Jouan T, Duffourd Y, Philippe C, Tran Mau-Them F, Durand C, Harizay F, Laurent N, Rousseau T, Faivre L, Thauvin-Robinet C. Prenatal presentation of Aicardi-Goutières syndrome: Nonspecific phenotype necessitates exome sequencing for definitive diagnosis. Prenat Diagn 2019; 39:806-810. [PMID: 30681164 DOI: 10.1002/pd.5424] [Citation(s) in RCA: 2] [Impact Index Per Article: 0.4] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 10/09/2017] [Revised: 11/16/2018] [Accepted: 01/13/2019] [Indexed: 11/09/2022]
Affiliation(s)
- Nicolas Bourgon
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France
| | - Mathilde Lefebvre
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Service de Génétique Médicale, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Génétique Biologique Histologie, CHRU de Besançon, Besançon, France
| | - Julien Thevenon
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Thibaud Jouan
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Yannis Duffourd
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christophe Philippe
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Frédéric Tran Mau-Them
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Service de Génétique Médicale, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christine Durand
- Radiologie et Imagerie médicale diagnostique et thérapeutique, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | | | - Nicole Laurent
- Service d'Anatomopathologie, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Thierry Rousseau
- Service de Gynécologie Obstétrique Médecine Foetale et Stérilité conjugale, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Laurence Faivre
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Service de Génétique Médicale, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
| | - Christel Thauvin-Robinet
- INSERM UMR1231, Génétique des Anomalies du Développement, Dijon, France.,Service de Génétique Médicale, CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France.,Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement "TRANSLAD", CHU Dijon Bourgogne, Dijon, France
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Villegas F, Lehalle D, Mayer D, Rittirsch M, Stadler MB, Zinner M, Olivieri D, Vabres P, Duplomb-Jego L, De Bont ESJM, Duffourd Y, Duijkers F, Avila M, Geneviève D, Houcinat N, Jouan T, Kuentz P, Lichtenbelt KD, Thauvin-Robinet C, St-Onge J, Thevenon J, van Gassen KLI, van Haelst M, van Koningsbruggen S, Hess D, Smallwood SA, Rivière JB, Faivre L, Betschinger J. Lysosomal Signaling Licenses Embryonic Stem Cell Differentiation via Inactivation of Tfe3. Cell Stem Cell 2018; 24:257-270.e8. [PMID: 30595499 DOI: 10.1016/j.stem.2018.11.021] [Citation(s) in RCA: 79] [Impact Index Per Article: 13.2] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 11/29/2017] [Revised: 09/21/2018] [Accepted: 11/20/2018] [Indexed: 12/31/2022]
Abstract
Self-renewal and differentiation of pluripotent murine embryonic stem cells (ESCs) is regulated by extrinsic signaling pathways. It is less clear whether cellular metabolism instructs developmental progression. In an unbiased genome-wide CRISPR/Cas9 screen, we identified components of a conserved amino-acid-sensing pathway as critical drivers of ESC differentiation. Functional analysis revealed that lysosome activity, the Ragulator protein complex, and the tumor-suppressor protein Folliculin enable the Rag GTPases C and D to bind and seclude the bHLH transcription factor Tfe3 in the cytoplasm. In contrast, ectopic nuclear Tfe3 represses specific developmental and metabolic transcriptional programs that are associated with peri-implantation development. We show differentiation-specific and non-canonical regulation of Rag GTPase in ESCs and, importantly, identify point mutations in a Tfe3 domain required for cytoplasmic inactivation as potentially causal for a human developmental disorder. Our work reveals an instructive and biomedically relevant role of metabolic signaling in licensing embryonic cell fate transitions.
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Affiliation(s)
- Florian Villegas
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland; Faculty of Sciences, University of Basel, 4003 Basel, Switzerland
| | - Daphné Lehalle
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon et Université de Bourgogne, 21079 Dijon, France; Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Daniela Mayer
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland; Faculty of Sciences, University of Basel, 4003 Basel, Switzerland
| | - Melanie Rittirsch
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland
| | - Michael B Stadler
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland; Swiss Institute of Bioinformatics, 4058 Basel, Switzerland
| | - Marietta Zinner
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland; Faculty of Sciences, University of Basel, 4003 Basel, Switzerland
| | - Daniel Olivieri
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland
| | - Pierre Vabres
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon et Université de Bourgogne, 21079 Dijon, France; Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France; Département de Dermatologie, CHU Dijon, Dijon, France
| | - Laurence Duplomb-Jego
- Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Eveline S J M De Bont
- Department of Pediatric Oncology/Hematology, Beatrix Children's Hospital, University Medical Centre Groningen, Groningen, the Netherlands
| | - Yannis Duffourd
- Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Floor Duijkers
- Department of Clinical Genetics, Amsterdam UMC, University of Amsterdam, Amsterdam, the Netherlands
| | - Magali Avila
- Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - David Geneviève
- Department of Clinical Genetics, University Medical Centre Montpellier, Montpellier, France
| | - Nada Houcinat
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon et Université de Bourgogne, 21079 Dijon, France; Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Thibaud Jouan
- Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Paul Kuentz
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon et Université de Bourgogne, 21079 Dijon, France; Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Klaske D Lichtenbelt
- Department of Genetics, University Medical Center Utrecht (UMCU), Utrecht, the Netherlands
| | - Christel Thauvin-Robinet
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon et Université de Bourgogne, 21079 Dijon, France; Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Judith St-Onge
- Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France; Child Health and Human Development Program, Research Institute of the McGill University Health Centre, Montreal, QC H4A 3J1, Canada
| | - Julien Thevenon
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon et Université de Bourgogne, 21079 Dijon, France; Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Koen L I van Gassen
- Department of Genetics, University Medical Center Utrecht (UMCU), Utrecht, the Netherlands
| | - Mieke van Haelst
- Department of Clinical Genetics, Amsterdam UMC, University of Amsterdam, Amsterdam, the Netherlands
| | | | - Daniel Hess
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland
| | | | - Jean-Baptiste Rivière
- Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France; Child Health and Human Development Program, Research Institute of the McGill University Health Centre, Montreal, QC H4A 3J1, Canada; Department of Human Genetics, Faculty of Medicine, McGill University, Montreal, QC H3A 1B1, Canada
| | - Laurence Faivre
- Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies du Développement (TRANSLAD), Centre Hospitalier Universitaire Dijon et Université de Bourgogne, 21079 Dijon, France; Equipe GAD, INSERM LNC UMR 1231, Faculté de Médecine, Université de Bourgogne Franche-Comté, Dijon, France
| | - Joerg Betschinger
- Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, 4058 Basel, Switzerland.
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Lemattre C, Thevenon J, Duffourd Y, Nambot S, Haquet E, Vuadelle B, Genevieve D, Sarda P, Bruel AL, Kuentz P, Wells CF, Faivre L, Willems M. TBL1XR1 mutations in Pierpont syndrome are not restricted to the recurrent p.Tyr446Cys mutation. Am J Med Genet A 2018; 176:2813-2818. [PMID: 30365874 DOI: 10.1002/ajmg.a.40510] [Citation(s) in RCA: 5] [Impact Index Per Article: 0.8] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Affiliation(s)] [Abstract] [Key Words] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Received: 03/05/2018] [Revised: 07/02/2018] [Accepted: 07/23/2018] [Indexed: 02/02/2023]
Abstract
Pierpont syndrome is a rare and sporadic syndrome, including developmental delay, facial characteristics, and abnormal extremities. Recently, a recurrent de novo TBL1XR1 variant (c.1337A > G; p.Tyr446Cys) has been identified in eight patients by whole-exome sequencing. A dominant-negative effect of this mutation is strongly suspected, since patients with TBL1XR1 deletion and other variants predicting loss of function do not share the same phenotype. We report two patients with typical Pierpont-like syndrome features. Exome sequencing allowed identifying a de novo heterozygous missense TBL1XR1 variant in both patients, different from those already reported: p.Cys325Tyr and p.Tyr446His. The localization of these mutations and clinical features of Pierpont-like syndrome suggest that their functional consequences are comparable with the recurrent mutation previously described, and provided additional data to understand molecular mechanisms of TBL1XR1 anomalies.
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Affiliation(s)
- C Lemattre
- Département de Génétique Médicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Montpellier, France
| | - J Thevenon
- Equipe GAD, UMR1231, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France.,Département de Génétique et Procréation, Hôpital Couple-Enfant, CHU, Grenoble, France
| | - Y Duffourd
- Equipe GAD, UMR1231, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France.,Orphanomix, SATT Grand Est, Dijon, France.,UF Innovation en Diagnostic Génomique des Maladies Rares, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Dijon, France.,Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs et FHU TRANSLAD, Hôpital d'enfants, CHU, Dijon, France
| | - S Nambot
- Equipe GAD, UMR1231, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
| | - E Haquet
- Département de Génétique Médicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Montpellier, France
| | | | - D Genevieve
- Département de Génétique Médicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Montpellier, France
| | - P Sarda
- Département de Génétique Médicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Montpellier, France
| | - A L Bruel
- Equipe GAD, UMR1231, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France
| | - P Kuentz
- Equipe GAD, UMR1231, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France.,Laboratoire de Biologie Moléculaire, CHRU Saint-Jacques, Besançon, France
| | - C F Wells
- Département de Génétique Médicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Montpellier, France
| | - L Faivre
- Equipe GAD, UMR1231, Université de Bourgogne Franche Comté, Dijon, France.,Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs et FHU TRANSLAD, Hôpital d'enfants, CHU, Dijon, France
| | - M Willems
- Département de Génétique Médicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Montpellier, France
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Jordan M, Carmignac V, Sorlin A, Kuentz P, Philippe C, Vabres P, cohort M. LB1539 Genotype-first phenotyping of 32 patients with post-zygotic GNAQ or GNA11 mutations. J Invest Dermatol 2018. [DOI: 10.1016/j.jid.2018.06.073] [Citation(s) in RCA: 0] [Impact Index Per Article: 0] [Reference Citation Analysis] [What about the content of this article? (0)] [Track Full Text] [Journal Information] [Subscribe] [Scholar Register] [Indexed: 11/25/2022]
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